genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59401523--59401574	20	2.6	20	90	6	79	51	0	1	46	1.12
59403105--59403160	28	2.0	28	100	0	112	50	25	10	14	1.75
59425117--59425158	21	2.0	21	90	4	68	26	28	35	9	1.88
59426448--59426619	94	1.8	94	83	2	229	24	28	18	29	1.98
59428160--59428194	12	3.0	11	91	8	52	20	42	28	8	1.81
59431177--59431208	16	2.1	16	94	5	57	34	0	12	53	1.39
59432213--59432246	6	5.7	6	92	0	59	20	0	14	64	1.28
59433641--59433683	18	2.4	18	88	0	68	32	25	0	41	1.56
59434287--59434316	14	2.1	14	93	0	51	3	20	0	76	0.92
59437713--59437976	46	5.7	46	73	13	218	29	19	28	23	1.98
59441289--59441350	31	2.0	31	100	0	124	35	25	16	22	1.94
59442007--59442044	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
59442311--59442357	17	2.7	17	83	3	58	59	2	0	38	1.09
59442952--59442991	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
59443561--59444093	44	12.3	44	77	7	423	24	29	16	30	1.96
59443838--59444098	84	3.1	84	85	6	371	21	31	16	30	1.95
59443815--59444093	128	2.1	129	87	5	402	22	30	16	29	1.96
59444055--59444278	88	2.6	88	90	2	344	28	26	17	27	1.98
59444123--59444270	47	3.3	46	64	18	121	30	27	16	25	1.97
59444392--59444510	61	1.9	65	89	6	192	38	10	15	34	1.83
59446148--59446196	25	2.0	24	84	15	64	6	20	0	73	1.04
59446528--59446570	21	2.0	22	86	13	63	6	18	4	69	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59446531--59446564	17	2.1	15	89	10	50	2	17	5	73	1.16
59446044--59449021	372	8.1	369	77	9	2634	16	17	15	50	1.78
59447270--59447314	22	2.1	22	84	12	58	8	15	2	73	1.18
59446044--59448125	372	5.6	369	85	4	2649	16	17	14	51	1.76
59448017--59448049	16	2.2	15	89	10	50	3	15	6	75	1.11
59453058--59453102	22	2.0	22	83	8	56	31	4	20	44	1.71
59458537--59458587	13	3.9	13	86	0	75	33	7	19	39	1.81
59459398--59459422	6	4.2	6	100	0	50	32	16	16	36	1.90
59459671--59459715	14	3.4	14	79	14	51	44	0	13	42	1.43
59459669--59459734	27	2.5	24	77	15	69	45	0	16	37	1.48
59466977--59467037	19	3.1	19	70	13	52	44	14	8	32	1.75
59470564--59470600	7	5.1	7	93	6	65	43	0	0	56	0.99
59470557--59470600	14	3.1	14	87	6	61	38	0	0	61	0.96
59470876--59470905	15	2.0	15	93	0	51	43	36	0	20	1.52
59470929--59470954	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
59471120--59471169	14	3.6	14	76	7	57	36	46	0	18	1.49
59471120--59471172	21	2.5	21	77	17	56	35	47	0	16	1.48
59471267--59471308	21	2.0	21	95	0	75	54	4	0	40	1.21
59471506--59471838	155	2.2	154	92	1	551	30	22	18	28	1.97
59471506--59471880	155	2.4	154	88	4	524	31	22	19	27	1.97
59471767--59471943	39	4.4	38	78	12	144	26	20	21	31	1.98
59474390--59474422	11	2.8	12	90	4	50	63	12	0	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59474451--59474501	21	2.5	21	69	15	52	66	0	0	33	0.92
59480197--59480235	20	2.0	19	85	5	51	53	7	2	35	1.43
59480374--59480406	16	2.0	17	88	5	50	36	6	12	45	1.66
59480542--59480711	65	2.5	67	89	4	245	47	8	8	35	1.63
59485480--59485518	15	2.7	15	81	18	55	71	0	0	28	0.86
59495542--59495734	47	4.0	48	81	8	196	23	17	29	30	1.97
59495546--59495752	93	2.1	97	80	8	226	25	16	28	28	1.97
59505100--59505419	46	7.0	46	97	0	570	38	15	23	23	1.92
59506334--59506409	6	12.5	6	81	4	73	14	3	5	76	1.11
59512317--59512355	17	2.2	17	86	4	51	17	41	20	20	1.91
59513561--59513628	19	3.5	19	73	16	59	55	2	5	35	1.39
59513755--59513798	11	4.0	12	80	14	51	40	0	0	59	0.98
59513754--59513796	8	5.4	8	86	8	61	39	0	0	60	0.97
59513804--59513842	17	2.2	18	86	4	53	74	7	12	5	1.20
59515142--59515219	22	3.6	21	75	11	86	46	2	20	30	1.64
59515170--59515233	21	3.0	21	69	13	67	43	1	20	34	1.61
59515143--59515233	43	2.1	43	97	0	173	45	2	20	31	1.64
59515164--59515232	22	3.2	22	72	12	79	44	1	21	31	1.61
59528143--59528236	47	2.0	47	97	0	179	37	6	9	46	1.62
59533290--59533329	20	2.0	20	85	0	53	47	20	2	30	1.63
59534318--59534371	26	2.1	26	100	0	108	46	12	14	25	1.81
59536698--59536744	21	2.2	22	81	11	62	48	10	0	40	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59536705--59536751	21	2.3	21	88	3	69	46	14	0	38	1.45
59541978--59542069	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
59541959--59542122	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
59546216--59546250	17	2.1	17	88	0	52	40	0	5	54	1.24
59547781--59547820	19	2.1	19	90	0	62	60	0	0	40	0.97
59549192--59549230	20	2.0	20	94	0	69	48	12	10	28	1.74
59564868--59564962	35	2.7	35	76	11	86	41	1	5	52	1.31
59566237--59566302	28	2.3	28	84	2	78	57	3	3	36	1.29
59567995--59568053	31	1.9	31	86	6	84	38	5	11	44	1.63
59568003--59568062	31	1.9	30	83	6	75	38	6	13	41	1.70
59568553--59568768	114	1.9	114	91	1	353	50	20	12	17	1.78
59569303--59569354	23	2.2	24	80	19	65	63	1	0	34	1.06
59578172--59578342	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
59578167--59578339	46	3.7	46	77	13	201	28	27	21	22	1.99
59579180--59579227	25	1.9	25	87	8	71	31	22	18	27	1.97
59589807--59589838	16	2.0	16	93	0	55	40	40	6	12	1.68
59590354--59590401	22	2.1	23	84	3	62	72	2	4	20	1.11
59601177--59601656	72	6.5	72	87	6	586	31	15	19	33	1.93
59601942--59602267	73	4.5	73	92	2	505	32	17	18	31	1.94
59602985--59603016	16	2.0	16	93	0	55	37	40	6	15	1.73
59603532--59603579	22	2.1	23	84	3	62	72	2	4	20	1.11
59604204--59604246	15	2.9	15	78	21	54	30	4	0	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59604211--59604261	21	2.4	21	87	12	70	29	7	0	62	1.23
59614043--59614103	30	2.0	30	96	0	113	45	18	3	32	1.65
59621672--59621759	18	4.9	18	88	0	131	32	23	10	32	1.89
59626612--59626651	21	1.9	21	100	0	80	47	7	25	20	1.75
59628185--59628226	19	2.2	20	95	4	77	50	14	9	26	1.73
59628210--59628247	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
59628702--59628784	31	2.7	31	85	7	100	53	4	10	31	1.57
59629049--59629094	23	2.0	22	83	4	56	43	2	13	41	1.55
59635280--59635309	12	2.5	12	100	0	60	60	0	6	33	1.23
59635280--59635321	3	14.7	3	80	9	52	64	0	4	30	1.14
59635397--59635507	3	37.7	3	75	7	84	60	0	8	30	1.32
59635428--59635503	20	3.9	19	80	11	82	64	0	6	28	1.18
59635399--59635496	23	4.5	21	78	5	97	62	1	8	28	1.30
59637266--59637415	44	3.4	44	74	10	144	28	24	16	30	1.97
59637232--59637415	44	4.2	44	75	12	137	28	25	16	29	1.97
59637232--59637415	89	2.1	88	86	1	251	28	25	16	29	1.97
59637457--59637789	45	7.5	44	70	11	216	27	24	20	27	1.99
59637354--59637959	132	4.6	132	88	1	788	27	24	19	28	1.98
59637578--59637930	45	8.0	45	69	8	143	29	25	17	27	1.98
59638034--59638158	64	2.0	64	95	0	223	37	13	16	32	1.88
59642041--59642086	19	2.4	19	85	7	58	47	13	19	19	1.81
59645337--59645366	12	2.5	12	100	0	60	60	0	6	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59645337--59645378	3	14.7	3	80	9	52	64	0	4	30	1.14
59645383--59645427	23	2.0	23	86	0	63	51	6	2	40	1.41
59645457--59645567	3	37.7	3	75	7	84	60	0	8	30	1.32
59645488--59645563	20	3.9	19	80	11	82	64	0	6	28	1.18
59645459--59645556	23	4.5	21	78	5	97	62	1	8	28	1.30
59647169--59647289	61	2.0	61	98	0	233	23	23	19	33	1.97
59649277--59649322	23	2.0	23	95	0	83	28	13	23	34	1.92
59654205--59654264	25	2.4	25	88	0	93	20	15	6	58	1.59
59655721--59655759	14	2.8	14	92	7	62	84	0	5	10	0.76
59655727--59655792	12	5.3	12	85	10	53	75	0	3	21	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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