genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7052675--7052722	20	2.4	21	76	13	57	33	2	4	60	1.27
7052712--7052745	12	2.8	12	86	0	50	35	8	0	55	1.31
7052829--7052876	16	3.3	14	81	16	53	33	6	0	60	1.22
7066796--7067377	44	13.2	45	76	4	477	27	17	25	29	1.97
7066798--7067262	132	3.5	132	93	0	741	27	17	25	29	1.98
7066797--7067562	178	4.3	176	84	4	695	27	17	25	28	1.98
7067233--7067603	185	2.0	185	98	0	715	29	17	26	26	1.98
7078887--7078951	26	2.6	25	73	26	66	30	6	9	53	1.57
7081698--7081738	19	2.2	19	100	0	82	26	34	17	21	1.95
7083007--7083102	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
7085461--7085509	21	2.3	22	85	3	64	26	6	8	59	1.50
7088957--7088993	17	2.2	17	90	0	56	21	2	24	51	1.61
7089635--7089688	26	2.1	26	82	6	65	68	7	0	24	1.15
7089646--7089693	6	7.7	6	88	9	60	68	10	0	20	1.18
7089646--7089693	20	2.5	19	86	6	62	68	10	0	20	1.18
7089733--7089853	9	13.4	9	84	3	163	23	13	23	39	1.90
7090985--7091021	17	2.2	17	90	0	56	21	2	24	51	1.61
7091663--7091716	26	2.1	26	82	6	65	68	7	0	24	1.15
7091674--7091721	6	7.7	6	88	9	60	68	10	0	20	1.18
7091674--7091721	20	2.5	19	86	6	62	68	10	0	20	1.18
7091761--7091836	9	8.4	9	91	0	125	23	11	23	40	1.88
7091997--7092021	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7092387--7092617	46	5.0	45	86	2	291	38	8	23	29	1.84
7092389--7092617	92	2.5	92	89	0	341	38	8	23	29	1.84
7110691--7110715	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
7121829--7121915	33	2.6	33	87	0	129	41	3	35	19	1.69
7121855--7121907	15	3.3	15	73	14	52	39	3	35	20	1.71
7126827--7126855	11	2.5	12	94	5	51	58	3	0	37	1.15
7126827--7126875	23	2.1	23	81	7	55	59	2	0	38	1.09
7128649--7128687	21	1.9	20	84	5	51	30	2	7	58	1.39
7128781--7128847	31	2.3	27	76	14	62	41	8	8	40	1.68
7130479--7130511	11	3.1	11	91	4	50	30	0	9	60	1.27
7134474--7134509	17	2.1	17	90	10	56	50	0	5	44	1.25
7137946--7138007	25	2.4	25	76	12	63	58	3	6	32	1.40
7141590--7141623	6	5.7	6	96	0	59	55	17	14	11	1.68
7141831--7141870	19	2.0	20	85	4	55	35	5	7	52	1.51
7146179--7146214	17	2.1	17	90	10	56	50	0	5	44	1.25
7149285--7149366	40	2.0	40	100	0	164	39	17	7	36	1.77
7149652--7149736	31	3.1	26	76	18	91	24	9	5	60	1.50
7153841--7153918	15	5.2	15	70	11	70	42	7	23	26	1.81
7153835--7153928	30	3.1	30	95	1	161	41	6	25	26	1.79
7158252--7158299	15	3.2	15	71	11	53	41	8	22	27	1.82
7165705--7165752	24	2.0	24	84	8	62	41	4	2	52	1.32
7167876--7168006	24	5.5	24	86	0	172	30	29	29	10	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7178983--7179033	26	2.0	26	84	3	68	43	1	1	52	1.23
7178962--7179029	32	2.1	32	82	15	79	39	2	1	55	1.24
7181890--7182236	159	2.2	159	95	1	624	20	16	27	34	1.95
7187757--7187803	21	2.2	22	96	3	87	17	25	10	46	1.79
7197055--7197134	24	3.3	24	83	0	97	26	35	17	21	1.95
7199596--7199672	24	3.2	24	84	0	109	25	36	18	19	1.94
7201055--7201119	25	2.6	25	74	13	62	43	3	3	50	1.33
7205877--7205921	22	2.0	22	91	0	72	48	13	28	8	1.72
7212464--7212496	16	2.0	17	88	5	50	39	24	6	30	1.79
7217203--7217281	40	2.0	40	100	0	158	25	20	12	41	1.87
7217476--7217507	15	2.1	16	94	5	57	59	0	9	31	1.29
7221646--7221687	21	2.0	22	81	13	52	61	0	4	33	1.17
7221928--7221964	8	4.3	9	86	10	51	27	0	0	72	0.84
7221928--7221964	17	2.2	17	90	0	56	27	0	0	72	0.84
7222221--7222261	22	1.9	22	85	5	57	31	4	4	58	1.40
7224492--7224520	13	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
7225333--7225362	15	2.0	15	100	0	60	26	20	26	26	1.99
7242363--7242413	26	1.9	27	84	4	68	52	5	17	23	1.66
7245361--7245421	30	1.9	33	87	9	92	59	4	1	34	1.29
7246896--7247052	58	2.7	57	77	10	138	42	12	3	40	1.61
7270461--7270519	16	3.8	16	71	13	59	35	10	22	32	1.87
7270443--7270526	31	2.6	31	79	3	96	39	8	20	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7270700--7270793	47	2.1	45	84	9	120	37	1	5	56	1.29
7270730--7270797	35	2.0	35	85	8	95	41	0	5	52	1.25
7270735--7270812	19	4.3	18	75	15	72	37	0	6	56	1.25
7271192--7271305	59	1.9	59	94	0	201	38	9	16	35	1.82
7274283--7274349	20	3.5	20	73	21	63	25	20	8	44	1.80
7276123--7276172	7	7.3	7	79	4	57	84	4	10	2	0.84
7276123--7276164	20	2.2	20	95	4	77	85	4	9	0	0.72
7276511--7276706	108	1.8	108	87	2	295	24	18	11	45	1.82
7277130--7277533	88	4.6	88	90	2	553	29	24	22	24	1.99
7277130--7277500	44	8.5	44	64	12	163	29	24	21	23	1.99
7277130--7277533	174	2.3	174	87	1	558	29	24	22	24	1.99
7277314--7277535	44	5.1	43	65	20	136	29	24	21	24	1.99
7277541--7277866	44	7.7	44	79	8	399	33	23	21	22	1.97
7277533--7277888	84	4.2	84	97	0	669	33	23	20	22	1.97
7278200--7278313	59	1.9	59	94	0	201	38	9	16	35	1.82
7283154--7283203	7	7.4	7	81	18	54	78	0	10	12	0.98
7283147--7283191	20	2.2	20	84	7	56	80	2	6	11	0.99
7283146--7283198	27	1.9	28	92	3	90	79	1	7	11	1.01
7283550--7283745	108	1.8	108	89	2	313	25	16	10	47	1.78
7284202--7284964	87	8.7	88	88	1	944	28	22	23	24	1.99
7284233--7284632	44	9.2	44	64	10	167	29	25	21	23	1.99
7284188--7284964	175	4.4	174	85	1	946	28	23	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7284699--7284851	44	3.5	43	66	11	103	25	22	24	26	2.00
7284210--7284964	262	2.9	260	83	2	963	29	23	23	24	1.99
7285155--7285487	84	3.9	84	88	6	403	34	22	21	21	1.97
7285205--7285531	127	2.6	127	93	3	538	32	22	22	22	1.98
7285167--7285558	211	1.9	211	95	0	712	32	23	20	22	1.98
7285207--7285576	84	4.4	83	88	5	403	32	22	22	22	1.98
7285828--7285864	11	3.5	11	88	3	58	64	21	0	13	1.27
7291541--7291620	41	1.9	42	97	2	137	53	5	6	35	1.48
7292637--7292681	17	2.7	16	80	10	54	51	0	0	48	1.00
7294849--7294893	3	15.3	3	95	4	83	68	0	0	31	0.89
7296682--7296714	14	2.5	14	90	9	52	33	21	3	42	1.68
7297134--7297180	24	2.0	24	84	16	62	51	14	2	31	1.55
7297894--7297932	13	2.9	13	84	3	51	25	0	2	71	0.98
7298712--7298763	11	3.9	13	78	19	54	21	1	3	73	1.10
7298831--7298879	16	3.1	16	75	21	50	22	6	0	71	1.08
7299206--7299349	72	2.0	72	89	2	218	29	18	17	35	1.93
7300370--7300418	5	9.8	5	100	0	98	59	0	0	40	0.98
7309655--7309679	13	1.9	13	100	0	50	64	8	8	20	1.46
7317308--7317474	9	17.6	9	65	16	54	58	4	2	34	1.32
7317315--7317352	19	2.1	18	85	14	51	63	0	0	36	0.95
7317955--7318176	10	23.8	9	67	17	89	35	2	3	59	1.26
7317955--7318176	19	11.9	18	66	17	89	35	2	3	59	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7318020--7318054	18	1.9	18	88	11	54	25	0	2	71	1.00
7318045--7318165	19	6.7	18	71	19	92	36	1	3	58	1.24
7328058--7328124	27	2.5	27	97	0	125	31	23	32	11	1.91
7328123--7328253	19	6.6	19	65	22	72	33	0	11	54	1.36
7328224--7328307	27	3.1	27	96	0	150	35	0	11	52	1.38
7328193--7328307	19	6.1	19	71	18	89	33	0	12	53	1.38
7328348--7328469	60	2.0	60	85	6	167	31	0	13	53	1.46
7328502--7328583	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
7328620--7328661	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
7328730--7328792	21	3.0	21	80	2	72	58	12	0	28	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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