genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39110802--39110913	27	4.2	26	84	7	134	16	23	22	37	1.94
39117366--39117412	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
39118831--39118942	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
39118831--39118942	27	4.2	26	84	7	134	16	23	22	37	1.94
39122940--39123039	51	2.0	51	83	0	128	34	25	16	25	1.95
39122948--39123051	51	2.0	51	81	0	118	33	26	14	25	1.94
39128736--39129114	48	7.9	48	78	3	361	25	27	19	27	1.99
39128736--39129097	96	3.8	96	81	4	435	24	28	19	27	1.99
39128735--39129114	144	2.7	141	79	7	417	25	27	19	27	1.98
39140406--39140827	40	10.6	39	82	3	470	23	20	28	27	1.99
39140459--39140825	79	4.6	79	97	1	682	23	19	28	27	1.99
39141321--39141444	61	2.0	61	88	0	185	20	13	26	38	1.90
39144863--39145116	54	4.8	52	78	8	205	37	15	24	22	1.93
39144871--39145069	107	1.8	109	85	2	285	36	15	24	23	1.94
39151510--39151547	16	2.4	16	95	0	67	31	26	10	31	1.90
39155572--39155725	42	3.6	42	83	5	195	29	16	23	30	1.96
39158163--39158307	40	3.6	39	77	5	130	27	27	21	23	1.99
39168930--39169022	27	3.5	26	82	8	107	36	12	21	29	1.91
39175608--39176028	48	8.8	48	71	8	275	26	27	19	26	1.99
39175613--39176037	96	4.4	97	81	4	439	26	27	19	26	1.99
39176737--39176768	15	2.1	15	94	0	55	43	18	3	34	1.66
39176743--39176776	15	2.3	15	89	0	50	52	23	2	20	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39183684--39183808	28	4.6	27	91	4	187	30	28	12	28	1.93
39183684--39183808	55	2.3	55	90	2	189	30	28	12	28	1.93
39183684--39183833	56	2.7	56	86	5	180	31	29	12	26	1.93
39195348--39195385	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
39198879--39198933	18	3.1	18	78	21	55	40	5	0	54	1.23
39198879--39198915	16	2.1	19	85	14	53	43	2	0	54	1.14
39204453--39204477	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
39207075--39207240	79	2.1	79	96	0	305	20	13	28	37	1.91
39207534--39207681	27	5.5	27	82	3	156	38	17	18	25	1.92
39207535--39207678	54	2.7	54	86	2	191	38	17	17	26	1.91
39208344--39208395	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
39213044--39213212	43	4.0	43	78	15	163	33	27	17	21	1.96
39220284--39220313	13	2.3	13	100	0	60	23	6	6	63	1.43
39221540--39221578	14	2.8	13	81	11	51	15	15	2	66	1.36
39225045--39225112	34	2.1	31	81	13	75	17	10	4	67	1.36
39231898--39232051	76	2.0	76	94	0	272	37	25	9	27	1.86
39232189--39232372	98	1.9	97	85	5	255	24	27	19	28	1.99
39232189--39232405	49	4.5	46	76	11	168	25	26	19	28	1.99
39233695--39233768	36	2.1	34	83	11	89	56	8	13	21	1.63
39239285--39239357	36	2.1	34	87	5	101	53	9	17	19	1.71
39240103--39240153	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
39242812--39242876	30	2.2	30	91	0	103	40	23	4	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39245802--39246025	49	4.7	47	81	10	233	22	26	22	28	1.99
39245810--39246025	98	2.3	94	86	6	283	23	26	21	28	1.99
39246679--39246729	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
39247705--39247861	43	3.6	42	76	10	142	31	26	18	23	1.97
39247705--39247867	86	1.9	85	83	6	213	31	26	18	23	1.97
39250808--39250846	15	2.4	17	87	12	55	7	12	2	76	1.09
39252378--39252418	18	2.3	19	80	16	52	65	12	0	21	1.25
39252499--39252561	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
39253127--39253200	24	3.1	23	82	7	94	33	25	13	27	1.93
39255011--39255059	24	2.0	24	84	11	64	55	4	0	40	1.19
39255041--39255072	13	2.3	15	89	10	50	59	0	0	40	0.97
39255539--39255575	13	2.5	15	87	12	51	43	0	5	51	1.24
39262379--39262643	49	5.6	49	75	10	205	24	28	18	27	1.98
39262335--39262549	98	2.3	91	80	8	202	26	29	18	26	1.98
39262526--39262646	46	2.6	46	85	7	147	23	28	19	27	1.99
39264670--39264741	35	2.1	35	100	0	144	40	16	16	26	1.90
39265697--39265736	21	1.9	21	84	0	53	65	7	0	27	1.20
39266983--39267043	24	2.6	24	84	7	72	26	0	8	65	1.20
39273010--39273062	20	2.8	18	75	13	52	32	15	35	16	1.90
39291571--39291597	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
39293078--39293149	33	2.1	34	82	7	85	27	25	22	25	2.00
39293111--39293172	28	2.2	28	77	2	72	30	25	24	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39306770--39306890	55	2.2	55	80	2	145	20	28	28	23	1.99
39310569--39310746	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
39310570--39310725	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
39310566--39310746	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
39310651--39310757	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
39314289--39314314	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
39314829--39315018	96	2.0	96	96	0	353	28	31	15	25	1.96
39318791--39318855	22	3.0	22	75	8	62	32	21	20	26	1.97
39323381--39323521	48	2.9	48	81	4	140	21	15	27	34	1.94
39326265--39326315	19	2.7	20	76	14	54	70	1	9	17	1.24
39329570--39329603	17	2.0	17	88	11	52	17	41	29	11	1.85
39332775--39332847	37	2.0	36	86	5	103	24	15	10	49	1.76
39334160--39334300	27	5.2	28	77	13	136	34	21	24	19	1.96
39334160--39334300	54	2.6	54	85	6	180	34	21	24	19	1.96
39334184--39334303	54	2.2	54	90	0	186	35	22	25	16	1.95
39343506--39343589	42	2.0	42	97	0	159	48	9	25	16	1.76
39365136--39365168	16	2.1	16	100	0	66	36	0	27	36	1.57
39365521--39365599	38	2.1	38	100	0	158	29	7	25	37	1.83
39380549--39380647	6	16.0	6	70	8	65	5	21	2	71	1.15
39380549--39380647	18	5.3	18	74	4	72	5	21	2	71	1.15
39386749--39386801	20	2.7	20	79	2	63	62	5	0	32	1.19
39389581--39389776	61	3.2	61	84	2	189	22	13	23	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39389644--39389799	31	5.1	31	67	12	106	21	12	24	41	1.88
39389642--39389776	30	4.4	29	72	16	103	19	14	25	41	1.88
39389642--39389828	61	3.1	60	85	1	248	20	12	24	42	1.86
39391222--39391352	41	3.2	41	92	2	210	51	4	20	22	1.65
39394085--39394342	84	3.0	86	88	3	371	33	5	10	50	1.60
39400174--39400324	44	3.5	42	85	10	191	23	19	26	31	1.98
39400177--39400333	43	3.7	42	78	13	169	22	19	26	31	1.98
39405541--39405577	18	2.1	18	100	0	74	27	10	16	45	1.80
39405673--39405995	107	3.0	107	97	0	601	26	17	22	32	1.97
39407312--39407370	29	2.0	29	96	0	109	47	6	18	27	1.74
39407840--39407943	41	2.5	40	78	6	118	21	20	25	32	1.97
39431010--39431054	16	2.6	16	82	10	54	71	6	4	17	1.25
39433792--39433955	87	1.9	86	88	3	249	25	14	23	35	1.93
39440203--39440293	33	2.7	33	89	1	128	38	0	17	43	1.49
39440355--39440817	125	3.7	125	94	0	782	37	17	16	28	1.92
39440355--39440817	251	1.8	251	92	0	784	37	17	16	28	1.92
39440740--39440906	82	2.0	81	89	2	262	38	20	18	21	1.93
39443729--39443884	42	3.7	42	84	3	188	30	24	15	29	1.95
39443729--39443884	85	1.8	84	83	4	206	30	24	15	29	1.95
39446527--39446632	53	2.0	54	94	1	187	21	21	27	29	1.99
39446535--39446646	53	2.1	54	85	5	147	23	24	23	29	1.99
39447270--39447389	58	2.1	59	91	1	197	49	16	9	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39449300--39449334	18	1.9	18	88	0	52	40	5	25	28	1.78
39451061--39451100	21	1.9	21	84	0	53	45	2	25	27	1.66
39451066--39451127	30	2.1	30	96	0	115	41	3	25	29	1.71
39454776--39454841	36	1.9	33	84	9	87	57	0	21	21	1.41
39455476--39455516	20	2.1	20	86	4	57	2	34	0	63	1.08
39471500--39471770	40	6.8	40	88	0	391	22	22	27	27	1.99
39471502--39471762	120	2.2	120	97	0	495	22	22	26	27	1.99
39474668--39474714	22	2.1	23	84	11	62	59	12	17	10	1.60
39477462--39477499	20	1.9	20	88	0	58	21	26	39	13	1.89
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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