genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8558209--8558246	3	12.7	3	88	0	58	0	34	0	65	0.93
8558628--8558659	7	4.6	7	96	0	55	43	0	37	18	1.51
8563659--8563727	30	2.4	27	77	20	68	59	8	1	30	1.36
8564029--8564087	26	2.2	28	84	6	77	66	3	1	28	1.18
8564029--8564082	28	1.9	28	85	7	74	66	1	1	29	1.12
8572803--8572854	25	2.1	25	81	0	59	36	15	9	38	1.80
8576410--8576481	31	2.3	32	83	9	87	38	0	2	58	1.13
8578289--8578501	46	4.6	46	88	1	293	41	13	24	20	1.88
8580385--8580433	23	2.1	24	85	11	66	36	2	2	59	1.21
8585132--8585194	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
8585276--8585315	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
8591030--8591064	17	2.0	18	88	5	54	0	17	5	77	0.96
8599107--8599244	69	2.0	69	91	0	222	41	10	9	39	1.71
8614577--8614734	43	3.7	43	75	10	153	24	13	26	34	1.93
8619160--8619247	44	2.0	44	93	4	151	22	21	15	39	1.91
8620437--8620476	20	2.0	20	95	0	71	22	32	20	25	1.98
8622939--8622980	21	2.0	22	90	4	68	61	0	9	28	1.27
8624457--8624718	104	2.4	105	83	8	305	43	13	11	32	1.80
8625031--8625087	29	2.0	29	86	6	80	43	0	3	52	1.18
8625146--8625217	33	2.2	32	88	11	103	38	0	8	52	1.32
8625069--8625340	144	1.9	142	79	6	307	45	1	11	41	1.51
8626364--8626453	44	2.0	44	85	8	121	20	23	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8626611--8626707	18	5.4	18	67	16	67	36	7	15	41	1.75
8627999--8628061	30	2.1	30	91	5	101	55	15	3	25	1.55
8632945--8633019	31	2.4	31	86	0	96	40	5	13	41	1.67
8635739--8635778	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
8636123--8636165	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
8636378--8636474	29	3.2	29	64	14	70	23	12	11	52	1.71
8642127--8642188	18	3.6	18	73	16	60	56	0	8	35	1.29
8656591--8656702	41	2.8	40	78	4	118	39	14	25	21	1.91
8656600--8656702	40	2.5	41	80	1	118	40	13	23	22	1.89
8657873--8657920	25	1.9	25	95	0	87	31	8	0	60	1.26
8663565--8663641	36	2.1	36	97	0	145	48	15	0	36	1.46
8677058--8677110	18	2.9	18	88	0	70	39	18	7	33	1.79
8678387--8678450	32	2.0	31	85	8	85	42	7	0	50	1.31
8688653--8688689	19	1.9	19	100	0	74	21	10	8	59	1.56
8690630--8690689	30	2.0	30	90	0	93	40	5	25	30	1.77
8695351--8695432	31	2.7	31	79	7	78	56	8	8	26	1.58
8696876--8696994	25	4.7	25	72	19	95	29	5	4	61	1.36
8696929--8697000	29	2.5	28	82	8	90	33	4	1	61	1.24
8697132--8697189	24	2.4	25	80	8	66	34	12	1	51	1.49
8697196--8697254	25	2.4	25	80	8	68	32	3	0	64	1.10
8697225--8697284	30	2.0	31	83	3	77	31	8	0	60	1.27
8697260--8697321	24	2.4	26	76	17	67	38	4	0	56	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8697267--8697312	24	1.9	24	90	0	74	41	4	0	54	1.20
8700658--8700687	6	5.0	6	95	0	51	36	0	16	46	1.47
8701064--8701104	17	2.4	18	80	15	52	56	7	2	34	1.40
8704877--8704961	39	2.2	38	93	4	145	47	8	4	40	1.54
8711617--8711649	17	2.0	16	94	5	57	66	0	21	12	1.23
8716819--8716854	13	2.5	15	91	8	58	19	0	0	80	0.71
8722666--8722691	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
8723342--8723443	30	3.4	31	86	5	131	29	21	3	45	1.70
8723818--8723889	3	22.0	3	86	13	90	65	0	34	0	0.93
8723818--8723889	10	7.3	9	83	16	90	65	0	34	0	0.93
8723819--8723889	13	5.6	13	83	12	94	66	0	33	0	0.92
8723942--8723984	18	2.3	18	84	4	50	30	51	16	2	1.57
8724009--8724041	11	3.0	11	83	16	50	81	9	9	0	0.87
8724170--8724208	10	3.7	10	83	10	51	84	2	12	0	0.72
8724360--8724392	5	6.6	5	100	0	66	36	0	0	63	0.95
8724389--8724421	6	5.8	6	86	13	52	18	0	0	81	0.68
8724359--8724420	11	5.8	10	81	9	52	27	0	0	72	0.85
8725661--8725825	55	3.0	55	99	0	321	33	9	15	41	1.78
8743743--8743779	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
8745014--8745065	25	2.1	25	92	0	86	30	15	15	38	1.88
8749049--8749230	46	4.0	46	89	1	249	21	22	14	41	1.90
8750385--8750418	17	2.0	17	94	0	59	47	2	5	44	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8754502--8754567	24	2.7	26	76	11	75	31	18	31	18	1.95
8754880--8754921	21	2.0	21	85	0	57	45	21	0	33	1.52
8757259--8757309	18	2.8	19	79	8	61	33	0	1	64	1.05
8757318--8757354	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
8767243--8767282	19	2.1	19	95	0	71	52	15	25	7	1.68
8772513--8772573	13	4.8	12	76	8	50	31	3	26	39	1.72
8772513--8772573	26	2.4	25	78	13	70	31	3	26	39	1.72
8781968--8782004	14	2.7	14	91	4	58	51	2	2	43	1.30
8782116--8782155	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8782111--8782155	20	2.4	18	85	7	54	48	0	0	51	1.00
8782995--8783046	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
8783075--8783120	13	3.5	13	82	14	58	52	2	0	45	1.13
8783123--8783162	20	2.0	20	90	0	62	55	0	0	45	0.99
8783110--8783248	29	4.3	33	69	24	91	53	0	0	46	1.05
8783135--8783184	16	3.3	15	75	16	50	52	0	2	46	1.12
8788476--8788514	20	2.0	20	85	9	55	56	2	2	38	1.27
8788501--8788541	13	3.1	13	85	3	55	70	0	0	29	0.87
8788501--8788541	7	6.1	7	80	8	50	70	0	0	29	0.87
8790113--8790189	21	3.7	21	77	3	75	28	29	27	14	1.95
8792997--8793051	25	2.2	26	83	9	69	58	7	7	27	1.52
8798250--8798276	10	2.7	10	100	0	54	51	7	7	33	1.58
8799862--8799968	55	1.9	55	96	0	196	31	9	10	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8804205--8804250	23	2.0	23	100	0	92	26	13	0	60	1.32
8805140--8805200	23	2.6	23	84	10	70	45	0	4	49	1.23
8805163--8805200	17	2.2	17	86	9	51	47	0	2	50	1.15
8811257--8811292	18	2.0	18	100	0	72	22	11	22	44	1.84
8812093--8812194	50	2.0	50	98	0	195	31	34	11	22	1.90
8813123--8813188	33	2.0	33	100	0	132	21	21	9	48	1.77
8814675--8814721	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
8814992--8815377	46	8.7	46	85	5	446	22	23	15	38	1.92
8815253--8815366	38	3.0	38	97	0	210	24	25	17	32	1.97
8818165--8818250	43	2.0	43	100	0	172	44	13	6	34	1.72
8834289--8834319	16	1.9	16	100	0	62	32	16	6	45	1.72
8838929--8838999	32	2.2	32	80	5	81	29	4	15	50	1.63
8840203--8840236	14	2.4	14	90	0	50	50	2	0	47	1.16
8844569--8844596	14	2.0	14	100	0	56	21	7	7	64	1.43
8848790--8848882	45	2.1	45	93	0	159	26	43	13	16	1.85
8855626--8855666	21	2.0	21	85	0	55	2	39	19	39	1.65
8869638--8869704	34	2.0	34	96	0	125	37	11	5	44	1.66
8871071--8871125	27	2.0	29	82	7	69	21	5	5	67	1.32
8876807--8876854	21	2.3	21	82	10	64	58	0	2	39	1.10
8876844--8876894	16	3.2	16	78	18	54	56	0	9	33	1.32
8876935--8876978	20	2.4	17	88	11	61	65	0	34	0	0.93
8884581--8884624	18	2.5	17	79	13	54	22	0	2	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8889097--8889128	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
8889098--8889128	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
8890541--8890591	22	2.2	23	89	10	77	70	5	3	19	1.24
8890756--8890872	29	4.0	29	100	0	234	28	13	10	47	1.75
8896084--8896123	3	13.3	3	84	10	55	2	32	0	65	1.06
8900912--8901025	56	2.0	58	84	3	151	28	20	5	46	1.72
8905171--8905217	24	2.0	24	83	8	60	48	2	0	48	1.13
8908515--8908563	26	1.9	25	91	0	71	44	14	2	38	1.56
8909045--8909347	125	2.4	125	86	1	419	39	19	14	27	1.90
8909905--8909956	25	2.0	26	85	3	70	61	3	3	30	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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