genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27088076--27088404	175	1.9	174	97	0	622	30	24	14	30	1.95
27088357--27088435	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
27098601--27098888	146	2.0	146	98	0	558	27	20	23	28	1.99
27116853--27117035	79	2.3	81	83	9	225	23	23	27	25	2.00
27116853--27117037	40	4.6	41	81	11	208	23	23	28	25	2.00
27116906--27117070	79	2.1	78	82	8	192	24	21	27	26	1.99
27122596--27122662	20	3.3	20	91	4	109	34	10	20	34	1.87
27122607--27122662	11	5.5	11	71	16	57	33	10	21	33	1.88
27122709--27122812	25	4.2	25	83	9	106	29	20	20	29	1.97
27123027--27123090	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
27132078--27132122	12	2.9	17	69	30	55	33	26	24	15	1.95
27134191--27134232	18	2.2	20	83	8	52	52	11	0	35	1.38
27135361--27135411	21	2.4	21	86	3	66	43	9	15	31	1.80
27139147--27139180	17	2.0	17	88	11	52	44	11	14	29	1.81
27140932--27140970	18	2.2	18	86	9	53	10	20	7	61	1.52
27142997--27143026	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
27146229--27146330	40	2.6	40	87	4	145	24	26	23	25	2.00
27152220--27152676	27	17.0	27	73	10	337	26	17	16	39	1.90
27152233--27152646	54	7.7	54	87	3	509	26	17	15	40	1.89
27152220--27152678	81	5.7	81	79	5	468	27	16	16	39	1.90
27157142--27157229	24	3.7	24	84	6	108	25	29	17	28	1.97
27157142--27157252	48	2.3	47	84	6	134	26	29	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27157110--27157252	72	2.0	73	82	6	175	25	28	16	28	1.97
27157954--27158002	20	2.4	21	82	6	64	18	10	0	71	1.13
27175309--27175364	28	2.0	28	100	0	112	25	25	17	32	1.97
27184523--27184580	24	2.5	24	88	2	91	41	22	15	20	1.90
27184526--27184620	24	4.0	23	80	2	73	38	18	20	22	1.93
27184582--27184638	24	2.4	23	85	8	71	31	15	29	22	1.95
27184632--27184682	27	2.0	26	88	7	77	37	21	23	17	1.94
27189095--27189274	42	4.2	42	85	5	211	33	23	17	26	1.96
27190357--27190381	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
27195028--27195999	48	20.0	48	89	2	1395	38	6	22	31	1.81
27195028--27195999	146	6.7	146	93	1	1511	38	6	22	31	1.81
27196129--27196279	37	4.1	37	94	1	259	24	17	31	25	1.97
27200890--27201034	40	3.6	40	83	4	175	26	24	25	24	2.00
27217079--27217199	43	2.8	43	92	1	190	23	18	28	30	1.97
27221854--27222004	43	3.5	43	76	11	139	24	19	25	31	1.98
27222677--27222712	16	2.3	15	86	9	54	36	0	0	63	0.94
27227187--27227231	23	1.9	24	81	4	56	31	2	22	44	1.65
27227396--27227431	16	2.3	15	86	9	54	36	0	0	63	0.94
27227823--27227861	7	5.6	7	87	0	51	66	0	33	0	0.92
27229902--27229947	20	2.3	20	96	0	83	43	13	15	28	1.83
27230918--27230985	22	3.0	22	78	8	75	20	26	19	33	1.96
27241036--27241300	40	6.7	40	90	4	367	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27241036--27241333	119	2.5	118	83	6	352	25	21	27	25	1.99
27260846--27261017	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
27260838--27261013	46	3.8	46	80	10	205	28	29	20	21	1.98
27280604--27280693	40	2.2	40	86	0	126	28	14	26	30	1.95
27287050--27288296	27	46.2	27	83	3	1339	28	21	8	41	1.83
27288301--27288496	54	3.6	54	87	2	268	34	18	20	27	1.96
27288301--27288496	27	7.3	27	87	0	239	34	18	20	27	1.96
27288695--27288777	27	3.1	26	86	5	103	19	20	21	38	1.93
27288865--27288923	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
27289088--27289161	27	2.8	27	81	6	80	17	22	21	37	1.94
27289304--27289350	6	7.8	6	90	9	78	17	17	14	51	1.77
27291880--27292061	40	4.4	41	77	9	140	28	12	25	34	1.92
27298201--27298412	40	5.3	40	91	1	329	23	21	25	29	1.99
27311901--27312073	46	3.7	46	78	13	210	21	20	27	30	1.98
27311898--27312068	93	1.8	93	94	0	306	21	20	28	29	1.98
27314080--27314110	16	1.9	16	93	0	53	32	22	3	41	1.70
27314316--27314397	26	3.2	26	63	30	68	32	26	14	25	1.95
27314311--27314550	50	4.8	50	77	3	248	29	25	18	27	1.98
27314370--27314553	101	1.8	101	86	0	269	29	24	19	27	1.98
27324957--27325011	17	3.3	17	67	23	53	43	3	0	52	1.18
27324953--27325056	31	3.3	32	89	7	153	40	4	0	54	1.21
27324953--27325056	30	3.4	31	90	5	149	40	4	0	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27325061--27325120	27	2.2	29	80	17	83	53	1	0	45	1.10
27326497--27326527	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
27326711--27326761	9	5.4	9	79	6	57	80	1	1	15	0.89
27327436--27327481	20	2.2	21	85	14	60	28	2	0	69	1.00
27333798--27333850	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
27334711--27334763	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
27333170--27335781	913	2.9	913	98	0	5028	30	14	22	32	1.93
27335624--27335676	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
27335924--27336347	137	3.1	137	98	0	821	24	18	25	31	1.98
27341137--27341189	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
27341437--27341723	137	2.1	137	97	0	538	24	19	24	31	1.98
27342191--27342322	66	2.0	66	95	0	237	21	15	37	25	1.93
27342754--27342799	14	3.4	14	81	3	58	47	28	0	23	1.52
27342739--27342779	21	2.0	21	85	0	55	41	29	2	26	1.69
27342763--27342836	21	3.6	21	70	21	57	48	31	0	20	1.50
27344646--27344698	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
27346183--27346472	26	11.2	26	99	0	571	35	26	7	30	1.84
27347891--27347964	37	2.0	37	97	0	139	16	31	18	33	1.93
27352753--27352794	16	2.6	16	96	0	75	4	30	4	59	1.39
27352852--27352933	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
27354406--27354524	41	2.9	43	85	6	156	35	25	21	18	1.95
27354621--27354678	27	2.1	29	87	6	84	51	18	1	27	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27359259--27359422	43	3.8	43	80	2	161	33	24	14	27	1.94
27361753--27361797	22	2.0	22	91	8	74	33	6	6	53	1.53
27361972--27362019	20	2.4	21	75	6	55	20	2	33	43	1.64
27363584--27363645	22	2.9	22	81	15	60	58	6	3	32	1.40
27363955--27364017	3	20.7	3	75	15	58	60	1	1	36	1.16
27363956--27364026	18	3.9	17	78	9	61	61	1	2	33	1.19
27364064--27364123	14	4.2	15	74	22	58	58	0	1	40	1.08
27364066--27364128	21	3.0	20	78	15	74	57	0	3	39	1.15
27365881--27365915	14	2.6	13	86	8	52	48	8	14	28	1.73
27365762--27366016	88	2.9	88	77	6	228	39	19	12	28	1.88
27366277--27366506	3	77.3	3	85	10	312	31	1	1	65	1.13
27366433--27366478	20	2.3	20	85	7	58	32	2	6	58	1.36
27366499--27366543	23	2.0	22	82	4	54	17	11	4	66	1.38
27370586--27370695	43	2.6	42	84	7	132	26	17	24	31	1.97
27371368--27371485	43	2.7	43	97	0	218	23	19	32	24	1.98
27377506--27377633	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
27377539--27377616	39	2.0	39	97	0	147	32	0	21	46	1.52
27377506--27377633	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
27377753--27378670	241	3.8	241	97	0	1694	33	14	17	34	1.90
27381949--27381984	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
27386263--27386343	35	2.3	36	95	2	146	35	14	12	37	1.84
27386263--27386351	17	4.9	19	86	10	134	35	15	11	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27389608--27389654	24	2.0	24	87	8	69	59	2	4	34	1.29
27390022--27390058	14	2.4	16	86	8	51	64	0	5	29	1.15
27390105--27390200	12	7.8	12	73	14	79	62	1	3	33	1.18
27401964--27402025	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
27402037--27402077	17	2.3	18	76	16	50	70	0	4	24	1.06
27405090--27405276	6	30.3	6	70	17	107	48	14	17	19	1.82
27405113--27405185	37	2.0	37	86	0	101	50	15	15	19	1.78
27405141--27405276	25	5.7	25	77	11	151	47	14	18	19	1.83
27405166--27405273	43	2.5	43	80	4	128	45	15	19	19	1.86
27405132--27405276	68	2.1	68	93	0	245	48	14	17	20	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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