genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27696609--27696634	13	2.0	13	100	0	52	15	46	7	30	1.74
27712140--27712166	12	2.2	12	100	0	54	29	7	0	62	1.22
27714024--27714093	36	1.9	36	97	0	131	42	24	7	25	1.80
27714220--27714282	23	2.7	24	78	4	76	50	15	19	14	1.77
27716675--27716863	47	4.0	47	100	0	378	32	4	14	48	1.63
27722730--27722898	31	5.5	31	88	0	257	30	18	24	26	1.98
27722904--27722932	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
27722930--27723061	47	2.8	48	86	3	178	28	14	25	31	1.95
27726949--27727006	9	6.6	9	76	11	66	18	1	0	79	0.82
27726949--27727036	6	14.3	6	73	17	74	17	3	1	78	0.95
27726949--27727030	21	3.8	20	78	10	83	17	3	1	78	0.97
27726945--27727030	33	2.7	32	74	13	86	16	5	1	76	1.03
27727023--27727102	36	2.2	37	84	8	103	17	3	11	67	1.36
27729808--27729939	52	2.6	51	85	2	167	25	15	27	32	1.95
27729808--27730090	51	5.5	51	77	4	171	26	16	25	31	1.97
27735554--27735622	28	2.4	29	85	2	86	21	15	17	44	1.86
27743435--27743488	20	2.7	20	75	11	56	57	0	0	42	0.98
27745991--27746073	34	2.4	34	86	7	116	37	8	4	49	1.55
27748870--27748900	15	2.1	15	100	0	62	16	32	0	51	1.44
27761427--27761524	20	4.9	20	74	9	76	38	22	25	13	1.90
27768951--27769028	19	4.3	18	72	16	54	66	2	3	26	1.22
27771910--27771953	22	2.0	22	100	0	88	31	18	27	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27776362--27776438	38	2.0	38	97	0	145	27	14	18	40	1.89
27784144--27785017	30	29.1	30	98	0	1685	43	6	23	26	1.78
27789593--27789670	15	5.2	15	67	11	61	44	7	21	25	1.79
27789589--27789670	30	2.7	30	94	0	137	46	7	21	24	1.77
27793884--27793936	20	2.7	20	79	5	63	66	3	1	28	1.20
27793986--27794026	19	2.2	19	86	0	55	60	0	9	29	1.28
27797894--27797934	18	2.3	18	87	8	57	26	4	0	68	1.10
27800046--27800076	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
27803033--27803852	44	18.1	44	70	11	368	28	20	17	33	1.95
27803321--27803852	140	3.8	139	80	4	544	28	19	17	33	1.95
27803044--27803852	229	3.5	226	76	6	652	28	20	17	33	1.95
27803644--27803853	90	2.4	89	82	4	253	28	23	18	30	1.98
27804154--27804222	34	2.0	34	94	0	120	40	23	15	20	1.91
27805273--27805338	34	1.9	34	96	0	123	19	24	7	48	1.75
27812176--27812228	3	17.7	3	92	0	70	60	1	5	32	1.31
27813240--27813277	15	2.5	15	100	0	76	7	0	44	47	1.32
27813471--27813657	44	4.4	41	74	10	160	28	20	21	28	1.98
27813501--27813698	44	4.6	43	74	7	168	27	22	19	30	1.98
27813471--27813790	129	2.5	129	85	4	403	26	22	21	29	1.99
27813580--27813876	87	3.4	85	78	7	237	26	22	20	30	1.98
27813585--27813961	44	8.8	42	70	13	209	26	22	20	30	1.98
27826771--27826820	3	16.7	3	91	0	64	60	2	6	32	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27827761--27827854	35	2.7	35	93	1	152	18	9	54	18	1.70
27827866--27827918	15	3.5	15	100	0	106	7	0	45	47	1.31
27827868--27827910	8	5.6	8	78	10	54	4	0	48	46	1.22
27828112--27828298	44	4.4	41	74	10	160	28	20	21	28	1.98
27828142--27828339	44	4.6	43	74	7	168	27	22	19	30	1.98
27828112--27828431	129	2.5	129	84	5	396	26	21	21	30	1.99
27828310--27828601	44	6.8	43	73	10	140	26	21	21	30	1.98
27828221--27828517	87	3.4	85	78	7	237	26	21	20	30	1.98
27828221--27828432	44	4.9	44	72	5	164	25	23	20	30	1.99
27829774--27829811	15	2.5	15	100	0	76	7	0	44	47	1.32
27848330--27848374	3	15.0	3	95	0	81	33	2	0	64	1.06
27849042--27849109	8	8.8	8	71	12	52	39	2	1	55	1.24
27849047--27849107	22	2.6	24	82	5	72	40	1	1	55	1.19
27849069--27849108	15	2.5	16	84	8	55	35	2	0	62	1.09
27850630--27850675	20	2.2	21	84	7	58	69	6	6	17	1.32
27852322--27852357	17	2.1	17	89	0	54	30	2	5	61	1.33
27852529--27852570	15	2.8	16	82	13	54	69	0	0	30	0.89
27852537--27852591	21	2.6	22	82	5	60	61	1	0	36	1.06
27852818--27852844	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27852964--27853003	16	2.5	16	88	8	55	10	55	2	32	1.47
27861484--27861508	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
27866735--27866767	13	2.4	14	85	10	50	78	0	3	18	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27866780--27866842	22	2.9	22	92	0	108	36	52	0	11	1.37
27866798--27866866	35	2.0	35	94	0	120	34	53	1	10	1.44
27867233--27867281	3	16.0	3	78	4	53	28	2	2	67	1.13
27867233--27867274	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
27869924--27869970	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
27870103--27870153	24	2.1	24	85	7	68	50	15	23	9	1.73
27873571--27873674	53	2.0	52	83	5	129	20	14	11	53	1.71
27874633--27875121	205	2.4	205	90	0	773	30	18	21	29	1.97
27875146--27876264	132	8.5	132	92	0	1828	31	18	24	26	1.97
27877308--27877474	84	2.0	84	98	0	325	35	12	21	30	1.91
27877795--27877827	13	2.4	14	85	10	50	78	0	3	18	0.87
27877840--27877902	22	2.9	22	92	0	108	36	52	0	11	1.37
27877858--27877926	35	2.0	35	94	0	120	34	53	1	10	1.44
27878293--27878341	3	16.0	3	78	4	53	28	2	2	67	1.13
27878293--27878334	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
27879112--27879181	35	2.0	35	91	0	113	25	17	8	48	1.75
27880013--27880045	10	3.4	10	87	4	50	48	0	0	51	1.00
27881235--27881281	20	2.3	20	100	0	94	27	0	17	55	1.42
27881668--27881780	45	2.5	44	87	5	163	20	17	19	42	1.89
27881758--27881801	6	7.2	6	79	5	52	18	18	18	45	1.86
27883859--27883891	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
27884959--27885051	28	3.3	28	90	0	150	36	25	6	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27885157--27885246	27	3.2	27	81	7	101	17	24	25	32	1.97
27885157--27885271	55	2.1	56	80	8	128	17	24	23	34	1.96
27888594--27888674	32	2.4	33	75	6	83	37	38	9	14	1.80
27891324--27891352	7	4.1	7	100	0	58	55	0	0	44	0.99
27892504--27892547	23	1.9	24	86	9	65	56	2	4	36	1.32
27892801--27892858	30	1.9	31	85	3	82	27	13	12	46	1.79
27892818--27892930	60	1.9	60	83	3	147	25	16	10	46	1.79
27907301--27907337	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
27908676--27908712	18	2.1	18	89	0	56	21	8	18	51	1.72
27911746--27911770	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
27912825--27912878	25	2.2	24	81	18	58	40	0	5	53	1.24
27915932--27916181	125	2.0	126	86	0	349	29	15	16	38	1.89
27916252--27916337	34	2.8	29	75	17	91	41	17	1	39	1.57
27916258--27916333	34	2.2	35	86	9	104	40	15	1	42	1.56
27916364--27916400	17	2.1	18	90	5	58	43	13	0	43	1.44
27916372--27916413	22	1.9	22	95	0	75	42	11	0	45	1.41
27916470--27916547	41	1.9	41	91	0	129	42	17	0	39	1.50
27916513--27916583	34	2.1	34	81	5	81	46	16	0	36	1.48
27921680--27921783	55	1.9	55	88	7	158	46	2	0	50	1.23
27925026--27925051	10	2.6	10	100	0	52	19	19	0	61	1.35
27927393--27927440	15	3.3	15	76	2	53	45	0	8	45	1.33
27927982--27928067	44	2.0	44	100	0	172	36	2	16	45	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27937814--27938856	49	21.5	49	93	2	1645	23	21	32	22	1.98
27945345--27945571	43	5.2	43	88	1	310	25	20	29	25	1.99
27945643--27945701	31	1.9	31	85	0	82	55	20	5	18	1.61
27946404--27946432	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
27951484--27951580	9	11.0	9	73	10	67	36	1	16	46	1.54
27951848--27952221	105	3.4	105	88	8	559	56	4	5	34	1.41
27952019--27952060	13	3.4	13	81	18	54	66	0	0	33	0.92
27952025--27952079	21	2.8	20	81	13	60	60	3	0	36	1.15
27951923--27952221	115	2.6	114	86	8	412	57	4	4	34	1.38
27969181--27969248	34	2.0	34	97	0	127	44	10	2	42	1.53

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