genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23210845--23210899	27	2.0	28	96	3	103	29	5	14	50	1.65
23211432--23211532	40	2.5	40	79	4	114	41	18	5	33	1.75
23211448--23211693	20	12.4	18	67	20	93	40	17	6	35	1.74
23211586--23211693	40	2.7	40	81	7	114	40	17	6	35	1.75
23211843--23211995	20	7.7	20	73	15	79	38	16	4	40	1.69
23211843--23211965	39	3.1	41	80	13	134	38	16	4	40	1.70
23211969--23212037	20	3.5	20	78	9	70	37	18	7	36	1.79
23212123--23212193	29	2.4	29	95	0	124	40	11	8	39	1.71
23212640--23212728	20	4.5	20	78	1	81	41	12	2	43	1.54
23214813--23214850	15	2.4	16	86	8	51	31	0	0	68	0.90
23215090--23215200	26	4.2	25	76	16	84	45	0	3	50	1.25
23215090--23215143	25	2.2	24	90	6	81	42	0	1	55	1.10
23215094--23215138	12	3.6	12	80	11	54	46	0	2	51	1.13
23215654--23216324	336	2.0	335	91	0	1063	36	17	19	26	1.94
23219292--23219597	153	2.0	153	96	0	558	33	8	19	38	1.82
23220271--23220337	31	2.2	31	83	0	80	56	17	5	19	1.61
23220585--23220660	21	3.6	21	84	7	109	1	51	18	28	1.54
23221074--23221102	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
23223159--23223263	39	2.7	39	95	0	183	30	20	24	23	1.99
23223506--23223535	2	15.0	2	92	0	51	3	0	46	50	1.18
23229368--23229626	9	28.7	9	77	8	186	36	2	13	47	1.56
23229375--23229613	44	5.3	43	83	6	208	36	2	13	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23229465--23229508	23	2.0	22	90	0	61	36	6	11	43	1.67
23229736--23229820	14	5.9	15	75	8	95	54	0	1	44	1.07
23229748--23229820	29	2.6	29	93	2	121	52	0	1	46	1.09
23229993--23230039	24	2.0	24	95	0	85	42	8	21	27	1.81
23230087--23230284	64	3.1	64	94	0	342	45	2	12	39	1.55
23231040--23231136	40	2.4	40	94	0	176	59	14	12	13	1.61
23231446--23231488	21	2.0	21	82	8	52	58	9	0	32	1.30
23231834--23232350	259	2.0	259	98	0	989	42	21	10	25	1.84
23234754--23234787	13	2.5	13	85	4	50	44	23	0	32	1.54
23234901--23234943	19	2.3	19	100	0	86	48	23	0	27	1.51
23235664--23235798	40	3.3	41	86	8	179	26	22	20	31	1.98
23241382--23241490	51	2.1	51	86	3	157	29	33	18	19	1.95
23245447--23245479	2	17.0	2	87	6	50	45	0	3	51	1.16
23253144--23253240	49	2.0	49	91	0	158	42	10	19	27	1.84
23257959--23257983	12	2.1	12	100	0	50	16	16	20	48	1.82
23257961--23258070	45	2.4	45	84	3	150	18	15	20	46	1.84
23258051--23258081	6	5.2	6	100	0	62	16	16	16	51	1.77
23258257--23258459	18	11.3	18	78	6	162	36	12	13	37	1.83
23258511--23258545	18	1.9	18	94	0	61	34	8	20	37	1.83
23258513--23258558	18	2.6	18	86	3	58	34	8	17	39	1.80
23259943--23260074	57	2.3	57	81	5	160	27	12	6	53	1.64
23259977--23260104	57	2.2	57	81	2	141	34	12	5	47	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23262795--23262882	43	2.0	43	97	0	167	19	18	18	44	1.87
23265488--23265545	27	2.1	27	84	12	75	22	12	13	51	1.74
23266421--23266515	47	2.0	47	91	0	154	50	13	6	29	1.66
23267676--23267739	21	3.3	19	79	10	67	65	4	1	28	1.21
23267695--23267737	21	2.1	20	91	4	68	72	4	0	23	1.04
23272990--23273167	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23273011--23273166	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23281180--23281357	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23281201--23281356	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23284595--23284741	22	6.6	22	68	13	70	5	5	29	59	1.42
23284662--23284734	33	2.2	33	85	0	92	4	4	31	60	1.34
23284705--23284763	11	5.4	11	83	0	64	10	8	22	59	1.56
23284678--23284749	33	2.2	33	84	0	90	6	6	29	56	1.52
23284694--23284763	22	3.2	22	83	0	77	8	7	22	61	1.49
23285792--23285824	12	3.0	11	91	8	50	27	0	6	66	1.15
23293567--23293884	124	2.6	124	81	2	361	25	17	25	31	1.97
23294522--23294563	22	1.9	22	100	0	84	50	9	14	26	1.73
23294583--23294627	16	2.8	16	82	3	54	42	0	0	57	0.98
23294765--23294811	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
23308634--23308694	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
23310943--23310978	17	2.1	18	89	5	56	69	0	11	19	1.18
23317537--23317604	25	2.7	25	84	13	95	20	25	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23318808--23318967	44	3.7	42	87	5	223	29	15	25	30	1.95
23318808--23318967	85	1.9	86	85	6	227	29	15	25	30	1.95
23326626--23326713	43	2.0	43	88	0	131	17	20	34	28	1.95
23329265--23329345	40	2.0	40	82	0	99	29	2	11	56	1.47
23329387--23329487	34	3.0	33	84	8	123	18	10	9	60	1.57
23333042--23333084	23	1.9	23	86	13	63	44	6	11	37	1.68
23334073--23334106	6	5.7	6	89	0	50	41	17	5	35	1.74
23338333--23338473	52	2.7	52	84	6	187	40	19	25	14	1.90
23339692--23339790	43	2.3	43	79	10	103	31	15	26	27	1.95
23339591--23340565	178	5.5	178	92	0	1517	30	18	24	26	1.98
23339869--23339968	43	2.3	45	83	13	120	31	14	25	30	1.94
23340047--23340146	43	2.3	45	83	13	120	31	14	25	30	1.94
23351192--23351583	199	2.0	193	85	4	516	33	17	14	34	1.90
23352082--23352575	247	2.0	247	100	0	988	25	25	10	39	1.87
23352562--23352651	27	3.3	27	84	0	126	17	23	14	44	1.86
23352766--23352837	27	2.7	27	91	0	99	30	29	12	27	1.93
23360993--23361093	50	2.0	50	100	0	202	30	15	25	27	1.96
23361220--23361327	50	2.1	50	96	1	198	15	13	27	42	1.85
23362773--23362860	42	2.1	42	97	0	167	39	15	25	19	1.91
23364183--23364337	54	2.9	52	81	7	179	43	18	23	14	1.86
23375747--23375836	44	2.0	44	95	0	162	45	7	27	18	1.77
23376063--23376214	53	2.8	52	84	5	189	44	17	23	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23376063--23376213	54	2.9	50	83	8	176	44	17	23	14	1.86
23377319--23378118	178	4.5	178	95	0	1343	29	19	24	27	1.98
23377597--23377690	43	2.1	46	83	14	119	31	11	25	30	1.91
23377964--23378052	43	2.0	45	83	12	114	34	12	25	26	1.92
23380944--23381318	186	2.0	188	97	1	718	33	12	17	36	1.87
23389330--23389726	199	2.0	198	87	1	562	34	17	14	34	1.90
23390042--23390461	211	2.0	211	95	0	759	25	20	13	40	1.89
23390669--23390758	27	3.3	27	84	0	126	17	23	14	44	1.86
23390873--23390944	27	2.7	27	91	0	99	30	29	12	27	1.93
23393314--23394001	134	5.2	133	81	5	710	32	16	12	38	1.87
23393984--23394015	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88
23395513--23395550	13	2.9	13	100	0	76	23	15	21	39	1.92
23396591--23396701	42	2.6	42	81	2	134	29	15	24	30	1.95
23398129--23398166	18	2.1	19	85	14	53	34	7	15	42	1.76
23410397--23410546	77	1.9	77	94	2	266	24	16	29	29	1.97
23412168--23412534	130	2.8	131	81	5	397	30	16	17	35	1.92
23412315--23412570	130	2.0	132	81	6	306	30	17	16	35	1.92
23428871--23429162	44	6.6	44	90	1	433	30	15	29	24	1.95
23430698--23431064	130	2.8	131	81	5	397	30	16	17	35	1.92
23430845--23431100	130	2.0	132	81	6	306	30	17	16	35	1.92
23438701--23438726	8	3.2	8	100	0	52	53	23	0	23	1.46
23439466--23439549	9	8.7	9	73	12	69	58	2	3	35	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23449750--23449786	19	1.9	19	94	0	65	13	24	10	51	1.73
23449564--23449984	216	1.9	216	94	0	743	31	22	16	29	1.96
23450654--23450734	42	1.9	42	94	0	144	27	23	13	35	1.92
23455688--23455722	16	2.2	16	89	0	52	68	2	0	28	1.04
23462137--23462196	27	2.3	26	80	5	66	13	23	21	41	1.88
23462312--23462375	33	1.9	33	87	0	92	28	23	23	25	2.00
23466071--23466131	18	3.2	18	69	22	52	59	14	1	24	1.45
23477283--23477357	40	1.9	40	91	2	125	25	8	2	64	1.34
23482906--23482945	20	1.9	22	85	10	57	60	0	2	37	1.11
23483590--23483619	10	3.0	10	95	0	51	16	0	43	40	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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