genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25109179--25109237	29	2.0	29	96	0	109	44	6	13	35	1.71
25113240--25113301	1	62.0	1	95	0	106	96	0	1	1	0.24
25118277--25118305	13	2.2	13	100	0	58	13	0	0	86	0.58
25118451--25118622	83	2.1	83	97	0	326	24	29	21	25	1.99
25120399--25120454	2	29.0	2	74	25	50	48	3	1	46	1.30
25120388--25120432	22	2.0	22	91	0	72	55	0	2	42	1.12
25120946--25121020	32	2.4	30	80	12	80	53	4	0	42	1.19
25121031--25121161	70	1.9	70	90	0	208	27	9	16	45	1.79
25127186--25127288	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
25127270--25127343	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
25127654--25127836	40	4.6	40	79	5	158	26	21	26	25	2.00
25131249--25131534	47	6.1	47	94	0	482	33	9	29	28	1.88
25131653--25132493	37	22.7	37	99	0	1646	24	18	29	26	1.98
25133762--25134159	40	9.9	40	98	0	728	24	20	28	26	1.99
25135945--25135969	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
25138361--25138579	37	5.9	37	90	1	341	22	19	30	26	1.98
25138361--25138572	74	2.9	74	98	1	408	23	18	30	26	1.98
25141540--25141604	32	2.0	32	84	0	85	40	9	30	20	1.83
25143055--25143110	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
25143793--25143932	27	5.2	27	82	13	182	17	24	23	34	1.96
25143793--25143950	27	5.9	26	83	8	149	18	24	22	34	1.96
25143790--25143932	53	2.7	54	93	4	245	17	24	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25158598--25158709	46	2.5	46	85	11	151	25	31	18	24	1.98
25164964--25165008	20	2.2	20	88	0	63	48	0	13	37	1.42
25173192--25173250	23	2.6	23	83	0	64	25	18	11	44	1.84
25181103--25181163	30	2.1	29	90	3	95	24	16	21	37	1.93
25185625--25185809	40	4.7	40	80	7	191	24	21	27	26	1.99
25185626--25185832	79	2.6	79	76	12	201	25	21	27	26	1.99
25192239--25193153	49	18.8	49	97	0	1714	32	8	28	30	1.86
25193260--25193338	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
25193504--25193531	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
25198892--25198926	3	11.7	3	93	0	61	31	2	0	65	1.07
25200657--25200718	26	2.3	27	81	10	83	35	27	8	29	1.85
25200825--25200930	27	3.9	27	87	2	142	20	24	19	34	1.96
25200827--25200935	55	2.0	54	87	5	157	21	22	19	36	1.95
25216508--25216632	40	3.2	40	81	5	146	23	23	27	26	2.00
25216860--25216901	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
25218456--25218526	34	2.1	34	89	5	108	26	22	26	23	2.00
25227378--25227560	55	3.4	52	74	8	152	19	24	18	37	1.94
25227905--25227962	30	1.9	30	89	0	89	29	25	8	36	1.86
25229020--25229266	122	2.0	122	91	1	397	39	15	11	33	1.83
25231242--25231279	13	2.9	13	100	0	76	15	23	39	21	1.92
25235328--25235431	55	1.9	55	83	0	136	28	29	25	15	1.96
25235328--25235452	55	2.3	55	81	0	133	28	31	25	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25251543--25251610	33	2.0	34	85	2	93	23	26	22	27	1.99
25251994--25252217	27	8.3	27	81	5	186	26	20	18	34	1.95
25251994--25252217	54	4.2	53	85	6	263	26	20	18	34	1.95
25252012--25252216	107	1.9	107	87	2	304	25	19	19	35	1.95
25252254--25252516	132	2.0	132	95	0	472	30	28	20	20	1.98
25258662--25258716	11	5.1	11	77	4	58	29	16	20	34	1.94
25258662--25258718	21	2.6	21	78	13	62	28	15	21	35	1.94
25268106--25268283	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25268127--25268282	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25283453--25283714	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
25286830--25287621	95	8.4	95	84	1	890	29	18	13	38	1.89
25296791--25296824	11	3.2	10	88	12	50	8	0	29	61	1.26
25300697--25300777	32	2.6	32	84	7	103	44	8	12	34	1.73
25300697--25300784	31	2.8	31	84	8	106	43	10	11	35	1.75
25303272--25303371	41	2.4	41	93	0	164	28	24	24	24	2.00
25304217--25304276	26	2.3	26	81	13	70	50	0	0	50	1.00
25311061--25311105	16	2.8	16	93	0	72	64	0	11	24	1.26
25311599--25311658	20	3.0	20	72	18	70	46	23	5	25	1.72
25319557--25319623	24	2.8	24	76	0	71	38	20	20	19	1.93
25330974--25331017	23	1.9	23	86	9	63	36	15	25	22	1.94
25333095--25333199	24	4.4	24	71	3	68	40	20	20	19	1.91
25335606--25335639	18	1.9	17	94	5	59	0	58	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25335699--25335761	25	2.4	27	77	17	71	4	33	1	60	1.27
25338567--25338606	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
25338555--25338621	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
25338646--25338692	23	2.0	23	100	0	94	34	19	4	42	1.70
25340264--25340330	27	2.5	27	92	4	109	16	31	35	16	1.91
25340463--25341182	151	4.8	151	88	3	1049	57	7	6	29	1.51
25340835--25340879	22	2.0	22	82	0	54	57	0	2	40	1.11
25340961--25340996	13	2.8	13	95	4	65	72	2	0	25	0.98
25341460--25341520	27	2.3	27	85	8	88	18	32	27	21	1.96
25341546--25341583	19	2.0	19	89	0	58	13	10	0	76	1.02
25342688--25342718	12	2.6	12	89	0	53	67	0	3	29	1.06
25344698--25344850	33	4.7	33	81	5	132	30	20	15	33	1.93
25344727--25344850	66	1.9	65	83	1	158	31	19	15	33	1.93
25350854--25350893	20	2.0	20	90	4	64	57	0	2	40	1.12
25351285--25351311	8	3.4	8	100	0	54	77	0	11	11	0.99
25352974--25353018	24	1.9	23	95	4	81	46	0	0	53	1.00
25353148--25353203	29	1.9	29	85	7	78	37	3	12	46	1.59
25358180--25358233	27	2.0	27	88	0	81	9	12	22	55	1.65
25367726--25367765	21	1.9	21	89	0	62	22	27	17	32	1.96
25373931--25374023	16	5.6	16	69	23	52	30	3	0	66	1.07
25376128--25376187	16	3.3	18	81	9	70	53	0	0	46	1.00
25377942--25378007	34	1.9	35	84	9	91	56	3	1	39	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25383641--25383695	7	7.4	7	78	10	56	25	1	1	70	1.06
25383641--25383696	15	3.7	15	81	11	62	25	1	1	71	1.05
25384083--25384116	15	2.3	15	100	0	68	41	5	11	41	1.66
25384480--25384543	21	3.0	21	81	4	67	39	39	0	21	1.54
25384521--25384556	15	2.5	14	86	4	54	47	33	0	19	1.50
25384496--25384563	21	3.2	21	79	6	57	45	30	0	23	1.53
25384582--25384626	14	3.2	14	83	0	63	46	31	0	22	1.52
25384721--25384826	7	14.9	7	78	7	72	43	35	0	19	1.58
25384721--25384767	22	2.2	22	85	11	62	44	34	0	21	1.52
25385086--25385269	76	2.4	76	82	1	208	34	19	15	30	1.93
25385409--25385501	40	2.4	39	82	8	100	20	19	20	39	1.92
25391637--25391778	40	3.6	40	88	2	207	25	26	23	24	2.00
25399665--25400046	40	9.6	40	96	0	687	26	26	23	23	2.00
25403553--25403619	17	3.6	19	67	23	52	17	5	1	74	1.09
25403542--25403589	23	2.0	24	84	11	64	16	8	0	75	1.04
25407088--25407139	10	5.1	10	83	2	59	25	5	0	69	1.10
25408048--25408080	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20
25411919--25411957	18	2.1	19	85	4	53	46	2	0	51	1.14
25412303--25412366	32	2.0	33	87	9	96	9	20	0	70	1.14
25412348--25412376	14	2.0	15	93	6	51	6	13	3	75	1.13
25413420--25413466	6	7.5	6	86	9	58	82	0	14	2	0.75
25413422--25413464	10	4.1	10	82	11	59	86	0	11	2	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25413928--25413958	14	2.2	14	94	0	53	54	0	3	41	1.16
25422007--25422037	16	1.9	16	100	0	62	80	6	6	6	1.02
25425708--25425822	46	2.5	45	86	6	144	24	28	19	27	1.98
25427208--25427898	231	3.0	231	98	0	1321	24	26	27	22	2.00
25428920--25429029	40	2.7	40	80	12	116	31	25	16	26	1.96
25431670--25431772	54	1.9	54	100	0	206	27	17	24	31	1.97
25432291--25432323	13	2.5	13	100	0	66	6	21	39	33	1.78
25434754--25434783	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
25436682--25436728	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
25437077--25437320	50	4.9	50	79	3	283	27	17	25	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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