genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1186209--1186391	28	6.5	28	92	1	287	33	26	12	27	1.92
1190495--1190531	19	2.0	18	94	5	65	2	5	10	81	0.96
1197817--1197943	48	2.6	48	91	0	218	35	25	19	19	1.95
1214789--1214948	85	1.9	84	83	6	207	26	23	17	32	1.97
1214789--1214940	42	3.6	42	82	3	180	26	23	17	31	1.97
1222897--1222989	46	2.0	46	95	0	168	39	11	9	38	1.75
1225546--1225623	37	2.1	37	88	4	113	25	30	17	25	1.97
1225742--1225897	47	3.3	47	88	0	231	27	30	9	32	1.89
1229758--1229874	27	4.4	26	81	7	119	35	16	19	28	1.93
1229758--1229874	54	2.2	54	85	1	155	35	16	19	28	1.93
1230222--1230281	28	2.1	28	84	0	75	26	26	23	23	2.00
1235578--1235610	16	2.1	16	100	0	66	36	6	18	39	1.75
1237870--1237921	22	2.4	22	75	18	54	44	26	0	28	1.55
1245074--1245101	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
1250718--1250769	27	2.0	26	84	3	68	17	25	23	34	1.96
1268046--1268438	191	2.1	191	89	0	597	32	13	22	31	1.93
1271000--1271575	47	12.5	47	86	4	259	31	11	29	27	1.92
1271142--1271643	44	11.0	44	85	8	532	31	12	28	27	1.93
1271560--1271632	25	3.2	25	62	22	68	32	15	27	24	1.95
1271567--1271637	22	3.2	23	62	22	60	28	14	29	28	1.95
1271738--1271816	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
1276120--1276287	43	4.0	43	78	7	182	25	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1276132--1276287	84	1.9	84	86	5	226	26	16	27	29	1.97
1278027--1278067	13	3.1	14	80	13	52	21	34	21	21	1.97
1278312--1278368	28	2.0	28	100	0	114	42	21	3	33	1.70
1291625--1291752	48	2.7	49	85	4	181	32	13	21	33	1.92
1291720--1291792	38	1.9	38	94	0	128	27	15	28	28	1.96
1298257--1298320	33	1.9	33	87	0	92	28	26	20	25	1.99
1298507--1298565	27	2.2	26	82	5	73	37	20	20	22	1.95
1298702--1298846	27	5.4	26	84	6	164	26	20	16	36	1.93
1298702--1298846	54	2.7	54	86	4	193	26	20	16	36	1.93
1302781--1302948	27	6.2	27	81	2	185	25	19	17	36	1.94
1302781--1302948	54	3.1	53	87	3	212	25	19	17	36	1.94
1321112--1321335	40	5.6	40	84	6	283	25	26	23	24	2.00
1321112--1321335	83	2.8	80	86	5	301	25	26	23	24	2.00
1332731--1333212	48	10.0	48	92	0	784	38	6	23	31	1.79
1333342--1333455	37	3.1	37	91	2	167	24	16	30	28	1.97
1334721--1335692	40	24.3	40	98	0	1865	23	20	29	27	1.98
1335720--1335887	57	2.9	57	85	0	219	23	16	28	31	1.96
1335752--1335849	29	3.4	29	76	8	101	23	16	29	30	1.96
1335720--1335880	28	5.7	29	71	6	114	22	16	29	31	1.96
1336904--1337002	49	2.0	49	98	0	189	26	24	25	24	2.00
1338608--1339619	48	21.0	48	90	0	1556	39	6	22	31	1.80
1338608--1339619	144	7.0	144	98	0	1871	39	6	22	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1339760--1339862	37	2.8	37	90	0	161	25	19	30	25	1.98
1342894--1343160	40	6.7	40	87	5	407	25	26	22	25	2.00
1342894--1343160	79	3.4	79	92	3	473	25	26	22	25	2.00
1351181--1351995	79	10.3	79	99	0	1621	26	27	22	22	1.99
1354601--1354641	21	1.9	22	85	5	57	39	17	0	43	1.49
1354813--1354840	14	2.0	14	100	0	56	0	28	0	71	0.86
1357824--1357898	37	2.0	37	97	0	141	37	18	17	26	1.93
1361390--1361486	40	2.5	39	81	8	119	31	27	21	18	1.97
1369634--1369693	30	2.0	30	100	0	120	20	30	0	50	1.49
1374370--1374638	46	5.8	48	82	8	308	23	28	18	29	1.98
1374368--1374638	93	2.9	93	86	4	352	23	28	18	29	1.98
1374371--1374677	140	2.2	139	85	7	401	23	28	18	28	1.98
1385563--1385611	24	2.0	24	92	0	80	32	10	20	36	1.86
1396133--1396197	30	2.2	30	86	5	87	23	9	6	61	1.48
1396326--1396464	54	2.6	54	83	4	138	23	5	21	50	1.68
1396281--1396456	13	13.5	13	67	17	73	21	5	21	51	1.68
1396564--1396631	28	2.3	29	76	14	68	26	5	14	52	1.64
1396572--1396796	68	3.3	68	85	3	265	25	2	15	56	1.52
1396570--1396802	9	25.3	9	68	18	74	24	2	15	56	1.52
1396598--1396802	13	15.2	13	67	25	63	24	2	16	56	1.52
1396498--1396796	137	2.2	135	84	3	377	26	2	15	56	1.51
1396723--1396783	30	2.0	30	87	0	86	27	1	13	57	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1396825--1396849	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
1398329--1398396	34	2.0	35	94	2	120	29	7	35	27	1.84
1400932--1401008	20	3.8	20	71	6	66	12	31	19	36	1.90
1401435--1401463	13	2.2	13	100	0	58	37	6	17	37	1.76
1406473--1406519	24	2.0	24	87	8	69	38	12	14	34	1.85
1423142--1423177	14	2.6	14	90	0	54	41	8	22	27	1.82
1423683--1423857	60	2.9	60	81	9	189	26	29	20	24	1.99
1427974--1428012	12	3.2	12	88	3	51	71	5	0	23	1.05
1428593--1428686	46	2.0	46	100	0	188	26	20	23	29	1.99
1449668--1449972	76	4.0	76	99	0	592	19	11	18	50	1.77
1451175--1451246	37	1.9	37	88	0	108	43	13	18	25	1.86
1451257--1451355	45	2.2	45	81	3	119	43	14	19	23	1.87
1457323--1457416	48	2.0	48	85	8	129	39	27	13	19	1.89
1464848--1464885	20	1.9	19	89	5	58	73	2	7	15	1.17
1469095--1469981	444	2.0	444	99	0	1756	34	20	13	31	1.91
1473064--1473141	39	1.9	42	84	7	108	7	26	5	60	1.45
1477266--1477403	73	1.9	73	90	0	222	28	16	13	41	1.86
1480266--1480311	22	2.1	22	84	8	58	36	4	2	56	1.31
1483032--1483147	53	2.2	53	81	7	128	21	22	28	27	1.99
1488081--1488416	43	7.7	43	71	13	249	35	23	22	18	1.96
1488060--1488398	87	3.9	87	94	0	579	35	23	23	17	1.95
1488058--1488369	44	7.2	44	70	13	250	35	23	24	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1489161--1489198	7	5.4	7	100	0	76	0	13	28	57	1.36
1490230--1490306	3	25.7	3	70	10	50	28	6	5	59	1.44
1494816--1494854	19	2.0	20	85	5	53	56	0	5	38	1.22
1494856--1494894	17	2.3	17	86	0	51	43	5	5	46	1.48
1494945--1495024	18	4.6	18	69	21	62	61	1	0	37	1.04
1494993--1495136	71	2.0	71	90	0	225	49	3	3	43	1.36
1495202--1495264	17	3.6	18	77	12	69	52	1	1	44	1.20
1495232--1495272	17	2.4	17	91	0	64	51	0	7	41	1.30
1495892--1495934	20	2.1	20	83	12	52	37	2	4	55	1.33
1497497--1497597	30	3.4	30	77	12	100	26	25	18	28	1.98
1497497--1497566	29	2.4	30	83	7	90	30	24	17	28	1.97
1500855--1500905	12	3.8	13	77	22	52	50	0	0	49	1.00
1500856--1500945	29	3.0	28	78	16	76	56	1	0	42	1.06
1500906--1500954	23	2.2	22	85	3	62	65	2	0	32	1.04
1500987--1501049	10	6.8	9	73	20	58	65	1	0	33	1.03
1501120--1501159	21	2.0	20	85	14	55	52	0	0	47	1.00
1501165--1501229	23	2.9	22	77	6	67	46	4	1	47	1.32
1504546--1504598	26	2.0	26	100	0	106	43	18	3	33	1.68
1504791--1504849	27	2.1	29	90	6	95	38	0	0	61	0.96
1506789--1506847	3	20.0	3	75	3	57	61	0	8	30	1.26
1507077--1507119	18	2.4	18	80	0	50	58	9	6	25	1.54
1520667--1520720	28	2.0	28	85	3	74	64	3	3	27	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1520788--1520829	20	2.1	20	82	8	50	69	4	2	23	1.20
1520820--1520857	18	2.2	18	85	4	51	71	2	0	26	1.00
1522292--1522324	17	1.9	17	93	0	57	33	24	9	33	1.87
1523557--1523617	14	4.1	15	77	10	54	27	0	1	70	0.97
1523570--1523616	14	3.4	14	84	0	67	27	0	0	72	0.85
1523559--1523611	7	7.0	8	80	8	58	32	0	1	66	1.03
1523569--1523631	28	2.2	28	77	0	72	25	0	3	71	1.01
1524215--1524278	7	9.0	7	75	3	56	46	26	3	23	1.67
1524212--1524262	15	3.5	15	78	5	59	47	29	1	21	1.62
1524500--1524746	41	6.0	41	86	0	316	19	23	23	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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