genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14209363--14209387	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
14210262--14210289	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
14211372--14211409	18	2.2	18	85	4	51	23	10	5	60	1.50
14219887--14219926	6	6.5	6	82	5	53	80	0	2	17	0.83
14219890--14219919	14	2.2	14	94	5	53	83	0	3	13	0.77
14222276--14222333	28	2.1	28	93	0	98	18	17	24	39	1.92
14239649--14239769	61	2.0	61	86	0	170	33	14	23	28	1.94
14240704--14240845	73	1.9	73	97	0	266	16	21	28	33	1.95
14247963--14247992	10	3.0	10	95	0	51	40	6	40	13	1.71
14251015--14251085	36	2.0	34	82	15	83	61	1	5	30	1.27
14265234--14265372	37	3.8	37	93	0	224	26	31	17	24	1.97
14265491--14265979	47	10.4	47	97	0	906	27	30	8	33	1.86
14265541--14265619	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
14269439--14269756	40	8.0	39	87	3	384	26	27	20	25	1.99
14269439--14269765	120	2.7	119	85	3	424	26	27	20	26	1.99
14270140--14270233	47	2.0	47	97	0	179	25	22	21	30	1.98
14278478--14278594	53	2.2	53	79	0	126	17	25	15	41	1.88
14280509--14280560	16	3.2	17	78	13	65	28	0	3	67	1.08
14281337--14281377	21	2.0	21	85	4	57	48	2	0	48	1.14
14282638--14282793	78	2.0	78	94	0	276	25	19	12	42	1.85
14287119--14287159	21	2.0	20	85	4	55	36	21	17	24	1.94
14291284--14291640	89	4.0	89	98	0	687	32	8	24	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14295318--14295457	75	1.9	75	95	3	255	39	12	18	30	1.87
14297014--14297225	27	7.6	27	78	7	111	34	23	8	33	1.84
14297000--14297127	54	2.4	54	85	0	148	32	24	8	35	1.86
14297096--14297162	33	2.0	33	91	0	107	29	20	7	41	1.80
14297025--14297160	54	2.4	54	86	7	173	29	23	8	38	1.83
14297069--14297187	60	2.0	60	81	0	139	31	21	8	38	1.83
14297153--14297365	54	4.0	54	80	2	223	40	20	9	30	1.84
14297139--14297365	27	8.4	26	76	8	177	39	21	9	30	1.84
14297230--14297384	54	2.9	53	78	7	152	40	18	10	30	1.84
14297397--14297448	27	1.9	27	85	14	72	42	11	11	34	1.77
14297502--14297566	27	2.4	27	82	5	78	36	18	24	20	1.94
14298156--14298186	14	2.2	14	100	0	62	41	25	6	25	1.79
14298382--14298556	26	6.8	26	89	0	255	26	21	22	29	1.99
14298382--14298556	52	3.4	52	93	1	291	26	21	22	29	1.99
14298701--14298788	42	2.1	42	91	0	140	30	13	19	36	1.90
14302692--14302730	17	2.3	17	95	0	69	20	5	15	58	1.55
14302914--14303056	72	2.0	71	94	1	250	29	16	17	36	1.92
14305458--14305508	26	2.0	25	92	3	84	19	19	9	50	1.75
14313987--14314361	188	2.0	188	94	1	662	36	15	16	32	1.89
14315031--14315069	13	3.0	13	88	0	60	15	25	30	28	1.96
14324897--14324961	34	1.9	34	90	0	103	20	20	21	38	1.94
14341826--14341977	67	2.3	67	100	0	304	28	9	11	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14342940--14342969	15	2.1	14	93	6	51	30	6	23	40	1.80
14345173--14345210	14	2.7	14	88	8	51	42	5	21	31	1.75
14345674--14345725	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
14345758--14345797	13	2.8	16	82	17	52	45	2	0	52	1.14
14357751--14357800	25	2.0	25	100	0	100	32	16	12	40	1.84
14357996--14358041	20	2.3	20	88	7	67	52	2	2	43	1.25
14361518--14361581	23	2.7	23	87	4	83	17	0	28	54	1.43
14362231--14362604	126	3.0	127	87	3	506	34	18	21	25	1.96
14366075--14366117	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
14366699--14366723	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
14366699--14366743	14	3.2	14	87	12	58	57	13	0	28	1.36
14366719--14366750	7	4.6	7	96	0	55	59	9	0	31	1.29
14366294--14367174	451	2.0	451	93	0	1501	30	21	17	30	1.96
14367150--14368000	7	121.6	7	100	0	1702	57	14	0	28	1.38
14368990--14369125	48	2.8	48	85	5	159	54	6	8	30	1.57
14369265--14369322	11	5.4	11	72	4	55	37	1	17	43	1.59
14377748--14377896	40	3.7	40	90	3	246	22	28	24	25	1.99
14392370--14392394	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
14401031--14401097	29	2.3	29	81	2	71	44	5	20	28	1.75
14403019--14403201	43	4.3	43	81	4	210	30	28	16	25	1.97
14403221--14403274	22	2.4	22	79	14	65	35	1	3	59	1.26
14412185--14412351	27	6.2	27	91	3	230	34	22	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14412185--14412353	54	3.1	54	91	1	259	34	23	24	18	1.96
14413971--14414054	26	3.2	26	93	0	141	34	23	7	34	1.82
14416020--14416189	40	4.2	40	93	1	252	24	24	25	25	2.00
14423797--14423902	40	2.7	41	82	5	137	25	24	26	23	2.00
14425239--14425282	19	2.4	18	92	7	79	45	13	2	38	1.56
14429409--14429544	47	2.9	46	83	8	175	33	25	14	27	1.95
14429439--14429544	47	2.2	47	93	1	176	35	23	12	28	1.91
14429491--14429652	54	3.0	53	84	1	200	32	26	14	25	1.95
14438890--14438945	26	2.2	26	83	0	67	57	12	12	17	1.66
14441522--14441563	19	2.2	19	100	0	84	45	11	16	26	1.82
14442800--14442860	31	2.0	30	81	15	72	50	22	8	18	1.73
14443395--14443459	18	3.6	18	87	0	85	21	6	9	63	1.46
14443402--14443461	12	5.0	12	80	8	59	23	5	8	63	1.42
14443479--14443555	18	4.3	18	79	9	77	23	6	15	54	1.64
14443471--14443574	6	17.8	6	72	5	61	21	5	17	55	1.62
14443666--14443798	64	2.1	64	94	0	230	23	12	16	47	1.81
14443738--14443846	48	2.3	48	91	0	173	27	13	16	42	1.86
14444215--14444373	41	3.9	41	86	4	171	37	22	21	18	1.95
14444235--14444373	41	3.4	41	86	2	172	38	22	20	17	1.93
14444530--14444627	7	13.4	7	72	12	63	25	1	24	48	1.57
14444545--14444638	46	2.0	46	93	0	161	27	2	25	44	1.65
14444687--14444753	21	3.2	21	80	4	73	17	0	47	34	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14444665--14444793	7	18.1	7	69	12	66	21	0	41	36	1.53
14445946--14446009	25	2.6	25	90	5	94	21	32	10	34	1.89
14447554--14447632	37	2.1	37	83	4	97	25	27	18	27	1.98
14447751--14448623	49	18.1	49	96	0	1504	29	28	8	32	1.87
14453170--14453217	17	2.8	17	100	0	96	50	10	4	35	1.56
14456081--14456134	26	2.1	26	92	0	90	35	11	27	25	1.90
14456521--14456621	40	2.5	40	88	1	150	22	9	19	47	1.79
14456643--14456731	38	2.3	38	90	3	135	10	5	37	47	1.61
14457933--14457971	18	2.2	17	86	4	51	41	2	25	30	1.69
14460138--14460239	49	2.0	50	88	3	152	35	20	4	39	1.74
14479239--14479301	33	1.9	32	84	15	85	55	6	0	38	1.25
14483385--14483409	13	1.9	13	100	0	50	12	16	0	72	1.13
14485017--14485055	19	2.1	19	100	0	78	17	25	10	46	1.80
14488634--14488660	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
14488642--14488759	51	2.3	51	82	7	130	39	21	20	18	1.92
14493162--14493324	60	2.7	61	80	9	165	28	17	25	28	1.98
14497723--14497751	13	2.2	13	100	0	58	13	13	0	72	1.13
14501402--14501461	18	3.3	19	79	9	63	31	16	10	41	1.81
14505969--14506002	17	1.9	18	88	5	52	11	8	0	79	0.94
14507151--14507175	8	3.1	8	100	0	50	24	12	0	64	1.27
14517222--14517265	15	2.8	17	77	22	60	63	0	4	31	1.14
14517204--14517263	15	3.9	15	74	25	54	58	0	3	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14521327--14521394	34	2.0	34	85	0	91	50	13	4	32	1.61
14523502--14523671	40	4.3	40	88	0	225	25	28	21	24	1.99
14523500--14523724	40	5.7	40	82	7	109	25	28	21	24	1.99
14535323--14535359	15	2.4	16	90	4	58	29	0	0	70	0.88
14535361--14535441	37	2.2	36	80	12	85	49	1	0	49	1.08
14538449--14538605	43	3.7	43	85	5	201	29	19	26	23	1.98
14540799--14540826	14	2.0	14	100	0	56	21	35	7	35	1.81
14544458--14544569	9	12.6	9	84	1	127	35	0	15	48	1.51
14544674--14544729	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
14544906--14544973	24	2.8	24	86	8	102	45	7	19	27	1.76

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