genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17370427--17370479	21	2.5	21	96	3	97	35	7	0	56	1.28
17370688--17370759	36	2.0	36	97	0	135	40	8	4	47	1.53
17372997--17373186	94	2.0	97	90	5	307	28	9	2	59	1.42
17375402--17375443	20	2.1	20	86	8	59	71	2	0	26	0.98
17380652--17380702	27	1.9	26	88	4	75	25	13	11	49	1.76
17381735--17381807	27	2.7	27	74	4	76	20	32	17	28	1.96
17387304--17387406	51	2.0	51	88	3	154	30	29	7	33	1.85
17394474--17394501	12	2.3	12	100	0	56	25	32	14	28	1.94
17397259--17397284	4	6.5	4	100	0	52	0	23	53	23	1.46
17400378--17400420	13	3.2	13	93	3	68	41	4	0	53	1.21
17402861--17402971	47	2.4	47	80	6	136	35	26	16	22	1.95
17403734--17403762	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
17410137--17410247	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
17411001--17411081	4	19.8	4	77	5	72	4	25	3	65	1.30
17413352--17413429	39	2.0	39	100	0	156	30	17	12	38	1.88
17414836--17414865	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
17435027--17435060	11	3.1	11	82	0	50	23	11	2	61	1.43
17435754--17435812	30	1.9	32	89	6	95	35	5	11	47	1.62
17463450--17463491	22	2.0	21	85	4	57	38	0	0	61	0.96
17463449--17463488	20	2.0	20	85	0	53	37	0	0	62	0.95
17463782--17463822	18	2.2	20	86	8	59	65	9	0	24	1.22
17463878--17463917	11	3.6	11	79	0	53	57	5	12	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17466689--17466778	45	2.0	45	100	0	180	37	2	15	44	1.59
17469976--17470053	31	2.5	31	85	2	95	37	10	12	39	1.78
17471610--17471643	17	1.9	18	94	5	61	11	11	17	58	1.62
17476612--17476687	37	2.1	37	100	0	152	25	21	15	38	1.92
17479758--17479783	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
17498227--17498382	74	2.1	74	98	0	303	27	14	12	45	1.81
17500882--17500910	15	1.9	15	100	0	58	37	6	6	48	1.57
17505983--17506086	42	2.5	42	80	0	127	25	17	35	21	1.95
17512817--17512871	27	2.0	27	100	0	110	45	25	0	29	1.54
17524779--17524824	23	2.1	23	84	8	60	32	10	4	52	1.56
17527566--17527630	25	2.6	25	77	0	67	33	18	32	15	1.92
17532977--17533025	21	2.3	21	96	0	89	12	46	20	20	1.82
17534445--17534505	31	1.9	30	83	12	77	21	0	4	73	1.01
17537576--17538188	305	2.0	306	94	1	1086	25	15	28	31	1.95
17538489--17538527	14	2.9	13	79	20	53	30	2	12	53	1.52
17542505--17542536	4	8.5	4	86	13	50	25	0	0	75	0.81
17542505--17542539	11	3.2	11	100	0	70	25	0	0	74	0.82
17544411--17544469	14	3.9	15	80	12	75	61	1	3	33	1.23
17544407--17544473	34	2.0	33	88	2	98	61	1	2	34	1.20
17544411--17544473	17	4.0	16	75	19	53	60	1	3	34	1.22
17544445--17544496	23	2.4	22	87	6	70	59	0	7	32	1.26
17544664--17544728	24	2.8	22	78	17	69	66	1	1	30	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17544701--17544765	22	3.2	20	79	12	69	63	4	4	27	1.34
17544658--17544745	22	4.1	21	73	16	83	63	2	2	31	1.19
17546596--17547290	283	2.4	285	86	3	950	30	20	17	31	1.95
17557978--17558035	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
17561184--17561324	7	20.4	7	67	15	62	60	4	2	32	1.27
17561245--17561328	9	9.6	9	74	17	61	63	1	1	34	1.10
17561228--17561294	27	2.2	32	80	12	72	61	2	1	34	1.20
17561243--17561356	22	5.2	22	73	17	78	63	3	2	30	1.25
17561244--17561364	42	2.9	40	79	9	109	62	4	2	30	1.27
17561193--17561354	85	1.9	83	80	5	182	61	5	3	30	1.34
17562383--17562438	14	3.7	15	81	13	69	58	1	5	33	1.31
17562405--17562448	14	3.4	13	87	9	63	59	0	4	36	1.18
17562379--17562443	34	1.9	33	87	3	94	60	1	4	33	1.27
17562573--17562713	7	20.4	7	67	15	62	60	4	2	32	1.27
17562634--17562717	9	9.6	9	74	17	61	63	1	1	34	1.10
17562617--17562683	27	2.2	32	80	12	72	61	2	1	34	1.20
17562632--17562745	22	5.2	22	73	17	78	63	3	2	30	1.25
17562633--17562753	42	2.9	40	79	9	109	62	4	2	30	1.27
17562582--17562743	85	1.9	83	80	5	182	61	5	3	30	1.34
17574961--17575063	41	2.5	41	82	4	120	29	15	23	32	1.95
17575980--17576047	30	2.3	30	81	0	82	26	17	35	20	1.95
17578270--17578349	34	2.4	34	86	0	106	40	10	10	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17580856--17580916	31	2.0	31	86	0	86	36	11	6	45	1.66
17583619--17583652	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
17585823--17585863	12	3.3	12	86	3	55	26	12	17	43	1.84
17595803--17595852	17	2.9	17	90	3	73	14	30	40	16	1.87
17598940--17599086	51	2.9	50	87	2	213	28	25	13	31	1.94
17599122--17599218	24	3.9	24	83	10	131	22	23	15	38	1.92
17599110--17599225	52	2.2	52	92	3	189	23	25	15	35	1.94
17599110--17599225	24	4.4	27	77	15	127	23	25	15	35	1.94
17601202--17601236	16	2.2	16	89	0	52	37	2	28	31	1.72
17601395--17601526	60	2.2	61	86	2	176	51	2	3	43	1.29
17605847--17605930	37	2.3	37	81	4	98	39	30	14	15	1.87
17605902--17605973	37	1.9	37	86	5	101	34	34	15	15	1.89
17606189--17606234	19	2.4	20	79	17	53	41	13	0	45	1.43
17609975--17610090	53	2.2	53	96	0	214	22	29	21	26	1.99
17614962--17615029	25	2.8	26	82	8	81	41	0	1	57	1.08
17614964--17615020	24	2.2	27	81	12	75	38	0	1	59	1.08
17615920--17615944	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
17616542--17616583	22	2.0	20	86	9	57	35	9	0	54	1.33
17616683--17617037	146	2.4	150	81	10	424	28	21	23	26	1.99
17616970--17617127	43	3.8	41	78	9	160	27	17	24	29	1.97
17617650--17617704	28	1.9	29	88	3	85	47	23	3	25	1.68
17618186--17618269	22	3.9	22	78	6	82	26	1	33	39	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17618206--17618279	29	2.6	28	73	14	69	25	1	33	39	1.65
17618186--17618366	80	2.3	80	87	0	254	25	1	35	37	1.66
17618288--17618327	21	1.9	21	84	0	53	27	0	25	47	1.52
17618650--17618685	17	2.2	17	95	5	65	22	0	5	72	1.05
17628524--17628590	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
17628666--17629046	43	8.8	43	90	4	563	25	30	20	24	1.99
17628666--17629046	87	4.4	85	88	5	559	25	30	20	24	1.99
17628666--17629046	130	2.9	130	93	1	640	25	30	20	24	1.99
17641148--17641225	33	2.3	33	85	10	97	62	1	3	32	1.21
17641439--17641481	22	2.0	22	90	0	68	62	2	0	34	1.08
17646360--17646733	187	2.0	187	100	0	748	33	10	18	37	1.85
17651983--17652022	21	1.9	21	90	10	64	55	7	12	25	1.63
17657570--17657617	23	2.1	23	100	0	96	37	12	22	27	1.90
17660342--17660820	69	6.9	68	73	6	275	34	23	20	21	1.97
17660344--17660820	138	3.5	138	75	2	420	34	23	20	21	1.97
17660340--17660818	207	2.3	207	77	4	466	34	23	20	21	1.97
17665328--17665452	39	3.3	39	78	2	128	42	24	5	28	1.77
17669317--17669358	21	2.0	21	95	0	75	54	9	30	4	1.53
17676245--17676471	47	4.9	47	81	10	261	30	28	18	21	1.97
17676245--17676461	93	2.3	91	83	9	253	31	29	18	20	1.97
17683875--17684046	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
17683868--17684043	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17700764--17701008	120	2.1	118	86	4	341	26	20	26	26	1.99
17700711--17700975	40	6.7	40	89	4	358	24	21	27	26	2.00
17711596--17712031	3	143.0	3	64	22	123	58	3	5	31	1.40
17711638--17711674	19	1.9	19	94	0	65	62	5	5	27	1.39
17711808--17711844	19	1.9	19	94	0	65	62	5	5	27	1.39
17711596--17712080	170	2.8	176	94	4	838	59	4	5	31	1.39
17712056--17712088	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
17713725--17713959	106	2.2	106	97	0	443	26	18	17	37	1.93
17713889--17714566	152	4.6	148	85	6	840	34	18	16	31	1.93
17713889--17714566	72	9.2	72	83	8	747	34	18	16	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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