genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18028020--18028060	14	2.9	15	82	14	59	48	0	12	39	1.41
18028996--18029040	15	3.0	15	90	0	63	57	6	22	13	1.59
18052336--18052370	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18052532--18052626	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
18052605--18052637	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
18052618--18052660	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
18056183--18056212	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
18059693--18059729	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
18062200--18062334	67	2.0	67	95	0	243	31	7	17	42	1.77
18062874--18063156	144	2.0	143	96	2	523	29	14	21	34	1.93
18065216--18065260	17	2.7	18	73	13	51	20	15	20	44	1.87
18068790--18068891	42	2.5	41	80	6	109	42	17	17	22	1.89
18068766--18068897	21	6.4	21	73	6	65	40	17	19	21	1.91
18068824--18068902	20	3.9	20	80	8	79	39	16	18	25	1.91
18074434--18074538	52	2.0	52	96	0	192	38	18	6	37	1.77
18075298--18075447	75	2.0	75	98	0	291	30	21	14	34	1.92
18085280--18085315	13	2.8	13	91	0	54	55	11	2	30	1.49
18086768--18086798	14	2.2	14	94	0	53	61	6	6	25	1.45
18087090--18087125	15	2.2	18	85	14	51	66	5	0	27	1.13
18100736--18100773	18	2.1	18	100	0	76	10	28	10	50	1.70
18102934--18102990	28	2.0	28	89	0	87	26	17	12	43	1.84
18103338--18103372	18	1.9	18	88	11	54	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18103337--18103381	20	2.4	18	81	7	54	46	0	2	51	1.13
18103358--18103506	80	1.8	82	89	2	239	49	4	3	42	1.38
18104636--18104673	18	2.1	18	100	0	76	36	21	5	36	1.76
18106410--18106443	15	2.3	15	89	0	50	58	0	2	38	1.13
18106516--18106564	11	4.3	11	76	19	55	59	2	2	36	1.21
18108176--18108812	177	3.6	177	89	1	947	26	22	18	32	1.97
18117024--18117069	19	2.4	19	85	7	58	43	10	23	21	1.84
18128387--18128433	25	1.9	24	91	4	76	23	8	2	65	1.31
18128972--18129081	26	4.2	26	92	2	168	34	5	24	35	1.79
18139608--18139669	29	2.1	29	96	0	115	20	19	9	50	1.76
18144042--18144073	10	3.2	10	100	0	64	28	31	0	40	1.57
18144965--18145013	24	2.0	24	92	0	80	55	16	12	16	1.70
18146212--18146250	15	2.5	15	87	4	51	61	0	2	35	1.10
18148352--18148393	13	3.1	14	86	10	52	61	9	14	14	1.55
18165161--18165219	25	2.4	25	88	2	93	13	25	3	57	1.52
18166905--18166995	44	2.1	44	85	0	119	36	21	19	21	1.95
18169943--18170022	43	1.9	42	85	10	110	37	21	15	26	1.92
18170554--18170583	13	2.3	13	94	0	51	60	0	3	36	1.14
18170547--18170595	16	3.4	15	79	20	52	57	0	2	40	1.10
18173279--18173593	47	6.7	46	72	11	235	28	20	28	22	1.98
18173282--18173494	94	2.3	94	85	1	266	28	20	28	23	1.99
18173279--18173583	141	2.2	142	81	9	349	29	20	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18180077--18180101	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
18180821--18181176	47	7.6	46	75	13	266	29	19	27	23	1.98
18180821--18181176	94	3.8	94	80	11	374	29	19	27	23	1.98
18189256--18189322	28	2.5	28	79	15	88	34	8	16	40	1.80
18202180--18202289	55	2.0	54	83	1	139	27	28	27	17	1.97
18208963--18209076	41	2.7	41	93	2	183	36	23	14	24	1.93
18209415--18209482	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
18209750--18209775	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
18216637--18216669	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
18217533--18217574	8	4.8	9	80	16	52	57	0	0	42	0.99
18217536--18217573	13	2.9	14	88	11	55	60	0	0	39	0.97
18217530--18217620	15	6.0	15	66	28	50	50	1	1	47	1.15
18224048--18224093	24	1.9	24	100	0	92	47	0	4	47	1.21
18224047--18224108	24	2.6	24	84	5	72	53	0	4	41	1.22
18241193--18241381	94	2.0	95	95	1	344	48	13	14	24	1.79
18251036--18251093	29	2.0	29	100	0	116	34	20	17	27	1.95
18255473--18255505	11	3.0	11	91	8	50	69	0	3	27	1.03
18258784--18258835	25	2.0	26	85	3	70	51	0	23	25	1.48
18267617--18267967	47	7.4	47	95	1	603	32	7	29	29	1.86
18271165--18271216	20	2.5	20	75	6	50	15	26	25	32	1.95
18273576--18273630	22	2.5	22	88	5	76	30	20	21	27	1.98
18279954--18280056	52	2.0	52	98	0	197	38	5	22	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18281128--18281208	23	3.5	22	75	12	81	14	3	35	45	1.63
18281128--18281221	48	2.0	48	86	0	134	19	4	34	42	1.70
18283883--18283943	23	2.7	23	82	2	79	11	3	42	42	1.57
18283883--18283938	22	2.5	22	85	2	76	12	3	41	42	1.60
18286836--18286941	54	2.0	54	86	3	151	36	20	24	17	1.94
18286836--18286941	27	3.9	26	87	6	131	36	20	24	17	1.94
18293224--18293328	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
18293718--18293747	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
18296777--18296893	61	1.9	61	83	0	153	43	14	5	36	1.68
18297333--18297396	22	2.8	23	90	7	103	7	23	0	68	1.15
18308841--18308870	14	2.1	15	93	6	53	33	0	0	66	0.92
18314036--18314093	29	2.0	29	100	0	116	31	13	17	37	1.89
18316263--18316439	50	3.5	50	91	0	291	36	15	22	25	1.94
18316415--18316501	31	2.8	31	87	0	138	25	18	27	28	1.98
18316521--18316641	47	2.6	47	88	1	163	28	15	26	29	1.96
18323153--18323297	42	3.5	42	84	1	148	31	24	13	30	1.94
18323857--18323895	20	2.0	20	85	10	53	53	20	2	23	1.57
18330702--18330782	41	2.0	41	97	0	153	17	22	23	37	1.94
18331161--18331218	29	2.0	30	83	10	75	51	3	5	39	1.41
18333331--18333499	93	1.8	93	88	0	257	30	17	28	23	1.97
18333430--18333574	75	1.9	75	90	0	227	37	15	22	24	1.93
18333505--18333658	84	1.8	84	88	2	238	36	18	23	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18333955--18334115	78	2.1	78	95	0	286	28	16	13	41	1.86
18334445--18334489	22	2.0	22	95	0	81	48	0	6	44	1.29
18335081--18335500	84	5.0	83	77	10	361	21	26	17	34	1.95
18335176--18335315	75	1.9	75	93	0	244	24	21	16	37	1.93
18335106--18335339	75	3.0	74	76	12	229	20	25	17	36	1.94
18335106--18335399	159	1.8	159	85	1	410	22	24	16	36	1.94
18337944--18337968	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
18337944--18337985	14	3.1	14	79	6	50	33	2	0	64	1.07
18339242--18339266	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
18339242--18339283	14	3.1	14	79	6	50	33	2	0	64	1.07
18341691--18342084	45	8.9	45	82	8	434	25	26	19	28	1.99
18343041--18343091	13	4.1	12	82	7	66	1	13	0	84	0.71
18344751--18345150	200	2.0	200	99	0	791	43	13	13	30	1.82
18345662--18345923	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
18350641--18350823	92	2.0	92	98	0	357	34	25	18	21	1.96
18353764--18353947	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
18353764--18353947	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
18361369--18361630	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
18370988--18371154	50	3.2	50	82	4	181	26	22	27	22	1.99
18370988--18371218	50	4.5	50	78	5	162	28	21	25	24	1.99
18382894--18382953	28	2.2	27	85	11	79	76	10	0	13	1.01
18382911--18382953	20	2.1	20	86	4	59	79	9	0	11	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18382907--18382970	32	1.9	33	81	12	78	75	9	1	14	1.12
18382963--18383024	3	20.7	3	77	12	56	61	1	8	29	1.34
18383081--18383140	27	2.2	28	84	3	77	70	5	3	21	1.22
18383156--18383222	10	6.7	10	73	20	52	74	1	1	22	0.98
18383156--18383197	22	2.0	21	90	4	66	73	2	0	23	0.94
18383156--18383212	18	3.2	18	79	16	57	75	1	0	22	0.90
18383154--18383222	15	4.6	15	72	22	56	73	1	1	23	0.99
18396670--18396717	23	2.0	24	84	8	62	41	12	12	33	1.80
18399941--18400039	20	4.9	20	77	3	110	38	20	29	12	1.88
18399941--18400041	40	2.5	40	90	0	157	38	20	28	11	1.88

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