genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28548559--28548610	25	2.1	25	100	0	104	34	11	11	42	1.77
28549076--28549391	47	6.6	47	92	2	470	31	9	31	28	1.88
28549076--28549391	143	2.2	141	89	2	470	31	9	31	28	1.88
28555096--28555125	14	2.1	14	93	0	51	56	0	10	33	1.32
28556775--28556828	17	3.2	15	76	20	54	46	46	3	3	1.38
28558686--28558759	12	6.3	12	76	10	64	31	9	0	59	1.29
28558672--28558748	3	26.0	3	80	7	68	32	9	0	58	1.29
28564108--28564167	21	2.9	21	81	18	72	71	5	3	20	1.19
28566047--28566135	12	7.0	12	69	15	54	34	3	2	59	1.26
28565962--28566130	26	6.6	25	71	16	116	27	5	5	61	1.41
28568349--28568394	19	2.4	19	89	7	67	21	21	10	45	1.82
28580175--28580516	27	12.5	27	98	0	630	30	28	14	26	1.95
28580175--28580516	82	4.2	81	97	1	630	30	28	14	26	1.95
28583439--28583479	21	1.9	22	85	5	57	34	0	21	43	1.53
28585444--28585493	26	1.9	26	91	0	82	14	40	34	12	1.82
28585762--28585822	32	2.0	31	87	6	88	24	3	13	59	1.49
28586641--28586721	23	3.3	23	65	18	65	43	1	18	37	1.58
28586640--28586735	50	1.9	50	100	0	192	44	2	16	36	1.60
28586813--28586898	41	2.1	41	100	0	172	44	16	15	24	1.86
28588639--28588932	68	4.3	68	84	1	347	36	15	21	26	1.93
28591361--28591528	45	3.7	45	87	0	246	31	27	16	25	1.96
28591359--28591526	90	1.9	90	92	0	282	31	27	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28592617--28592645	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
28597025--28597068	19	2.4	19	85	7	56	52	0	6	40	1.28
28598208--28598250	20	2.2	20	87	4	61	23	16	32	27	1.96
28601597--28601652	27	2.1	27	93	0	94	14	16	14	55	1.70
28604543--28604578	17	2.1	17	100	0	72	16	5	0	77	0.94
28609641--28609714	33	2.2	33	83	4	87	25	22	17	33	1.96
28612304--28612539	27	8.7	27	77	10	155	40	18	10	31	1.84
28612592--28612683	27	3.4	27	82	5	114	33	19	26	20	1.96
28612851--28612903	27	2.0	27	88	0	79	20	20	24	33	1.97
28613064--28613140	33	2.3	33	93	0	127	27	18	22	32	1.97
28614563--28614611	10	5.0	10	80	5	64	65	2	10	22	1.34
28614616--28614656	14	3.2	13	86	10	57	63	7	2	26	1.33
28616398--28616498	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
28629066--28629143	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
28629125--28629393	144	1.9	144	96	0	502	29	14	23	32	1.94
28631163--28631344	96	1.9	97	86	1	258	31	24	15	28	1.95
28640654--28640711	28	2.0	29	86	3	82	20	37	22	18	1.94
28643585--28643636	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
28643675--28643734	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
28648368--28648419	6	8.5	6	91	4	86	80	1	1	15	0.88
28648368--28648419	25	2.1	25	92	3	88	80	1	1	15	0.88
28650924--28650975	23	2.3	23	77	12	54	38	1	30	28	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28657410--28657557	41	3.6	41	76	7	149	24	21	27	26	1.99
28674919--28674943	13	1.9	13	100	0	50	88	4	0	8	0.64
28674966--28674999	18	1.9	18	94	5	61	61	5	5	26	1.42
28675498--28675762	67	4.0	67	100	0	530	28	10	26	33	1.90
28675919--28675968	10	5.0	10	78	7	57	68	0	8	24	1.16
28675973--28676013	14	3.2	13	86	10	57	63	7	2	26	1.33
28690414--28690567	42	3.6	42	87	3	211	28	24	16	29	1.97
28696348--28696524	50	3.5	50	87	0	246	37	16	21	24	1.94
28696500--28696648	31	4.8	31	91	0	217	28	20	25	25	1.99
28696670--28696834	42	3.6	48	78	11	150	29	15	24	29	1.96
28696670--28696841	49	3.7	47	78	12	153	29	15	25	30	1.95
28696762--28696874	42	2.7	42	83	8	149	30	15	24	30	1.95
28697416--28697645	115	2.0	115	96	0	424	37	11	21	29	1.88
28708257--28708433	50	3.5	50	87	0	264	36	16	21	24	1.94
28708409--28708588	31	5.8	31	89	2	272	28	18	26	26	1.98
28708700--28708797	42	2.3	42	92	3	162	30	14	27	27	1.95
28712915--28713120	27	7.6	27	83	4	234	26	15	28	29	1.96
28712914--28713120	82	2.5	82	84	3	256	26	15	28	29	1.96
28712915--28713120	55	3.8	55	85	2	254	26	15	28	29	1.96
28720842--28721064	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
28720842--28721064	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
28720842--28721097	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28732571--28732612	18	2.3	18	87	0	57	23	16	16	42	1.88
28732580--28732630	18	2.8	18	87	0	66	27	17	15	39	1.90
28732618--28732662	18	2.5	18	79	10	56	40	17	4	37	1.70
28732669--28732744	18	4.1	18	73	9	71	44	14	9	31	1.76
28732860--28732984	53	2.4	53	81	0	151	44	19	17	19	1.88
28735063--28735118	11	5.5	11	71	16	57	37	12	19	30	1.89
28735062--28735118	20	2.8	20	94	0	96	36	12	19	31	1.89
28735168--28735290	26	4.8	26	89	1	178	29	25	20	25	1.99
28735434--28735526	42	2.2	42	94	0	159	26	13	20	38	1.90
28735550--28735628	31	2.5	31	95	0	140	26	17	26	29	1.98
28742150--28742359	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
28742097--28742359	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
28742098--28742394	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
28750088--28750387	40	7.6	40	90	4	423	25	21	27	25	1.99
28750088--28750424	120	2.8	120	85	6	386	26	21	27	25	1.99
28752350--28752405	18	3.1	18	81	0	67	39	12	7	41	1.70
28752412--28752485	18	4.1	18	72	10	69	44	14	9	31	1.77
28752601--28752722	53	2.3	53	79	0	136	45	21	16	17	1.86
28752892--28752925	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
28753764--28753822	30	2.0	28	81	15	66	50	8	3	37	1.49
28757198--28757267	32	2.2	32	94	5	124	42	17	25	14	1.86
28759164--28759205	18	2.3	18	100	0	84	35	11	16	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28761007--28761072	33	2.0	33	96	0	123	28	9	7	54	1.59
28761609--28761663	27	2.1	27	86	3	76	21	7	1	69	1.23
28761633--28761662	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
28762080--28762127	24	1.9	25	83	8	62	41	0	2	56	1.11
28765888--28766050	43	3.8	42	81	8	177	31	26	16	25	1.96
28768120--28768160	19	2.0	20	90	9	66	60	7	2	29	1.36
28768131--28768169	19	2.2	19	86	9	55	64	2	0	33	1.08
28769704--28769735	13	2.4	14	90	10	50	75	0	25	0	0.81
28772447--28772606	26	6.2	26	91	0	266	33	7	23	35	1.83
28772447--28772606	52	3.1	52	96	0	293	33	7	23	35	1.83
28773785--28773814	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
28774207--28774311	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
28776735--28776770	17	2.1	17	100	0	72	33	27	5	33	1.80
28782613--28782790	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28782634--28782789	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28793202--28793228	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
28800071--28800106	18	2.0	18	100	0	72	22	16	22	38	1.93
28804150--28804205	25	2.2	25	87	0	76	39	5	14	41	1.68
28806856--28807037	40	4.6	40	91	2	269	22	24	26	26	2.00
28813778--28813959	40	4.6	40	86	2	242	24	23	25	26	2.00
28829737--28829780	21	2.1	21	95	0	79	47	6	15	29	1.72
28842652--28842686	16	2.3	15	95	5	61	82	0	0	17	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28843308--28843377	35	2.0	35	100	0	140	14	20	17	48	1.81
28847573--28847631	16	3.7	16	80	13	68	5	25	1	67	1.20
28849622--28849682	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
28857839--28857951	25	4.6	25	73	11	90	23	22	21	32	1.98
28863441--28863598	44	3.7	42	75	9	131	24	20	24	30	1.99
28874279--28874326	2	24.0	2	95	0	87	2	0	47	50	1.12
28878834--28878858	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
28881112--28881145	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
28881634--28881673	7	5.7	7	96	0	62	45	7	0	47	1.31
28885446--28885487	22	1.9	22	90	0	66	50	2	7	40	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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