genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19073249--19073290	18	2.3	18	91	0	66	52	2	11	33	1.51
19073435--19073788	179	2.0	181	93	2	606	44	10	23	21	1.82
19079279--19079308	14	2.1	14	93	0	51	43	10	0	46	1.37
19084732--19084858	45	2.9	45	84	5	154	23	28	22	25	1.99
19085192--19085352	43	3.8	43	84	3	202	36	32	21	10	1.87
19085333--19085518	38	4.8	38	87	3	230	28	25	22	23	1.99
19085333--19085525	78	2.5	76	84	4	244	28	24	21	24	1.99
19088542--19088664	65	1.9	65	94	0	219	35	25	6	32	1.82
19095129--19095185	28	2.0	28	83	10	71	45	0	0	54	0.99
19095171--19095209	20	2.0	20	95	5	71	33	5	0	61	1.18
19112484--19112561	39	2.0	39	100	0	156	25	2	30	41	1.69
19114017--19114068	19	2.7	19	72	21	54	38	11	9	40	1.74
19115764--19115792	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93
19115760--19115831	26	2.7	27	72	8	67	54	1	0	44	1.08
19116449--19116509	13	4.5	13	72	8	50	72	0	1	26	0.94
19116460--19116520	28	2.1	29	84	3	79	70	0	1	27	0.97
19116485--19116538	22	2.4	22	84	9	65	70	1	1	25	1.07
19120285--19120421	43	3.2	43	77	12	131	28	27	18	26	1.98
19120657--19120686	15	2.0	15	100	0	60	26	13	13	46	1.80
19129703--19129783	34	2.4	34	87	2	117	27	19	22	30	1.98
19131152--19131259	26	4.2	26	93	0	189	32	6	25	36	1.81
19132861--19133001	27	5.2	26	84	6	183	17	23	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19132861--19133001	54	2.6	53	92	2	228	17	23	24	35	1.95
19132861--19133019	27	5.9	26	83	7	149	18	23	22	35	1.96
19138278--19138324	16	3.0	16	75	3	51	31	4	0	63	1.13
19151918--19151950	17	2.1	17	88	11	52	48	12	15	24	1.78
19153923--19154171	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
19153922--19154171	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
19154266--19154297	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
19154509--19154566	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
19161186--19161256	36	2.0	36	91	0	115	45	16	5	32	1.71
19167227--19167266	13	3.1	13	88	0	53	50	20	0	30	1.49
19167206--19167365	59	2.8	58	85	4	234	46	16	6	30	1.73
19171286--19171535	91	2.7	91	76	9	220	41	16	9	33	1.80
19171686--19171743	21	2.8	20	80	19	66	67	0	1	31	1.01
19171652--19171752	19	5.2	18	71	19	60	62	1	1	33	1.18
19171678--19171764	31	2.8	30	84	8	95	65	2	1	31	1.12
19171707--19171775	31	2.2	31	82	5	77	65	5	1	27	1.24
19172029--19172069	21	1.9	22	90	5	66	29	2	2	65	1.18
19172625--19172663	17	2.4	16	83	8	51	69	10	10	10	1.38
19172877--19172928	12	4.2	12	74	13	52	59	0	40	0	0.97
19172853--19172924	25	2.8	25	82	12	74	68	0	31	0	0.90
19172851--19172924	27	2.8	28	84	10	84	67	0	32	0	0.91
19173637--19173697	30	2.2	27	83	13	72	67	4	1	26	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19173357--19174313	144	6.6	139	82	11	982	58	7	6	26	1.51
19173355--19174311	293	3.3	285	85	7	1230	58	7	6	27	1.51
19177013--19177096	26	3.1	26	72	24	91	47	13	2	36	1.55
19177021--19177102	17	4.5	17	72	14	65	47	13	4	34	1.64
19182630--19182677	24	2.0	24	100	0	96	12	37	12	37	1.81
19185792--19185838	24	2.0	24	100	0	94	46	4	12	36	1.62
19185872--19185917	23	2.0	23	100	0	92	21	8	13	56	1.63
19188609--19188661	16	3.4	16	84	7	65	75	5	16	1	1.08
19188619--19188679	16	3.8	16	80	8	61	72	3	22	1	1.09
19188637--19188679	13	3.4	13	80	3	52	74	0	25	0	0.82
19191068--19191245	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19191089--19191244	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19193655--19193826	43	4.0	43	66	14	111	22	18	26	31	1.97
19198887--19199025	40	3.6	39	72	10	106	26	15	23	35	1.94
19200599--19200777	41	4.4	41	83	0	187	36	25	18	20	1.95
19200601--19200777	82	2.2	82	85	2	230	36	24	18	19	1.94
19202714--19202757	23	1.9	23	81	9	54	9	6	2	81	0.94
19210885--19210994	43	2.6	42	80	11	134	29	23	17	30	1.97
19216342--19216564	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
19216342--19216564	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
19221306--19221568	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
19221306--19221568	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19221500--19221577	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19226596--19226664	36	1.9	36	93	0	120	18	31	21	27	1.97
19229327--19229549	40	5.6	39	80	5	198	26	26	21	25	1.99
19229481--19229558	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19231084--19231265	40	4.6	40	92	2	296	23	23	26	25	2.00
19245654--19245739	40	2.2	39	80	2	91	24	16	29	30	1.96
19248923--19249497	75	7.7	75	75	8	402	39	16	19	25	1.91
19248916--19249498	150	3.9	150	74	8	497	39	16	19	25	1.92
19248935--19249509	301	1.9	301	86	1	830	39	16	19	25	1.91
19252209--19252261	20	2.8	18	75	11	52	60	5	1	32	1.31
19253042--19253066	11	2.3	11	100	0	50	36	0	16	48	1.46
19254068--19254119	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
19261487--19261634	63	2.3	63	81	12	174	23	28	16	31	1.96
19262137--19262197	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
19270424--19270453	12	2.5	12	94	0	51	26	46	16	10	1.78
19274889--19274998	42	2.5	42	82	4	112	23	13	27	35	1.93
19274916--19275011	42	2.3	42	83	1	120	28	15	25	31	1.96
19274872--19275027	43	3.6	43	74	10	131	23	17	27	31	1.97
19279962--19280092	27	4.9	27	78	9	124	33	19	23	23	1.97
19279978--19280092	54	2.1	53	84	6	142	35	20	22	21	1.96
19280563--19280701	27	5.1	27	80	8	140	30	20	13	35	1.91
19280564--19280701	54	2.6	54	86	3	172	30	20	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19280687--19280789	27	3.8	26	74	5	89	32	4	22	40	1.75
19283333--19283535	8	25.6	8	66	19	72	59	0	4	34	1.23
19283383--19283521	51	2.9	47	76	15	131	58	0	5	34	1.27
19283454--19283535	5	16.4	5	71	18	55	62	1	1	35	1.11
19283456--19283549	26	3.8	26	74	17	76	62	2	1	34	1.14
19283514--19283571	26	2.2	27	82	11	68	60	1	1	36	1.17
19284946--19285325	206	1.8	207	90	1	611	28	23	18	29	1.98
19315479--19315587	40	2.7	40	83	10	159	24	22	27	24	2.00
19315846--19315889	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
19337353--19337445	46	2.0	47	85	4	125	27	27	12	31	1.93
19344491--19344583	46	2.0	47	87	4	134	27	25	13	32	1.94
19356688--19356919	49	4.7	49	88	3	320	28	28	18	25	1.98
19356675--19356920	101	2.5	99	87	2	350	28	27	18	25	1.98
19360424--19360664	43	5.6	43	90	5	355	30	28	16	24	1.96
19360411--19360664	129	2.0	129	92	0	427	30	29	16	24	1.96
19362196--19362346	68	2.3	64	81	10	162	27	27	15	29	1.96
19363068--19363130	30	2.1	30	82	8	74	30	23	4	41	1.75
19366654--19366860	48	4.3	48	77	8	188	30	18	25	25	1.98
19366647--19366829	95	1.9	95	81	4	217	31	17	24	26	1.97
19371863--19372048	40	4.7	40	86	5	225	26	27	21	24	1.99
19382724--19382978	55	4.8	53	76	8	216	20	25	18	35	1.96
19382771--19382968	108	1.8	110	84	4	276	22	25	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19383619--19384005	192	2.0	193	96	0	713	37	16	19	26	1.93
19390001--19390031	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
19389998--19390037	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
19390275--19390472	108	1.8	110	84	4	276	22	24	18	33	1.97
19390228--19390482	55	4.8	54	76	9	224	21	24	18	35	1.96
19392503--19392856	45	7.8	45	89	3	489	22	18	30	27	1.98
19395119--19395169	22	2.3	22	96	0	93	52	0	13	33	1.41
19431265--19431442	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19431286--19431441	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19433015--19433158	72	2.0	72	98	0	279	39	15	18	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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