genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5989400--5989451	26	2.0	26	84	0	68	57	3	9	28	1.48
5991190--5991634	44	10.0	44	71	10	244	26	24	17	31	1.97
5991164--5991535	88	4.2	86	71	11	277	27	24	17	30	1.97
5991235--5991638	88	4.6	87	72	9	316	26	24	17	31	1.97
5991164--5991634	133	3.5	133	94	0	827	27	23	17	30	1.97
5991691--5993263	204	7.5	204	73	10	1251	28	21	21	27	1.99
5991691--5992158	68	6.9	68	93	0	731	29	21	22	26	1.99
5992192--5992639	68	6.6	68	84	3	582	28	21	21	28	1.98
5991963--5992393	229	1.9	229	89	0	666	28	20	21	29	1.98
5992192--5993263	136	7.8	134	80	7	911	29	22	21	27	1.99
5992625--5992654	15	2.0	15	93	0	51	20	30	13	36	1.90
5992640--5993263	68	9.2	68	89	1	894	29	22	21	26	1.99
5993218--5993313	50	1.9	49	91	4	149	22	26	20	29	1.98
5993102--5993448	184	1.9	184	90	0	543	26	21	22	28	1.99
5992950--5993794	319	2.6	319	85	5	1094	28	22	21	27	1.99
5993279--5993805	68	7.9	67	83	5	692	27	22	22	27	1.99
5993279--5993802	132	3.9	133	96	1	881	27	22	22	27	1.99
5994010--5994142	66	2.0	66	89	0	203	36	12	19	31	1.88
5999474--5999576	44	2.3	44	83	0	125	29	19	19	32	1.96
5999951--5999998	25	1.9	25	83	8	62	12	39	14	33	1.84
6000066--6000451	44	8.9	44	77	6	329	26	25	18	29	1.98
6000066--6000490	174	2.4	173	79	6	457	27	25	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6000066--6000490	218	1.9	218	86	1	593	27	25	18	28	1.98
6000070--6000537	218	2.1	216	82	5	541	27	25	18	29	1.98
6000260--6000818	132	4.2	132	81	6	551	26	25	18	29	1.98
6000257--6000849	133	4.5	133	79	6	528	26	25	18	29	1.98
6011018--6011044	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
6014485--6014534	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
6014514--6014757	75	3.3	74	84	5	303	34	20	16	28	1.95
6014514--6014754	76	3.2	75	85	4	308	34	20	16	28	1.95
6014744--6014771	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
6014506--6015881	239	5.7	236	81	12	1475	35	20	17	26	1.95
6014706--6015114	89	4.6	89	96	0	721	38	20	18	23	1.93
6014706--6015352	178	3.8	179	81	13	826	36	20	17	24	1.94
6015034--6015242	73	2.8	74	86	3	287	32	22	16	28	1.96
6015249--6015276	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
6015101--6015407	165	1.9	163	88	2	463	33	22	16	27	1.96
6014939--6015649	238	3.1	236	88	6	994	35	21	17	26	1.95
6015258--6015649	72	5.3	72	85	6	516	34	20	16	27	1.95
6015629--6015663	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
6015557--6015740	89	2.1	87	85	7	241	37	20	16	25	1.93
6014753--6015862	385	2.8	383	82	9	1227	34	21	17	26	1.95
6015683--6015862	73	2.5	72	87	1	245	30	23	15	30	1.95
6015827--6015962	54	2.5	54	82	10	179	36	19	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6015934--6016169	69	3.4	69	98	0	454	33	29	16	21	1.95
6016141--6016244	53	1.9	54	94	1	183	38	19	13	28	1.89
6016072--6016441	126	3.0	121	87	4	562	37	22	14	25	1.92
6016326--6016494	71	2.4	70	85	3	207	34	23	14	27	1.93
6017281--6017378	40	2.3	40	79	8	106	13	22	17	46	1.82
6024754--6024789	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
6026598--6026668	30	2.4	30	95	0	133	21	4	49	25	1.67
6033330--6035604	454	5.0	452	90	1	3393	35	16	16	31	1.91
6033330--6035604	909	2.5	906	89	3	3465	35	16	16	31	1.91
6041131--6041155	12	2.1	12	100	0	50	24	20	16	40	1.91
6044010--6044133	51	2.5	49	76	17	121	50	4	5	40	1.45
6048535--6048598	25	2.5	24	70	12	56	57	1	4	35	1.29
6052655--6052907	68	3.9	64	77	10	210	29	16	29	23	1.97
6053912--6053941	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
6056486--6056533	21	2.2	22	85	10	64	33	0	6	60	1.22
6056849--6056893	24	1.9	24	82	13	58	24	4	13	57	1.54
6057219--6057276	21	2.8	21	75	0	53	32	3	3	60	1.30
6065007--6065101	48	2.0	48	85	0	127	33	11	10	44	1.75
6069517--6069564	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
6069513--6069568	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
6069513--6069564	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
6070684--6070935	77	3.3	77	89	2	375	34	22	18	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6071007--6071057	14	3.6	14	77	12	50	64	3	11	19	1.41
6071046--6071280	75	3.1	74	83	4	283	34	20	15	29	1.93
6071032--6071497	239	2.0	236	91	3	765	34	20	16	28	1.95
6071118--6071569	145	2.9	163	81	8	478	33	20	16	29	1.95
6071282--6071569	73	3.9	73	88	2	391	32	21	17	28	1.96
6079116--6079148	15	2.3	15	89	5	50	72	9	0	18	1.10
6081016--6081049	6	5.7	6	100	0	68	32	0	0	67	0.91
6081183--6081220	17	2.2	18	85	4	51	26	2	5	65	1.27
6086711--6086768	27	2.1	27	90	0	89	27	3	29	39	1.73
6089004--6089048	20	2.2	20	84	7	56	75	4	6	13	1.15
6092232--6093222	131	7.6	131	96	1	1726	37	18	16	27	1.92
6094979--6095029	18	2.9	18	76	21	54	33	5	1	58	1.33
6096102--6096491	130	3.0	128	83	5	487	27	18	18	35	1.95
6098899--6099462	87	6.4	89	80	3	595	23	23	19	32	1.98
6098899--6099463	176	3.2	174	82	5	663	23	23	19	32	1.98
6107338--6107452	58	2.0	58	92	0	194	12	22	23	41	1.87
6110882--6111209	131	2.5	131	89	2	477	35	17	17	28	1.93
6115028--6115060	16	2.1	16	94	0	57	15	0	24	60	1.35
6116293--6116334	18	2.3	18	84	12	50	16	4	14	64	1.45
6123494--6123565	36	2.0	36	94	0	126	59	9	15	15	1.60
6125864--6125901	15	2.7	14	88	8	51	52	2	2	42	1.29
6126074--6126107	17	2.0	17	88	11	52	55	17	0	26	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6127875--6127914	20	2.1	19	85	4	53	40	2	2	55	1.27
6128380--6128414	9	3.9	9	84	0	52	40	0	5	54	1.24
6129755--6129792	16	2.4	16	86	8	51	65	0	2	31	1.06
6131573--6131625	27	2.0	27	88	7	81	37	7	7	47	1.60
6132033--6132071	21	2.0	20	90	10	62	25	0	0	74	0.82
6132488--6132517	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
6139796--6139861	4	16.0	4	78	6	69	27	24	7	40	1.82
6139796--6139861	12	6.0	12	78	20	81	27	24	7	40	1.82
6139785--6139853	30	2.3	30	97	2	129	26	23	8	42	1.83
6148166--6148341	71	2.5	70	85	1	219	28	14	22	34	1.94
6148359--6148853	76	6.5	76	90	3	703	33	16	19	30	1.94
6148359--6149801	231	6.1	226	76	12	872	31	16	20	32	1.94
6149007--6149148	72	2.0	73	91	1	232	21	15	23	38	1.92
6149158--6149801	77	8.5	77	95	2	1099	32	16	19	31	1.94
6149959--6150096	71	1.9	71	91	0	222	34	16	16	31	1.92
6149868--6150220	155	2.2	156	81	8	414	31	16	17	34	1.93
6150101--6150342	78	3.2	75	84	6	298	26	16	19	36	1.93
6150322--6150371	14	3.6	14	81	7	57	22	12	2	64	1.37
6150336--6150368	15	2.2	15	94	0	57	21	9	0	69	1.15
6150352--6150513	73	2.2	74	86	2	218	27	16	20	35	1.94
6150168--6150524	177	2.0	181	90	5	564	25	16	18	38	1.92
6150501--6150528	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6150426--6150659	91	2.6	91	96	1	427	26	17	20	35	1.95
6150592--6150619	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
6151147--6151181	17	2.1	17	88	0	52	17	8	2	71	1.23
6151260--6152123	77	11.2	77	97	0	1493	26	18	21	34	1.96
6153315--6153383	36	1.9	36	93	0	120	30	26	20	23	1.98
6160239--6160289	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
6160251--6160299	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
6160270--6160328	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
6162289--6162313	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
6162615--6162726	21	5.3	21	62	8	57	31	24	15	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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