genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8910181--8910242	24	2.7	22	76	11	63	59	1	9	29	1.38
8910604--8910649	24	1.9	24	95	0	83	21	2	50	26	1.60
8911034--8911264	43	5.3	43	71	10	218	22	24	18	33	1.97
8910892--8911440	87	6.3	87	88	4	716	22	24	18	34	1.96
8910990--8911307	44	7.3	44	69	10	240	22	24	18	34	1.96
8911502--8911808	133	2.3	132	85	0	389	27	20	19	32	1.97
8917949--8918000	25	2.0	26	85	3	70	61	3	3	30	1.32
8918616--8918683	30	2.3	29	87	7	93	19	1	47	32	1.58
8919687--8919713	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
8921260--8921328	31	2.2	31	86	0	93	34	10	14	40	1.80
8940899--8940985	44	2.0	43	86	0	111	39	26	14	18	1.90
8941665--8941716	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
8941970--8942017	22	2.1	22	85	11	62	29	25	0	45	1.53
8942346--8942430	13	6.8	12	73	17	66	1	20	4	74	1.07
8942354--8942430	21	3.6	21	73	19	61	1	19	5	74	1.08
8942456--8942519	25	2.7	23	74	18	60	43	3	0	53	1.16
8945973--8946002	15	2.0	15	93	0	51	23	3	0	73	0.98
8946037--8946118	39	2.2	39	82	10	100	13	4	9	71	1.27
8950853--8950913	10	5.9	10	75	21	63	19	11	3	65	1.38
8954589--8954651	31	2.0	31	96	0	117	36	11	19	33	1.87
8962891--8963145	55	4.8	53	78	7	234	36	16	25	21	1.94
8962898--8963098	108	1.8	110	86	2	289	34	16	25	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8976493--8976571	28	2.8	28	86	3	106	34	10	26	29	1.89
8985169--8985313	74	2.0	73	90	4	229	29	28	8	33	1.86
8987714--8987753	13	3.1	13	100	0	80	15	32	37	15	1.88
8993945--8993976	9	3.7	9	91	8	57	56	6	12	25	1.59
8994050--8994099	23	2.1	24	85	3	66	60	0	10	30	1.30
8994050--8994106	24	2.4	23	85	2	69	57	0	12	29	1.35
8994094--8994150	22	2.6	22	83	5	71	56	0	10	33	1.34
8996341--8996397	21	2.7	20	78	10	60	49	17	17	15	1.81
8998095--8998185	27	3.4	27	93	0	155	40	1	31	26	1.63
9005764--9005792	14	2.1	14	100	0	58	48	0	6	44	1.29
9010597--9010687	37	2.4	38	87	1	121	16	14	41	27	1.87
9013603--9013646	6	6.7	6	80	19	52	75	2	2	20	1.03
9015495--9015582	37	2.3	38	84	1	115	18	14	38	28	1.90
9016466--9016495	8	3.8	8	100	0	60	40	0	36	23	1.55
9027271--9027329	19	3.2	19	82	4	84	37	13	0	49	1.43
9027515--9027579	29	2.3	27	77	12	76	49	0	4	46	1.22
9027557--9027620	19	3.4	19	78	4	85	51	1	10	35	1.47
9027931--9028007	27	2.9	27	90	3	111	16	29	23	29	1.96
9028062--9028126	27	2.4	28	89	7	98	52	0	6	41	1.26
9029124--9029178	25	2.2	25	96	0	101	41	3	18	36	1.68
9029846--9029883	13	2.9	13	88	7	51	44	5	10	39	1.61
9048350--9048380	16	1.9	16	93	0	53	16	3	3	77	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9049898--9049942	14	3.2	14	83	0	63	22	0	28	48	1.50
9050027--9050075	25	2.0	25	95	0	89	20	2	46	30	1.62
9050922--9051267	159	2.2	157	84	4	455	34	12	22	31	1.91
9052980--9053022	8	5.4	8	88	0	59	41	0	30	27	1.56
9054050--9054156	9	11.7	9	74	13	85	43	14	1	39	1.57
9054056--9054156	18	5.5	18	74	13	98	44	14	1	38	1.57
9059227--9059255	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
9059664--9059719	21	2.7	21	97	0	103	30	23	46	0	1.53
9059968--9060032	31	2.1	31	82	2	78	18	10	18	52	1.74
9070203--9070304	28	3.6	28	75	17	113	28	31	15	24	1.96
9070181--9070304	56	2.2	56	91	2	196	29	33	14	22	1.94
9072168--9072250	43	1.9	43	92	0	139	38	19	15	26	1.91
9077745--9077775	16	1.9	16	100	0	62	48	12	19	19	1.81
9091901--9092104	46	4.3	50	85	8	209	20	23	14	42	1.89
9091949--9092169	46	5.0	46	84	8	287	22	23	14	39	1.91
9092067--9092142	38	2.0	38	94	0	134	21	21	13	44	1.85
9094037--9094098	28	2.2	28	83	11	74	43	3	1	51	1.27
9094048--9094101	28	2.0	27	89	10	83	44	0	0	55	0.99
9094951--9095190	132	1.8	132	87	0	363	26	18	18	36	1.94
9095210--9095332	62	2.0	62	96	0	228	23	16	22	37	1.93
9095598--9096031	225	1.9	226	95	0	789	34	19	12	33	1.90
9107253--9107556	44	6.8	44	75	7	175	29	18	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9107469--9107762	137	2.1	137	88	0	435	35	20	17	27	1.95
9107287--9107687	182	2.2	181	81	5	434	32	19	20	28	1.97
9109387--9109448	28	2.2	28	83	11	74	43	3	1	51	1.27
9109398--9109451	28	2.0	27	89	10	83	44	0	0	55	0.99
9110301--9110540	132	1.8	132	87	0	363	26	18	18	36	1.94
9113910--9114230	46	7.0	46	97	0	570	22	24	14	38	1.91
9117511--9117551	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
9124706--9124773	26	2.6	26	75	13	77	16	27	23	32	1.96
9135080--9135187	54	2.0	53	96	1	198	30	29	12	25	1.93
9139657--9139703	24	2.0	24	87	4	69	38	14	14	31	1.87
9141090--9141130	6	6.3	6	84	15	55	19	2	0	78	0.87
9142162--9142243	30	2.8	29	87	5	119	4	23	25	46	1.72
9144206--9144885	44	15.5	44	70	11	132	29	24	17	28	1.97
9144228--9144771	132	4.1	132	88	2	779	28	25	17	28	1.97
9144213--9144771	264	2.1	265	90	3	910	28	25	17	28	1.97
9144519--9144947	177	2.4	177	89	1	612	29	24	16	28	1.97
9144387--9144947	309	1.8	309	92	0	951	29	24	17	28	1.97
9144697--9144947	132	1.9	132	92	0	421	30	25	15	28	1.95
9144955--9145201	134	1.8	134	92	1	424	29	21	20	28	1.98
9153502--9153581	40	2.0	40	97	0	151	22	16	20	41	1.90
9157384--9157584	106	1.9	106	94	0	357	30	19	20	29	1.97
9164817--9164860	3	14.7	3	100	0	88	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9177488--9177530	19	2.3	19	84	8	52	60	0	4	34	1.17
9178906--9178943	17	2.3	17	86	4	51	31	5	0	63	1.17
9179195--9179256	31	2.0	31	90	6	99	29	8	17	45	1.77
9192691--9192778	41	2.2	41	97	2	169	15	12	11	60	1.59
9194767--9194818	21	2.7	19	83	16	72	30	0	0	69	0.89
9195645--9195783	69	2.0	69	100	0	278	29	14	14	41	1.85
9197625--9197664	3	13.3	3	89	10	64	65	0	0	35	0.93
9197876--9197914	19	1.9	19	85	10	51	66	5	12	15	1.41
9198073--9198131	22	2.7	22	84	7	75	42	16	3	37	1.66
9198087--9198165	21	3.8	19	80	12	77	39	16	7	36	1.77
9198121--9198164	21	2.1	21	100	0	88	38	13	9	38	1.77
9198524--9198948	217	1.9	219	83	3	545	29	21	18	30	1.97
9199239--9199740	44	11.7	44	71	11	283	26	25	19	27	1.99
9199245--9199739	88	5.8	88	71	10	389	26	25	19	28	1.99
9199143--9199644	252	2.0	252	100	0	1004	25	27	19	27	1.99
9199497--9199738	87	2.8	88	84	3	310	27	24	19	28	1.98
9199739--9200589	88	9.7	88	89	0	1216	20	24	27	27	1.99
9199917--9200574	44	15.0	44	62	9	185	19	24	28	27	1.99
9206773--9206812	3	13.3	3	84	10	55	67	0	0	32	0.91
9206775--9206826	12	4.1	12	80	14	52	69	3	0	26	1.06
9207228--9207312	19	4.1	21	83	8	79	42	15	5	36	1.71
9207228--9207286	22	2.7	22	84	7	75	42	16	3	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9207242--9207318	19	3.8	19	86	6	91	40	15	6	37	1.73
9213479--9213866	40	9.7	40	98	0	740	22	27	19	29	1.98
9217021--9217078	30	1.9	30	89	0	89	20	34	31	13	1.92
9219792--9219846	25	2.3	25	76	17	64	52	5	3	38	1.42
9246868--9246914	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
9251150--9251178	14	2.1	14	100	0	58	27	0	6	65	1.18
9251164--9251188	10	2.5	10	100	0	50	28	0	8	64	1.22
9252271--9252355	26	3.2	26	73	6	89	32	10	5	50	1.61
9252261--9252355	26	3.6	26	72	12	77	32	10	6	50	1.62
9254493--9254538	19	2.6	18	79	6	58	0	21	0	78	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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