genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   

This is table  75  of  186  ( 22216 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24101428--24101455	13	2.2	13	100	0	56	39	7	0	53	1.28
24103076--24103116	14	2.7	15	82	17	50	58	7	0	34	1.26
24103549--24103621	9	7.9	9	72	15	51	50	1	2	45	1.24
24103555--24103621	28	2.4	28	80	14	86	53	1	1	43	1.19
24104552--24104606	22	2.5	21	74	8	56	50	1	7	40	1.40
24107917--24107953	19	1.9	19	89	10	58	43	0	10	45	1.39
24107915--24107967	20	2.6	19	79	8	61	47	0	7	45	1.31
24111678--24111853	88	2.0	88	86	0	244	29	19	23	27	1.98
24117008--24117415	100	4.1	100	99	0	780	33	12	12	42	1.80
24117563--24117613	22	2.3	23	89	3	77	41	0	13	45	1.44
24120155--24120179	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
24124819--24125182	29	12.5	29	75	9	231	24	24	13	38	1.91
24124873--24125057	86	2.1	86	80	4	203	23	26	11	37	1.90
24124819--24125072	115	2.2	117	87	2	359	24	25	12	37	1.91
24127064--24127148	43	2.0	42	93	2	143	22	23	2	51	1.59
24127398--24127494	49	2.0	49	95	0	176	32	19	12	35	1.89
24127825--24127860	19	1.9	19	94	5	65	41	16	0	41	1.48
24131265--24131308	13	3.2	13	75	12	52	25	27	13	34	1.93
24131259--24131308	13	3.6	14	74	12	50	26	32	12	30	1.92
24131252--24131308	28	2.0	28	93	0	96	26	28	14	31	1.94
24134000--24134051	23	2.3	22	83	9	61	51	0	5	42	1.25
24135070--24135101	12	2.7	12	100	0	64	75	6	0	18	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24136020--24136238	46	4.7	46	86	7	273	21	21	27	29	1.99
24136017--24136238	93	2.4	93	86	6	301	22	21	27	28	1.99
24139353--24139486	70	1.9	70	98	0	259	26	9	26	37	1.87
24141358--24141557	100	2.0	100	95	0	355	30	19	19	31	1.96
24141719--24141871	76	2.0	76	100	0	306	34	11	23	30	1.91
24143751--24143922	46	3.7	45	74	14	163	24	20	26	29	1.99
24143744--24143914	93	1.8	93	89	2	272	23	21	26	28	1.99
24146331--24146403	29	2.5	29	86	4	94	26	30	16	27	1.97
24154718--24154985	46	5.8	46	76	15	282	22	20	27	28	1.99
24154764--24154931	47	3.6	47	80	13	229	23	20	27	27	1.99
24154714--24154977	93	2.8	93	97	0	492	22	21	28	28	1.99
24163237--24163359	51	2.4	51	87	2	167	26	37	18	17	1.93
24165590--24165622	14	2.4	14	94	0	57	18	9	24	48	1.76
24180467--24180563	26	3.8	26	91	1	153	25	22	24	26	2.00
24180454--24180563	51	2.2	49	90	8	168	25	22	22	29	1.99
24180454--24180563	26	4.4	25	87	4	134	25	22	22	29	1.99
24180613--24180668	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
24180613--24180687	40	1.9	38	84	10	98	33	20	9	37	1.84
24180613--24180668	20	2.8	20	97	0	103	32	19	10	37	1.86
24180630--24180686	9	5.8	10	76	15	57	33	21	8	36	1.84
24191884--24191912	14	2.1	14	100	0	58	6	13	31	48	1.69
24199085--24199123	15	2.6	14	84	8	51	61	2	30	5	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24201321--24201353	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
24204242--24204311	20	3.2	20	82	12	68	74	0	5	20	1.02
24209634--24209664	13	2.4	13	88	0	53	51	16	0	32	1.44
24210500--24210524	13	1.9	13	100	0	50	8	44	32	16	1.76
24212148--24212429	30	9.4	31	76	7	183	23	25	13	37	1.91
24212179--24212429	90	2.8	89	82	6	249	23	26	13	36	1.92
24213671--24213779	56	1.9	56	86	0	155	28	13	22	34	1.93
24214032--24214120	44	2.0	44	95	0	160	26	12	16	43	1.84
24218380--24218482	49	2.2	46	85	10	131	40	24	2	32	1.70
24218399--24218494	49	2.0	49	97	0	183	37	27	2	33	1.69
24238356--24238527	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
24238303--24238525	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
24238383--24238560	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
24245007--24245066	17	3.4	17	72	17	59	41	23	1	33	1.64
24245022--24245080	19	3.2	19	72	18	70	38	27	0	33	1.57
24245007--24245080	36	2.1	36	97	0	139	39	25	1	33	1.65
24249974--24250125	41	3.7	41	80	3	146	33	25	14	26	1.94
24249970--24250152	40	4.5	40	74	11	149	32	24	14	27	1.95
24250482--24250527	20	2.3	20	92	0	74	39	15	10	34	1.82
24250494--24250534	20	2.0	20	85	0	55	36	21	12	29	1.90
24254539--24254612	38	1.9	38	94	0	130	37	21	13	27	1.91
24258463--24258525	28	2.2	28	91	0	99	17	20	42	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24258616--24258675	23	2.6	23	89	0	102	11	31	31	25	1.91
24266518--24266583	30	2.2	31	86	2	89	31	19	9	39	1.83
24266573--24266647	30	2.5	30	77	0	87	22	21	13	42	1.87
24271867--24271913	20	2.3	21	78	10	62	8	27	12	51	1.69
24274164--24274736	27	21.3	27	83	0	707	40	20	7	30	1.81
24274157--24274744	54	10.9	54	89	2	880	40	20	7	30	1.81
24274164--24274744	108	5.4	108	95	1	990	40	20	7	30	1.81
24274729--24274789	26	2.3	26	88	2	95	40	18	9	31	1.83
24274782--24274854	27	2.7	27	74	4	76	38	24	6	30	1.81
24274844--24274975	27	4.9	27	83	8	153	35	16	21	25	1.95
24274841--24274978	54	2.6	55	81	9	169	35	17	21	26	1.95
24275394--24275605	6	34.3	6	71	17	132	19	17	13	49	1.80
24275394--24275486	25	3.7	25	91	0	150	19	19	13	47	1.82
24275416--24275582	62	2.7	62	90	0	271	19	18	13	47	1.82
24275484--24275548	25	2.6	25	92	0	103	18	18	15	47	1.82
24275503--24275596	37	2.5	37	87	0	125	19	18	12	50	1.78
24277317--24277385	21	3.1	21	68	15	59	23	13	24	39	1.90
24277321--24277408	45	2.0	45	93	0	149	23	12	23	39	1.89
24279765--24279810	15	2.8	17	83	12	69	47	2	2	47	1.26
24299677--24299896	40	5.6	40	84	4	268	25	26	23	24	2.00
24314408--24315313	456	2.0	456	100	0	1812	39	7	19	33	1.80
24322986--24323242	47	5.4	47	87	3	329	27	30	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24327794--24328006	92	2.3	91	81	9	238	23	28	20	28	1.99
24327794--24328001	46	4.5	45	77	15	187	23	27	19	28	1.98
24327830--24328001	46	3.7	46	82	14	192	21	27	20	30	1.98
24332988--24333178	43	4.4	43	83	1	213	32	25	16	25	1.96
24334251--24334316	28	2.4	28	92	5	107	40	24	1	33	1.64
24334251--24334308	28	2.0	29	96	3	109	43	24	1	31	1.64
24336608--24336646	21	1.9	20	84	5	51	53	2	0	43	1.14
24340581--24340638	20	2.9	20	73	21	59	70	6	0	22	1.10
24349332--24349392	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
24355579--24355610	11	2.9	11	100	0	64	28	28	18	25	1.98
24356975--24357010	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
24367211--24367333	39	3.1	39	85	2	174	12	15	27	44	1.82
24367213--24367328	40	2.9	39	87	2	160	12	16	25	45	1.83
24376051--24376100	25	2.0	25	84	7	66	58	4	14	24	1.53
24376051--24376100	26	2.0	25	84	4	64	58	4	14	24	1.53
24377124--24377191	31	2.2	31	86	5	93	39	1	5	52	1.34
24377869--24377907	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
24381064--24381122	27	2.1	28	96	3	111	50	16	3	28	1.61
24381338--24381389	6	8.7	6	95	0	95	50	1	0	48	1.12
24381340--24381402	18	3.5	19	80	20	73	49	3	0	47	1.17
24381548--24381577	14	2.1	14	100	0	60	50	0	13	36	1.42
24394732--24394780	3	16.7	3	79	12	57	59	2	0	38	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24394732--24394781	13	3.7	13	83	5	64	58	2	0	40	1.10
24403904--24403995	45	2.0	45	97	0	175	33	29	8	28	1.87
24406718--24406803	43	2.0	43	80	17	99	26	30	18	24	1.98
24409452--24409493	11	3.8	11	81	9	50	42	23	0	33	1.55
24413857--24413976	46	2.5	48	83	2	145	26	20	15	37	1.92
24414317--24414377	30	2.0	30	84	6	79	29	24	6	39	1.80
24417475--24417687	29	7.4	29	83	5	238	37	23	16	22	1.94
24417475--24417687	57	3.7	58	85	5	229	37	23	16	22	1.94
24417475--24417737	86	3.1	82	82	9	280	38	22	17	22	1.93
24419004--24419034	15	2.1	15	93	0	53	29	29	0	41	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186