genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22762299--22762396	49	2.0	49	97	0	187	56	4	20	19	1.58
22769152--22769327	4	44.0	4	100	0	352	75	0	25	0	0.81
22778871--22778939	34	2.0	34	100	0	138	28	11	23	36	1.90
22794149--22794240	46	2.0	46	91	0	148	25	21	33	19	1.97
22800083--22800260	27	6.5	28	80	6	152	28	27	16	26	1.97
22800109--22800259	82	1.9	81	88	4	232	27	27	17	27	1.98
22803425--22803567	72	2.0	72	88	2	216	25	15	37	21	1.93
22805792--22805987	98	2.0	98	98	0	383	37	13	7	41	1.73
22807993--22808073	27	3.0	28	82	7	87	50	3	23	22	1.65
22808021--22808082	27	2.3	28	81	13	76	54	6	19	19	1.65
22809211--22809251	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
22809177--22809250	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
22812238--22812344	37	2.9	37	86	5	162	25	13	50	11	1.74
22813388--22813434	7	6.7	7	80	0	58	46	25	0	27	1.53
22813320--22813439	14	8.4	14	68	9	73	43	30	0	25	1.60
22819982--22820053	24	2.9	24	87	4	99	31	16	23	27	1.96
22819984--22820112	23	5.5	24	73	14	99	33	16	21	28	1.95
22819982--22820111	46	2.8	45	81	9	127	32	16	22	28	1.96
22822829--22822933	47	2.2	47	94	0	183	28	29	7	34	1.85
22830478--22830519	17	2.5	17	80	3	50	64	7	26	2	1.32
22834620--22834731	23	4.8	22	75	13	100	33	19	19	26	1.96
22837665--22837887	30	7.5	30	70	11	165	41	13	24	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22837611--22837829	29	7.5	30	72	12	143	40	12	24	22	1.89
22837698--22837843	59	2.5	60	88	3	224	39	13	24	21	1.90
22855506--22855681	51	3.5	48	81	6	208	30	25	19	24	1.98
22855500--22855685	101	1.9	100	91	1	309	30	25	19	24	1.98
22857787--22857856	29	2.4	29	85	0	95	34	8	27	30	1.87
22857845--22858005	30	5.4	30	77	9	141	40	13	27	18	1.87
22857813--22858030	60	3.7	59	76	9	201	39	14	25	20	1.90
22859281--22859321	20	2.0	20	85	0	55	29	4	14	51	1.63
22860146--22860212	29	2.3	28	80	7	71	44	11	26	16	1.82
22860174--22860332	61	2.6	61	87	2	205	43	10	22	23	1.84
22860232--22860364	30	4.4	31	68	7	92	43	9	24	22	1.82
22860174--22860364	61	3.2	61	80	5	167	43	10	23	22	1.83
22868356--22868484	28	4.7	28	80	6	120	56	7	11	24	1.61
22868388--22868487	28	3.7	27	80	9	123	57	8	14	21	1.62
22871776--22871975	56	3.6	56	88	0	283	25	15	24	35	1.94
22881302--22881361	29	2.1	29	96	0	111	41	5	11	41	1.63
22881310--22881371	29	2.1	29	81	6	70	46	6	8	38	1.59
22884264--22884342	30	2.7	30	75	11	83	22	17	10	49	1.77
22885250--22885308	29	2.0	29	93	0	100	35	15	6	42	1.73
22900240--22900273	9	3.7	9	88	4	50	8	2	2	85	0.80
22901754--22901797	20	2.2	20	95	0	79	31	0	11	56	1.35
22902648--22902679	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22903371--22903431	13	4.7	13	87	0	95	37	31	8	22	1.84
22903371--22903444	26	2.8	26	85	0	103	37	27	8	27	1.84
22904391--22904430	14	2.8	14	88	3	53	65	0	2	32	1.06
22906440--22906828	51	7.6	50	72	14	257	31	4	4	59	1.38
22906474--22906693	103	2.2	102	79	8	234	30	4	5	60	1.37
22906451--22906996	26	21.5	26	71	11	337	29	5	4	60	1.39
22907965--22908049	41	2.1	41	86	8	120	50	7	4	37	1.51
22908213--22908249	18	2.1	18	100	0	74	21	21	10	45	1.82
22913068--22913108	7	5.9	7	100	0	82	43	14	0	41	1.45
22913829--22913956	32	4.0	32	92	0	220	34	10	9	46	1.70
22914719--22914949	118	2.0	118	96	0	426	32	19	20	27	1.97
22929286--22929413	39	3.3	39	91	0	202	32	21	25	21	1.98
22929285--22929439	78	2.0	76	83	5	195	30	21	26	20	1.98
22968853--22968892	21	1.9	21	94	0	71	22	12	10	55	1.67
22972875--22972904	15	1.9	15	93	6	51	30	0	0	70	0.88
22972969--22973013	18	2.4	19	82	14	58	31	6	0	62	1.21
22976923--22976963	20	2.1	19	86	4	55	24	24	9	41	1.85
22984672--22985007	44	7.6	44	73	6	214	32	18	21	27	1.97
22984719--22984957	132	1.8	133	83	8	326	31	17	21	28	1.97
22984672--22985020	132	2.6	132	78	6	314	32	17	21	27	1.96
22986526--22986565	15	2.6	16	92	4	64	30	2	0	67	1.04
22986624--22986663	18	2.2	18	86	8	55	30	7	0	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22986633--22986668	18	2.0	17	89	10	54	27	5	0	66	1.13
22989137--22989170	10	3.3	10	84	8	50	11	8	11	67	1.42
22990761--22990792	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
22997365--22997416	20	2.6	20	73	8	52	55	7	32	3	1.46
22997855--22997881	13	2.1	13	100	0	54	51	0	7	40	1.30
22998799--22998932	18	7.4	18	83	1	153	38	14	14	33	1.86
23000882--23000983	52	2.0	52	90	3	161	18	25	3	51	1.63
23017136--23017313	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23017157--23017312	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23025198--23025375	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
23025198--23025375	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
23037058--23037094	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
23038298--23038460	87	1.9	88	89	1	256	39	8	12	39	1.74
23044376--23044488	28	4.1	28	88	1	165	35	12	24	27	1.91
23044376--23044488	56	2.0	55	93	1	190	35	12	24	27	1.91
23047069--23047106	18	2.1	18	90	0	58	28	18	26	26	1.98
23047224--23047270	21	2.2	22	84	3	60	44	17	14	23	1.85
23058164--23058222	30	2.0	30	83	6	75	55	6	0	37	1.26
23064734--23064973	120	2.0	120	96	0	444	42	2	4	51	1.33
23064888--23064946	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
23064901--23064956	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
23065173--23065225	21	2.5	21	87	0	79	30	35	9	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23065577--23065614	15	2.5	15	87	8	51	18	0	5	76	0.97
23065588--23065615	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
23074496--23074683	101	1.9	99	85	2	259	30	27	18	24	1.98
23080120--23080295	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
23080117--23080288	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
23087696--23087871	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
23087693--23087864	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
23105484--23105536	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
23111576--23111683	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
23120078--23120115	18	2.1	18	95	0	67	28	26	10	34	1.90
23123779--23123830	25	2.1	25	100	0	104	34	9	11	44	1.73
23124946--23124993	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
23128865--23128912	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
23145717--23145759	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
23150568--23150621	22	2.5	22	76	11	56	44	0	3	51	1.19
23150572--23150631	28	2.1	27	82	11	68	50	3	3	43	1.35
23154329--23154391	19	3.2	19	75	24	60	31	1	1	65	1.12
23154664--23154723	18	3.3	19	68	17	54	28	1	6	63	1.29
23155013--23155081	33	2.1	33	100	0	138	26	10	5	57	1.53
23155103--23155215	60	1.9	60	94	0	199	31	4	9	53	1.53
23156584--23156622	6	6.3	6	86	13	53	15	0	0	84	0.62
23156578--23156627	20	2.4	21	77	12	59	16	0	8	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23156594--23156622	14	2.1	14	100	0	58	13	0	0	86	0.58
23168748--23168776	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
23175785--23175830	21	2.1	22	84	11	60	65	4	0	30	1.12
23178924--23178970	24	2.0	24	82	0	58	68	4	2	25	1.19
23198204--23198370	46	3.6	45	81	10	169	22	26	20	29	1.99
23206532--23206785	46	5.4	47	78	7	207	23	29	18	28	1.98
23206520--23206785	47	5.7	47	77	9	208	23	28	19	28	1.98
23206519--23206744	93	2.4	94	78	8	228	23	29	19	28	1.98
23208723--23208989	46	5.7	47	74	13	228	22	29	19	28	1.98
23208724--23208992	94	2.9	94	93	2	443	23	29	18	28	1.98

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