genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8014682--8014719	14	2.8	14	92	4	60	31	21	7	39	1.82
8016139--8016173	17	1.9	19	88	11	56	57	5	2	34	1.37
8021425--8021499	39	1.9	39	88	0	114	24	18	13	44	1.85
8023890--8023957	20	3.2	20	80	14	66	44	2	16	36	1.63
8028477--8028515	12	3.2	12	85	0	51	84	0	2	12	0.72
8028748--8028787	19	2.1	19	90	0	62	55	20	0	25	1.44
8036048--8036076	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
8036099--8036129	5	6.4	5	92	7	55	41	0	0	58	0.98
8036452--8036508	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
8036892--8036987	21	4.5	21	89	2	129	13	22	27	36	1.92
8036879--8036987	42	2.5	42	85	2	137	15	22	25	35	1.94
8038125--8038351	115	2.0	114	94	0	400	47	10	12	29	1.74
8040184--8040234	24	2.2	22	83	13	59	41	3	9	45	1.56
8044251--8044284	17	1.9	18	88	5	52	67	5	5	20	1.33
8044457--8044514	28	2.1	28	83	6	73	51	1	1	44	1.21
8051667--8051707	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8056835--8056996	50	3.3	49	78	2	155	29	20	10	39	1.86
8057844--8057962	59	2.0	58	90	4	184	62	12	14	10	1.55
8068674--8068723	23	2.2	23	81	0	55	56	2	4	38	1.30
8068569--8068725	85	1.8	85	80	2	190	49	5	4	41	1.45
8070194--8070229	18	2.0	18	94	0	63	27	2	11	58	1.46
8070322--8070441	63	1.9	63	84	6	163	46	8	6	38	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8073665--8073719	25	2.2	25	83	0	65	18	29	20	32	1.96
8074045--8074092	20	2.5	20	93	3	80	56	10	6	27	1.57
8084685--8084741	12	4.2	13	82	13	71	73	0	0	26	0.83
8087837--8087889	17	3.1	17	80	15	56	37	0	5	56	1.23
8102150--8102188	17	2.3	18	82	13	55	35	7	2	53	1.43
8102741--8102766	9	2.9	9	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8105229--8105274	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
8105236--8105280	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
8108611--8108670	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
8109067--8109141	3	25.7	3	76	10	66	30	4	4	61	1.33
8109067--8109141	23	3.3	23	76	12	84	30	4	4	61	1.33
8109101--8109144	20	2.2	20	83	0	52	34	6	2	56	1.38
8109320--8109433	27	4.2	26	75	15	79	34	5	3	57	1.38
8109320--8109416	26	3.7	26	75	10	81	34	5	4	56	1.40
8109811--8109906	27	3.6	26	80	15	74	32	4	4	59	1.36
8126626--8126666	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
8135979--8136017	20	2.0	20	89	0	60	23	17	30	28	1.97
8144008--8144054	20	2.3	20	85	7	60	36	0	6	57	1.24
8144058--8144114	30	1.9	30	89	7	89	40	1	1	56	1.20
8144074--8144140	21	3.1	23	83	10	81	38	0	1	59	1.06
8144074--8144114	11	4.1	10	81	12	57	39	0	2	58	1.11
8144090--8144140	22	2.4	21	87	6	68	39	0	1	58	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8144086--8144148	20	3.0	20	82	11	74	42	0	1	55	1.09
8144090--8144157	21	3.2	21	81	8	75	47	0	1	51	1.09
8144237--8144356	20	6.7	20	65	29	65	41	0	0	57	1.04
8144228--8144274	22	2.1	23	92	4	78	40	0	0	59	0.97
8144251--8144317	12	5.5	14	68	28	55	38	1	0	59	1.06
8144240--8144338	34	3.0	32	87	11	130	40	1	0	58	1.05
8144286--8144341	11	5.0	11	75	16	53	41	0	0	58	0.98
8144301--8144371	20	3.5	20	81	11	83	46	0	0	53	1.00
8144299--8144388	39	2.3	42	77	14	102	46	0	1	52	1.07
8144003--8144450	215	2.1	210	89	6	676	41	1	4	53	1.30
8144481--8144519	20	1.9	20	85	15	53	61	0	0	38	0.96
8144471--8144524	9	5.5	10	78	10	58	59	0	0	40	0.98
8144583--8144637	25	2.2	24	96	3	101	56	0	0	43	0.99
8144662--8144706	23	2.0	23	86	8	65	73	0	2	24	0.95
8144677--8144712	9	3.9	9	89	7	54	77	0	2	19	0.88
8144662--8144719	5	11.0	5	77	22	57	75	0	1	22	0.89
8148773--8148816	22	2.0	22	95	0	79	36	22	6	34	1.81
8154186--8154345	80	2.0	80	96	0	293	35	11	18	35	1.86
8157941--8158088	40	3.6	41	73	5	129	27	18	29	24	1.98
8171869--8171955	39	2.2	39	87	4	122	21	22	26	28	1.99
8180027--8180113	39	2.2	39	91	0	138	20	24	27	27	1.99
8182111--8182277	35	4.6	36	84	7	196	33	25	10	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8182107--8182277	75	2.4	74	84	7	217	33	24	11	30	1.90
8185827--8185957	35	3.6	35	78	13	140	34	24	9	31	1.88
8195684--8195712	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
8198729--8198876	74	2.0	74	95	0	269	41	14	9	33	1.79
8212407--8212459	19	2.7	19	85	2	70	13	32	33	20	1.91
8213273--8213432	52	3.1	52	80	4	169	30	26	15	27	1.96
8213229--8213432	52	4.0	52	71	11	163	29	27	16	25	1.97
8221218--8221250	17	1.9	17	93	0	57	63	15	12	9	1.51
8226108--8226175	10	6.5	11	74	5	52	30	4	1	63	1.23
8226117--8226184	32	2.1	32	86	5	93	32	5	1	60	1.30
8226151--8226246	39	2.5	37	83	11	104	35	6	0	58	1.23
8226213--8226252	21	1.9	21	84	0	53	40	5	2	52	1.37
8233901--8234082	75	2.4	73	82	7	213	25	22	23	28	1.99
8234757--8234809	22	2.4	22	93	0	88	30	52	3	13	1.57
8235085--8235138	26	2.1	25	86	10	74	9	5	3	81	0.97
8235081--8235138	13	4.5	13	72	20	50	8	6	3	81	0.98
8235081--8235126	19	2.4	19	77	3	56	8	6	4	80	1.01
8236788--8236856	25	2.8	25	95	2	122	49	2	14	33	1.58
8238008--8238062	26	2.1	26	100	0	110	30	10	14	43	1.80
8242140--8242206	26	2.6	25	80	2	80	55	1	5	37	1.34
8255903--8256010	24	4.5	24	81	5	83	31	23	21	24	1.98
8255918--8256010	24	3.9	23	83	7	96	33	21	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8259250--8259276	14	1.9	14	100	0	54	37	14	11	37	1.82
8261449--8261474	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
8270994--8271100	26	4.1	27	77	9	98	59	4	4	30	1.38
8270994--8271100	52	2.1	51	84	7	135	59	4	4	30	1.38
8271092--8271146	23	2.4	23	84	6	67	61	7	5	25	1.44
8271152--8271244	43	2.1	42	82	5	105	61	2	5	31	1.30
8275808--8275851	10	4.2	10	80	11	52	77	2	9	11	1.08
8275802--8275852	22	2.3	22	86	6	68	76	1	7	13	1.09
8275809--8275855	22	2.1	23	92	4	78	74	4	8	12	1.19
8276962--8277153	64	3.0	64	89	1	278	30	18	15	35	1.92
8277536--8277631	44	2.2	46	85	9	128	30	15	26	28	1.96
8277488--8277975	175	2.8	176	88	1	719	32	17	23	26	1.97
8277841--8278267	147	2.9	147	89	3	621	33	17	23	25	1.96
8278182--8278265	43	2.0	43	85	0	114	30	11	27	29	1.92
8278126--8278533	177	2.3	175	83	4	489	30	17	25	26	1.98
8284825--8284893	21	3.3	21	68	24	56	23	2	0	73	0.96
8284828--8284874	24	1.9	24	91	4	76	25	2	0	72	0.96
8284821--8284905	27	3.3	27	76	17	90	22	2	0	75	0.92
8284833--8284943	59	1.9	55	80	7	123	22	3	0	72	1.05
8286045--8286089	23	2.0	23	90	0	72	80	4	0	15	0.87
8287778--8287807	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
8287969--8287998	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8287680--8288061	191	2.0	191	99	0	755	29	12	15	42	1.84
8289639--8289702	28	2.4	27	82	10	78	37	10	1	50	1.47
8291041--8291088	22	2.1	22	85	11	62	29	25	0	45	1.53
8293740--8293778	21	1.9	20	89	5	60	30	0	38	30	1.58
8300893--8300935	22	2.0	22	85	0	59	37	9	6	46	1.63
8303727--8304115	131	3.0	130	88	0	562	27	19	19	33	1.96
8314632--8314726	45	2.1	44	88	1	136	32	27	5	34	1.79
8314705--8314737	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
8314718--8314760	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
8315748--8315787	20	2.0	21	85	9	57	22	30	0	47	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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