genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1528145--1528171	11	2.5	11	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1529165--1529211	21	2.2	21	85	7	60	23	2	8	65	1.31
1529263--1529294	16	2.1	16	88	11	50	21	0	18	59	1.38
1533648--1533676	10	2.7	11	94	5	51	17	0	0	82	0.66
1534582--1534661	38	2.1	38	95	0	142	50	3	13	32	1.60
1538159--1538205	23	2.0	23	83	0	58	80	2	4	12	0.94
1539860--1539886	10	2.7	10	100	0	54	29	33	0	37	1.58
1541515--1541606	33	2.8	33	80	11	118	32	10	23	32	1.90
1549444--1549551	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
1556540--1556647	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
1559616--1559689	38	2.0	37	100	0	139	40	12	13	32	1.81
1559923--1559987	34	1.9	34	96	0	121	23	27	33	15	1.95
1563669--1563776	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
1565399--1565485	27	3.2	27	84	9	115	18	22	22	35	1.95
1565438--1565502	27	2.4	26	84	5	76	23	27	15	33	1.95
1565566--1565605	19	2.0	20	85	14	55	20	2	45	32	1.64
1574036--1574211	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
1574032--1574203	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
1582973--1583016	16	2.5	17	82	17	54	29	0	0	70	0.88
1584065--1584094	12	2.5	12	94	0	51	23	0	40	36	1.55
1584193--1584278	43	2.0	43	88	0	127	29	8	6	55	1.55
1590253--1590299	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1596954--1597137	96	1.9	96	94	3	316	48	22	8	20	1.76
1598754--1598779	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1599773--1599812	15	2.8	14	81	7	53	50	27	2	20	1.61
1599957--1600029	37	1.9	38	86	2	103	21	0	27	50	1.49
1600132--1600225	40	2.3	41	90	1	145	24	25	18	31	1.97
1601258--1601314	28	2.0	28	83	6	71	43	3	0	52	1.18
1606236--1606616	124	3.1	121	84	6	452	28	15	16	39	1.89
1606708--1606797	35	2.6	34	84	8	119	45	14	0	40	1.45
1610339--1610711	187	2.0	190	86	2	520	31	8	23	36	1.84
1612969--1613038	23	3.0	23	78	2	77	44	17	11	27	1.82
1612976--1613038	24	2.7	23	80	2	72	44	17	12	25	1.84
1621339--1621417	23	3.3	22	66	17	59	40	20	0	39	1.52
1621351--1621439	26	3.6	26	68	10	78	40	21	1	37	1.61
1621339--1621437	49	2.0	49	96	0	180	40	20	1	38	1.59
1621970--1622060	45	2.0	45	97	0	173	41	13	20	24	1.88
1622876--1622943	33	2.1	32	94	2	118	26	4	14	54	1.59
1623604--1623663	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
1629181--1629220	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
1629204--1629243	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1629189--1629255	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
1629183--1629259	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
1641922--1641958	13	2.8	14	80	12	51	37	10	0	51	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1642638--1642700	26	2.4	26	94	0	99	38	31	12	17	1.87
1643542--1643571	5	6.0	5	100	0	60	0	20	0	80	0.72
1646748--1646796	20	2.5	20	93	0	80	48	20	6	24	1.72
1649754--1649859	55	1.9	57	80	7	128	46	6	3	43	1.47
1649844--1649884	21	1.9	22	85	5	57	48	4	7	39	1.52
1660323--1660450	45	2.9	44	86	1	193	40	13	23	22	1.89
1669260--1669316	9	6.5	8	86	9	60	19	3	24	52	1.61
1669267--1669316	26	1.9	26	92	8	84	18	2	26	54	1.54
1669266--1669317	9	5.9	9	86	8	72	19	1	25	53	1.55
1670540--1670666	66	1.9	66	88	0	191	44	6	14	34	1.70
1671569--1671612	21	2.0	22	86	4	63	47	2	6	43	1.42
1673783--1673831	23	2.1	24	88	3	73	42	0	2	55	1.11
1675350--1675397	22	2.1	23	81	11	55	56	2	2	39	1.23
1690255--1690285	16	1.9	16	100	0	62	32	3	0	64	1.09
1698917--1698951	19	1.9	18	88	11	54	31	14	17	37	1.89
1699869--1700138	43	6.3	42	85	2	324	27	29	18	24	1.98
1699869--1700138	128	2.1	129	87	2	391	27	29	18	24	1.98
1700407--1700453	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
1705554--1705813	41	6.4	41	91	3	384	17	22	24	35	1.95
1705554--1705843	41	7.1	41	89	5	376	17	22	24	35	1.95
1706924--1706958	18	1.9	18	88	0	52	34	0	2	62	1.10
1707059--1707111	15	3.3	15	73	19	52	54	1	0	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1708387--1708425	19	2.1	19	90	0	60	30	0	5	64	1.15
1710229--1710257	14	2.1	14	100	0	58	37	20	27	13	1.91
1719222--1719256	6	5.8	6	93	0	61	14	20	17	48	1.81
1719938--1720178	89	2.7	88	82	7	310	36	17	10	35	1.84
1719937--1720187	86	2.9	86	78	11	278	37	17	10	35	1.84
1720284--1720401	10	11.8	10	75	16	59	64	1	0	33	1.09
1720296--1720356	9	6.7	9	78	10	52	63	1	0	34	1.04
1720318--1720368	18	2.7	20	75	12	52	64	1	0	33	1.05
1720282--1720368	37	2.3	38	84	6	104	64	2	0	33	1.06
1720270--1720398	19	7.2	18	70	15	63	67	1	0	30	1.05
1720314--1720418	10	10.2	10	72	14	63	64	0	1	32	1.11
1720322--1720419	53	1.9	50	87	10	144	64	1	2	32	1.12
1720607--1720661	28	2.0	27	82	10	67	27	5	1	65	1.25
1720670--1720730	19	3.2	19	85	2	86	34	1	3	60	1.23
1720679--1720816	9	14.4	9	67	15	64	35	1	2	60	1.21
1720686--1720806	29	4.2	28	70	17	88	37	1	2	58	1.21
1720620--1720738	19	6.2	19	73	12	82	29	5	4	61	1.36
1720670--1720749	19	4.1	20	82	4	67	32	2	5	60	1.32
1720771--1720821	19	2.6	19	81	12	59	37	0	0	62	0.95
1720734--1720811	28	2.7	28	84	9	95	41	1	1	56	1.15
1726963--1727092	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
1728739--1728821	33	2.7	30	82	10	112	40	12	8	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1733112--1733187	17	4.3	17	73	14	64	73	5	3	17	1.17
1742487--1742559	27	2.7	26	83	6	101	38	12	1	47	1.50
1746069--1746145	32	2.4	32	84	0	100	16	32	25	24	1.96
1749085--1749147	33	1.9	33	100	0	126	44	9	14	31	1.77
1754263--1754483	46	4.8	46	94	2	354	20	21	29	28	1.98
1766418--1766574	43	3.7	43	78	9	151	24	17	26	31	1.97
1770558--1770589	16	2.0	16	93	0	55	31	0	9	59	1.29
1772876--1773007	57	2.3	57	86	0	174	21	25	23	29	1.99
1773046--1773126	24	3.4	24	84	0	117	24	1	49	24	1.58
1773087--1773144	30	1.9	30	92	0	98	22	1	50	25	1.59
1773118--1773282	66	2.5	66	92	0	267	13	12	44	28	1.81
1773258--1773291	12	2.8	12	90	0	50	14	5	50	29	1.67
1773270--1773345	36	2.1	36	87	0	107	19	2	51	26	1.60
1773250--1773318	24	2.9	24	71	6	68	17	2	52	27	1.59
1773251--1773326	24	3.2	24	66	14	66	18	2	52	26	1.58
1773794--1773830	18	2.1	18	100	0	74	51	10	10	27	1.70
1778003--1778032	10	3.0	10	95	0	51	13	10	30	46	1.75
1780003--1780184	54	3.4	54	81	4	222	28	20	24	27	1.99
1780042--1780111	28	2.6	26	74	17	63	24	24	21	30	1.99
1790514--1790591	31	2.5	31	95	0	138	28	24	19	28	1.98
1791670--1791734	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
1791788--1791895	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1791851--1792034	27	6.8	26	80	6	172	28	10	20	40	1.85
1791852--1792001	81	1.9	81	85	5	214	28	8	21	41	1.82
1792033--1792124	27	3.4	27	82	5	105	42	7	20	29	1.80
1797497--1797528	16	1.9	17	93	6	57	25	6	31	37	1.81
1814078--1814692	307	2.0	307	99	0	1221	31	10	18	39	1.85
1829851--1829891	21	2.0	21	95	0	73	14	4	26	53	1.61
1832636--1832897	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
1840652--1840874	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
1840652--1840874	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
1840652--1840907	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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