genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5794052--5794077	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
5799197--5799225	13	2.1	14	93	6	51	82	0	0	17	0.66
5800181--5800220	18	2.2	19	90	4	64	75	5	7	12	1.18
5801072--5801120	20	2.5	18	78	18	53	71	2	4	22	1.13
5802008--5802063	13	4.5	13	82	13	82	46	16	1	35	1.57
5802006--5802049	23	1.9	23	100	0	88	45	18	0	36	1.49
5802008--5802078	36	2.0	36	83	2	90	47	14	1	36	1.52
5803123--5803198	30	2.6	30	82	2	100	30	22	6	40	1.79
5803142--5803222	30	2.7	30	82	3	92	32	19	6	41	1.76
5803746--5803806	19	3.2	19	82	13	63	72	0	24	3	1.00
5803741--5803804	27	2.3	29	83	8	87	70	0	26	3	1.02
5803741--5803795	4	14.2	4	80	14	62	70	0	25	3	1.03
5804068--5804111	23	1.9	23	85	0	61	81	0	18	0	0.68
5804566--5804708	17	8.3	17	79	14	141	32	12	11	43	1.79
5804561--5804724	35	4.7	35	79	8	183	32	12	10	44	1.77
5808084--5808120	4	9.8	4	82	11	51	27	18	2	51	1.60
5819929--5819960	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
5820140--5820290	43	3.6	43	75	12	127	32	26	17	23	1.96
5820121--5820272	43	3.6	42	79	8	141	30	28	17	23	1.97
5822306--5823082	78	10.1	76	84	6	865	28	17	19	34	1.95
5822319--5823082	154	4.9	155	89	4	1066	28	17	19	34	1.95
5823271--5823397	30	4.3	30	78	2	114	33	22	4	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5823271--5823394	59	2.1	59	80	3	133	33	21	4	40	1.75
5823900--5823979	23	3.6	21	77	12	72	72	0	27	0	0.85
5823904--5823962	14	4.4	13	83	16	59	72	0	27	0	0.84
5823898--5823952	4	14.8	4	81	14	57	74	0	25	0	0.82
5824205--5824250	14	3.3	14	81	9	58	82	0	17	0	0.67
5824713--5824836	18	7.2	17	72	15	94	31	12	11	45	1.77
5824712--5824854	34	4.2	33	78	11	103	33	11	11	44	1.76
5824713--5824836	16	7.2	16	73	17	90	31	12	11	45	1.77
5824707--5824869	35	4.7	32	73	16	112	33	11	10	45	1.74
5832174--5832217	21	2.1	21	91	0	70	29	20	29	20	1.98
5845221--5846474	132	9.5	133	84	7	1500	28	24	19	28	1.98
5845221--5846471	536	2.4	522	85	5	1597	28	24	19	28	1.98
5847829--5847857	8	3.6	8	100	0	58	0	20	0	79	0.74
5847829--5847864	16	2.3	16	90	4	56	2	16	0	80	0.83
5849123--5849183	32	1.9	32	96	0	113	22	9	31	36	1.87
5852127--5852250	62	2.0	62	100	0	248	43	6	11	38	1.66
5853550--5853576	12	2.2	12	100	0	54	18	25	22	33	1.97
5853773--5853799	12	2.2	12	100	0	54	33	7	22	37	1.82
5853836--5853904	19	3.8	19	73	19	67	44	2	7	44	1.46
5853974--5854155	101	1.8	100	93	1	319	41	0	6	51	1.32
5854039--5854431	119	3.3	119	98	0	750	42	1	5	50	1.36
5854645--5854698	16	3.4	16	78	17	58	24	25	7	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5856597--5856649	26	2.1	26	86	10	74	54	9	13	22	1.67
5857631--5857695	30	2.3	28	80	17	73	27	4	13	53	1.59
5863929--5863975	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
5867631--5867705	36	2.1	36	100	0	150	41	5	2	50	1.39
5873137--5873180	21	2.1	21	83	8	54	36	9	0	54	1.32
5876541--5876611	35	2.0	35	97	0	133	26	23	40	8	1.83
5892029--5892054	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
5892231--5892287	14	4.3	14	72	20	50	61	3	31	3	1.30
5892241--5892290	25	2.0	25	92	0	82	60	4	32	4	1.34
5892350--5892393	18	2.4	19	92	3	72	43	0	56	0	0.99
5892350--5892393	6	7.2	6	79	5	52	43	0	56	0	0.99
5892350--5892401	24	2.2	24	82	0	59	44	0	55	0	0.99
5894746--5894799	16	3.2	16	74	25	58	42	11	11	35	1.76
5894746--5895136	17	22.1	17	69	20	105	43	12	13	30	1.81
5894746--5895480	18	41.9	17	65	21	115	44	11	13	30	1.79
5894778--5894822	22	2.0	23	95	4	83	35	8	11	44	1.71
5894768--5894862	38	2.4	41	77	11	101	44	10	8	36	1.69
5894807--5895040	119	2.0	120	82	7	289	46	13	12	26	1.80
5894927--5895199	71	3.8	71	77	6	255	45	10	14	28	1.79
5894926--5895136	36	5.9	36	74	8	162	43	11	15	28	1.82
5894928--5895133	88	2.3	88	78	9	211	44	12	16	27	1.83
5894867--5895165	142	2.1	142	85	4	342	45	12	15	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5895191--5895232	19	2.3	19	87	4	59	33	7	9	50	1.62
5895293--5895436	18	8.2	18	75	13	122	45	12	13	29	1.80
5896191--5896231	4	11.0	4	84	10	52	0	21	0	78	0.76
5896186--5896251	22	2.9	22	70	20	55	0	22	7	69	1.13
5896359--5896426	12	6.3	11	73	18	54	1	20	1	76	0.94
5896366--5896432	29	2.3	30	80	14	70	1	22	1	74	0.98
5896959--5897155	30	6.6	30	77	6	154	38	3	22	35	1.72
5896950--5897131	59	3.1	58	75	8	170	39	2	21	36	1.68
5896965--5897155	89	2.1	89	80	5	208	38	3	21	36	1.71
5897339--5897487	50	3.0	50	88	0	226	25	22	31	20	1.98
5898226--5898266	21	1.9	22	85	5	57	39	2	12	46	1.54
5899313--5899365	18	3.3	15	76	20	54	69	0	1	28	0.99
5901676--5901744	35	2.0	35	100	0	138	17	50	11	20	1.76
5901693--5901772	34	2.3	35	84	2	99	22	51	10	16	1.74
5910533--5910713	86	2.1	87	90	1	283	27	21	23	27	1.99
5910672--5912655	134	14.8	134	86	4	2038	27	20	23	29	1.98
5910738--5911335	46	13.4	45	62	14	146	26	19	23	30	1.98
5911773--5912158	95	4.0	95	95	1	700	29	18	22	28	1.98
5912139--5912679	130	4.1	130	90	0	884	29	19	24	26	1.99
5912487--5912678	43	4.4	44	68	8	117	29	19	26	25	1.98
5912139--5912593	44	10.4	43	66	7	148	29	19	24	26	1.99
5912433--5912612	44	4.1	44	66	8	107	27	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5919424--5919492	32	2.2	32	89	0	102	20	23	18	37	1.94
5927596--5927689	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
5927606--5927683	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
5932249--5932342	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
5932259--5932336	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
5943794--5944038	87	2.8	86	88	2	339	33	22	22	20	1.97
5943881--5944169	130	2.2	130	88	1	418	35	22	21	21	1.96
5943972--5944202	87	2.7	86	82	6	277	36	22	20	20	1.95
5943750--5944202	217	2.1	217	90	0	719	34	22	21	20	1.96
5951336--5951377	21	2.0	22	90	4	68	28	2	47	21	1.63
5951336--5951377	11	4.0	10	87	3	57	28	2	47	21	1.63
5953750--5953781	15	2.1	15	94	0	55	78	0	12	9	0.97
5953940--5954008	29	2.3	29	85	5	84	55	14	8	21	1.66
5955732--5955777	23	2.1	22	88	8	67	15	47	15	21	1.81
5957153--5957211	13	4.5	13	68	16	50	35	3	1	59	1.24
5957139--5957193	24	2.3	24	78	9	58	38	3	5	52	1.42
5957180--5957221	14	2.9	14	80	16	50	33	2	2	61	1.21
5957928--5958040	57	2.0	58	98	0	185	23	16	10	48	1.78
5957950--5958040	28	3.2	28	62	20	71	21	17	8	51	1.72
5961474--5961510	18	2.1	18	100	0	74	56	10	0	32	1.34
5962974--5963020	11	4.3	11	83	5	60	31	4	44	19	1.70
5962974--5963020	21	2.1	22	88	7	69	31	4	44	19	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5962985--5963026	22	1.9	22	85	9	59	33	4	45	16	1.69
5967073--5967139	18	3.7	18	81	0	80	37	11	19	31	1.88
5967679--5967725	11	4.3	11	83	5	60	31	4	44	19	1.70
5967679--5967725	21	2.1	22	88	7	69	31	4	44	19	1.70
5967690--5967731	22	1.9	22	85	9	59	33	4	45	16	1.69
5972332--5972634	3	100.0	3	67	17	119	62	1	7	27	1.33
5972541--5972600	23	2.7	23	86	2	77	61	1	5	31	1.27
5983322--5983379	30	1.9	30	96	0	107	62	5	8	24	1.45
5983994--5984023	7	4.3	7	91	0	51	56	3	16	23	1.55
5984378--5984402	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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