genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21602939--21603122	40	4.6	40	80	10	207	26	28	21	23	1.99
21602941--21603123	79	2.3	81	83	7	223	26	28	21	23	1.99
21605016--21605085	34	2.1	34	94	5	124	14	15	22	47	1.82
21608404--21608430	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
21610824--21611001	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21610825--21610980	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21610821--21611001	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21623415--21623546	56	2.4	57	87	7	191	33	26	12	28	1.92
21623883--21623907	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92
21629712--21629781	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
21631385--21631442	29	2.0	30	83	16	77	51	3	0	44	1.18
21631810--21631895	31	2.8	32	89	5	131	24	27	13	33	1.94
21637331--21637380	26	1.9	26	88	8	75	34	2	0	64	1.05
21637564--21637607	4	10.8	4	95	4	79	52	0	0	47	1.00
21637652--21637692	20	2.0	20	95	0	73	53	4	7	34	1.50
21642545--21642684	40	3.3	40	67	14	118	26	15	25	32	1.96
21642672--21642697	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
21649684--21649712	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
21650027--21650089	33	1.9	33	90	0	99	42	15	12	28	1.84
21653337--21653454	43	2.7	43	82	2	121	31	27	16	24	1.97
21666584--21666608	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
21668804--21668843	21	1.9	21	85	10	55	27	37	20	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21673355--21673465	54	2.1	54	92	0	186	38	17	12	31	1.87
21676656--21676712	26	2.2	26	84	9	71	38	22	8	29	1.85
21676823--21676916	27	3.4	27	95	1	161	18	24	23	34	1.96
21677633--21677759	45	2.9	44	81	10	127	24	27	22	25	2.00
21677813--21677981	43	3.9	43	92	0	284	30	33	23	11	1.91
21680875--21680940	27	2.5	27	76	11	73	18	24	19	37	1.93
21684179--21684212	14	2.4	14	90	5	50	61	5	5	26	1.42
21686071--21686332	47	5.6	47	74	5	271	28	28	19	23	1.98
21686063--21686378	47	6.8	46	72	6	217	29	28	18	23	1.98
21686063--21686382	93	3.4	93	94	0	534	28	28	19	23	1.98
21688765--21688853	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
21688765--21688844	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
21688776--21688853	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
21691774--21691944	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
21691766--21691941	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
21693391--21693420	11	2.6	11	94	5	51	43	23	0	33	1.54
21698454--21698592	70	2.0	70	89	1	215	25	14	33	27	1.94
21706761--21706841	26	3.1	26	78	7	101	18	27	20	33	1.96
21712890--21712930	21	1.9	22	85	14	59	29	12	12	46	1.77
21717037--21717268	56	4.1	56	98	0	446	45	9	21	22	1.81
21723030--21723282	140	1.8	140	81	3	321	24	28	18	28	1.98
21730950--21730981	8	4.0	8	95	0	55	40	0	12	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21734500--21734699	106	1.9	106	82	6	253	49	12	6	32	1.65
21734738--21734772	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
21735105--21735180	12	6.3	12	79	11	75	63	0	5	31	1.17
21735246--21735284	18	2.2	18	85	0	51	66	0	0	33	0.92
21750965--21750993	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
21755850--21755964	46	2.6	44	85	8	137	26	27	23	22	2.00
21755963--21756106	38	3.8	38	87	0	198	28	24	22	25	1.99
21755962--21756106	76	1.9	76	89	0	227	28	24	22	24	1.99
21760534--21760633	39	2.5	39	95	1	173	20	23	28	29	1.98
21760533--21760672	39	3.6	40	86	5	164	20	22	26	30	1.98
21766155--21766244	29	3.1	28	89	7	137	27	13	28	30	1.94
21769881--21769918	16	2.4	16	90	0	58	55	21	15	7	1.66
21770136--21770225	29	3.1	28	87	7	128	26	13	28	31	1.94
21773863--21773904	21	2.0	21	90	0	66	47	30	11	9	1.72
21776514--21776917	48	8.4	48	79	3	375	26	23	18	31	1.97
21776514--21776917	144	2.8	144	85	0	531	26	23	18	31	1.97
21777039--21777074	6	6.0	6	100	0	72	50	16	0	33	1.46
21779028--21779079	26	2.0	26	100	0	104	30	19	23	26	1.98
21783273--21783313	18	2.4	17	88	8	57	39	2	19	39	1.65
21783272--21783307	18	2.0	18	94	0	63	36	5	22	36	1.78
21786767--21786842	39	1.9	40	86	7	111	27	15	23	32	1.95
21788383--21788467	41	2.1	41	88	4	127	23	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21795954--21795983	16	1.9	16	93	6	53	53	10	23	13	1.69
21796192--21796340	29	5.2	29	95	0	255	26	12	29	30	1.93
21798437--21798563	46	2.7	48	77	11	145	22	29	20	26	1.98
21801958--21802034	40	1.9	40	92	5	129	25	15	25	32	1.96
21801956--21802048	40	2.3	40	83	3	125	24	15	27	32	1.95
21803222--21803281	30	2.0	30	86	0	84	25	21	31	21	1.98
21806432--21806456	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
21806503--21806600	5	18.8	5	73	22	78	74	2	5	18	1.10
21806523--21806595	6	12.2	6	70	11	51	75	2	5	16	1.11
21806503--21806600	12	9.4	10	76	17	78	74	2	5	18	1.10
21806529--21806600	31	2.2	33	88	9	105	76	2	4	16	1.06
21827260--21827302	17	2.5	17	82	14	52	11	4	9	74	1.20
21828856--21829028	27	6.4	27	83	5	208	27	21	9	42	1.83
21829037--21829204	54	3.1	54	89	2	257	37	19	18	25	1.94
21829045--21829232	54	3.5	54	86	0	250	35	19	19	25	1.95
21829045--21829213	27	6.3	27	88	0	230	36	20	19	23	1.95
21829431--21829510	27	3.0	26	85	3	97	21	22	20	36	1.95
21831463--21832175	27	26.4	27	81	4	758	28	22	8	40	1.83
21831463--21832191	108	6.8	108	85	2	858	28	22	8	40	1.84
21832192--21832379	27	7.0	27	86	0	241	35	19	20	25	1.96
21832578--21832660	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
21832748--21832806	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21839150--21839267	43	2.8	41	76	6	119	33	26	16	23	1.96
21846279--21846384	42	2.5	43	77	10	119	30	26	18	24	1.98
21850058--21850140	37	2.2	37	84	0	103	40	3	16	38	1.66
21850219--21850256	15	2.4	16	83	16	53	52	0	5	42	1.24
21854713--21854841	24	5.3	24	72	10	75	26	23	18	31	1.97
21859244--21859333	27	3.3	27	85	0	117	27	26	16	28	1.97
21861997--21862172	46	3.8	46	81	5	176	23	28	19	28	1.98
21861997--21862172	94	1.9	92	83	9	232	23	28	19	28	1.98
21874324--21874684	137	2.6	140	80	6	383	23	29	20	25	1.99
21874321--21874684	48	7.7	47	73	10	273	23	30	20	25	1.99
21876781--21876896	38	3.0	38	83	2	133	20	22	24	32	1.98
21882160--21882238	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21882356--21882513	49	3.2	48	95	2	273	30	31	7	31	1.85
21882784--21882841	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
21891027--21891112	43	2.0	43	82	8	104	25	29	20	24	1.99
21895379--21895820	224	2.0	224	90	0	706	35	23	12	28	1.91
21907007--21907596	177	3.3	173	80	9	627	26	25	19	28	1.98
21907033--21907549	44	11.7	45	68	12	239	25	26	18	29	1.98
21915659--21915987	47	6.9	47	95	0	532	32	7	30	29	1.86
21916106--21916184	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21919636--21919680	19	2.3	20	85	7	58	35	8	24	31	1.86
21923261--21923338	14	5.4	14	68	20	54	71	0	10	17	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21923475--21923544	29	2.5	28	80	8	81	52	4	5	37	1.45
21937358--21937428	13	5.5	13	87	0	106	25	8	28	38	1.85
21945765--21945820	27	2.1	27	86	6	78	25	23	14	37	1.92
21957475--21957507	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
21962114--21962153	17	2.4	17	88	12	64	27	0	0	72	0.85
21968846--21969000	72	2.2	72	100	0	310	35	10	24	29	1.89
21976106--21976268	42	3.9	42	80	4	175	22	15	26	36	1.93
21983925--21984185	40	6.6	40	95	1	445	26	26	22	24	2.00
21987136--21987300	43	3.9	41	77	10	161	26	18	23	31	1.98
21987158--21987288	42	3.0	42	80	11	133	26	19	23	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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