genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51905124--51905522	198	2.0	198	100	0	798	27	14	17	41	1.87
51919568--51919647	40	2.0	40	97	0	151	31	17	17	33	1.93
51924411--51924448	19	2.0	19	100	0	76	36	5	15	42	1.70
51927144--51927168	13	1.9	13	100	0	50	16	36	32	16	1.90
51932206--51932455	40	6.3	40	94	0	385	24	20	28	26	1.99
51932153--51932455	120	2.5	119	85	2	383	24	21	28	26	1.99
51940144--51940366	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
51940219--51940401	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
51945435--51945729	47	6.3	47	89	0	446	26	28	9	36	1.87
51951232--51951293	7	9.0	7	77	8	65	43	30	0	25	1.55
51951245--51951320	27	2.8	26	77	18	75	40	28	1	28	1.65
51957622--51957717	46	2.1	45	88	3	149	30	26	8	34	1.86
51964519--51964549	14	2.2	14	94	0	53	41	35	19	3	1.67
51964882--51965371	242	2.0	242	94	0	854	37	26	8	28	1.85
51967234--51967477	49	4.9	49	84	2	290	29	27	18	25	1.98
51967234--51967477	101	2.5	98	84	2	308	29	27	18	25	1.98
51975404--51975611	40	5.2	40	86	4	278	27	28	21	22	1.99
51977759--51977820	32	2.0	32	93	3	108	40	27	1	30	1.66
51979286--51979341	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
51985207--51985553	175	2.0	175	88	3	511	23	30	21	23	1.99
51998198--51998315	43	2.8	42	79	5	121	30	19	15	34	1.93
52001394--52001425	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52002895--52003009	29	4.0	29	82	2	126	28	16	26	27	1.97
52002901--52003009	57	1.9	57	83	3	139	27	17	27	27	1.98
52007064--52007114	24	2.1	24	81	0	57	56	17	17	7	1.63
52007233--52007267	17	2.0	18	88	5	54	17	22	40	20	1.92
52007325--52007437	29	4.0	28	80	2	109	28	14	29	28	1.95
52011302--52011333	7	4.6	7	92	0	55	40	18	12	28	1.87
52011614--52011711	31	2.9	34	85	11	139	36	6	11	45	1.65
52018510--52018599	41	2.2	41	86	4	128	24	21	16	37	1.93
52022319--52022512	27	7.2	27	80	4	169	24	19	18	38	1.93
52022348--52022497	53	2.8	53	82	3	176	22	20	18	39	1.92
52022545--52022575	12	2.6	12	100	0	62	16	35	32	16	1.91
52030041--52030078	18	2.1	18	85	9	51	21	26	13	39	1.89
52034264--52034345	42	2.0	42	90	0	128	29	18	20	31	1.96
52037248--52037273	13	2.0	13	100	0	52	15	38	38	7	1.76
52038395--52038422	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
52043510--52043543	18	1.9	17	88	5	50	35	5	0	58	1.22
52046674--52046771	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
52051627--52051732	40	2.6	40	74	3	95	27	18	27	26	1.98
52057738--52058042	46	6.4	49	69	11	154	26	19	29	23	1.98
52064815--52064992	27	6.6	27	83	3	196	27	15	27	29	1.96
52064816--52064971	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
52067556--52067596	20	2.0	20	95	0	73	19	24	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52067586--52067802	62	3.5	62	100	0	434	28	25	15	30	1.96
52070161--52070280	46	2.6	44	87	7	161	24	27	20	28	1.99
52075850--52075932	42	2.0	42	97	0	157	34	18	24	22	1.96
52078606--52078712	37	2.9	37	95	0	187	26	31	18	23	1.97
52078839--52078992	48	3.2	48	90	2	238	31	28	5	33	1.81
52078963--52079061	47	2.1	47	82	0	117	27	31	9	32	1.88
52082893--52083084	40	4.8	40	92	0	312	25	29	21	23	1.99
52083221--52083249	13	2.2	13	100	0	58	31	31	0	37	1.58
52084358--52084466	37	2.9	37	93	2	175	27	31	18	22	1.97
52084603--52084694	48	1.9	48	91	4	150	31	27	6	34	1.82
52084667--52084765	47	2.1	47	84	3	128	28	29	11	31	1.91
52088317--52088371	8	6.9	8	77	6	58	54	0	1	43	1.10
52098740--52098778	21	1.9	20	84	5	51	33	28	20	17	1.96
52100701--52100761	6	10.2	6	79	13	72	16	0	1	81	0.76
52100705--52100788	17	4.9	17	74	18	77	17	2	1	78	0.92
52100701--52100788	5	18.2	5	73	21	64	18	2	1	78	0.92
52105151--52105189	15	2.5	16	87	4	53	69	2	23	5	1.21
52105982--52106015	6	5.7	6	85	0	50	17	17	14	50	1.79
52106976--52107030	22	2.5	22	87	0	74	27	29	27	16	1.97
52107170--52107200	15	2.1	15	100	0	62	12	19	12	54	1.70
52107471--52107545	26	2.9	26	76	2	80	34	16	17	32	1.92
52107530--52107648	25	4.8	25	80	8	100	33	25	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52107533--52107598	13	5.2	13	69	7	55	28	25	19	25	1.99
52107558--52107744	25	7.5	25	82	2	180	35	22	15	25	1.94
52107560--52107744	74	2.5	75	79	3	194	36	22	15	25	1.94
52107562--52107744	99	1.8	99	83	4	244	36	21	15	26	1.94
52120013--52120092	42	1.9	42	82	5	99	23	35	22	18	1.96
52134127--52134305	73	2.5	73	90	0	286	24	24	25	25	2.00
52135100--52135130	14	2.1	15	94	5	55	38	19	0	41	1.51
52135297--52135431	41	3.4	39	73	12	125	34	25	17	23	1.96
52136244--52136279	11	3.1	12	88	8	56	0	27	0	72	0.85
52136346--52136416	30	2.4	30	85	7	99	53	0	1	45	1.09
52136337--52136376	20	2.0	20	100	0	80	40	0	5	55	1.22
52136366--52136419	5	10.8	5	100	0	108	59	0	0	40	0.98
52136961--52137028	8	8.4	8	75	13	59	51	1	2	44	1.25
52137930--52138021	44	2.1	44	82	8	107	21	19	21	36	1.95
52152258--52152311	26	2.1	26	100	0	108	50	22	9	18	1.75
52155799--52155944	48	3.0	50	81	4	197	25	29	18	26	1.98
52156910--52156934	12	2.1	12	100	0	50	36	40	8	16	1.77
52164801--52165195	50	7.9	50	76	4	364	27	17	24	31	1.97
52164802--52164983	101	1.8	101	85	0	256	27	17	23	31	1.97
52164953--52165142	101	1.9	101	86	0	272	27	18	22	31	1.97
52164800--52165192	151	2.6	151	88	0	590	26	17	23	31	1.97
52165395--52165426	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52167507--52167973	48	9.6	49	78	6	450	26	27	17	28	1.98
52167507--52167973	98	4.8	95	79	8	494	26	27	17	28	1.98
52167505--52167973	146	3.2	146	91	0	751	26	27	17	28	1.98
52167943--52168003	30	2.0	30	100	0	122	24	26	19	29	1.99
52172590--52172644	18	3.1	18	75	15	69	38	1	18	41	1.61
52174055--52174286	48	4.8	48	94	0	392	35	6	28	29	1.83
52174267--52174310	22	2.0	22	95	0	79	43	4	29	22	1.73
52174219--52174356	70	2.0	70	94	0	240	38	6	28	26	1.81
52174055--52174445	166	2.6	144	82	11	383	35	6	28	29	1.83
52174173--52174394	118	1.9	118	92	1	374	36	6	28	28	1.82
52174123--52174442	166	1.9	166	93	1	552	35	6	28	29	1.82
52174289--52174445	48	3.3	48	95	0	278	35	6	29	29	1.82
52174598--52174696	37	2.7	37	91	0	162	25	18	31	25	1.97
52179710--52180104	50	7.8	50	84	2	461	26	16	26	30	1.97
52179757--52180101	151	2.3	150	88	0	375	26	17	26	29	1.97
52180708--52181044	179	1.9	178	84	7	450	38	9	18	33	1.83
52189560--52189616	27	2.1	27	87	6	80	35	14	28	22	1.93
52195753--52195882	43	3.1	42	77	8	138	54	12	15	17	1.71
52199790--52199827	13	2.8	14	84	15	53	31	0	2	65	1.06
52203999--52204063	27	2.3	29	76	5	71	29	12	16	41	1.85
52207131--52207257	28	4.5	28	86	3	155	33	25	11	29	1.91
52207131--52207258	29	4.5	29	87	2	163	33	25	11	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52207130--52207258	57	2.3	57	86	2	179	33	26	11	28	1.91
52211661--52212214	40	13.9	40	95	0	964	18	21	31	27	1.97
52212378--52212428	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
52215781--52216269	48	10.3	48	93	2	837	36	5	26	31	1.80
52216410--52216508	37	2.7	37	88	0	144	23	20	29	27	1.99
52221018--52221047	9	3.3	9	95	0	51	60	0	10	30	1.30
52224144--52224186	21	2.1	20	91	4	68	58	16	4	20	1.56
52224843--52224871	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
52234045--52234082	17	2.2	17	90	0	58	28	7	44	18	1.78
52246029--52246091	28	2.2	28	94	0	108	15	19	39	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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