genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091170--2091208	20	2.0	20	100	0	78	46	10	28	15	1.78
2092627--2092761	43	3.2	43	86	5	175	45	23	12	18	1.84
2096034--2096257	70	3.2	70	85	1	252	38	18	11	32	1.86
2098980--2099017	18	2.2	17	90	9	67	50	5	15	26	1.65
2102323--2102418	51	1.9	50	82	6	122	40	3	6	50	1.43
2107183--2107307	43	2.9	43	88	4	173	25	16	25	32	1.96
2113683--2113995	47	6.7	45	73	11	222	27	20	30	21	1.98
2113683--2113995	94	3.4	92	77	9	325	27	20	30	21	1.98
2113968--2114068	50	2.0	50	98	0	193	25	18	25	29	1.98
2117525--2117643	35	3.4	34	68	13	96	27	12	14	45	1.81
2119892--2119934	18	2.2	20	84	8	54	30	9	16	44	1.79
2120061--2120131	34	2.1	34	94	0	124	40	4	23	30	1.74
2121224--2121256	17	1.9	17	93	0	57	66	3	0	30	1.06
2126562--2126591	16	1.9	15	93	6	51	26	0	0	73	0.84
2126564--2126632	35	1.9	36	85	2	95	20	4	1	73	1.07
2127779--2128149	187	2.0	182	95	2	661	38	15	17	28	1.91
2130173--2130260	15	5.8	15	73	11	63	71	11	10	6	1.30
2130187--2130261	14	5.0	15	73	10	64	72	13	10	4	1.26
2130169--2130262	46	2.0	46	100	0	188	72	10	10	6	1.28
2140720--2140772	25	2.1	25	82	10	63	43	0	11	45	1.40
2143226--2143286	31	2.0	31	90	0	95	27	13	4	54	1.59
2143544--2143581	20	1.9	20	89	10	60	50	15	0	34	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146956--2147287	131	2.6	129	84	2	400	34	18	18	28	1.95
2150854--2151003	75	2.0	75	92	0	246	40	12	11	36	1.78
2158780--2158879	3	32.7	3	78	7	103	62	2	5	31	1.28
2158798--2158879	31	2.5	31	88	5	110	63	0	6	30	1.19
2160091--2160264	49	3.5	49	91	3	253	27	16	22	34	1.95
2160091--2160294	49	4.1	49	92	3	236	27	16	22	32	1.96
2160402--2160590	85	2.2	85	96	0	306	28	22	21	27	1.99
2160443--2160809	129	2.8	129	90	2	497	27	22	20	29	1.99
2160294--2160715	214	2.0	214	92	0	709	27	22	21	28	1.99
2160753--2161109	170	2.1	171	88	4	526	27	21	20	29	1.98
2169773--2169838	31	2.2	30	88	2	96	30	22	24	22	1.99
2177140--2177173	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
2177123--2177182	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
2180936--2180969	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
2180919--2180978	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
2192139--2192189	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
2193555--2193622	31	2.1	33	86	5	95	10	10	5	73	1.24
2197252--2197303	16	3.2	16	97	0	95	28	0	36	34	1.58
2197289--2197393	44	2.5	40	73	16	113	34	5	28	31	1.81
2197527--2197568	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
2197827--2197879	27	2.1	27	82	10	67	43	0	0	56	0.99
2206157--2206239	40	2.0	42	88	6	125	21	16	2	59	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207293--2207353	16	3.7	16	76	6	50	37	4	0	57	1.20
2207441--2207474	18	1.9	17	88	5	50	32	0	2	64	1.08
2221395--2221719	160	2.0	160	100	0	650	24	23	13	38	1.91
2233246--2233314	29	2.4	28	76	9	68	50	10	1	37	1.45
2239291--2239327	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
2241881--2241926	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
2243703--2243745	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
2252410--2252634	40	5.6	39	82	6	229	24	20	28	26	1.99
2252504--2252657	80	1.9	79	81	6	186	26	19	27	25	1.99
2259392--2259416	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2259863--2259990	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
2259863--2259990	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
2263097--2263208	41	2.7	43	90	5	176	34	25	18	21	1.96
2267143--2267175	16	2.0	17	94	5	59	36	18	3	42	1.66
2267289--2267485	55	3.6	54	82	4	227	21	24	17	36	1.95
2267464--2267584	47	2.6	47	94	1	217	26	24	13	35	1.92
2267953--2268008	28	2.0	29	96	3	105	30	26	0	42	1.56
2272350--2272401	27	2.0	26	81	11	61	51	1	3	42	1.31
2280227--2280282	20	2.8	20	80	0	67	37	17	8	35	1.82
2285873--2285949	33	2.3	34	86	6	104	31	18	22	28	1.97
2298282--2298368	28	3.2	28	65	21	76	44	14	8	32	1.75
2298645--2298696	15	3.5	15	89	0	77	71	0	26	1	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301061--2301211	27	5.6	27	78	0	160	40	21	7	29	1.82
2301054--2301212	54	3.0	54	85	2	214	38	22	8	30	1.83
2301082--2301318	27	8.9	27	76	5	140	38	20	8	32	1.82
2301141--2301373	54	4.4	53	75	4	173	38	21	7	33	1.81
2301137--2301318	53	3.4	52	78	8	161	38	21	7	32	1.82
2301194--2301373	27	6.7	27	72	10	118	38	21	7	33	1.81
2301365--2301604	27	8.9	27	83	0	275	35	18	20	26	1.95
2301341--2301507	54	3.1	53	73	13	144	35	19	16	27	1.94
2301365--2301590	81	2.8	80	86	4	310	34	19	19	26	1.95
2301968--2302027	22	2.7	22	82	10	61	21	25	20	33	1.97
2302186--2302290	27	4.1	27	76	10	87	19	20	20	40	1.92
2302408--2302487	31	2.6	31	93	0	133	17	15	16	51	1.77
2302408--2302501	6	15.3	6	75	16	86	18	14	15	51	1.77
2302411--2302490	25	3.2	24	79	8	90	17	15	16	51	1.77
2304403--2304499	27	3.6	27	90	0	158	41	23	8	26	1.83
2304396--2304499	54	1.9	54	96	0	190	39	24	8	27	1.84
2304463--2304539	40	1.9	40	97	0	145	41	24	9	24	1.84
2304436--2304566	67	2.0	67	87	3	192	40	23	9	26	1.84
2304503--2304749	27	9.2	27	79	3	212	38	20	9	31	1.85
2304409--2304593	94	2.0	94	95	0	334	38	22	10	28	1.87
2304552--2304745	80	2.4	82	82	6	227	38	20	9	31	1.84
2304518--2304773	107	2.4	107	78	4	257	38	20	9	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304599--2304809	81	2.6	81	79	3	203	38	21	8	31	1.82
2304801--2305261	27	17.1	27	88	0	636	35	18	20	25	1.95
2305691--2305733	22	2.0	22	81	9	52	25	23	18	32	1.97
2305895--2306002	27	4.0	26	80	5	117	19	21	20	38	1.93
2305895--2306002	54	2.0	53	83	1	135	19	21	20	38	1.93
2306122--2306192	31	2.3	31	95	0	124	19	12	15	52	1.75
2306125--2306194	25	2.8	24	82	8	70	18	14	15	51	1.77
2306122--2306203	6	13.3	6	71	19	53	19	13	15	51	1.76
2306122--2306201	31	2.6	31	90	4	108	18	13	16	51	1.77
2307356--2307671	53	5.9	54	81	6	354	24	25	16	34	1.96
2307367--2307663	55	5.5	53	81	6	339	23	24	17	34	1.96
2307367--2307663	108	2.7	108	92	2	481	23	24	17	34	1.96
2307773--2307858	45	1.9	45	92	0	145	22	26	18	32	1.97
2307863--2307947	44	1.9	44	80	4	100	24	24	14	36	1.93
2315339--2315438	50	2.0	50	90	0	155	27	22	15	36	1.93
2325211--2325267	26	2.2	26	83	3	69	28	19	17	35	1.94
2330968--2331072	54	1.9	54	94	0	183	35	10	25	28	1.89
2359312--2359405	42	2.2	43	79	9	104	28	13	24	32	1.94
2368235--2368305	4	18.0	4	74	18	60	70	0	4	25	1.05
2368276--2368307	10	3.4	10	87	12	50	81	0	0	18	0.70
2371466--2371563	40	2.5	40	90	5	146	24	24	29	21	1.99
2373531--2373697	46	3.6	45	76	13	162	28	19	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2375647--2375676	14	2.1	15	93	6	53	0	40	0	60	0.97
2375975--2376028	21	2.6	21	87	0	72	25	35	5	33	1.80
2381848--2381878	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
2385149--2385267	27	4.4	27	82	2	139	36	16	21	24	1.94
2385160--2385264	55	1.9	53	88	3	156	36	17	22	23	1.95
2385261--2385322	27	2.3	26	88	2	88	25	19	17	37	1.94
2385899--2386114	67	3.1	67	94	3	360	18	27	22	31	1.97
2392457--2392575	27	4.4	26	82	6	139	34	19	21	24	1.96
2392461--2392576	54	2.1	55	85	4	164	35	19	20	24	1.96
2393206--2393257	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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