genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61750188

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24738232--24738309	41	1.9	41	89	0	120	23	21	29	25	1.99
24738687--24738733	22	2.1	22	88	0	67	10	12	27	48	1.74
24738694--24738740	22	2.1	22	88	0	67	10	14	29	44	1.79
24740631--24740688	19	3.0	19	77	7	55	44	3	8	43	1.51
24743040--24743118	21	3.8	21	74	0	68	46	17	20	15	1.83
24743041--24743120	42	1.9	42	84	0	106	46	18	21	13	1.84
24744049--24744073	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
24748226--24748342	44	2.7	42	78	3	126	32	26	18	22	1.97
24779574--24779660	27	3.2	27	86	3	122	39	20	22	17	1.92
24784621--24786169	774	2.0	774	99	0	3071	35	22	15	27	1.94
24786138--24786242	27	3.9	27	88	2	140	33	19	25	21	1.97
24790370--24790553	39	4.6	39	83	5	210	26	27	22	23	2.00
24790372--24790553	79	2.3	80	83	6	228	25	27	22	24	2.00
24790733--24790855	63	2.0	63	93	0	210	26	23	17	32	1.97
24791215--24791968	37	20.4	37	100	0	1508	32	21	13	32	1.92
24800118--24800195	37	2.1	37	92	4	131	42	17	11	28	1.84
24800198--24800233	18	2.0	18	94	0	63	36	22	19	22	1.95
24806589--24806726	42	3.1	42	76	18	161	32	16	18	32	1.93
24817658--24817714	27	2.1	27	90	3	89	50	19	14	15	1.77
24820966--24821034	26	2.7	26	81	0	84	18	21	23	36	1.95
24821019--24821196	29	6.2	29	75	14	154	24	15	19	39	1.91
24821022--24821174	58	2.6	58	85	4	193	23	15	20	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24821011--24821196	87	2.2	86	79	9	193	26	15	20	38	1.92
24822950--24823050	40	2.6	38	76	9	105	48	7	4	38	1.54
24835812--24835880	27	2.6	27	90	0	102	26	14	28	30	1.95
24844472--24844513	22	1.9	22	95	0	75	26	23	26	23	2.00
24844472--24844519	22	2.2	22	88	0	69	27	22	25	25	2.00
24844430--24844554	62	2.0	62	90	0	196	24	20	26	29	1.99
24844492--24844637	40	3.6	41	88	3	190	24	21	28	25	1.99
24844492--24844657	80	2.1	80	81	3	192	24	20	28	27	1.99
24847454--24847518	23	2.8	24	84	11	80	24	20	24	30	1.98
24847631--24847674	21	2.0	21	82	4	52	34	15	15	34	1.90
24858897--24858940	23	1.9	23	95	0	79	50	9	20	20	1.75
24863573--24863620	23	2.1	23	100	0	96	27	16	20	35	1.94
24871118--24871288	48	3.5	48	82	6	186	18	17	29	35	1.94
24871223--24871352	48	2.7	48	73	4	111	20	16	30	32	1.95
24873028--24873200	46	3.7	46	75	13	183	21	19	27	30	1.98
24873025--24873195	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98
24873425--24873462	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
24878666--24878825	79	2.0	79	92	0	266	55	11	11	21	1.67
24879403--24879438	16	2.2	16	90	0	54	77	8	5	8	1.11
24892829--24893053	40	5.6	40	92	0	360	17	20	28	33	1.96
24901777--24901947	46	3.7	47	84	9	217	28	27	19	23	1.99
24901728--24901952	46	4.9	45	75	13	142	28	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24906073--24906140	27	2.6	25	79	9	66	38	19	25	17	1.93
24910375--24910547	48	3.6	49	84	6	228	26	30	19	24	1.98
24910642--24910723	24	3.3	24	69	21	78	39	19	9	31	1.84
24910635--24910736	51	2.0	51	100	0	204	39	19	9	31	1.84
24918021--24918281	48	5.4	48	84	1	317	27	28	17	26	1.97
24918021--24918281	144	1.8	144	84	5	357	27	28	17	26	1.97
24922291--24922335	18	2.5	18	82	7	56	48	13	15	22	1.79
24922665--24922765	27	3.7	27	85	2	139	40	13	15	29	1.86
24923016--24923055	19	2.1	19	85	0	53	27	42	12	17	1.85
24950064--24950214	43	3.5	44	76	9	159	31	25	16	27	1.97
24950203--24950247	23	2.0	22	82	4	54	31	26	11	31	1.91
24960639--24960845	53	3.8	54	76	1	209	19	23	18	38	1.93
24967593--24967682	6	14.7	6	74	13	58	48	14	14	22	1.79
24967605--24967686	31	2.6	31	94	0	137	50	13	13	23	1.77
24967818--24967919	27	3.8	27	85	5	125	37	20	22	19	1.95
24968088--24968141	22	2.5	22	73	11	56	33	22	22	22	1.97
24968586--24968906	27	11.6	27	83	7	333	25	18	21	34	1.96
24968592--24968660	36	1.9	36	100	0	138	23	20	24	31	1.98
24968834--24968976	27	5.3	27	83	0	133	30	7	23	38	1.83
24968848--24968976	54	2.4	54	82	0	159	30	6	22	40	1.80
24968955--24969165	27	7.8	27	85	0	233	40	8	20	31	1.81
24968927--24969157	81	2.9	81	84	2	241	39	7	20	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24969173--24969275	54	1.9	54	87	0	152	33	9	18	38	1.83
24969173--24969317	27	5.4	27	80	1	130	31	9	20	37	1.85
24969173--24969317	54	2.7	54	81	2	148	31	9	20	37	1.85
24977396--24977473	39	2.0	39	87	5	113	15	20	43	20	1.88
24978753--24978836	43	2.0	42	88	2	123	21	19	15	42	1.87
24988296--24988472	40	4.4	40	84	4	225	25	27	22	24	2.00
24991699--24991874	46	3.8	46	78	11	216	21	20	28	28	1.98
24991696--24991866	93	1.8	93	94	2	308	21	21	29	28	1.98
24994045--24994242	55	3.7	52	76	10	202	35	17	25	21	1.95
24994052--24994252	108	1.8	110	87	4	300	34	17	25	22	1.96
24994485--24994522	20	1.9	20	88	0	58	42	0	18	39	1.50
24996171--24996259	29	3.1	29	91	1	144	28	32	14	24	1.95
25005819--25005881	29	2.1	30	97	2	119	22	30	26	20	1.98
25006711--25006887	47	3.8	46	75	10	180	23	30	18	27	1.98
25006711--25006924	47	4.6	46	74	12	172	22	29	18	28	1.98
25006712--25006931	94	2.3	93	79	5	237	23	29	18	28	1.98
25014812--25014890	41	1.9	42	84	5	108	15	37	27	18	1.91
25015663--25015695	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
25018596--25018668	5	14.8	5	74	18	57	75	0	4	20	0.97
25023490--25023679	27	7.3	27	77	11	173	30	23	7	39	1.82
25023490--25023679	54	3.7	53	80	12	207	30	23	7	39	1.82
25023549--25023640	46	2.0	46	93	0	157	33	19	7	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25023523--25023662	73	1.9	73	88	2	210	33	21	6	38	1.79
25023495--25023679	100	1.9	100	87	2	273	30	21	7	40	1.81
25023671--25023861	27	7.1	26	80	9	154	39	22	9	27	1.86
25023678--25023861	54	3.4	52	81	4	188	40	21	9	28	1.85
25023711--25023860	81	1.9	81	85	5	214	42	22	8	28	1.81
25023711--25023918	54	3.8	54	80	4	177	41	20	7	29	1.80
25023978--25024038	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95
25024853--25024922	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
25024852--25024935	25	3.4	24	85	8	107	28	22	22	26	1.99
25024853--25024947	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
25025069--25025160	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
25025184--25025267	31	2.7	31	90	1	134	28	17	26	27	1.98
25027585--25027617	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
25029194--25029451	46	5.5	45	81	9	243	24	31	17	26	1.97
25029194--25029451	140	1.8	140	84	4	351	24	31	17	26	1.97
25033506--25033782	127	2.2	127	92	1	459	45	4	9	40	1.55
25033506--25033885	127	3.0	126	83	8	408	45	4	9	40	1.58
25035834--25036096	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
25035834--25036096	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
25036028--25036105	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
25047120--25047190	36	1.9	37	88	2	108	56	4	4	35	1.38
25047801--25047872	34	2.2	32	85	14	94	55	5	1	37	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25056643--25056736	40	2.3	40	88	0	134	35	20	22	22	1.96
25056885--25056925	14	2.9	14	92	3	64	31	0	29	39	1.57
25056945--25056986	13	3.1	13	93	6	66	16	0	52	30	1.44
25056944--25056986	20	2.2	20	91	0	68	18	0	51	30	1.47
25056945--25056986	7	6.1	7	88	5	59	16	0	52	30	1.44
25072514--25072543	5	6.2	5	92	7	53	20	0	0	80	0.72
25075680--25075720	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
25095249--25095635	195	2.0	194	84	5	505	29	18	16	35	1.93
25098452--25098486	2	17.5	2	93	0	61	45	51	2	0	1.16
25102148--25102184	17	2.2	17	100	0	74	35	16	27	21	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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