genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--497	7	71.3	7	96	2	527	29	53	15	1	1.50
689--746	21	2.7	22	89	7	93	37	36	3	22	1.71
734--785	21	2.4	23	84	9	74	42	28	0	28	1.56
1791--1815	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2407--2446	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
6810--8265	362	4.0	362	91	1	2302	43	13	8	34	1.74
6810--8265	360	4.0	362	91	1	2304	43	13	8	34	1.74
10972--11030	31	2.0	31	86	6	86	45	15	11	27	1.81
12034--12064	12	2.6	12	94	0	53	29	25	22	22	1.99
22626--22684	24	2.5	24	81	10	59	37	5	0	57	1.21
22658--22802	58	2.5	58	82	9	181	45	1	1	51	1.18
22652--22816	56	2.9	53	79	13	163	46	1	1	50	1.19
22972--23025	16	3.4	16	87	10	83	27	25	3	42	1.72
23401--23431	4	7.5	4	92	7	53	54	0	0	45	0.99
23395--23431	12	2.8	13	88	12	58	54	2	0	43	1.14
26788--26812	12	2.1	12	100	0	50	28	40	0	32	1.57
36597--36624	14	2.0	14	100	0	56	50	0	7	42	1.30
36852--36927	39	1.9	40	86	2	109	50	11	5	32	1.62
36852--36945	39	2.4	40	81	3	100	50	10	4	35	1.57
37669--37709	21	1.9	22	90	5	66	60	2	0	36	1.10
37659--37738	27	2.8	29	81	12	78	60	1	2	36	1.18
37849--37899	25	2.0	25	88	7	77	60	0	5	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38436--38494	10	5.9	10	74	25	54	38	0	1	59	1.08
38436--38489	20	2.8	19	83	10	65	37	0	1	61	1.07
38436--38496	19	3.2	18	77	11	59	37	0	1	60	1.07
39027--39280	127	2.0	127	93	1	438	37	11	18	33	1.86
46995--47052	22	2.6	21	76	15	55	63	0	1	34	1.04
47765--47810	23	2.0	23	82	0	56	21	8	19	50	1.75
47774--47813	17	2.4	17	84	16	57	25	7	17	50	1.72
55885--55951	29	2.3	30	82	7	84	61	0	14	23	1.34
59190--59289	27	3.7	27	84	1	128	26	16	24	34	1.95
59277--59409	23	5.7	24	84	6	175	28	21	23	26	1.99
59271--59409	47	3.0	47	92	3	219	28	20	23	28	1.99
60744--60929	84	2.2	84	82	11	220	26	14	30	27	1.95
61049--61328	38	7.2	37	69	13	134	28	17	20	33	1.95
60745--61432	78	8.7	78	77	6	535	26	16	24	31	1.96
61019--61432	155	2.7	153	84	6	505	26	17	22	33	1.96
61703--62134	49	8.8	49	75	4	305	19	25	17	37	1.94
61700--62130	98	4.4	98	81	0	475	19	25	17	36	1.94
62513--62713	109	1.8	110	85	1	287	41	12	17	27	1.87
63030--63071	7	6.1	7	78	15	52	2	14	0	83	0.75
63030--63064	15	2.4	15	90	4	54	2	14	0	82	0.77
63034--63071	19	2.0	20	94	5	69	2	13	0	84	0.73
67624--67690	28	2.3	29	82	7	84	68	7	2	20	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67696--67732	18	2.0	19	89	5	58	67	0	5	27	1.12
67710--67776	34	1.9	35	84	3	91	68	2	10	17	1.31
67736--67798	30	2.3	26	82	15	81	63	3	12	20	1.42
67851--67891	21	2.0	21	85	9	57	65	0	9	24	1.22
67795--67900	30	3.5	29	70	24	76	64	2	12	20	1.40
69676--69887	108	1.9	109	83	5	268	36	16	14	32	1.89
70083--70121	19	2.0	20	90	5	62	64	0	7	28	1.21
71761--71821	22	2.7	25	72	27	64	47	0	4	47	1.23
71826--71861	19	1.9	18	88	5	54	38	5	0	55	1.23
71897--71958	23	2.5	26	84	10	85	41	1	9	46	1.46
73038--73149	39	2.9	39	79	0	116	38	20	17	23	1.93
73038--73183	78	1.9	78	82	2	186	38	19	19	22	1.94
80791--80831	17	2.4	17	100	0	82	21	21	14	41	1.89
81994--82054	19	3.4	19	75	11	65	63	3	1	31	1.20
82000--82057	17	3.3	17	76	13	55	60	3	1	34	1.24
81995--82057	9	7.1	8	77	15	54	60	3	1	34	1.22
85246--85301	16	3.5	15	83	9	67	35	5	30	28	1.80
94013--94042	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
94839--94869	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
115334--115363	11	2.7	11	94	0	51	33	16	40	10	1.82
117765--117803	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
126852--126890	19	2.1	19	90	4	62	56	7	0	35	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139244--139331	44	2.0	44	82	6	106	50	1	21	27	1.56
140894--140928	12	2.9	12	100	0	70	51	0	22	25	1.48
142514--142552	17	2.2	17	86	4	51	33	7	7	51	1.59
142633--142681	19	2.5	20	80	6	64	26	0	6	67	1.14
145348--145386	19	2.1	19	90	4	62	56	5	0	38	1.22
145348--145401	19	2.9	19	83	8	58	55	7	0	37	1.28
153771--153829	17	3.5	17	73	17	68	40	3	35	20	1.69
153754--153830	34	2.3	34	88	0	118	44	2	33	19	1.65
155477--155522	23	2.0	24	91	4	76	32	13	2	52	1.52
159269--159344	24	3.3	24	75	14	88	53	1	1	43	1.17
159275--159344	22	3.3	20	66	14	59	52	1	1	44	1.18
159269--159356	24	3.8	24	72	22	80	52	2	2	43	1.26
165824--166130	149	2.1	150	96	3	575	39	4	6	49	1.49
167902--167957	17	2.9	21	71	20	66	17	1	5	75	1.09
173660--173694	17	2.0	18	88	5	54	51	28	0	20	1.47
177359--177414	17	2.9	21	71	20	66	17	1	5	75	1.09
179453--179511	29	2.0	29	83	9	75	35	8	10	45	1.68
179891--180153	144	1.8	143	83	7	345	44	5	11	39	1.63
185658--185708	22	2.3	23	83	9	63	47	1	0	50	1.12
187820--187860	16	2.5	17	84	7	50	36	14	7	41	1.74
198375--198406	6	5.7	6	96	3	50	0	9	0	90	0.45
204539--204567	11	2.7	11	94	5	51	17	0	6	75	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209678--209706	11	2.7	11	94	5	51	17	0	6	75	1.01
211049--211100	25	2.0	26	89	10	81	48	19	13	19	1.81
212541--212696	31	5.2	31	67	17	107	46	12	16	24	1.82
212542--212712	90	1.9	89	87	1	252	46	12	16	23	1.81
213146--213671	42	12.8	41	78	9	383	24	25	25	23	2.00
213146--213671	83	6.4	81	78	10	417	24	25	25	23	2.00
218130--219074	18	54.3	18	63	19	149	46	2	5	46	1.38
218258--218329	30	2.4	30	81	6	83	47	1	1	50	1.18
218243--218334	48	1.9	47	86	2	130	45	1	2	51	1.20
218390--219110	49	14.8	49	76	13	406	47	1	6	45	1.38
218511--218656	67	2.2	67	93	0	247	50	0	4	44	1.26
218578--219078	209	2.4	210	91	0	817	46	2	5	45	1.38
218716--219122	97	4.0	98	79	10	435	46	1	5	45	1.38
219015--219073	30	1.9	31	89	3	93	49	0	1	49	1.11
224548--224704	66	2.4	66	86	2	217	43	16	24	14	1.86
225024--225149	43	2.9	43	92	0	207	29	26	27	16	1.97
232055--232097	13	3.0	15	75	25	56	30	11	6	51	1.65
237324--237369	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
238056--238082	9	3.0	9	100	0	54	44	33	11	11	1.75
238409--238476	16	3.9	16	75	22	57	10	4	2	82	0.92
238444--238480	9	3.9	10	79	13	51	16	0	2	81	0.81
238409--238480	18	3.9	18	76	15	67	12	4	2	80	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239379--239426	5	8.8	5	86	11	60	75	2	2	20	1.02
242999--243037	14	2.7	15	80	8	53	56	10	7	25	1.59
243415--243460	23	1.9	23	86	8	65	56	8	2	32	1.42
245280--245330	23	2.2	23	79	6	59	45	17	3	33	1.67
248156--248188	13	2.4	14	85	5	50	48	6	12	33	1.65
248323--248390	22	3.0	22	76	14	75	30	1	1	66	1.10
248480--248567	46	1.9	46	83	0	113	42	21	7	28	1.81
249832--249859	14	2.0	14	100	0	56	50	35	0	14	1.43
250294--250327	17	2.0	17	88	0	50	50	8	5	35	1.58
250497--250539	17	2.4	19	80	7	54	58	34	2	4	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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