genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8052458--8052534	6	13.3	6	69	17	56	46	1	1	50	1.17
8053279--8053328	17	2.7	19	81	12	77	38	8	12	42	1.71
8054540--8054672	29	4.5	30	72	15	80	34	29	3	33	1.73
8054498--8054648	30	5.1	29	70	18	80	36	29	3	29	1.76
8054540--8054786	58	4.2	58	81	8	241	32	27	3	36	1.73
8054570--8054817	29	8.5	30	67	13	133	31	27	4	36	1.76
8054567--8054824	58	4.4	59	86	2	324	31	29	4	34	1.78
8054567--8054824	117	2.2	117	86	3	358	31	29	4	34	1.78
8066707--8067218	76	6.9	76	83	8	603	33	15	17	32	1.92
8067000--8067785	249	3.2	246	83	11	826	34	16	17	32	1.92
8067152--8067793	76	7.6	93	80	16	498	34	16	17	31	1.92
8066974--8067714	325	2.3	320	94	1	1313	35	15	17	31	1.91
8067249--8067507	38	6.8	38	69	14	194	33	15	17	32	1.92
8067249--8067721	76	6.0	76	84	7	606	34	15	17	31	1.92
8067569--8067675	38	2.8	38	73	14	112	33	15	15	34	1.90
8067076--8067811	168	4.5	164	87	7	1048	34	15	17	31	1.92
8067671--8067861	90	2.1	88	80	1	193	34	17	19	28	1.95
8068621--8068688	17	4.1	17	80	1	84	44	1	1	52	1.19
8068622--8068698	6	13.3	6	69	17	56	46	1	1	50	1.17
8069380--8069435	21	2.6	20	78	13	58	33	1	8	55	1.42
8069443--8069492	17	2.7	19	81	12	77	38	8	12	42	1.71
8069514--8069597	18	4.3	20	85	5	77	57	1	2	39	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8069506--8069565	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
8070709--8070871	29	5.5	30	72	13	115	38	29	3	29	1.72
8070808--8071028	29	7.5	29	68	16	116	31	27	4	37	1.77
8070720--8071070	58	6.0	59	82	3	320	33	27	4	34	1.77
8074956--8075022	30	2.3	31	84	10	95	43	2	17	35	1.65
8077733--8077775	22	2.0	22	81	9	52	62	11	6	18	1.50
8079177--8079225	2	24.5	2	95	0	89	48	2	0	48	1.12
8089042--8089173	31	4.4	30	72	15	94	28	14	11	46	1.79
8090355--8090584	90	2.6	89	84	4	284	38	1	24	35	1.64
8090355--8090576	30	7.4	30	77	10	188	38	1	24	36	1.64
8090378--8090587	60	3.5	60	82	6	221	38	1	25	35	1.65
8092589--8092745	48	3.5	48	72	18	174	26	21	15	37	1.92
8092582--8092840	85	3.0	85	87	0	365	24	20	16	37	1.93
8092664--8093573	208	4.4	208	86	1	1243	23	20	16	39	1.92
8092872--8093039	85	2.0	85	87	4	241	27	20	13	38	1.90
8093081--8093246	85	2.0	85	83	4	210	23	21	15	39	1.91
8093278--8093369	48	1.9	48	84	0	121	23	21	15	39	1.92
8093288--8093447	85	1.9	85	82	2	205	22	22	17	37	1.94
8093486--8093627	48	3.0	48	87	2	205	22	24	15	37	1.93
8093175--8093914	379	2.0	379	91	0	1203	23	21	17	38	1.93
8093380--8093743	171	2.1	171	90	0	575	22	22	16	38	1.93
8093657--8093748	48	1.9	48	88	0	139	25	23	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8093667--8093833	85	2.0	85	85	2	228	25	23	14	35	1.93
8096227--8096259	3	11.0	3	93	0	57	0	33	3	63	1.10
8105002--8105055	27	2.0	27	100	0	108	40	0	3	55	1.17
8105128--8105164	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8105419--8105465	9	5.1	10	78	17	57	48	0	8	42	1.33
8105410--8105472	27	2.3	27	94	0	108	47	0	7	44	1.32
8105428--8105470	16	2.5	17	81	11	52	51	0	6	41	1.29
8105416--8105491	27	2.8	27	88	6	91	48	1	5	44	1.33
8105508--8105537	14	2.1	14	93	0	51	60	0	0	40	0.97
8110980--8111221	23	10.4	23	85	2	322	20	16	20	43	1.88
8111001--8111182	35	5.2	35	74	15	180	19	15	19	45	1.86
8110979--8111222	93	2.6	94	86	1	339	20	16	20	43	1.88
8110981--8111197	70	3.1	70	93	0	355	20	15	19	44	1.87
8110980--8111221	70	3.5	70	90	1	342	20	16	20	43	1.88
8114100--8114165	33	2.0	33	94	2	116	40	18	21	19	1.91
8115779--8115909	35	3.8	35	76	5	140	44	18	16	21	1.87
8115782--8115909	58	2.2	58	95	0	229	44	17	16	21	1.87
8115783--8115909	12	11.0	11	77	5	83	44	18	16	21	1.87
8116582--8116616	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
8117071--8117109	18	2.2	18	85	0	51	56	0	5	38	1.22
8117088--8117239	9	15.9	9	66	21	53	62	3	4	28	1.33
8117088--8117236	19	7.8	18	69	17	70	63	4	4	28	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8118749--8118866	58	2.0	58	82	6	141	41	9	12	36	1.75
8131332--8131573	40	5.5	40	66	24	139	31	14	19	34	1.92
8131083--8131582	92	5.4	92	97	0	937	32	15	19	32	1.93
8131693--8131797	39	2.7	38	83	4	129	20	28	23	26	1.99
8131691--8131837	78	1.9	78	82	2	188	21	31	21	25	1.98
8132215--8132295	27	3.0	28	80	8	87	35	0	7	56	1.27
8132244--8132298	16	3.4	16	82	5	74	41	0	3	54	1.18
8132288--8132343	17	3.6	17	68	22	50	46	3	8	41	1.52
8132287--8132359	29	2.5	29	97	0	137	47	2	9	39	1.50
8134319--8134535	29	7.4	30	73	14	159	34	25	4	35	1.75
8134275--8134529	59	4.3	59	78	12	235	34	25	4	35	1.77
8134315--8134566	87	2.9	87	77	9	248	33	26	4	35	1.77
8134561--8134831	146	1.9	146	87	4	404	30	24	7	37	1.82
8136126--8136176	16	3.2	16	82	0	66	41	3	27	27	1.73
8139787--8139845	23	2.6	23	86	0	82	32	27	20	20	1.97
8146289--8146335	15	2.8	18	75	18	57	21	4	4	70	1.22
8146281--8146357	41	1.9	38	82	12	93	22	3	2	71	1.15
8147332--8147362	9	3.4	9	90	0	53	87	0	12	0	0.55
8147332--8147361	15	1.9	16	93	6	53	86	0	13	0	0.57
8148096--8148153	23	2.5	23	94	0	98	29	25	22	22	1.99
8153951--8153977	13	2.1	13	100	0	54	29	14	7	48	1.71
8160860--8160915	22	2.5	22	91	0	85	41	23	28	7	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8160860--8160928	22	3.1	22	87	2	75	40	23	24	11	1.88
8162715--8162752	5	7.6	5	93	0	67	63	0	0	36	0.95
8169007--8169114	56	1.9	56	92	0	180	39	10	9	40	1.71
8171046--8171093	23	2.0	24	84	4	62	37	4	2	56	1.30
8175045--8175073	13	2.2	13	100	0	58	48	6	24	20	1.74
8181772--8181820	16	3.1	16	79	8	55	42	2	24	30	1.66
8185156--8185181	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
8185286--8185371	22	3.9	22	78	0	82	15	19	24	40	1.90
8189353--8189421	34	2.0	34	86	5	95	21	23	23	31	1.98
8189700--8189748	25	1.9	26	84	12	66	22	14	20	42	1.88
8197608--8197665	21	2.8	21	78	0	71	37	20	6	34	1.80
8201473--8201509	11	3.4	11	84	0	56	32	8	21	37	1.83
8203052--8203083	11	2.9	11	90	0	55	34	25	12	28	1.92
8203842--8203901	23	2.6	23	94	0	102	35	13	21	30	1.92
8209949--8210157	106	2.0	106	92	0	346	41	15	13	29	1.85
8219881--8219933	25	2.1	25	100	0	106	45	18	0	35	1.50
8230618--8230651	5	6.6	5	96	3	59	44	0	0	55	0.99
8230613--8230651	15	2.5	16	87	8	62	48	0	0	51	1.00
8234848--8234882	18	1.9	18	88	0	52	54	8	31	5	1.54
8236963--8236997	18	1.9	18	94	0	61	68	2	17	11	1.31
8238791--8238829	19	2.1	19	95	0	69	33	15	25	25	1.95
8242107--8242151	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8244258--8244313	28	2.0	28	92	0	94	23	30	16	30	1.96
8248196--8248304	37	2.9	38	76	15	102	41	1	3	53	1.29
8248197--8248304	12	9.9	11	66	25	52	40	1	3	53	1.29
8248746--8248777	13	2.5	13	95	5	57	37	18	6	37	1.76
8252844--8252880	15	2.5	15	100	0	74	27	0	18	54	1.44
8256044--8256094	21	2.4	21	83	0	66	31	3	11	52	1.56
8257195--8257812	310	2.0	311	98	0	1202	38	14	11	35	1.81
8259763--8259804	18	2.3	19	84	8	61	38	0	59	2	1.10
8269890--8269929	13	3.0	13	82	7	53	52	0	0	47	1.00
8269890--8269931	14	3.1	14	82	3	59	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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