genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  48  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13703600--13704644	208	5.0	210	83	6	1249	26	18	15	39	1.90
13709314--13709391	26	2.9	27	88	1	113	30	25	17	25	1.97
13719284--13720019	361	2.0	361	97	0	1393	33	11	15	39	1.83
13720821--13720873	27	2.0	27	84	0	70	58	9	7	24	1.55
13724537--13724607	25	2.8	25	93	6	117	35	19	19	25	1.96
13725705--13725754	23	2.1	24	82	10	59	28	24	0	48	1.52
13732366--13732440	31	2.4	30	80	8	96	48	8	1	42	1.41
13732393--13732483	43	2.1	44	93	2	157	46	8	1	43	1.42
13739672--13739722	23	2.3	23	83	10	61	41	5	1	50	1.37
13741007--13741289	51	5.5	51	89	0	406	29	21	15	33	1.94
13754544--13754611	22	3.0	22	85	10	86	14	26	17	41	1.88
13756949--13756987	10	4.1	9	90	9	60	30	0	2	66	1.05
13756949--13756987	19	2.1	19	95	0	69	30	0	2	66	1.05
13756992--13757062	20	3.7	20	81	7	76	36	1	7	54	1.36
13757982--13758028	24	2.0	24	86	0	67	57	6	10	25	1.56
13765985--13766122	40	3.5	38	73	12	93	30	26	20	22	1.98
13766020--13766123	37	2.7	38	76	5	93	31	26	19	22	1.97
13766226--13766264	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
13771680--13771718	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
13781086--13781328	51	4.8	51	90	1	335	32	14	23	28	1.94
13782285--13782329	22	2.0	22	83	8	56	46	0	24	28	1.53
13783452--13784766	207	6.2	215	83	6	1436	39	15	18	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13785117--13785426	172	1.8	169	88	4	471	41	14	16	27	1.87
13784134--13785771	589	2.7	596	79	9	1624	39	15	18	26	1.90
13785286--13785771	207	2.3	212	84	6	614	39	14	19	26	1.90
13785827--13786310	205	2.3	207	82	5	582	40	15	17	25	1.89
13786327--13837036	215	235.8	213	75	12	30455	38	15	18	26	1.91
13790305--13791158	204	4.0	206	81	8	871	40	15	17	26	1.89
13794408--13805403	214	51.5	214	75	12	8297	39	14	18	26	1.90
13805445--13806576	214	5.4	205	78	10	1125	40	14	18	26	1.89
13808141--13810197	213	9.8	211	77	12	1696	39	14	18	26	1.90
13809534--13810115	205	2.8	205	86	4	784	39	14	19	26	1.90
13810721--13837036	215	123.8	213	86	6	31753	38	16	18	26	1.92
13828516--13837036	423	20.2	422	84	8	10588	38	16	18	26	1.92
13837137--13901752	215	304.4	215	82	5	68366	26	18	15	39	1.91
13838366--13838400	18	1.9	18	100	0	70	28	17	22	31	1.96
13857050--13901752	845	52.9	849	93	2	50228	26	18	15	39	1.90
13901859--13967173	215	308.8	214	82	6	70161	39	15	18	26	1.91
13901859--13967173	638	102.9	634	84	6	66530	39	15	18	26	1.91
13901853--13967173	845	77.2	844	86	5	67217	39	15	18	26	1.91
13956983--13957037	25	2.2	25	100	0	110	30	10	25	32	1.90
13959124--13959178	25	2.2	25	100	0	110	30	10	25	32	1.90
13967274--13997005	638	46.5	637	78	10	19453	26	18	15	39	1.90
13967274--13997005	845	35.4	843	86	6	29442	26	18	15	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13975657--13975968	172	1.8	171	88	3	475	26	17	14	41	1.87
13975828--13997005	207	99.7	211	72	13	12300	26	18	15	39	1.90
13975828--13977711	216	8.9	215	81	5	2128	26	18	15	39	1.90
13982778--13983087	171	1.8	170	88	4	473	26	17	14	41	1.87
13982948--13984831	216	8.9	215	82	5	2135	26	18	15	39	1.90
13990463--13997005	206	30.8	212	76	11	5430	26	18	14	39	1.90
13997107--14209809	215	1003.3	215	81	7	187946	38	15	18	26	1.91
13997107--14277083	631	443.0	632	82	8	263787	38	15	18	26	1.91
14150395--14150783	193	2.0	194	83	4	491	39	14	19	27	1.90
14161076--14161624	194	2.8	194	80	9	533	39	15	18	26	1.90
14166660--14166845	92	2.0	92	91	0	300	34	14	20	30	1.93
14209942--14216001	207	29.0	205	80	9	5492	38	15	18	27	1.91
14213478--14213519	21	2.0	21	100	0	84	42	19	14	23	1.87
14214580--14214956	193	1.9	194	84	2	499	38	15	18	27	1.90
14216010--14222212	207	29.8	206	74	12	4422	39	15	18	27	1.90
14216831--14218505	216	7.9	212	81	6	1777	39	14	18	27	1.90
14218925--14219296	194	1.9	194	82	2	469	37	15	18	27	1.92
14218925--14228825	208	48.0	194	69	19	805	39	14	18	27	1.90
14221398--14222212	208	3.9	208	85	4	960	39	15	18	26	1.91
14222247--14223024	208	3.7	208	86	4	965	39	14	19	26	1.90
14223058--14224681	208	7.7	208	84	5	1883	39	14	18	26	1.90
14225734--14277083	609	82.0	609	78	11	34715	39	14	18	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14226350--14228011	208	7.9	207	82	6	1737	39	15	18	26	1.91
14228628--14229581	207	4.6	207	85	2	1108	38	14	19	27	1.91
14229467--14229836	194	1.9	194	83	3	485	38	14	17	28	1.90
14230215--14231312	208	5.2	208	82	6	1282	39	15	18	26	1.90
14232797--14233795	194	5.0	194	72	17	580	39	15	18	27	1.90
14231320--14232981	208	7.9	207	82	6	1728	39	15	18	26	1.90
14232989--14233590	208	2.9	207	86	3	767	39	15	19	26	1.91
14233598--14234551	207	4.6	206	85	3	1140	38	14	19	27	1.90
14234437--14234806	194	1.9	194	84	3	503	38	14	17	28	1.90
14233598--14236282	208	12.9	207	80	7	2712	39	14	18	26	1.90
14236290--14237736	208	6.9	207	82	5	1584	39	15	19	26	1.91
14237744--14238765	206	4.9	208	84	3	1099	39	15	18	27	1.90
14240220--14240595	194	1.9	193	83	4	481	39	14	17	28	1.89
14239382--14240404	208	4.9	208	85	3	1108	39	14	18	26	1.90
14240412--14242909	208	11.9	206	83	6	2711	39	15	18	26	1.90
14242917--14244363	208	6.9	207	83	5	1611	39	15	19	26	1.91
14244371--14245817	208	6.9	207	82	5	1602	39	15	19	26	1.91
14245825--14247271	208	6.9	207	82	5	1593	39	15	19	26	1.91
14247279--14248725	208	6.9	207	82	5	1602	39	15	19	26	1.91
14248733--14249547	208	3.9	207	82	5	870	39	14	18	26	1.90
14249555--14253509	207	18.9	207	82	7	4314	39	15	18	26	1.90
14253517--14259536	208	28.8	207	81	9	6628	39	15	19	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14258376--14259156	206	3.7	207	85	6	924	39	14	18	27	1.90
14259003--14259348	193	1.8	192	86	6	504	40	14	17	27	1.89
14259716--14262184	205	11.9	206	80	10	2324	38	15	18	27	1.91
14262047--14262387	188	1.8	187	83	8	458	40	13	17	28	1.87
14262232--14263605	205	6.6	208	81	8	1450	39	14	18	27	1.90
14263617--14277083	207	63.9	208	75	11	8852	39	14	18	27	1.90
14272118--14277083	215	23.5	215	81	5	5452	39	14	18	27	1.90
14279225--14279358	26	5.1	26	84	5	180	26	20	23	29	1.99
14279225--14279358	52	2.5	53	89	3	200	26	20	23	29	1.99
14280510--14280950	83	5.4	81	78	6	388	24	26	25	23	2.00
14280490--14280950	42	11.3	41	79	6	375	25	26	25	22	2.00
14285320--14286042	8	79.9	9	63	26	75	45	1	4	48	1.31
14285292--14286476	18	64.9	18	67	17	362	45	1	4	48	1.31
14285277--14286523	112	11.4	110	90	5	1861	45	1	4	48	1.33
14285701--14285809	31	3.7	30	72	19	86	47	2	2	46	1.31
14285325--14286159	10	87.2	10	63	21	94	45	1	4	48	1.31
14285541--14286536	111	9.0	111	90	4	1493	45	1	4	48	1.32
14286177--14286525	104	3.3	106	81	11	451	45	1	4	48	1.31
14286499--14286628	10	11.7	11	66	25	62	46	1	0	51	1.15
14286285--14286617	12	28.5	12	65	21	77	45	1	3	49	1.26
14286554--14286627	4	18.0	4	71	15	53	45	1	0	52	1.09
14286567--14286627	22	2.9	21	76	9	70	44	1	0	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14286647--14286713	33	2.1	33	97	2	127	43	5	8	41	1.60
14291925--14292081	66	2.4	66	91	0	251	42	17	25	14	1.87
14292068--14292105	11	3.5	11	80	20	53	28	23	47	0	1.52
14292067--14292119	21	2.5	21	93	0	88	32	20	47	0	1.51
14293714--14293778	24	2.6	25	87	2	87	32	27	16	23	1.96
14302593--14302639	24	2.0	24	87	8	69	4	23	8	63	1.40
14305215--14305291	17	4.6	17	74	9	61	35	2	5	57	1.35
14305215--14305291	34	2.3	34	84	6	95	35	2	5	57	1.35
14307170--14307310	30	4.8	29	75	10	97	36	26	2	34	1.71
14307170--14307315	29	5.0	28	74	14	100	37	26	2	33	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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