genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  76  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22200589--22200968	49	7.7	49	73	8	331	17	31	17	33	1.93
22200591--22200965	149	2.5	151	82	4	451	17	32	17	33	1.93
22200592--22200954	99	3.7	99	77	6	351	17	32	17	32	1.93
22201892--22201947	25	2.2	26	84	12	71	3	16	0	80	0.85
22201926--22201968	10	4.6	9	80	11	50	4	11	0	83	0.78
22201891--22201957	16	4.3	15	73	17	57	2	16	0	80	0.83
22201892--22201971	26	3.1	25	81	15	67	5	15	0	80	0.88
22206698--22207062	30	12.5	30	76	9	261	35	3	24	36	1.71
22206698--22207003	29	10.4	29	76	11	214	35	1	24	37	1.66
22206698--22207065	58	6.3	59	80	3	377	35	2	25	36	1.71
22206756--22207063	29	10.6	29	76	11	211	35	3	24	36	1.73
22208951--22209016	6	11.7	6	71	12	59	50	1	1	46	1.20
22208971--22209016	17	2.7	17	93	0	83	54	2	0	43	1.12
22209352--22209999	201	3.2	200	88	2	841	22	23	19	34	1.97
22215982--22216024	13	3.5	13	75	12	54	4	25	13	55	1.58
22215980--22216026	24	2.0	24	100	0	94	4	27	12	55	1.56
22221396--22221708	156	2.0	156	97	0	590	38	13	18	29	1.90
22222015--22222418	29	13.7	29	75	7	298	35	2	24	37	1.71
22222002--22222123	59	2.1	59	90	0	190	32	4	23	39	1.74
22222020--22222418	89	4.5	89	80	5	357	35	3	23	37	1.71
22222020--22222420	59	6.8	59	80	5	343	35	2	23	37	1.71
22224301--22224362	6	10.7	6	76	13	67	46	0	1	51	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22224317--22224362	17	2.7	18	90	6	69	47	0	2	50	1.13
22224301--22224362	17	3.2	20	76	23	62	46	0	1	51	1.10
22225746--22225790	22	2.0	22	91	0	72	31	0	33	35	1.58
22225768--22226077	30	10.6	28	76	8	185	31	3	29	35	1.74
22225787--22226076	59	4.9	60	78	9	222	32	3	29	34	1.74
22225905--22226086	89	2.0	89	85	2	240	31	3	27	37	1.73
22227849--22227943	11	8.4	11	73	6	64	60	4	1	34	1.23
22227845--22227938	17	5.5	17	80	7	100	58	4	1	36	1.25
22227866--22227915	23	2.2	23	81	0	55	62	4	0	34	1.14
22232714--22232743	15	1.9	16	93	6	53	63	3	6	26	1.35
22232854--22232901	16	2.9	16	84	9	60	54	4	0	41	1.20
22232842--22232900	23	2.8	22	70	24	63	55	3	0	40	1.16
22242704--22242749	20	2.4	20	82	7	60	56	26	0	17	1.41
22243740--22243773	13	2.6	13	85	0	50	32	0	2	64	1.08
22244204--22244292	29	2.9	29	79	12	90	50	10	4	34	1.56
22244894--22244926	16	2.2	16	89	10	52	27	6	0	66	1.15
22246564--22246634	36	2.0	36	94	0	124	28	8	23	39	1.84
22251136--22251176	20	2.0	20	86	9	57	53	4	2	39	1.35
22252776--22252809	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
22255334--22255402	6	11.5	6	90	0	102	17	31	30	20	1.95
22255834--22255860	6	4.5	6	100	0	54	18	0	14	66	1.25
22255953--22256009	26	2.2	26	83	0	69	59	7	1	31	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22259009--22259041	10	3.3	10	91	8	50	33	0	0	66	0.92
22259403--22259455	27	2.0	27	88	0	79	15	30	28	26	1.96
22259663--22259694	1	32.0	1	100	0	64	0	100	0	0	0.00
22263526--22263566	22	1.9	21	85	5	55	65	2	4	26	1.25
22270210--22270257	21	2.3	21	85	0	60	54	0	35	10	1.35
22270829--22270853	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
22278276--22278305	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
22283887--22283928	21	2.0	21	86	4	59	35	2	2	59	1.23
22290509--22290536	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
22295810--22295836	6	4.5	6	100	0	54	14	0	66	18	1.25
22302749--22302796	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
22312618--22312692	16	4.5	16	77	9	78	40	4	26	29	1.74
22312674--22312767	44	2.1	46	86	7	131	31	5	26	36	1.79
22322514--22322557	19	2.3	20	77	22	58	36	0	4	59	1.18
22322520--22322557	19	2.1	18	90	9	60	36	0	5	57	1.21
22323373--22323420	10	5.0	10	89	2	55	72	2	0	25	0.95
22323373--22323446	9	8.1	9	80	5	69	70	4	0	25	1.05
22323435--22323486	23	2.3	23	86	6	79	51	3	0	44	1.19
22323483--22323534	19	2.7	19	81	0	68	55	3	3	36	1.36
22323477--22323582	9	11.3	9	68	17	56	51	2	4	40	1.37
22338767--22338811	23	2.0	23	81	0	54	22	22	0	55	1.44
22340007--22340040	15	2.3	15	94	0	59	44	14	14	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22340152--22340183	16	2.0	16	93	0	55	34	3	25	37	1.72
22340901--22340927	11	2.5	11	100	0	54	59	0	0	40	0.98
22341227--22341282	24	2.3	24	78	9	60	26	5	8	58	1.50
22344269--22344302	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
22344879--22344923	19	2.3	21	88	11	69	28	2	4	64	1.25
22363486--22363526	22	1.9	22	85	5	57	31	2	2	63	1.20
22364905--22365005	31	3.4	31	67	27	99	23	12	11	51	1.73
22364905--22365095	59	3.2	59	82	10	244	24	13	12	49	1.77
22365245--22365320	31	2.5	31	91	0	116	43	11	22	22	1.85
22367231--22367261	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22366712--22367811	550	2.0	550	99	0	2164	37	13	22	26	1.92
22367784--22367821	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
22367903--22367928	13	2.0	13	100	0	52	38	23	23	15	1.92
22369872--22370005	32	4.5	31	73	13	100	48	10	12	28	1.74
22387935--22387974	20	1.9	20	85	10	53	30	22	12	35	1.91
22393342--22393388	25	1.9	24	91	4	76	23	14	6	55	1.63
22402698--22402722	9	2.8	9	100	0	50	20	8	0	72	1.10
22406760--22406822	28	2.2	28	88	0	90	25	23	20	30	1.99
22408454--22408557	46	2.3	46	93	0	181	22	20	28	28	1.98
22411328--22411384	25	2.3	25	79	11	64	38	12	14	35	1.83
22420765--22420810	22	2.1	22	100	0	92	28	19	26	26	1.99
22421879--22422206	41	8.0	41	80	5	304	28	26	29	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22421879--22422182	82	3.7	81	83	4	335	28	26	30	15	1.96
22422064--22422130	17	3.2	22	65	26	63	28	26	34	10	1.90
22422066--22422140	24	3.4	23	66	25	63	28	26	33	12	1.92
22421902--22422182	123	2.3	122	83	4	350	28	26	30	14	1.95
22426573--22426656	8	10.1	8	77	7	60	45	1	1	52	1.16
22426644--22426762	48	2.7	47	75	12	121	53	6	0	38	1.33
22426680--22426768	38	2.3	38	80	0	97	57	5	0	37	1.22
22426686--22426734	26	1.9	25	84	12	64	59	4	0	36	1.17
22432455--22432611	66	2.4	66	89	0	233	43	16	24	15	1.87
22432597--22432638	21	2.0	21	95	0	75	30	23	45	0	1.53
22432603--22432649	21	2.2	21	84	0	58	40	21	38	0	1.53
22432843--22432871	15	1.9	15	100	0	58	13	3	34	48	1.60
22432940--22433030	43	2.1	43	87	4	130	26	20	28	24	1.99
22439220--22439339	51	2.3	51	85	4	152	24	20	5	49	1.71
22440951--22440977	14	1.9	14	100	0	54	51	11	0	37	1.37
22441318--22441350	8	4.2	8	96	3	59	66	0	21	12	1.23
22441651--22442035	30	12.9	30	74	10	267	36	23	1	38	1.66
22441669--22442005	60	5.6	59	77	8	315	35	24	1	37	1.66
22441661--22442005	90	3.9	90	80	6	346	35	24	2	37	1.67
22441877--22441943	28	2.3	30	79	7	75	37	26	2	32	1.72
22445855--22445897	22	1.9	23	85	4	61	6	2	25	65	1.30
22449697--22449875	36	5.0	35	87	5	241	23	13	24	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22452629--22452698	31	2.3	31	82	0	86	44	10	10	35	1.72
22457583--22457897	49	6.4	49	71	12	236	18	25	16	39	1.92
22457586--22457897	98	3.2	98	92	0	516	18	25	16	39	1.91
22458932--22459179	51	4.6	51	82	11	291	30	25	12	31	1.93
22459029--22459152	62	2.1	59	92	4	203	32	26	10	30	1.90
22458978--22459179	113	1.8	111	90	4	325	30	25	12	31	1.92
22460236--22460260	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
22484263--22484299	17	2.2	17	90	0	56	16	5	2	75	1.10
22484277--22484301	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
22485026--22485187	81	2.0	81	100	0	324	33	17	23	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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