genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  32  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8271636--8271813	72	2.5	72	94	0	302	56	16	5	21	1.59
8272250--8272319	18	3.9	17	83	14	88	38	11	10	40	1.75
8276557--8276712	47	3.5	46	69	17	141	23	23	15	37	1.93
8276463--8276799	169	2.0	170	87	0	487	24	22	16	37	1.94
8276463--8276797	85	4.0	85	88	2	458	23	22	15	37	1.93
8276632--8277506	209	4.2	209	85	3	1109	22	20	18	38	1.93
8277050--8277208	85	1.9	85	86	0	228	22	20	16	40	1.91
8277260--8277426	85	2.0	85	82	7	205	25	21	15	37	1.93
8289129--8289329	30	6.6	31	82	8	220	37	2	22	37	1.68
8290204--8290244	12	3.3	12	86	6	55	58	2	7	31	1.38
8292172--8292288	59	2.0	60	87	1	173	32	22	14	30	1.94
8292237--8292475	52	4.6	52	84	2	300	36	23	12	27	1.91
8292232--8292474	104	2.3	104	87	0	344	36	22	12	27	1.91
8299509--8299741	52	4.5	52	83	2	270	37	23	12	26	1.91
8299509--8299747	104	2.3	104	88	0	334	37	23	12	26	1.91
8301210--8301275	32	2.1	32	97	0	123	22	34	10	31	1.88
8301825--8301865	19	2.2	19	95	0	73	41	12	4	41	1.64
8306661--8306701	19	2.2	19	95	0	73	43	12	4	39	1.63
8307365--8307524	30	5.4	29	70	18	116	23	18	13	45	1.84
8307335--8307494	29	5.4	30	71	17	127	23	19	13	44	1.85
8307335--8307524	59	3.2	58	89	4	272	23	18	13	45	1.84
8307677--8307864	31	6.2	31	68	15	124	45	12	17	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8307904--8307960	24	2.4	24	82	5	71	42	3	7	47	1.47
8323126--8323224	33	3.0	33	88	2	137	20	53	5	21	1.64
8323215--8323343	36	3.6	36	92	0	204	23	45	11	19	1.83
8327653--8327949	42	7.3	41	77	10	209	28	22	25	23	1.99
8327695--8327949	83	3.1	83	78	8	254	28	22	25	23	2.00
8327713--8327949	123	1.9	122	83	5	307	27	22	24	24	2.00
8330073--8330796	49	14.3	49	77	11	665	46	2	5	45	1.38
8330105--8330231	18	7.7	18	68	16	69	50	0	4	44	1.28
8330138--8330678	161	3.5	160	82	8	743	46	2	5	45	1.39
8330073--8330823	258	2.9	249	84	7	847	46	2	5	46	1.38
8330063--8330792	307	2.4	307	95	0	1309	46	2	5	45	1.40
8330704--8330805	8	12.2	8	68	22	59	45	0	3	50	1.20
8330843--8330936	8	11.8	8	71	22	65	44	1	2	52	1.20
8330870--8330938	22	3.2	22	82	11	74	46	0	1	52	1.09
8336459--8336615	66	2.4	66	86	0	224	45	15	24	14	1.84
8336607--8336646	21	2.0	21	95	5	73	35	22	40	2	1.68
8336954--8337221	43	6.2	43	94	0	446	25	24	31	18	1.98
8347234--8347263	5	6.0	5	100	0	60	20	0	40	40	1.52
8347854--8347892	15	2.6	16	88	12	64	0	25	0	74	0.82
8348770--8348814	20	2.3	20	85	11	58	62	0	6	31	1.21
8354088--8354214	48	2.6	48	85	8	159	46	5	6	41	1.52
8379622--8379667	24	2.0	23	82	4	56	45	19	26	8	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8381631--8381655	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8387110--8387135	12	2.2	12	100	0	52	50	19	15	15	1.79
8389468--8389494	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
8389547--8389587	14	3.0	13	89	7	55	80	0	19	0	0.71
8390424--8390461	20	1.9	20	94	0	67	71	0	28	0	0.87
8395978--8396083	42	2.6	40	78	12	117	29	15	26	29	1.96
8395990--8396075	42	2.0	42	86	4	120	27	17	27	26	1.98
8396017--8396587	46	13.3	46	70	15	332	27	15	23	33	1.95
8396103--8396346	84	2.9	83	82	5	292	29	15	22	32	1.95
8396186--8396473	126	2.2	128	83	2	355	28	15	22	34	1.94
8396644--8396981	96	3.5	95	87	4	482	22	23	18	36	1.95
8397003--8397186	48	3.8	48	83	1	226	21	22	15	40	1.90
8397003--8397186	96	1.9	96	88	2	280	21	22	15	40	1.90
8397216--8397310	48	2.0	48	89	4	147	22	24	15	37	1.93
8397095--8397326	123	1.9	123	91	3	387	21	21	17	39	1.92
8398295--8398362	6	11.8	6	78	12	54	1	22	0	76	0.87
8398297--8398362	12	5.8	12	74	16	68	1	21	0	77	0.85
8398298--8398371	23	3.3	22	75	11	78	1	24	0	74	0.90
8398304--8398382	5	14.8	5	76	16	61	1	24	0	74	0.89
8400805--8400838	4	8.5	4	86	0	50	0	17	0	82	0.67
8400798--8400838	12	3.6	12	80	9	50	0	17	0	82	0.66
8401361--8401391	16	2.0	15	93	6	53	45	0	19	35	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8401768--8401816	21	2.3	21	85	0	62	38	16	18	26	1.91
8401781--8401854	21	3.5	21	78	7	78	32	27	12	28	1.92
8408447--8408519	21	3.5	21	79	7	85	30	24	13	31	1.94
8415325--8415386	15	4.1	15	79	4	63	30	14	3	51	1.58
8415325--8415386	30	2.1	30	84	0	79	30	14	3	51	1.58
8417033--8417138	41	2.7	39	85	5	149	37	12	22	27	1.90
8417033--8417151	39	3.0	39	83	7	159	39	11	23	25	1.88
8417036--8417214	43	4.3	41	81	8	166	39	10	23	26	1.87
8417659--8417698	21	1.9	21	89	0	62	25	17	20	37	1.94
8424064--8424109	22	2.0	24	91	8	78	34	4	0	60	1.16
8425184--8425226	14	3.1	14	86	10	61	34	0	0	65	0.93
8425189--8425233	20	2.2	21	88	4	65	40	0	0	60	0.97
8428173--8428377	30	6.9	29	78	7	189	34	3	22	40	1.71
8428173--8428325	58	2.6	59	80	9	186	33	4	24	37	1.76
8428176--8428366	88	2.1	89	80	11	221	34	3	22	40	1.70
8428340--8428399	30	2.1	29	84	12	79	50	1	13	35	1.52
8431902--8431945	22	2.0	23	86	4	63	36	0	0	63	0.95
8433478--8433525	17	2.8	17	75	12	53	60	2	0	37	1.09
8454836--8454906	25	2.9	24	81	4	88	61	1	1	35	1.13
8454840--8454909	24	2.9	24	79	14	81	62	1	1	34	1.13
8455735--8455786	26	2.0	26	82	14	63	32	5	1	59	1.32
8456534--8456633	22	4.7	22	70	15	84	6	6	21	67	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8456655--8456734	12	6.8	12	79	2	54	12	2	15	70	1.28
8456660--8456768	22	5.0	21	68	17	60	14	1	13	69	1.27
8457273--8457315	21	2.1	21	86	4	61	9	69	2	18	1.26
8459307--8459423	62	1.9	61	87	5	175	52	5	1	41	1.34
8462745--8462769	13	1.9	13	100	0	50	0	20	32	48	1.50
8471178--8471236	24	2.5	24	81	10	59	37	5	0	57	1.21
8471204--8471354	58	2.6	56	84	10	191	46	1	1	50	1.17
8483406--8483444	21	1.9	19	90	10	60	33	0	20	46	1.51
8485755--8485944	79	2.4	79	81	6	215	31	13	11	44	1.78
8486084--8486118	13	2.7	13	86	0	52	28	11	20	40	1.87
8488041--8488140	39	2.6	38	85	1	128	50	9	4	37	1.53
8494551--8494581	15	2.1	15	93	0	53	41	0	6	51	1.27
8497654--8497709	29	2.0	29	89	3	87	46	5	12	35	1.65
8499752--8500045	149	2.0	149	88	1	437	32	22	14	30	1.94
8501392--8501438	22	2.1	22	84	0	58	48	10	25	14	1.76
8506576--8506655	42	1.9	42	84	5	108	55	12	6	26	1.61
8515605--8515668	19	3.3	19	68	23	60	43	10	3	42	1.55
8515604--8515665	21	3.0	21	66	15	58	43	11	3	41	1.56
8522119--8522147	13	2.1	14	93	6	51	20	24	3	51	1.62
8524038--8524297	58	4.5	57	79	8	145	34	10	18	36	1.85
8524068--8524352	58	4.9	58	80	6	267	35	11	17	36	1.85
8524092--8524302	117	1.8	117	85	2	298	34	11	16	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8524403--8525434	69	15.0	69	76	6	845	21	20	22	35	1.96
8524407--8525430	138	7.4	138	79	5	953	21	20	22	35	1.96
8530701--8530735	17	2.1	17	94	0	61	71	0	0	28	0.86
8532961--8532994	17	2.1	16	88	5	50	11	2	2	82	0.89
8538726--8538769	17	2.6	17	82	10	56	25	0	4	70	1.06
8538835--8538897	20	3.1	20	84	13	76	38	0	4	57	1.20
8538996--8539035	15	2.7	15	100	0	80	70	7	5	17	1.30
8549917--8549958	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
8549921--8549957	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
8549990--8550047	15	3.6	15	70	17	53	50	1	0	48	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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