genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22863060--22863093	12	2.9	11	87	12	50	20	0	0	79	0.73
22866973--22866999	11	2.5	11	100	0	54	33	7	0	59	1.25
22872922--22873119	80	2.5	79	86	4	276	31	15	27	24	1.96
22872922--22873123	26	7.7	26	80	8	212	31	15	27	25	1.96
22880596--22880658	17	3.6	17	78	2	72	47	12	19	20	1.81
22892919--22892962	16	2.8	16	83	16	56	11	6	6	75	1.20
22892919--22892963	14	3.0	15	83	9	56	11	6	6	75	1.18
22895302--22895343	21	2.0	20	90	4	66	28	11	2	57	1.47
22896349--22896400	20	2.5	20	87	6	68	36	3	13	46	1.62
22910475--22910592	30	4.0	29	74	18	102	34	1	25	38	1.66
22910423--22910603	29	6.1	30	68	19	94	33	3	26	35	1.75
22910478--22910612	57	2.4	57	82	8	166	35	3	25	35	1.74
22911459--22911499	22	1.9	21	85	14	57	19	12	4	63	1.46
22911755--22911808	12	4.4	12	81	4	63	42	5	1	50	1.36
22911716--22911789	9	8.4	9	75	11	55	40	2	5	51	1.39
22911727--22911789	21	3.0	21	75	11	65	38	1	6	53	1.36
22912541--22912584	17	2.6	17	92	0	70	56	2	0	40	1.11
22912931--22912964	11	3.0	11	83	8	50	35	11	8	44	1.72
22913836--22913946	37	3.0	35	78	18	102	40	1	2	54	1.25
22913836--22913911	12	6.8	11	72	19	52	40	1	1	56	1.16
22913837--22913946	20	5.9	18	71	19	75	40	1	2	54	1.25
22916258--22916306	13	3.9	12	78	7	53	32	4	2	61	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22918184--22918297	30	3.8	30	81	6	117	27	16	15	40	1.89
22918182--22918322	59	2.4	60	82	5	153	29	17	15	37	1.91
22919525--22919589	26	2.5	26	90	5	96	15	29	29	26	1.96
22922030--22922080	23	2.2	23	79	6	59	52	5	5	35	1.50
22922991--22923079	39	2.2	40	74	5	92	33	6	14	44	1.72
22925129--22925292	87	1.9	86	86	6	233	27	14	21	36	1.92
22928190--22928259	20	3.4	20	72	5	68	11	7	11	70	1.35
22932842--22932875	13	2.6	13	86	13	52	29	0	0	70	0.87
22933600--22933651	23	2.3	21	83	9	59	48	0	1	50	1.12
22934464--22934633	63	2.8	59	78	14	179	43	15	6	34	1.72
22934548--22934573	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
22934604--22934633	11	2.6	12	94	5	53	50	13	0	36	1.42
22935514--22935561	17	2.9	16	81	6	51	22	0	14	62	1.32
22936815--22936849	17	2.1	17	89	5	54	65	0	0	34	0.93
22937023--22937048	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22938945--22938983	20	2.0	20	100	0	78	30	10	0	58	1.31
22938948--22938993	20	2.3	20	84	0	56	39	8	2	50	1.46
22947245--22947289	23	2.0	23	86	0	63	31	15	17	35	1.92
22947491--22947668	58	3.1	58	93	1	295	46	21	0	32	1.52
22947613--22947646	16	2.1	16	88	5	50	44	17	0	38	1.49
22951411--22951452	16	2.6	16	81	7	50	23	2	2	71	1.10
22951906--22952015	50	2.3	47	79	11	125	23	17	17	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22951985--22952610	39	15.8	40	63	20	174	25	18	23	33	1.97
22951984--22952654	79	8.4	79	90	4	928	25	18	23	33	1.97
22951984--22952654	80	8.4	79	89	4	919	25	18	23	33	1.97
22951984--22952654	159	4.2	159	88	5	930	25	18	23	33	1.97
22968132--22969021	80	11.2	80	91	2	1291	33	23	17	24	1.96
22968132--22969021	238	3.7	238	90	2	1344	33	23	17	24	1.96
22968135--22969021	39	22.3	39	70	8	232	33	23	17	24	1.96
22971900--22971957	23	2.5	23	84	13	75	50	24	1	24	1.59
22972284--22972330	21	2.3	20	82	7	51	38	2	2	57	1.23
22973420--22973461	20	2.1	20	86	8	59	33	0	2	64	1.07
22975614--22975908	52	5.7	52	85	3	353	36	22	12	29	1.91
22980332--22980450	5	24.0	5	68	8	55	37	7	19	35	1.80
22981881--22981908	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22988395--22988580	98	1.9	95	85	3	255	31	22	16	29	1.95
22992190--22992250	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
22993240--22993292	23	2.3	23	75	18	56	54	3	3	37	1.36
22995919--22995978	31	1.9	31	83	12	79	50	16	6	26	1.70
23008354--23008594	43	5.6	42	78	2	203	39	24	9	27	1.85
23008354--23008605	42	5.9	43	77	2	130	38	23	9	28	1.85
23008431--23008614	85	2.2	84	78	5	199	38	25	7	28	1.83
23008354--23008622	43	6.3	42	75	3	196	38	24	9	27	1.86
23012501--23012706	81	2.5	83	82	4	256	21	24	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23012493--23012736	41	5.9	41	81	2	247	22	25	16	36	1.94
23014034--23014105	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
23014955--23015190	41	5.8	41	87	2	269	19	29	19	30	1.97
23015079--23015152	24	3.4	24	63	24	63	16	32	21	29	1.95
23014955--23015190	82	2.9	82	85	2	296	19	29	19	30	1.97
23017208--23017273	24	2.8	24	88	0	105	34	18	16	30	1.93
23019619--23019933	94	3.4	94	87	3	440	28	17	22	30	1.97
23020695--23020743	21	2.3	21	85	0	62	34	10	18	36	1.85
23020707--23020750	21	2.1	21	86	0	61	43	9	15	31	1.79
23028689--23029003	94	3.4	94	87	3	440	28	17	22	30	1.97
23029765--23029813	21	2.3	21	85	0	62	34	10	18	36	1.85
23029777--23029820	21	2.1	21	86	0	61	43	9	15	31	1.79
23037751--23038057	94	3.4	92	82	4	367	26	18	25	29	1.98
23038818--23038873	21	2.7	21	81	10	69	35	8	21	33	1.85
23040485--23040557	24	2.9	25	81	4	85	24	17	24	32	1.97
23053011--23053066	21	2.7	21	77	0	58	28	10	21	39	1.87
23058913--23058962	17	3.0	16	80	8	64	40	0	6	54	1.25
23058913--23058976	23	2.8	24	86	11	75	40	0	4	54	1.21
23058913--23058976	11	5.8	10	78	14	56	40	0	4	54	1.21
23058910--23058976	34	2.0	33	88	2	98	40	0	4	55	1.20
23059655--23059711	3	19.0	3	75	13	55	61	0	1	36	1.07
23060765--23060969	30	7.0	29	78	11	150	37	25	2	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23060787--23060938	59	2.6	58	83	6	182	36	24	2	36	1.70
23060765--23060961	87	2.2	87	81	7	218	37	25	3	34	1.72
23061014--23061113	29	3.4	29	69	9	87	36	23	7	34	1.82
23060953--23061120	59	2.9	59	81	2	196	35	22	7	34	1.82
23071353--23072024	209	3.2	209	85	2	823	34	18	23	23	1.96
23081036--23081092	24	2.3	25	90	3	89	28	0	3	68	1.06
23081643--23081704	29	2.1	30	84	6	81	38	1	8	51	1.41
23081692--23081748	14	4.0	13	75	20	51	50	1	1	45	1.22
23081709--23081738	8	3.6	8	91	8	51	53	0	0	46	1.00
23083139--23083313	66	2.7	66	73	7	167	29	24	14	31	1.95
23089329--23089364	5	7.0	5	90	3	54	55	0	25	19	1.43
23089327--23089364	15	2.4	16	86	8	60	52	0	26	21	1.47
23089808--23089887	31	2.5	31	76	19	76	35	0	6	58	1.23
23097187--23097239	18	2.7	19	82	11	63	35	0	1	62	1.06
23102304--23102340	18	2.1	18	90	10	58	67	0	16	16	1.23
23102482--23102534	26	2.0	26	92	0	88	35	9	13	41	1.76
23108981--23109011	14	2.3	13	94	5	53	83	0	0	16	0.64
23110034--23110063	12	2.5	12	94	0	51	53	0	3	43	1.17
23110181--23110231	21	2.4	23	81	12	65	72	7	0	19	1.08
23110169--23110219	16	3.1	16	75	8	50	68	5	0	25	1.12
23110424--23110469	16	2.8	16	81	15	58	63	2	19	15	1.41
23110426--23110469	17	2.6	17	79	13	56	65	2	18	13	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23113388--23113412	10	2.5	10	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23116414--23116456	22	2.0	22	85	0	59	13	20	4	60	1.51
23131336--23131581	123	2.0	123	91	0	402	37	13	17	31	1.88
23139248--23139292	21	2.1	21	84	8	56	20	40	0	40	1.52
23140096--23140137	21	2.0	21	90	0	66	35	7	16	40	1.76
23160614--23160639	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
23173562--23174848	642	2.0	641	87	1	1864	29	13	23	33	1.93
23181259--23181296	16	2.4	16	82	4	51	36	0	0	63	0.95
23185554--23185590	19	2.0	19	89	5	58	40	24	0	35	1.55
23186918--23187113	99	2.0	99	98	0	383	43	13	11	31	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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