genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27856710--27856741	14	2.1	16	88	11	50	65	6	3	25	1.31
27857672--27857700	15	1.9	15	100	0	58	48	0	3	48	1.18
27858393--27858435	8	5.1	8	83	13	52	72	2	11	13	1.22
27858394--27858443	23	2.1	23	85	14	66	72	2	10	16	1.21
27858394--27858458	28	2.5	26	85	7	78	70	1	10	16	1.23
27858571--27858605	15	2.2	17	90	10	56	40	2	0	57	1.14
27860272--27860318	21	2.1	23	85	14	64	31	2	6	59	1.34
27868129--27868171	21	2.0	21	81	0	50	34	0	9	55	1.32
27868970--27869018	24	2.0	24	88	7	73	59	6	4	30	1.41
27871362--27871473	56	2.0	56	100	0	224	30	19	26	23	1.98
27878675--27878729	22	2.4	23	78	6	58	45	3	0	50	1.19
27878678--27878738	23	2.6	22	71	19	52	45	4	0	49	1.23
27879897--27879942	20	2.2	21	88	3	67	30	2	6	60	1.34
27879995--27880115	59	2.0	61	80	7	140	47	2	9	40	1.48
27880744--27880783	20	2.0	20	85	9	55	57	0	5	37	1.21
27880914--27880974	17	3.5	17	72	16	61	59	6	1	32	1.33
27882582--27882614	13	2.4	14	90	10	59	45	36	0	18	1.49
27887872--27887938	33	2.1	32	86	13	93	55	2	1	40	1.24
27893656--27893681	13	2.0	13	100	0	52	38	23	15	23	1.92
27905955--27906007	23	2.3	24	81	15	67	69	3	0	26	1.05
27913410--27913477	34	2.0	33	85	2	91	47	0	1	51	1.09
27913514--27913578	30	2.2	30	81	8	71	43	1	3	52	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27913580--27913636	20	2.8	20	89	0	87	38	5	17	38	1.72
27914146--27914179	17	1.9	18	94	5	61	64	2	2	29	1.22
27915234--27915292	24	2.5	23	78	10	66	47	0	1	50	1.11
27915290--27915378	24	3.8	22	73	11	63	49	1	0	49	1.08
27917476--27917677	110	1.8	110	90	2	325	22	12	28	36	1.91
27920557--27920586	2	15.0	2	92	0	51	46	50	3	0	1.18
27923539--27923585	3	15.7	3	100	0	94	34	31	0	34	1.58
27931005--27931050	24	2.0	24	86	4	67	73	0	26	0	0.83
27932850--27933552	348	2.0	348	94	0	1228	30	16	21	31	1.95
27947005--27947032	13	2.2	13	100	0	56	39	32	0	28	1.57
27948593--27948633	4	10.2	4	100	0	82	24	51	0	24	1.49
27955897--27955943	23	2.1	22	84	4	58	72	0	12	14	1.13
27964309--27964392	7	12.1	7	66	16	50	41	32	1	25	1.63
27964305--27964392	21	4.2	21	67	19	58	43	31	1	23	1.62
27964279--27964370	42	2.2	41	80	14	100	41	34	2	21	1.66
27969560--27969601	13	3.7	12	84	15	54	61	0	0	38	0.96
27970651--27970748	30	3.3	30	70	23	89	27	33	4	34	1.76
27970878--27970932	28	1.9	28	82	10	67	30	30	3	34	1.75
27970639--27970955	59	5.4	59	85	4	374	30	30	4	33	1.78
27970639--27970955	29	10.8	28	67	23	138	30	30	4	33	1.78
27973780--27973880	45	2.3	44	82	3	130	56	6	1	34	1.37
27975514--27975562	25	2.0	25	88	8	73	32	4	16	46	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27977004--27977045	6	7.0	6	100	0	84	83	0	0	16	0.65
27978713--27978778	28	2.2	31	82	12	77	31	1	0	66	1.01
27978714--27978772	17	3.2	17	79	20	57	30	1	0	67	1.00
27978714--27978772	9	6.3	9	83	13	59	30	1	0	67	1.00
27978742--27978780	18	2.1	19	85	4	53	30	2	0	66	1.05
27984117--27984165	16	3.2	15	80	11	55	63	0	2	34	1.06
27984841--27984924	37	2.3	37	82	0	96	51	8	19	21	1.73
27985432--27985503	30	2.4	30	97	0	135	51	22	6	19	1.70
27985647--27985726	39	2.0	40	87	2	117	32	18	20	28	1.96
28016060--28016089	13	2.4	13	94	5	53	70	0	0	30	0.88
28016218--28016251	17	2.0	17	100	0	68	47	0	11	41	1.40
28018565--28018608	4	11.5	4	81	18	58	52	25	22	0	1.48
28018565--28018608	15	2.9	15	83	16	56	52	25	22	0	1.48
28025875--28026035	87	1.9	84	87	3	232	27	13	21	36	1.92
28030563--28030592	1	30.0	1	100	0	60	0	0	100	0	0.00
28031430--28031481	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
28031514--28031550	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
28031564--28031612	16	3.2	16	72	21	52	40	0	2	57	1.10
28031562--28031630	28	2.6	25	78	19	68	46	0	2	50	1.16
28036735--28036798	29	2.2	27	79	20	67	46	10	4	37	1.60
28040939--28040968	14	2.1	14	93	0	51	63	0	6	30	1.20
28040970--28041032	22	2.9	21	72	9	54	60	15	12	11	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28047029--28047061	15	2.1	16	88	5	50	72	0	3	24	0.98
28047393--28047458	26	2.6	25	76	21	66	63	3	3	30	1.24
28055541--28055595	16	3.1	19	75	20	55	60	5	0	34	1.20
28061160--28061202	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
28064912--28064965	27	2.2	25	76	20	60	55	1	5	37	1.34
28065097--28065153	17	3.4	17	78	2	53	22	1	3	71	1.10
28079392--28079416	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
28096156--28096288	33	4.0	33	76	3	115	32	18	27	21	1.97
28096156--28096281	66	1.9	66	80	3	146	31	19	27	20	1.97
28102099--28102163	29	2.2	29	89	5	96	32	3	30	33	1.73
28102060--28102239	86	2.1	88	79	13	203	36	4	27	32	1.77
28103268--28103329	25	2.6	25	82	12	76	41	3	3	51	1.34
28103280--28103347	10	6.7	10	71	15	50	44	4	1	50	1.31
28104088--28104131	18	2.3	20	92	7	74	59	0	2	38	1.10
28104111--28104157	22	2.1	23	84	4	60	55	8	0	36	1.31
28115247--28115659	208	2.0	209	87	5	604	46	5	3	44	1.43
28115839--28115875	18	2.1	18	89	0	56	2	16	27	54	1.56
28116300--28116370	24	2.8	24	78	6	70	36	1	5	56	1.32
28116898--28116953	24	2.2	25	81	12	71	53	0	0	46	1.00
28121012--28121063	5	10.4	5	95	0	95	38	21	0	40	1.53
28126435--28126511	34	2.3	35	80	10	88	53	1	2	42	1.23
28126477--28126538	25	2.4	26	84	7	74	54	1	4	38	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28126440--28126585	59	2.5	60	85	2	186	50	2	6	40	1.44
28127394--28127472	38	2.1	38	100	0	158	36	32	0	30	1.58
28128431--28128474	6	7.3	6	92	0	70	2	36	0	61	1.09
28132962--28132988	5	5.4	5	100	0	54	0	59	0	40	0.98
28135580--28135625	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
28144227--28144389	74	2.2	74	94	0	290	54	7	12	25	1.64
28144531--28144599	30	2.3	31	80	7	79	44	8	4	42	1.55
28144994--28145056	30	2.2	28	83	8	74	61	3	11	23	1.43
28147888--28147926	18	2.2	18	86	9	53	82	2	2	12	0.89
28147899--28147944	21	2.2	20	88	7	74	82	2	2	13	0.85
28149478--28149521	22	1.9	23	86	9	63	34	25	4	36	1.76
28153370--28153432	25	2.5	25	82	5	74	28	4	4	61	1.36
28153842--28153925	6	14.5	6	75	12	77	44	2	2	51	1.27
28153842--28153925	11	7.2	12	76	11	77	44	2	2	51	1.27
28153831--28153925	17	5.6	17	77	6	77	43	2	3	51	1.29
28155187--28155211	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
28157816--28157854	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
28159083--28159110	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
28163858--28163892	18	2.0	17	88	5	52	71	2	20	5	1.19
28164578--28164714	30	4.7	29	69	17	86	35	29	0	34	1.63
28164578--28165020	29	14.8	29	65	25	135	33	30	2	34	1.71
28164545--28165048	59	8.4	57	80	11	372	33	29	2	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28164604--28165048	59	7.4	59	78	9	434	32	30	2	34	1.71
28164752--28165070	117	2.7	115	85	6	392	31	30	3	34	1.75
28164831--28165050	30	7.5	29	73	19	172	31	29	3	35	1.75
28165029--28165087	28	2.1	29	84	9	77	28	28	11	30	1.92
28181672--28181700	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
28186798--28186857	21	2.9	20	68	18	50	21	16	0	61	1.34
28189080--28189126	17	2.7	17	75	15	51	61	2	4	31	1.27
28189217--28189278	20	3.1	20	77	9	56	30	0	1	67	1.00
28193948--28193976	5	5.8	5	100	0	58	0	0	58	41	0.98
28194339--28194381	18	2.4	17	85	14	52	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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