genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  73  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21505853--21505937	45	1.9	44	85	2	116	67	18	4	9	1.37
21505845--21505939	22	4.3	21	81	10	100	66	20	5	8	1.38
21507688--21507927	120	2.0	119	95	0	426	48	12	12	26	1.77
21508952--21508991	19	2.1	19	85	0	53	67	7	2	22	1.28
21510560--21510649	43	2.1	44	85	2	119	51	3	5	40	1.42
21511207--21511259	23	2.3	23	80	0	61	11	18	16	52	1.73
21523213--21523276	29	2.2	29	83	8	76	45	15	9	29	1.78
21523222--21523280	29	2.0	30	90	3	93	45	18	8	27	1.78
21529287--21529330	21	2.1	21	95	0	79	40	0	40	18	1.50
21533332--21533363	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
21537258--21537284	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21539076--21539187	55	2.1	55	90	6	176	44	2	10	41	1.53
21540014--21540235	45	5.1	45	81	7	251	27	17	26	28	1.98
21540018--21540235	87	2.5	87	84	0	294	27	17	25	28	1.98
21540426--21540668	99	2.5	99	81	7	252	23	22	19	34	1.97
21540545--21540728	93	2.0	93	81	4	219	23	25	20	30	1.98
21553131--21553240	51	2.1	51	88	1	157	12	20	13	52	1.73
21559836--21559893	29	1.9	30	86	13	84	17	17	15	50	1.79
21560354--21560391	6	6.3	6	87	0	58	2	0	44	52	1.14
21567277--21567316	16	2.6	15	84	7	53	62	0	0	37	0.95
21568529--21568589	16	3.9	16	80	4	61	55	8	4	31	1.50
21568581--21568618	17	2.2	18	86	13	53	65	2	2	28	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21569754--21569832	30	2.6	30	81	0	95	34	24	2	39	1.69
21569880--21570124	29	8.4	29	69	12	126	30	27	2	39	1.71
21569849--21569992	58	2.5	59	87	2	202	32	25	1	40	1.65
21569868--21570089	87	2.6	85	79	10	200	30	27	2	39	1.70
21569956--21570016	28	2.1	29	90	3	97	34	32	0	32	1.58
21569985--21570180	59	3.4	59	82	6	204	29	28	4	38	1.75
21570416--21570606	97	2.0	97	83	6	244	28	17	14	39	1.89
21575016--21575056	20	2.2	18	86	8	55	78	0	21	0	0.76
21577116--21577290	49	3.6	50	78	7	164	42	22	24	10	1.85
21577123--21577317	48	4.0	47	76	7	176	40	22	25	11	1.87
21577116--21577318	97	2.1	99	85	6	270	40	23	25	10	1.86
21577208--21577435	125	1.8	126	88	0	350	38	25	25	11	1.89
21577249--21577398	77	1.9	77	86	2	212	37	24	26	12	1.90
21577326--21577538	48	4.4	48	83	2	273	38	23	25	12	1.90
21577316--21577569	98	2.6	97	82	2	303	37	22	26	14	1.92
21577669--21578266	101	5.9	101	91	0	908	34	16	18	30	1.93
21578321--21578399	39	2.0	40	92	2	133	27	36	16	18	1.93
21578802--21578905	17	6.1	17	80	0	109	35	0	6	56	1.32
21578802--21578905	34	3.1	34	84	0	136	35	0	6	56	1.32
21579556--21579613	16	3.9	16	73	17	52	56	6	5	31	1.47
21579577--21579651	3	24.0	3	76	10	62	64	4	2	29	1.26
21579582--21579651	12	5.7	12	81	10	70	64	4	2	28	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21580773--21580867	30	3.2	30	89	1	147	33	21	5	40	1.75
21580842--21580955	59	1.9	59	83	1	147	29	24	3	42	1.71
21580911--21581006	48	2.0	48	91	4	158	33	25	2	39	1.67
21580964--21581159	29	6.7	28	73	12	137	32	25	2	39	1.69
21580856--21581053	106	1.9	106	82	3	247	30	24	2	41	1.68
21581056--21581246	59	3.2	58	78	10	187	31	23	3	41	1.72
21587124--21587301	98	1.8	98	91	4	297	41	16	16	26	1.89
21587124--21587321	98	2.0	98	88	5	294	39	16	16	27	1.89
21587608--21587919	29	10.7	28	76	12	123	35	4	26	33	1.76
21587664--21588049	29	13.1	30	82	7	395	37	3	25	33	1.73
21587665--21588051	59	6.6	58	81	11	355	37	3	24	33	1.74
21589709--21589759	26	1.9	27	96	4	95	58	1	0	39	1.09
21595431--21595487	28	2.1	28	83	3	71	50	17	19	12	1.77
21596653--21596712	4	15.0	4	89	6	77	68	0	31	0	0.90
21601013--21601095	14	6.0	13	72	16	60	25	2	24	48	1.63
21600992--21601079	28	3.1	28	83	0	113	23	4	25	46	1.71
21600992--21601094	28	3.7	28	81	2	100	23	3	26	46	1.69
21601320--21601380	21	3.0	21	87	2	97	27	13	37	21	1.90
21601374--21601465	45	2.0	45	89	0	139	19	17	29	33	1.95
21603411--21603460	16	3.2	16	73	21	61	32	0	8	60	1.26
21603630--21603655	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
21603630--21603658	13	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21604002--21604044	21	2.1	21	91	4	70	60	13	0	25	1.34
21604119--21604196	23	3.3	22	71	20	59	65	10	0	24	1.23
21604394--21604427	15	2.2	16	89	5	52	0	41	0	58	0.98
21604406--21604471	4	16.8	4	80	14	66	1	28	0	69	0.97
21604902--21604968	33	2.0	33	94	0	116	32	10	10	46	1.72
21608223--21608256	15	2.3	15	90	5	52	52	0	2	44	1.16
21608344--21608371	13	2.2	13	100	0	56	67	0	10	21	1.20
21612176--21612230	24	2.2	24	87	3	74	25	14	14	45	1.83
21622446--21622500	24	2.2	24	87	3	74	27	18	10	43	1.83
21624442--21624489	24	2.0	24	84	4	62	50	8	6	35	1.58
21624931--21624959	7	4.1	7	100	0	58	13	55	0	31	1.39
21627561--21627798	120	2.0	120	85	0	323	29	16	23	29	1.96
21635240--21635287	18	2.5	20	76	16	55	27	0	4	68	1.07
21635251--21635298	6	8.0	6	78	0	51	20	0	6	72	1.05
21636696--21636731	9	3.9	9	88	3	54	50	22	13	13	1.77
21636696--21636731	19	1.9	19	94	5	65	50	22	13	13	1.77
21649045--21649091	22	2.2	22	84	3	60	57	4	21	17	1.56
21649056--21649110	22	2.5	22	84	0	74	50	10	27	10	1.70
21653624--21653809	93	2.0	93	94	0	327	29	23	13	33	1.94
21653854--21653883	14	2.1	15	93	6	53	33	6	10	50	1.62
21665327--21665356	14	2.1	14	93	0	51	16	20	20	43	1.88
21666095--21666261	83	2.0	83	96	0	307	44	15	8	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21674027--21674071	5	8.8	5	83	13	56	80	2	2	15	0.92
21675054--21675091	16	2.6	14	88	12	51	13	0	36	50	1.42
21675518--21675655	50	2.8	50	71	8	136	24	19	20	35	1.96
21675519--21675853	100	3.4	99	79	3	341	26	20	17	34	1.95
21675694--21675989	151	2.0	151	85	2	407	28	19	16	35	1.94
21675721--21676031	151	2.1	151	82	2	365	28	18	16	36	1.93
21675922--21676169	100	2.5	100	83	1	309	29	15	16	38	1.90
21675663--21676119	252	1.8	252	80	4	546	28	18	16	36	1.93
21675691--21676169	50	9.6	49	71	9	189	29	17	16	36	1.92
21688998--21689044	17	2.6	17	86	6	58	17	17	14	51	1.77
21688997--21689057	17	3.5	17	77	20	56	16	16	16	50	1.78
21689622--21689662	10	3.9	10	84	9	55	78	0	21	0	0.76
21689826--21689882	28	2.2	26	81	9	62	26	8	26	38	1.85
21689833--21689888	28	2.0	28	96	0	103	23	10	26	39	1.87
21690576--21692363	906	2.0	905	94	0	3119	29	17	18	35	1.93
21694660--21694720	32	1.9	32	83	6	79	73	3	6	16	1.17
21694968--21695023	25	2.2	26	75	15	64	69	3	10	16	1.30
21699618--21699660	23	1.9	23	85	4	61	48	0	9	41	1.35
21702202--21702264	24	2.6	25	85	7	94	28	58	9	3	1.45
21702202--21702261	12	5.0	12	70	0	57	28	58	10	3	1.46
21702293--21702335	18	2.4	18	80	7	52	25	51	6	16	1.69
21702996--21703050	21	2.7	20	78	10	58	56	1	1	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21703042--21703427	184	2.1	186	95	1	695	50	3	10	35	1.55
21703132--21703423	92	3.2	92	65	18	255	51	4	9	34	1.55
21704571--21704707	27	5.0	27	75	11	109	20	15	6	57	1.60
21704607--21704707	52	2.0	52	88	2	150	21	12	5	59	1.55
21704572--21704796	28	8.1	28	73	9	120	20	16	8	55	1.66
21706557--21706590	16	2.1	16	100	0	68	41	20	32	5	1.76
21706520--21706630	57	1.9	57	83	3	143	45	13	25	16	1.84
21706573--21706769	82	2.4	83	80	9	226	38	13	25	22	1.91
21706573--21706781	41	5.1	41	83	5	170	38	14	25	21	1.91
21709558--21709595	19	2.0	19	100	0	76	47	10	10	31	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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