genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24354092--24354220	50	2.6	50	87	0	168	33	18	25	22	1.97
24354117--24354245	50	2.6	50	83	2	143	34	19	24	21	1.96
24354282--24354411	40	3.3	40	77	6	156	30	25	18	26	1.98
24354279--24354449	79	2.2	79	90	2	263	30	25	17	26	1.97
24354305--24354449	39	3.7	39	75	14	120	30	25	17	26	1.98
24356306--24356355	26	1.9	26	84	8	66	36	6	6	52	1.51
24356307--24356363	26	2.2	26	81	6	62	38	7	5	49	1.53
24356313--24356499	78	2.6	72	81	11	220	34	8	7	49	1.62
24361409--24361443	18	1.9	18	88	0	52	20	5	42	31	1.75
24361419--24361470	24	2.2	24	100	0	104	17	3	55	23	1.58
24365076--24365112	19	2.1	19	90	10	60	72	2	0	24	0.97
24373993--24374076	39	2.2	39	88	0	123	48	4	4	41	1.45
24374863--24374908	16	2.8	16	80	3	56	21	4	28	45	1.71
24375920--24375967	24	2.0	24	87	0	69	22	0	52	25	1.48
24375953--24376036	38	2.2	38	82	6	98	21	4	47	26	1.70
24376028--24376057	6	5.0	6	100	0	60	16	0	66	16	1.25
24375986--24376160	57	2.9	57	85	10	192	21	1	54	22	1.54
24376085--24376132	6	8.0	6	100	0	96	16	0	66	16	1.25
24379464--24379502	17	2.2	19	86	9	55	66	2	5	25	1.25
24379899--24379923	11	2.3	11	100	0	50	20	0	0	80	0.72
24387186--24387247	21	2.8	23	75	7	65	46	3	1	48	1.28
24389200--24389241	22	2.0	22	85	4	59	23	14	11	50	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24390185--24390233	23	2.1	23	84	0	62	28	6	2	63	1.30
24392059--24392105	24	2.0	24	95	0	85	42	29	8	19	1.80
24397585--24397614	5	6.0	5	100	0	60	40	0	60	0	0.97
24401182--24401230	22	2.2	22	92	0	80	32	12	24	30	1.92
24401504--24401571	28	2.4	28	80	0	91	32	17	20	29	1.96
24405883--24405915	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
24411093--24411117	11	2.3	11	100	0	50	28	8	8	56	1.57
24411464--24411538	22	3.4	21	74	7	69	49	2	0	48	1.15
24411801--24411845	23	2.0	23	86	0	63	35	13	15	35	1.87
24412373--24412518	71	2.1	70	81	8	172	23	7	8	60	1.52
24418578--24418666	17	5.2	17	84	0	97	37	2	4	56	1.32
24418587--24418646	23	2.7	23	82	7	61	35	3	5	56	1.37
24420713--24420996	59	4.9	59	78	10	248	36	20	4	38	1.74
24420713--24421027	29	10.7	30	79	8	294	36	20	4	38	1.74
24423195--24423244	21	2.4	22	83	16	70	46	0	2	52	1.12
24428779--24429209	59	7.4	58	85	5	541	33	2	32	31	1.72
24428807--24429210	29	13.9	27	67	24	184	33	2	32	31	1.72
24431020--24431074	17	3.6	15	80	20	53	47	1	3	47	1.30
24437395--24437442	21	2.3	21	89	3	71	52	22	4	20	1.64
24438769--24438811	22	2.0	22	85	0	59	6	30	18	44	1.76
24443894--24443957	26	2.5	26	84	5	76	15	23	18	42	1.89
24446231--24446277	18	2.6	18	83	6	60	68	4	0	27	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24456482--24456506	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24456478--24456509	15	2.2	14	94	5	55	46	0	0	53	1.00
24457426--24457459	17	1.9	18	94	5	61	41	26	2	29	1.70
24459768--24459863	10	9.9	10	72	13	76	30	4	0	65	1.11
24459743--24459808	26	2.4	27	80	12	73	33	3	1	62	1.20
24459908--24459946	16	2.3	18	86	8	55	15	5	0	79	0.90
24459956--24460120	84	2.0	85	80	8	194	38	4	13	43	1.63
24475985--24476025	17	2.2	19	87	12	59	75	0	9	14	1.04
24477894--24477942	22	2.2	23	96	3	91	53	0	10	36	1.35
24487053--24487091	18	2.2	18	90	9	62	51	15	7	25	1.70
24492677--24492866	94	2.0	94	98	0	371	32	20	15	31	1.94
24495504--24495555	19	2.7	19	100	0	104	32	17	11	38	1.85
24498673--24498730	27	2.1	27	81	6	64	34	0	0	65	0.93
24499721--24499760	20	2.0	20	90	0	62	37	2	12	47	1.55
24500373--24500448	32	2.4	32	82	10	93	25	22	18	34	1.96
24500692--24500724	16	2.1	16	88	11	50	63	6	0	30	1.18
24503454--24503506	21	2.5	22	84	6	74	37	24	13	24	1.91
24532328--24532432	52	2.0	52	98	0	201	37	10	25	26	1.88
24533026--24533087	26	2.4	26	81	7	74	22	17	25	33	1.96
24537686--24537816	41	3.2	41	83	4	138	24	23	9	41	1.85
24538125--24538175	21	2.4	21	80	6	59	35	25	11	27	1.91
24545700--24546068	123	3.0	123	91	0	594	28	25	9	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24549631--24549931	138	2.2	138	90	2	462	41	6	4	47	1.50
24552563--24552619	28	2.0	28	100	0	114	43	10	17	28	1.82
24554271--24554300	15	2.0	15	100	0	60	33	20	0	46	1.51
24558546--24558818	42	6.5	42	90	1	404	38	10	26	24	1.88
24565194--24565235	16	2.6	16	82	14	50	57	11	16	14	1.66
24568574--24568613	22	1.9	19	85	14	53	42	0	10	47	1.37
24570311--24570601	52	5.6	52	92	0	458	25	13	24	36	1.92
24571537--24571587	21	2.4	21	100	0	102	37	13	11	37	1.82
24576838--24576938	23	4.3	23	83	12	116	43	22	23	9	1.83
24576838--24576938	48	2.2	46	85	7	132	43	22	23	9	1.83
24580122--24580285	41	4.0	41	88	0	229	24	25	9	40	1.86
24580132--24580304	41	4.2	40	83	5	195	23	27	8	40	1.84
24580134--24580304	82	2.1	83	85	5	231	22	28	8	40	1.82
24585076--24585210	42	3.2	42	90	6	202	36	9	28	25	1.88
24599008--24599074	34	2.0	34	87	0	98	8	5	17	67	1.38
24599025--24599124	34	2.9	34	86	4	130	8	5	18	69	1.32
24599050--24599094	20	2.2	21	84	11	58	4	4	20	71	1.21
24600864--24601234	137	2.7	138	89	3	577	40	7	5	46	1.56
24601155--24601311	77	2.0	77	88	0	233	39	10	8	41	1.70
24604261--24604298	20	1.9	20	88	0	58	18	5	36	39	1.73
24613904--24613969	19	3.4	19	78	14	71	68	1	1	28	1.08
24615367--24615435	34	2.0	34	94	0	120	43	23	8	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24616514--24616565	22	2.3	23	93	3	88	48	7	9	34	1.65
24620747--24620835	28	3.0	30	66	26	80	35	3	28	32	1.74
24620865--24620933	29	2.3	31	76	16	74	34	5	30	28	1.81
24620742--24620916	59	3.0	58	86	3	233	35	4	28	32	1.76
24620882--24620942	29	2.1	30	84	9	81	31	3	26	39	1.72
24621253--24621302	10	4.9	10	73	22	50	66	2	6	26	1.26
24623179--24623905	200	3.6	200	93	0	1197	18	22	23	35	1.95
24624109--24624330	50	4.6	49	74	10	195	13	27	21	37	1.92
24624096--24624330	49	4.8	49	73	11	196	14	27	20	37	1.92
24626039--24626084	20	2.2	20	88	3	65	4	13	2	80	0.95
24626054--24626089	10	3.5	10	88	3	54	2	11	0	86	0.68
24630635--24630756	30	4.2	28	68	20	72	31	4	27	36	1.76
24630613--24630730	59	2.0	60	91	1	193	35	2	27	33	1.71
24630636--24630756	29	4.1	30	70	22	71	31	4	27	37	1.76
24631952--24632000	15	3.5	15	73	15	52	40	4	0	55	1.19
24636808--24636856	21	2.3	21	85	0	62	8	0	22	69	1.14
24636839--24636878	20	2.0	20	85	0	53	12	10	17	60	1.59
24636880--24636962	12	7.0	12	72	8	71	6	7	19	67	1.36
24636882--24636936	23	2.3	23	84	9	67	7	7	16	69	1.35
24636880--24636966	35	2.5	34	81	10	97	6	6	18	67	1.36
24637779--24637833	23	2.3	24	78	9	60	38	3	1	56	1.28
24637943--24638064	52	2.3	53	84	5	147	27	7	15	50	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24640765--24640813	21	2.3	21	85	0	62	36	28	8	26	1.85
24641532--24641587	28	2.0	28	89	6	87	21	26	17	33	1.96
24654856--24654892	5	7.2	5	87	6	56	5	0	18	75	0.99
24655180--24655244	15	4.3	15	94	0	112	21	36	21	20	1.95
24655369--24655402	18	1.9	17	88	5	50	17	38	14	29	1.90
24656077--24656119	19	2.3	19	88	4	61	55	6	0	37	1.27
24662171--24662213	12	3.6	12	93	0	68	48	9	32	9	1.67
24667022--24667060	21	1.9	20	89	5	60	43	0	2	53	1.14
24672110--24672142	9	3.8	9	88	4	50	51	3	0	45	1.16
24673463--24673502	16	2.5	16	87	0	53	47	5	10	37	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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