genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28195202--28195510	110	2.8	110	88	2	440	31	12	6	48	1.68
28197992--28198039	3	16.3	3	82	4	62	31	2	2	64	1.16
28212451--28212531	3	27.7	3	80	9	96	33	1	1	64	1.10
28214622--28214657	9	4.0	9	89	10	56	80	0	0	19	0.71
28214623--28214658	17	2.1	18	94	5	65	83	0	0	16	0.65
28215852--28215900	24	2.0	24	96	0	89	53	6	22	18	1.66
28216832--28216999	29	5.8	29	75	17	177	33	2	30	32	1.73
28216848--28216999	59	2.6	58	93	1	259	34	2	29	33	1.72
28218843--28218901	6	9.8	6	73	14	50	55	1	3	38	1.26
28218858--28218885	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
28225271--28225313	19	2.4	17	77	11	50	67	0	4	27	1.10
28231495--28231526	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
28238000--28238035	19	1.9	18	88	5	54	55	22	0	22	1.44
28254944--28255118	90	1.9	90	86	9	248	41	18	7	32	1.78
28255186--28255247	19	3.3	19	75	8	63	66	1	9	22	1.30
28255187--28255276	39	2.3	38	84	1	108	63	2	5	28	1.29
28255223--28255375	10	16.1	10	68	14	67	60	1	3	33	1.26
28255206--28255350	56	2.5	57	85	5	195	62	2	4	29	1.30
28255206--28255370	57	2.9	56	79	9	183	61	2	4	30	1.29
28255627--28255702	34	2.3	33	81	6	82	36	0	0	63	0.95
28256155--28256183	6	4.8	6	100	0	58	0	65	0	34	0.93
28264348--28264373	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28267926--28268008	21	3.9	21	85	1	112	73	20	1	4	1.08
28267918--28268018	21	4.7	21	77	15	91	72	20	2	3	1.14
28268490--28268517	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
28270334--28270403	19	3.6	19	74	14	70	35	5	15	42	1.71
28271353--28271408	20	2.9	18	71	21	51	66	3	8	21	1.35
28275756--28275792	20	1.9	20	88	5	58	62	8	2	27	1.37
28276829--28276963	65	2.1	65	98	0	261	23	37	20	18	1.94
28277741--28277784	21	2.1	21	83	8	54	65	11	0	22	1.24
28281244--28281287	2	24.0	2	78	17	51	47	0	0	52	1.00
28281243--28281288	12	3.7	12	81	18	58	47	0	0	52	1.00
28281449--28281477	9	3.2	9	100	0	58	37	20	20	20	1.94
28281571--28281613	22	2.0	22	85	0	59	65	4	0	30	1.13
28284821--28284851	16	1.9	16	93	0	53	41	0	16	41	1.48
28303462--28303491	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
28309383--28309424	21	2.1	21	86	8	61	26	0	4	69	1.08
28312200--28312229	15	1.9	16	93	6	53	33	6	13	46	1.69
28317016--28317055	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
28318708--28318752	21	2.2	21	88	4	65	11	2	15	71	1.24
28318728--28318780	27	2.0	27	88	0	79	11	1	15	71	1.22
28318764--28318826	20	2.9	23	74	13	78	7	4	20	66	1.36
28318802--28318871	33	2.1	33	84	5	88	7	7	17	68	1.35
28318814--28318892	12	6.8	12	74	8	65	8	6	16	68	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28318814--28318868	21	2.5	22	85	8	67	7	5	16	70	1.28
28319035--28319066	12	2.7	12	100	0	64	18	0	15	65	1.27
28321794--28321868	29	2.6	27	82	12	96	36	4	4	56	1.37
28325067--28325097	14	2.2	14	100	0	62	48	19	6	25	1.72
28327015--28327115	29	3.5	30	70	17	79	32	30	2	33	1.73
28329985--28330410	59	7.3	59	90	4	596	35	3	26	33	1.75
28330402--28330501	30	3.3	30	93	5	159	38	4	19	39	1.70
28332259--28332314	22	2.5	22	83	11	69	50	1	3	44	1.29
28332259--28332314	11	5.0	11	78	10	60	50	1	3	44	1.29
28332642--28332923	38	7.4	38	69	13	211	35	17	13	33	1.89
28332904--28333930	68	15.0	68	92	2	1632	29	19	16	34	1.94
28332596--28333926	273	4.7	273	88	4	1790	30	19	16	34	1.93
28332596--28333930	205	6.3	206	89	4	1783	30	19	16	34	1.93
28345800--28345890	6	15.8	6	68	22	54	51	1	3	43	1.25
28345801--28345893	17	5.5	16	76	17	73	50	1	3	45	1.25
28345817--28345893	11	6.8	11	76	10	75	50	1	3	44	1.28
28347014--28347055	16	2.7	15	82	17	50	42	0	0	57	0.99
28347926--28347973	24	2.0	24	84	12	62	39	4	2	54	1.32
28355612--28355638	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
28361738--28361871	43	3.1	43	93	1	225	26	30	18	23	1.98
28365860--28366062	41	5.0	41	83	3	239	18	27	20	33	1.96
28366050--28366124	40	1.9	40	83	8	100	17	21	16	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28372754--28372779	7	3.7	7	100	0	52	11	26	0	61	1.30
28373074--28373111	17	2.2	19	86	13	55	23	2	7	65	1.32
28380789--28380831	21	2.0	21	82	8	52	46	6	9	37	1.63
28385143--28385287	55	2.7	54	81	6	186	25	9	15	49	1.74
28386860--28386971	43	2.6	43	76	4	129	28	25	16	28	1.97
28389529--28389617	41	2.2	41	87	0	133	20	25	21	32	1.97
28389646--28389672	13	2.1	13	100	0	54	14	22	14	48	1.81
28392062--28392091	15	1.9	16	93	6	53	30	0	10	60	1.30
28392694--28392723	15	1.9	16	93	6	53	30	0	10	60	1.30
28391723--28392992	632	2.0	634	99	0	2517	26	15	17	41	1.88
28403321--28403367	22	2.1	24	88	11	73	57	4	0	38	1.18
28403321--28403375	22	2.5	22	80	14	60	54	3	0	41	1.18
28403903--28403941	20	2.0	20	85	10	53	17	2	10	69	1.28
28408105--28408194	6	15.0	6	74	16	80	45	3	0	51	1.18
28408095--28408190	11	8.7	11	71	8	61	43	3	1	52	1.24
28408095--28408186	17	5.6	17	75	7	91	43	3	1	52	1.24
28408279--28408344	27	2.5	26	92	2	105	42	30	12	15	1.83
28409015--28409052	16	2.4	16	86	8	51	47	0	2	50	1.15
28409013--28409050	19	2.0	20	89	5	60	47	0	2	50	1.15
28409573--28409645	29	2.5	28	80	8	83	41	21	6	30	1.79
28409629--28410154	59	9.0	59	83	4	629	32	29	3	34	1.75
28409629--28410119	175	2.8	175	85	5	645	33	29	2	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28411388--28411427	20	2.0	20	90	0	62	45	10	10	35	1.71
28416629--28416730	48	2.1	49	85	7	138	38	15	5	40	1.72
28417626--28417659	10	3.8	9	88	11	52	23	8	0	67	1.18
28417665--28417690	5	5.2	5	100	0	52	38	61	0	0	0.96
28419813--28419837	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
28442025--28442055	16	1.9	16	93	0	53	32	6	25	35	1.82
28442441--28442468	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
28449746--28449805	21	2.6	23	82	15	63	36	5	0	58	1.20
28449779--28449924	58	2.5	58	82	11	183	46	2	1	50	1.21
28450095--28450166	16	4.5	16	91	0	117	27	27	5	38	1.79
28450373--28450412	15	2.4	16	84	16	55	50	0	2	47	1.14
28451010--28451042	14	2.2	16	89	10	52	69	3	0	27	1.03
28451212--28451257	22	2.1	22	88	8	67	28	2	4	65	1.23
28451212--28451268	22	2.7	21	79	15	64	31	1	3	63	1.22
28451217--28451267	22	2.3	22	86	6	68	31	1	3	62	1.24
28451272--28451369	19	5.0	21	70	20	61	39	1	1	58	1.12
28451295--28451371	18	4.2	17	74	12	55	37	1	1	59	1.14
28451254--28451386	29	4.6	29	75	15	98	38	1	0	59	1.12
28451315--28451399	36	2.4	35	81	15	86	37	0	1	61	1.04
28451387--28451420	18	1.9	18	88	5	52	26	2	2	67	1.19
28451678--28451711	14	2.3	14	90	10	50	41	0	2	55	1.15
28454907--28454966	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28455141--28455169	4	7.2	4	100	0	58	24	51	0	24	1.48
28458388--28458438	24	2.1	24	96	0	93	23	9	7	58	1.56
28458388--28458450	24	2.6	24	89	0	81	25	12	9	52	1.69
28461688--28461734	24	2.0	24	95	0	85	34	25	2	38	1.68
28465813--28465837	3	8.3	3	100	0	50	36	0	64	0	0.94
28473287--28473332	11	4.4	11	78	10	51	28	0	2	69	1.00
28482640--28482685	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
28493004--28493092	27	3.2	27	76	7	81	48	17	14	19	1.81
28495384--28495512	63	2.0	63	95	0	231	26	29	16	27	1.97
28495450--28495684	43	5.5	43	85	1	267	28	25	17	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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