genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21951184--21951495	30	10.5	29	78	9	227	35	3	22	38	1.72
21951263--21951495	60	3.9	59	89	4	324	36	4	20	39	1.72
21951202--21951495	90	3.3	89	84	7	314	35	4	21	38	1.73
21953412--21953490	6	13.5	6	76	10	74	49	3	2	44	1.34
21953412--21953529	17	6.9	16	72	12	83	50	5	1	43	1.34
21953833--21954000	91	1.8	91	92	0	282	30	19	18	31	1.95
21954013--21954717	38	19.4	37	68	16	370	30	19	15	33	1.94
21953925--21954817	76	12.1	76	86	6	1096	31	19	16	33	1.94
21953928--21954801	144	6.0	147	86	8	1070	31	19	16	33	1.94
21954280--21954789	73	7.1	69	77	12	318	30	20	16	32	1.95
21954629--21954755	38	3.3	38	69	18	102	30	19	14	34	1.92
21966609--21966799	30	6.4	30	87	5	219	34	3	21	40	1.70
21966541--21966799	60	4.4	59	79	10	230	33	3	24	38	1.71
21968722--21968800	6	13.5	6	76	10	74	49	3	2	44	1.34
21968722--21968839	17	6.9	16	72	12	83	50	5	1	43	1.34
21969427--21969453	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
21969523--21969567	6	7.5	6	94	0	72	40	0	60	0	0.97
21969988--21970055	33	2.1	32	86	2	91	48	4	8	38	1.54
21975724--21975785	30	2.1	30	93	0	106	58	14	4	22	1.56
21982867--21982913	19	2.5	19	96	0	85	53	6	23	17	1.66
21983104--21983147	23	1.9	23	86	9	63	36	4	2	56	1.32
21985114--21985148	16	2.3	15	90	5	52	34	2	25	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21986113--21986299	91	2.1	90	87	1	275	37	13	8	40	1.75
21986819--21986847	15	1.9	15	100	0	58	48	34	3	13	1.60
21987042--21987094	21	2.5	21	90	0	79	0	47	18	33	1.49
21987054--21987094	21	2.0	21	100	0	82	0	48	19	31	1.49
21987053--21987093	11	3.8	12	78	21	54	0	46	21	31	1.52
21987080--21987238	66	2.4	67	89	1	248	14	25	17	42	1.87
21993080--21993260	69	2.6	69	84	6	222	44	1	4	48	1.34
21993105--21993194	12	7.8	12	68	24	52	50	0	3	46	1.18
21993152--21993432	112	2.6	108	85	5	356	41	1	5	51	1.33
21993394--21993484	22	4.4	22	67	20	61	54	2	0	42	1.12
21993395--21993481	30	2.9	30	98	0	165	57	2	0	40	1.11
21993448--21993530	24	3.5	24	74	11	80	45	1	4	48	1.31
21993496--21993577	24	3.5	23	77	8	60	48	1	3	46	1.27
21993496--21993552	8	7.1	8	76	7	53	49	0	1	49	1.11
21996447--21996528	41	2.0	41	95	0	146	20	20	21	36	1.95
21997918--21998072	24	7.3	23	61	27	67	13	34	25	25	1.93
21997917--21998198	41	6.9	41	85	4	338	15	33	24	26	1.95
22007719--22007771	28	1.9	27	81	11	63	58	1	0	39	1.09
22018476--22018529	20	2.7	20	75	11	56	27	31	9	31	1.88
22020639--22020677	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
22023905--22023954	22	2.2	22	82	7	55	60	4	4	32	1.34
22024623--22024679	27	2.1	28	81	12	66	36	3	1	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22025059--22025090	16	1.9	17	93	6	57	18	34	0	46	1.49
22027174--22027219	24	1.9	24	95	0	83	36	17	13	32	1.88
22029670--22029715	21	2.1	21	84	4	56	28	0	4	67	1.10
22030645--22030686	17	2.5	17	80	11	50	50	0	0	50	1.00
22030650--22030705	19	2.9	19	82	10	78	55	0	0	44	0.99
22035755--22035795	21	2.0	20	85	4	55	46	2	12	39	1.54
22036653--22036856	51	4.0	51	85	1	282	33	14	23	28	1.94
22037642--22037701	21	2.8	22	85	7	79	36	8	21	33	1.84
22043182--22043207	7	3.7	7	100	0	52	0	26	0	73	0.84
22043971--22044209	51	4.6	51	84	2	291	32	14	23	28	1.94
22044943--22044995	21	2.5	20	77	14	54	26	11	24	37	1.89
22055023--22055063	13	3.0	13	83	13	55	26	9	0	63	1.25
22060808--22060846	18	2.2	17	86	4	51	33	0	0	66	0.92
22061420--22061483	31	2.1	30	83	13	78	53	18	3	25	1.59
22061858--22061894	19	1.9	19	100	0	74	32	32	10	24	1.90
22064091--22064127	16	2.3	17	86	9	51	62	0	2	35	1.10
22069394--22069436	21	2.1	19	83	12	50	34	18	4	41	1.71
22073809--22073854	20	2.3	20	85	14	60	32	23	0	43	1.54
22074870--22074989	58	2.1	58	90	3	188	30	0	20	48	1.50
22085311--22085367	12	4.4	12	74	21	53	40	3	0	56	1.17
22085319--22085374	29	1.9	29	92	0	94	41	3	0	55	1.17
22085300--22085373	16	4.9	15	75	20	66	40	4	0	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22089298--22089336	7	5.6	7	87	0	51	48	17	2	30	1.61
22089291--22089337	21	2.2	21	77	7	51	48	17	2	31	1.58
22089347--22089453	26	4.0	26	83	2	124	55	11	1	31	1.46
22089977--22090022	18	2.6	18	85	0	56	17	28	30	23	1.97
22091047--22091084	18	2.1	18	100	0	76	36	15	5	42	1.70
22099575--22099871	151	2.0	151	93	0	504	32	21	9	36	1.86
22102342--22102385	20	2.1	21	87	4	63	81	0	11	6	0.86
22102331--22102387	26	2.2	26	81	12	64	78	0	12	8	0.95
22110407--22110443	14	2.9	12	85	14	56	64	0	0	35	0.94
22118842--22118883	22	1.9	22	90	0	66	40	4	9	45	1.58
22127803--22127842	19	2.1	19	100	0	80	47	10	27	15	1.77
22130805--22130837	6	5.5	6	92	0	57	48	0	30	21	1.50
22136154--22136203	26	1.9	26	84	8	66	50	2	0	48	1.12
22137203--22137246	18	2.4	18	88	3	61	70	2	6	20	1.21
22143557--22143644	46	1.9	46	88	0	131	27	9	23	39	1.85
22144016--22144048	14	2.4	14	85	5	50	33	18	6	42	1.75
22144138--22144186	19	2.5	20	86	3	64	2	22	2	73	1.04
22145428--22145453	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
22157921--22157961	20	2.0	21	95	4	75	65	0	4	29	1.13
22161080--22161120	6	6.8	6	100	0	82	17	0	48	34	1.47
22163392--22163504	39	2.9	39	89	0	172	23	19	21	35	1.96
22168766--22168939	90	1.9	89	81	5	201	25	16	12	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22168830--22168942	59	1.9	59	83	0	145	25	16	12	45	1.83
22171461--22171535	11	6.9	11	74	7	73	74	20	1	4	1.05
22171452--22171552	22	4.7	21	84	7	114	73	17	2	5	1.16
22171453--22171552	43	2.3	44	86	3	141	73	18	3	6	1.17
22171429--22171568	32	4.3	32	73	13	115	71	18	3	6	1.22
22172058--22172121	24	2.6	24	70	7	58	39	1	7	51	1.40
22173175--22173238	33	1.9	33	87	9	94	70	3	0	26	1.02
22173899--22173923	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
22174104--22174133	12	2.5	12	88	0	51	0	43	0	56	0.99
22174527--22174565	2	19.0	2	89	5	60	48	5	46	0	1.24
22174892--22174918	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
22189632--22189661	14	2.1	14	93	0	51	60	0	0	40	0.97
22189802--22189847	20	2.3	20	88	0	65	50	4	0	45	1.21
22194787--22194811	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
22194815--22194862	21	2.2	22	85	3	62	54	10	0	35	1.35
22194815--22194862	22	2.2	21	85	10	62	54	10	0	35	1.35
22196585--22196764	30	6.2	28	77	7	137	31	3	32	32	1.74
22196585--22196751	58	2.9	59	79	7	189	30	2	32	34	1.71
22196585--22196764	29	6.2	30	79	8	151	31	3	32	32	1.74
22196615--22196876	30	8.9	29	78	8	192	31	2	29	35	1.72
22197124--22197166	18	2.3	19	80	4	52	62	0	6	30	1.21
22198650--22198720	6	12.3	6	77	14	60	54	4	2	38	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22198665--22198720	23	2.4	23	87	0	85	55	5	1	37	1.33
22198650--22198749	17	5.5	17	74	15	83	57	6	2	35	1.35
22198666--22198756	29	3.1	29	73	14	80	59	7	1	31	1.33
22199152--22199317	85	2.0	85	87	0	242	21	24	18	36	1.95
22199211--22199915	209	3.4	208	86	2	941	22	22	17	37	1.94
22199924--22200071	39	3.8	39	91	0	233	27	18	30	24	1.98
22200016--22200302	39	7.4	39	74	7	217	24	17	32	25	1.97
22199925--22200188	78	3.4	76	81	3	276	26	18	31	23	1.98
22200016--22200302	117	2.5	117	86	2	389	24	17	32	25	1.97
22199977--22200302	78	4.2	77	75	9	220	25	17	31	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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