genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196298--2196339	16	2.6	17	85	10	54	54	0	0	45	0.99
2199832--2199878	2	24.5	2	87	8	71	48	0	0	51	1.00
2205724--2205771	21	2.2	21	85	3	60	54	10	4	31	1.53
2206161--2206185	6	4.2	6	100	0	50	0	68	0	32	0.90
2229189--2229279	42	2.2	43	83	13	120	34	2	0	63	1.06
2229199--2229278	21	4.0	19	74	15	72	35	2	0	62	1.09
2232342--2232402	20	2.9	20	75	7	59	50	3	0	45	1.17
2233528--2233577	24	2.1	24	92	0	82	12	46	2	40	1.52
2233629--2233694	32	2.1	32	100	0	132	16	21	6	56	1.62
2235872--2235907	16	2.2	16	95	0	63	33	19	0	47	1.50
2238779--2238819	20	2.0	20	90	9	66	60	4	0	34	1.18
2240001--2240063	9	7.6	9	73	22	50	66	3	0	30	1.07
2240072--2240125	21	2.5	21	88	8	74	61	5	0	33	1.19
2240079--2240132	21	2.6	21	83	11	67	62	3	1	31	1.23
2240208--2240265	9	6.4	9	75	16	50	60	1	1	36	1.17
2240089--2240267	77	2.4	74	74	12	175	60	5	2	31	1.33
2240565--2240589	13	1.9	13	100	0	50	24	20	16	40	1.91
2241576--2241614	17	2.3	17	90	0	60	20	28	20	30	1.98
2243064--2243155	9	10.2	9	69	16	57	30	2	4	63	1.26
2246502--2246561	29	2.0	29	83	3	75	38	8	20	33	1.82
2246578--2246668	29	3.2	28	79	14	96	31	4	25	38	1.76
2246591--2246675	29	3.0	29	92	1	145	30	5	27	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246578--2246723	57	2.6	56	79	9	147	30	3	26	39	1.73
2246591--2246723	29	4.7	27	79	9	108	30	3	27	37	1.75
2246677--2246808	29	4.6	29	74	12	94	34	1	28	35	1.67
2246677--2246943	30	9.1	27	76	11	97	37	1	26	34	1.66
2246734--2246938	30	6.9	29	81	5	115	38	1	26	33	1.66
2246710--2246940	59	3.9	59	77	7	171	38	1	24	34	1.66
2246768--2246944	30	5.9	31	82	5	125	39	1	25	33	1.63
2246677--2246943	60	4.6	58	75	10	229	37	1	26	34	1.66
2250096--2250288	51	3.8	51	86	3	262	32	13	23	30	1.93
2251065--2251124	21	2.8	22	75	7	61	40	6	18	35	1.77
2251528--2251848	50	6.5	50	72	10	169	16	33	17	33	1.92
2251474--2251843	49	7.5	50	73	8	238	15	31	17	34	1.92
2251465--2251848	99	3.9	98	77	5	330	16	30	17	34	1.93
2255579--2255629	25	2.0	25	100	0	102	37	7	19	35	1.81
2258963--2259025	30	2.1	30	93	0	108	44	23	3	28	1.69
2269853--2270022	85	2.0	85	98	0	331	40	12	20	25	1.88
2270807--2270931	50	2.5	50	89	0	187	36	18	24	20	1.94
2270985--2271236	39	6.4	39	81	6	294	32	24	16	26	1.96
2270984--2271236	79	3.2	79	84	2	348	32	24	16	26	1.96
2272659--2272720	28	2.3	27	81	10	72	35	1	12	50	1.51
2273028--2273155	31	4.1	30	81	5	94	45	20	3	31	1.67
2273027--2273170	30	4.7	30	82	5	146	44	22	2	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276045--2276100	30	1.9	28	89	7	85	32	8	26	32	1.87
2276047--2276436	29	13.3	29	76	11	214	32	3	26	37	1.74
2276077--2276226	57	2.6	59	85	4	198	28	4	30	38	1.75
2276264--2276441	30	6.0	30	85	0	223	38	2	23	35	1.70
2276240--2276442	30	6.8	29	76	8	160	35	2	23	37	1.68
2278536--2278579	16	2.9	15	75	18	54	47	0	0	52	1.00
2278647--2278683	17	2.1	18	85	14	51	56	0	2	40	1.13
2283018--2283063	24	1.9	24	86	0	65	36	0	8	54	1.32
2283330--2283410	36	2.2	35	83	12	101	33	3	3	59	1.33
2283344--2283429	38	2.3	36	80	11	95	31	2	3	62	1.24
2285156--2285199	16	2.9	15	75	18	54	47	0	0	52	1.00
2288585--2288609	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2289655--2289700	24	1.9	24	90	0	74	34	0	8	56	1.30
2289966--2290047	38	2.2	36	83	10	103	32	3	3	59	1.32
2290026--2290085	28	2.2	27	82	5	77	25	0	6	68	1.14
2291493--2291550	15	3.4	16	77	22	57	62	0	1	36	1.06
2291510--2291550	18	2.2	20	83	16	61	65	0	0	34	0.93
2291918--2291954	17	2.1	18	85	14	51	56	0	2	40	1.13
2300511--2300574	32	2.0	31	85	8	85	60	4	0	34	1.17
2300688--2300727	20	2.0	20	85	4	55	45	2	12	40	1.56
2300673--2300727	18	2.9	19	81	5	58	41	3	10	43	1.57
2301793--2301840	17	2.8	17	75	6	53	31	2	6	60	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2310407--2310435	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2316553--2316608	24	2.5	23	80	8	62	7	48	0	44	1.30
2317411--2317467	21	2.5	24	80	8	66	38	26	5	29	1.78
2318101--2318242	51	2.8	51	91	1	221	28	23	14	33	1.94
2322327--2322515	97	2.0	96	81	9	224	38	11	19	30	1.87
2322735--2322841	28	3.8	28	68	16	85	36	5	24	33	1.79
2322897--2323085	29	6.5	29	84	5	211	33	2	24	39	1.68
2325000--2325062	5	11.6	5	82	12	63	53	4	0	41	1.22
2325001--2325057	22	2.5	22	88	2	78	54	5	0	40	1.23
2324984--2325075	17	5.5	16	79	10	87	52	5	1	41	1.32
2325683--2325989	92	3.4	92	90	2	491	33	17	15	32	1.92
2326096--2326358	50	5.2	50	72	11	196	14	29	20	35	1.92
2326086--2326360	101	2.7	101	86	1	392	15	29	20	35	1.93
2332236--2332260	12	2.1	12	100	0	50	16	16	44	24	1.86
2334242--2334327	28	3.1	27	76	14	77	55	3	1	39	1.24
2334243--2334313	11	6.4	11	81	12	74	57	2	0	39	1.13
2334242--2334315	5	13.6	5	77	16	67	56	2	0	40	1.13
2334251--2334313	33	1.9	33	90	0	99	60	3	0	36	1.13
2334224--2334328	17	6.2	16	76	11	68	54	3	0	40	1.25
2334988--2335224	51	4.6	50	84	5	289	28	24	15	32	1.95
2340224--2340260	5	7.4	5	90	0	56	43	13	21	21	1.87
2341470--2341571	37	2.8	37	96	0	186	36	33	19	10	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2342881--2342964	42	2.0	42	86	4	116	32	0	20	47	1.50
2346254--2346370	23	5.0	23	82	12	148	11	24	23	40	1.88
2346254--2346370	48	2.5	46	86	8	164	11	24	23	40	1.88
2346335--2346409	39	1.9	39	91	0	123	12	22	21	44	1.85
2346369--2346462	23	4.0	23	75	16	86	11	25	19	43	1.84
2347938--2347986	21	2.3	21	86	6	64	40	42	0	16	1.48
2353755--2353936	51	3.5	51	85	2	231	30	13	24	31	1.94
2354676--2354735	21	2.9	21	78	9	68	40	13	18	28	1.88
2360981--2361033	24	2.2	24	82	0	61	33	28	16	20	1.95
2360993--2361120	24	5.3	24	93	0	211	32	25	17	25	1.97
2363400--2363638	51	4.6	51	81	5	257	31	14	23	30	1.94
2363400--2363638	103	2.3	102	84	5	284	31	14	23	30	1.94
2364352--2364411	21	2.8	22	77	7	70	38	13	20	28	1.90
2366830--2366919	41	2.2	41	100	0	180	26	30	18	24	1.98
2366969--2367031	32	1.9	34	84	9	87	39	0	0	60	0.97
2369108--2369145	4	9.5	4	100	0	76	50	23	0	26	1.50
2370348--2370382	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2375323--2375373	24	2.1	24	82	7	59	37	3	1	56	1.29
2386825--2387015	56	3.4	56	84	3	251	24	17	24	34	1.96
2394077--2394105	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2397667--2397700	12	2.8	12	100	0	68	26	17	17	38	1.92
2403270--2403353	42	2.0	42	88	4	125	47	19	0	33	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412724--2412919	96	2.0	96	98	0	374	38	23	11	26	1.89
2416111--2416244	61	2.2	62	82	2	164	38	2	14	44	1.60
2418069--2418136	33	2.1	32	81	8	75	39	5	0	54	1.25
2423140--2423169	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
2425787--2425820	6	5.5	6	96	3	59	35	0	0	64	0.94
2426872--2426909	20	1.9	20	84	10	51	44	5	0	50	1.24
2433547--2434443	444	2.0	446	98	0	1753	39	15	16	28	1.89
2445797--2445827	16	1.9	16	93	0	53	22	3	6	67	1.28
2446142--2446213	26	3.0	24	80	12	85	62	1	0	36	1.04
2446166--2446214	17	2.9	17	79	11	55	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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