genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19220352--19220383	14	2.2	15	94	5	57	46	3	6	43	1.44
19225315--19225355	20	2.0	20	90	9	66	39	9	4	46	1.58
19228964--19229011	16	2.8	16	82	17	53	72	6	2	18	1.15
19228964--19229002	18	2.2	18	90	9	62	74	7	2	15	1.15
19228945--19229075	63	2.1	62	81	9	151	68	6	6	17	1.34
19229059--19229092	12	2.9	12	91	4	52	76	2	0	20	0.92
19229063--19229110	18	2.6	18	90	3	69	75	2	0	22	0.91
19229035--19229100	23	2.6	25	80	17	75	74	6	3	16	1.15
19235761--19236025	56	4.8	56	85	3	338	35	27	16	20	1.94
19235784--19236024	28	8.7	27	75	9	200	35	26	16	21	1.94
19238006--19238074	22	3.1	21	75	24	70	27	17	18	36	1.94
19237995--19238092	23	4.4	21	71	12	70	27	15	20	36	1.93
19237995--19238092	45	2.2	45	88	3	144	27	15	20	36	1.93
19238010--19238087	23	3.4	23	72	13	72	29	15	19	35	1.92
19238649--19238701	21	2.4	21	84	6	61	33	24	13	28	1.93
19238715--19238770	23	2.4	23	84	0	76	32	23	14	30	1.94
19242286--19242318	14	2.4	14	94	0	57	48	0	3	48	1.17
19242318--19242346	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
19243565--19243599	14	2.5	14	90	0	52	25	5	0	68	1.11
19247181--19247210	14	2.2	13	94	5	51	36	13	20	30	1.90
19251730--19251759	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
19254374--19254563	98	1.9	97	86	3	265	37	13	18	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19254765--19254830	28	2.3	29	78	5	71	27	9	30	33	1.88
19254813--19255228	29	14.1	30	67	18	153	36	6	25	32	1.80
19254795--19255063	59	4.6	59	82	3	326	31	6	26	34	1.83
19254813--19255131	118	2.7	118	81	3	293	35	5	25	33	1.80
19255091--19255208	57	2.1	58	85	7	161	37	4	24	33	1.75
19255166--19255236	29	2.4	29	86	4	90	45	7	18	29	1.76
19256263--19256331	3	23.0	3	77	5	68	40	1	1	56	1.17
19256253--19256331	15	5.1	15	77	17	72	41	1	1	55	1.16
19257762--19258465	352	2.0	352	99	0	1399	29	10	15	44	1.79
19260471--19260794	173	1.9	175	81	11	407	42	0	33	23	1.59
19260915--19260953	18	2.1	19	85	4	53	41	15	12	30	1.85
19261591--19261615	10	2.5	10	100	0	50	8	20	0	72	1.10
19275731--19275831	46	2.1	47	90	3	159	34	10	22	31	1.89
19275813--19275950	43	3.2	43	87	2	188	36	7	26	28	1.85
19290205--19290253	12	4.4	11	87	12	73	79	0	20	0	0.73
19290191--19290262	6	12.0	6	76	24	64	77	0	20	1	0.84
19290205--19290262	17	3.4	17	80	19	68	81	0	18	0	0.70
19298896--19298948	21	2.5	21	82	11	65	32	24	13	30	1.93
19312491--19312787	151	2.0	151	89	1	461	21	14	21	42	1.88
19313881--19313925	22	2.0	22	100	0	90	37	22	22	17	1.94
19315531--19315754	28	8.0	28	85	5	267	38	5	20	35	1.76
19315546--19315783	28	8.5	28	79	13	199	41	5	19	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19328906--19329207	40	7.6	39	76	9	220	27	16	20	35	1.94
19328944--19329207	78	3.3	80	80	5	286	27	17	20	35	1.94
19335906--19336128	40	5.6	39	83	2	176	29	17	17	35	1.93
19335905--19336156	80	3.2	80	81	1	283	28	16	19	35	1.93
19338994--19339035	21	2.0	21	100	0	84	76	0	4	19	0.96
19339058--19339238	91	2.0	91	90	0	281	27	12	14	45	1.80
19340313--19340483	24	7.1	24	81	2	173	32	22	20	24	1.98
19340313--19340483	48	3.6	48	83	1	191	32	22	20	24	1.98
19340313--19340483	72	2.4	72	82	0	207	32	22	20	24	1.98
19354241--19354278	14	2.8	14	84	4	51	55	10	0	34	1.34
19355159--19355377	24	9.1	24	81	4	235	30	15	24	28	1.96
19365092--19365711	29	21.2	30	76	10	438	35	2	24	36	1.70
19365093--19365711	59	10.6	59	78	9	524	35	2	24	36	1.70
19365126--19365711	30	20.0	29	74	12	384	35	2	24	37	1.70
19366782--19366831	3	16.0	3	79	8	55	32	0	4	64	1.12
19366778--19366831	19	2.8	19	84	15	76	31	0	3	64	1.11
19367509--19367589	6	13.8	6	76	14	80	55	2	0	41	1.13
19367490--19367589	17	5.8	17	77	13	80	52	3	2	43	1.28
19367509--19367571	23	2.7	23	87	5	81	55	1	0	42	1.09
19367913--19369183	209	6.2	207	81	6	1359	23	22	18	35	1.95
19367975--19369183	404	3.0	400	82	6	1417	23	22	18	35	1.96
19367913--19369183	613	2.1	609	82	5	1514	23	22	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19378170--19378350	29	6.2	28	77	10	139	32	7	25	34	1.83
19378247--19378379	29	4.5	30	74	16	93	36	4	24	35	1.76
19378190--19378830	58	10.9	60	78	9	504	35	2	24	36	1.69
19378272--19378830	29	19.1	28	73	15	361	35	1	25	37	1.67
19378185--19378826	87	7.3	84	72	14	376	35	2	24	37	1.69
19380636--19380678	13	3.0	13	76	23	50	65	2	0	32	1.06
19380997--19381033	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
19383040--19383098	24	2.5	24	82	0	73	47	11	13	27	1.78
19383053--19383102	24	2.1	24	92	0	82	56	8	12	24	1.62
19385017--19385079	24	2.6	24	87	0	90	50	9	14	25	1.72
19386747--19386835	23	3.9	23	76	5	90	32	3	22	41	1.70
19395006--19395034	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
19397918--19398133	85	2.6	84	85	2	274	25	17	26	31	1.97
19397911--19398133	42	5.3	43	86	2	265	24	16	27	31	1.96
19398778--19398805	14	2.0	14	100	0	56	28	7	7	57	1.52
19399493--19399592	28	3.6	28	81	6	114	29	19	26	26	1.98
19399896--19400005	54	2.0	54	92	3	186	39	8	24	28	1.84
19405339--19405392	23	2.3	24	78	6	58	50	0	9	40	1.35
19405443--19405497	18	3.1	18	82	10	60	47	1	3	47	1.30
19407032--19407154	30	4.1	31	83	6	101	33	26	8	32	1.86
19407033--19407163	60	2.2	61	81	8	144	33	25	8	32	1.86
19407075--19407163	30	3.0	30	95	3	153	32	28	6	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19412275--19412328	18	2.8	19	83	16	58	79	1	16	1	0.91
19412281--19412329	14	3.3	15	80	11	57	79	2	18	0	0.83
19412645--19413084	112	3.9	112	86	2	567	31	20	10	38	1.86
19412640--19413044	223	1.8	223	89	1	641	31	20	9	38	1.84
19413549--19413702	50	3.1	50	68	11	120	33	18	27	20	1.96
19413667--19413800	49	2.7	49	81	0	160	38	17	23	19	1.93
19413582--19413800	98	2.2	98	81	4	237	36	19	25	18	1.95
19413649--19413801	49	3.1	49	78	0	153	37	16	23	22	1.94
19413882--19415425	39	39.0	39	77	9	1223	30	25	16	26	1.97
19413966--19415446	120	12.4	118	79	6	1334	30	26	16	26	1.97
19417083--19417169	30	2.9	30	84	6	122	37	25	4	32	1.76
19417083--19417195	60	1.9	60	90	0	181	37	24	6	31	1.80
19417087--19417188	30	3.4	30	78	10	118	36	25	6	31	1.82
19426326--19426450	61	2.0	61	98	0	241	35	10	19	35	1.86
19428133--19428166	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
19429523--19429645	40	3.1	39	79	4	129	50	6	21	21	1.71
19434252--19434290	11	3.3	11	83	16	51	23	0	0	76	0.78
19435280--19435530	30	8.3	30	81	4	245	36	21	5	36	1.76
19439052--19439120	4	18.0	4	75	19	67	75	1	1	21	0.96
19439050--19439120	25	2.8	25	78	19	76	74	1	1	22	0.97
19439049--19439115	20	3.5	19	78	13	75	76	1	1	20	0.95
19439498--19439724	40	5.8	39	73	9	194	22	17	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19439497--19439751	79	3.2	79	89	1	386	23	15	27	33	1.95
19439799--19439924	50	2.7	46	79	13	139	17	27	19	34	1.95
19441044--19441748	351	2.0	351	98	0	1347	26	18	18	36	1.93
19447177--19447346	50	3.4	50	84	3	182	35	19	22	22	1.96
19447393--19447581	40	4.8	40	75	8	147	34	23	15	25	1.94
19447392--19447581	80	2.4	79	82	6	217	34	23	15	25	1.95
19454795--19454828	18	1.9	17	88	5	50	29	11	2	55	1.50
19455441--19455813	201	1.9	193	83	6	482	26	25	19	28	1.99
19460810--19460852	22	2.0	20	86	8	59	39	0	0	60	0.97
19470924--19471087	24	6.6	24	76	9	159	35	14	21	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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