genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20927799--20927834	13	2.8	13	95	0	63	19	8	13	58	1.61
20933175--20933208	15	2.3	15	94	0	59	26	8	17	47	1.77
20937810--20937929	40	3.0	40	91	0	186	22	22	25	29	1.99
20937814--20937942	40	3.2	39	89	4	177	24	22	25	27	2.00
20951058--20951107	21	2.4	21	82	0	64	28	12	28	32	1.92
20957106--20957163	29	2.0	29	100	0	116	31	10	17	41	1.83
20957523--20957623	2	50.5	2	75	0	67	41	5	6	45	1.55
20957520--20957623	18	5.9	18	73	4	77	41	5	7	45	1.57
20957826--20957977	71	2.1	71	79	4	155	34	13	18	32	1.90
20964888--20965032	40	3.7	40	83	3	195	25	21	22	30	1.99
20964888--20965040	78	1.9	79	85	2	209	26	21	22	29	1.99
20968786--20968833	21	2.2	22	88	3	71	43	2	16	37	1.60
20970666--20970712	21	2.2	21	85	7	60	29	12	23	34	1.92
20976245--20976309	2	32.5	2	100	0	130	50	0	49	0	1.00
20977256--20977315	23	2.6	23	82	7	77	43	0	5	51	1.23
20977833--20977866	17	2.0	17	88	0	50	38	0	11	50	1.39
20978454--20978574	60	2.0	60	83	3	154	30	19	21	28	1.98
20984277--20984325	23	2.1	23	92	0	80	22	26	0	51	1.49
20984490--20984545	20	2.8	19	70	17	51	39	0	3	57	1.16
20988355--20988420	23	2.8	24	75	11	64	53	3	3	40	1.32
20988434--20988483	23	2.1	25	88	7	77	52	10	4	34	1.54
20991117--20991148	3	11.0	3	93	6	57	68	31	0	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21001017--21001134	59	2.0	59	89	0	182	32	22	4	41	1.73
21001020--21001135	30	3.9	30	88	2	162	32	20	4	42	1.72
21001949--21001983	12	2.9	12	95	0	61	37	8	2	51	1.47
21013125--21013650	49	10.8	49	68	14	255	41	16	22	19	1.90
21013122--21013694	196	2.9	196	81	2	711	41	16	22	19	1.90
21013122--21013694	98	5.8	99	80	4	608	41	16	22	19	1.90
21015268--21015389	29	4.2	29	81	8	108	36	20	2	40	1.66
21015284--21015480	29	6.7	29	78	6	164	31	20	6	41	1.77
21015285--21015456	29	5.9	29	79	8	170	31	19	6	42	1.77
21024382--21024411	4	7.5	4	92	0	51	23	3	0	73	0.98
21024572--21024620	19	2.5	19	80	9	55	40	12	6	40	1.67
21031030--21031284	72	3.6	72	92	0	431	56	15	4	23	1.58
21031709--21031760	18	2.9	18	88	0	77	38	11	13	36	1.81
21033861--21033910	21	2.4	21	79	0	55	30	12	26	32	1.92
21040965--21041018	21	2.6	21	87	0	81	29	11	27	31	1.91
21043211--21043248	17	2.3	17	90	4	60	63	7	26	2	1.35
21050992--21051217	40	5.7	40	82	5	269	28	14	19	37	1.91
21051550--21051674	56	2.3	55	78	9	134	34	30	16	19	1.93
21053356--21053395	18	2.2	19	91	8	66	5	17	7	70	1.30
21068413--21068469	29	2.0	29	96	0	105	36	24	15	22	1.94
21069941--21069973	14	2.5	13	90	9	50	15	12	0	72	1.12
21072284--21072336	17	3.1	17	80	0	61	24	11	11	52	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21072922--21072964	17	2.5	17	85	14	54	74	0	25	0	0.82
21080344--21080406	19	3.3	19	84	6	74	57	3	0	39	1.15
21080344--21080399	18	3.0	18	84	10	60	57	1	0	41	1.09
21081280--21081318	14	2.8	14	84	0	51	38	20	2	38	1.66
21086076--21086234	75	2.1	75	96	0	291	31	5	16	45	1.71
21087642--21087682	19	2.2	19	100	0	82	56	9	9	24	1.62
21089628--21089675	24	2.0	24	95	0	87	41	18	20	18	1.90
21092033--21092064	15	2.1	15	100	0	64	40	6	0	53	1.26
21092100--21092154	15	3.7	15	82	4	67	30	3	18	47	1.66
21092100--21092202	30	3.5	29	70	11	93	31	2	20	45	1.66
21092100--21092212	14	7.8	14	77	4	91	30	2	19	47	1.63
21092108--21092227	58	2.1	59	85	4	163	28	2	20	48	1.63
21092231--21092271	14	2.9	14	88	0	64	17	0	31	51	1.46
21094314--21094563	79	3.2	79	63	14	201	47	12	8	32	1.71
21094282--21094620	155	2.2	157	90	2	549	47	11	7	34	1.67
21094656--21094688	4	8.2	4	93	0	57	24	21	3	51	1.62
21094697--21094750	25	2.2	25	83	6	65	57	7	0	35	1.27
21094849--21094910	23	2.7	23	81	16	74	67	8	1	22	1.25
21094846--21094910	24	2.7	25	83	6	82	67	7	1	23	1.25
21095002--21095050	17	2.8	18	78	12	57	63	8	0	28	1.23
21095128--21095183	16	3.6	17	75	15	59	0	33	0	66	0.92
21095128--21095182	24	2.2	25	80	6	76	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21104273--21104428	27	5.8	27	84	3	179	25	14	23	36	1.93
21105140--21105193	21	2.6	21	84	0	72	27	12	25	33	1.93
21110822--21110858	17	2.2	17	90	4	58	51	2	0	45	1.15
21110836--21110904	18	3.7	18	70	19	52	57	1	1	39	1.16
21110906--21110938	16	2.1	16	88	11	50	75	0	3	21	0.93
21113572--21113610	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
21113710--21113816	37	2.8	38	71	5	99	25	17	25	31	1.97
21123821--21123859	18	2.2	17	90	9	60	0	43	2	53	1.14
21128453--21128480	9	3.1	9	100	0	56	64	10	0	25	1.26
21129254--21129432	42	4.3	42	83	7	179	40	10	24	24	1.87
21129295--21129432	42	3.3	42	90	0	213	42	8	23	25	1.83
21142231--21142283	21	2.5	22	75	6	56	30	16	24	28	1.97
21144542--21144729	42	4.5	41	84	8	227	38	11	26	23	1.89
21153041--21153097	23	2.4	24	80	16	66	54	1	0	43	1.10
21153246--21153292	25	1.9	25	86	4	69	44	0	36	19	1.51
21159217--21159301	31	2.7	32	83	10	104	41	3	3	51	1.36
21159377--21159427	15	3.5	15	68	10	52	64	5	7	21	1.41
21159375--21159432	28	2.1	28	96	0	107	60	8	6	24	1.51
21169212--21169265	13	4.4	12	75	25	51	66	5	1	25	1.23
21169213--21169261	25	1.9	27	88	12	77	67	6	2	24	1.24
21169859--21169965	51	2.1	51	91	0	169	44	13	7	34	1.71
21174182--21174241	21	2.9	21	82	0	75	33	15	21	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21181142--21181440	53	5.6	53	91	0	463	26	15	21	36	1.93
21181583--21181699	53	2.2	53	95	0	207	26	13	22	37	1.91
21181326--21181845	259	2.0	259	96	0	968	29	14	20	35	1.92
21184181--21184245	26	2.6	26	83	11	91	7	20	6	66	1.39
21184299--21184449	77	2.0	76	88	3	225	51	7	9	30	1.64
21185657--21185697	21	2.0	21	85	0	55	31	14	17	36	1.90
21188092--21188132	19	2.2	18	87	12	57	21	14	4	58	1.55
21188591--21188642	24	2.1	25	89	3	79	25	11	7	55	1.61
21190386--21190435	24	2.1	24	92	0	82	24	12	8	56	1.62
21193227--21193297	35	2.0	35	86	0	97	32	14	26	26	1.94
21200789--21200836	19	2.6	19	90	3	71	50	0	0	50	1.00
21200757--21200851	31	3.1	31	77	7	79	46	3	1	49	1.24
21200798--21200869	29	2.5	27	78	12	81	48	1	0	50	1.09
21200805--21200857	19	2.8	19	83	11	56	47	1	0	50	1.12
21200803--21200883	31	2.7	29	84	5	99	44	1	1	53	1.16
21200937--21200999	25	2.6	23	80	14	72	50	1	1	46	1.20
21216605--21216661	21	2.5	23	77	11	64	36	24	10	28	1.88
21218353--21218396	20	2.2	20	83	0	52	38	9	2	50	1.47
21225626--21225718	46	2.0	46	87	4	134	45	8	11	34	1.72
21226142--21226180	14	2.8	14	84	0	51	46	2	12	38	1.56
21226644--21226702	15	3.6	15	77	18	64	42	0	1	55	1.09
21226643--21226720	13	6.4	13	68	22	53	43	0	2	53	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21226873--21226904	13	2.4	14	85	15	50	43	0	0	56	0.99
21250910--21250974	20	3.1	21	70	17	64	44	10	1	43	1.48
21252478--21252632	67	2.3	66	89	7	235	56	2	0	40	1.18
21252605--21252646	18	2.3	18	80	8	50	76	0	2	21	0.90
21253165--21254695	80	19.2	80	93	0	2588	24	19	23	32	1.98
21253165--21254695	319	4.8	320	94	0	2608	24	19	23	32	1.98
21254781--21254926	50	2.9	50	79	8	163	21	23	18	35	1.95
21255849--21255907	6	9.0	6	75	17	55	0	18	1	79	0.81
21255850--21255908	7	8.7	7	80	12	54	0	16	1	81	0.78
21255849--21255906	20	2.8	20	85	10	82	0	18	1	79	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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