genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27313259--27313283	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
27313959--27314000	21	2.0	21	81	9	50	54	0	0	45	0.99
27315462--27315563	23	4.5	22	70	21	68	58	0	0	40	1.04
27315484--27315547	9	6.8	9	79	13	51	59	0	1	39	1.07
27315480--27315560	21	3.8	21	82	11	85	60	0	1	38	1.05
27315462--27315564	30	3.4	31	75	17	101	59	0	0	39	1.04
27315480--27315572	23	4.2	21	72	13	71	61	0	2	36	1.08
27315576--27315637	22	2.7	22	75	22	58	46	4	1	46	1.33
27324499--27324538	20	2.0	20	95	0	71	37	0	0	62	0.95
27325548--27325590	22	1.9	23	85	4	61	39	11	13	34	1.82
27326428--27326467	20	2.0	21	85	5	55	12	35	0	52	1.39
27328138--27328219	43	1.9	43	84	0	110	19	26	23	30	1.98
27332109--27332296	92	2.0	93	95	2	342	38	12	21	27	1.90
27334606--27334632	6	4.5	6	100	0	54	18	48	0	33	1.49
27335471--27335535	27	2.4	28	80	12	73	35	0	18	46	1.50
27335479--27335537	28	2.1	28	81	12	68	33	0	16	49	1.47
27355524--27355580	20	2.9	19	82	10	62	26	24	0	49	1.51
27359951--27360007	26	2.2	26	84	6	71	42	3	0	54	1.17
27360888--27360936	16	3.2	16	72	21	52	59	4	0	36	1.17
27366588--27366648	27	2.2	27	80	11	70	68	6	11	13	1.37
27366588--27366650	28	2.2	28	80	5	74	68	6	11	14	1.38
27370224--27370267	17	2.7	15	78	21	52	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27385192--27385275	43	2.0	43	88	4	125	19	11	15	53	1.72
27388927--27388976	16	3.2	16	73	21	61	60	4	0	36	1.16
27389009--27389103	30	3.2	30	67	8	86	37	6	12	43	1.68
27390961--27391007	21	2.2	21	80	0	58	23	34	14	27	1.94
27394304--27394381	4	19.2	4	80	7	68	0	33	1	65	1.01
27394348--27394381	17	2.0	17	94	0	59	0	23	2	73	0.97
27394738--27394777	15	2.7	15	100	0	80	20	42	17	20	1.89
27394958--27395017	20	2.8	21	80	17	61	26	21	0	51	1.48
27395029--27395053	11	2.3	11	100	0	50	24	28	0	48	1.52
27396567--27396618	21	2.4	22	84	9	63	17	9	17	55	1.67
27396777--27396824	20	2.4	20	75	0	51	22	6	27	43	1.77
27397408--27397474	34	2.0	33	85	2	89	47	2	1	47	1.26
27399674--27399703	14	2.1	14	100	0	60	6	33	6	53	1.53
27400532--27400734	112	1.8	111	90	1	325	45	7	5	41	1.55
27402855--27403034	61	2.9	60	89	2	243	23	12	15	47	1.80
27410411--27410509	51	1.9	51	87	0	144	38	17	18	26	1.92
27413750--27413832	42	2.0	42	85	4	114	32	0	20	46	1.51
27413870--27413898	13	2.1	14	93	6	51	65	0	13	20	1.26
27417606--27417641	18	2.0	18	88	0	54	55	0	0	44	0.99
27417612--27417690	8	8.4	9	73	23	58	58	1	0	40	1.06
27417607--27417693	10	9.0	10	76	17	78	57	1	0	41	1.06
27417615--27417692	28	2.7	30	82	11	99	56	1	0	42	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27427809--27428139	170	1.9	173	88	4	510	36	18	8	36	1.82
27430453--27430506	28	1.9	28	81	7	65	61	9	3	25	1.43
27435705--27435755	25	2.0	25	88	0	75	13	25	13	47	1.80
27438463--27438518	29	1.9	29	96	0	103	28	16	7	48	1.72
27446725--27446769	23	2.0	22	83	12	56	48	0	2	48	1.13
27446972--27447061	43	2.1	43	82	2	108	37	16	1	44	1.55
27447382--27447417	14	2.6	14	87	12	56	63	0	0	36	0.94
27453272--27453460	103	1.8	103	83	2	254	29	18	15	37	1.91
27453375--27453766	207	1.9	204	90	1	631	34	19	13	32	1.91
27455969--27456012	22	2.0	22	83	16	56	22	22	11	43	1.85
27461061--27461088	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
27461861--27461913	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
27471862--27471907	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
27471973--27472006	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
27479424--27479732	114	2.7	113	82	8	333	32	16	16	34	1.91
27479425--27479734	57	5.4	56	67	14	168	31	16	16	35	1.91
27485597--27485640	23	1.9	23	86	9	63	36	4	56	2	1.32
27488317--27488375	26	2.4	25	83	13	70	66	6	0	27	1.17
27488317--27488377	30	2.2	26	82	11	68	65	6	0	27	1.17
27489478--27489530	21	2.5	21	90	0	88	45	5	16	32	1.71
27491858--27491937	30	2.7	32	77	13	89	50	1	0	48	1.08
27492410--27492448	20	2.0	21	85	10	55	38	2	0	58	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27495001--27495052	18	2.9	17	80	11	59	61	3	0	34	1.14
27495028--27495084	30	1.9	30	82	10	73	68	0	7	24	1.14
27497862--27497909	25	1.9	25	91	0	78	14	18	4	62	1.47
27498265--27498678	7	59.6	7	98	1	780	28	14	57	0	1.43
27498823--27498953	7	18.7	7	99	0	199	36	14	48	0	1.44
27503085--27503139	29	1.9	28	82	10	67	58	3	5	32	1.38
27505689--27505718	16	1.9	16	93	6	53	36	6	0	56	1.26
27507056--27507080	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27514099--27514143	15	3.1	14	81	9	54	33	0	2	64	1.06
27514147--27514184	18	2.1	18	90	9	60	34	0	10	55	1.34
27521644--27521733	23	3.6	24	70	19	67	54	1	3	41	1.24
27521649--27521732	6	13.3	6	72	16	55	53	1	3	41	1.26
27532797--27533119	28	11.5	28	74	13	193	43	6	16	33	1.73
27532803--27533005	14	14.5	13	65	18	70	44	5	15	33	1.71
27532797--27533124	56	5.8	57	79	6	287	43	6	16	33	1.74
27532795--27533119	85	3.8	85	80	7	367	43	6	16	33	1.74
27533046--27533119	14	5.2	14	70	16	55	45	4	17	32	1.67
27532797--27533134	57	6.0	57	78	7	255	43	6	16	32	1.74
27536986--27537105	50	2.5	50	81	9	149	33	4	6	55	1.45
27537472--27537527	23	2.4	23	96	3	103	23	35	8	32	1.86
27537762--27537809	24	2.0	24	83	0	60	25	0	6	68	1.12
27540594--27540638	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27555892--27556012	57	2.1	57	87	3	172	17	19	23	40	1.91
27558216--27558269	27	2.2	24	80	12	56	57	1	1	38	1.20
27564209--27564242	13	2.8	12	86	8	50	20	0	0	79	0.73
27564204--27564242	16	2.4	16	91	4	60	20	0	0	79	0.73
27564271--27564300	14	2.1	15	93	6	53	26	0	0	73	0.84
27564217--27564384	63	2.7	64	86	9	226	44	0	2	52	1.13
27569378--27569437	9	6.6	9	80	12	61	80	0	20	0	0.72
27569377--27569436	22	2.9	22	81	16	74	80	0	20	0	0.72
27570445--27570939	80	6.2	80	89	0	749	32	22	17	27	1.97
27570909--27571136	79	2.9	76	83	5	251	30	23	19	27	1.98
27570509--27571135	119	5.3	118	74	11	389	32	22	18	27	1.97
27571661--27571841	67	2.9	63	83	11	221	41	0	3	54	1.16
27571661--27571840	63	2.9	63	84	11	237	41	0	3	55	1.16
27571701--27571841	67	2.2	67	89	5	227	45	0	3	51	1.18
27584001--27584026	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
27593051--27593091	20	2.0	20	85	0	55	12	12	24	51	1.73
27597584--27597892	59	5.3	58	87	6	421	33	2	29	34	1.70
27597614--27597824	30	7.3	27	68	23	99	34	2	30	32	1.71
27597575--27597892	117	2.7	116	86	8	432	33	2	29	34	1.70
27598566--27598597	16	2.0	16	93	0	55	46	18	12	21	1.82
27600031--27600618	200	2.9	200	92	0	980	19	22	22	35	1.96
27599991--27600620	201	3.1	200	90	1	985	19	22	21	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27606600--27606635	17	2.1	17	100	0	72	27	22	22	27	1.99
27612675--27612888	58	3.7	59	80	9	235	36	2	27	34	1.70
27612789--27612880	28	3.2	28	68	18	71	33	2	28	35	1.69
27612666--27612900	29	8.2	29	67	21	104	37	2	26	32	1.72
27612883--27612918	18	2.0	18	88	0	54	41	2	30	25	1.69
27613727--27613758	16	2.0	16	93	0	55	40	18	18	21	1.91
27614008--27614065	21	2.6	22	80	15	66	46	5	1	46	1.35
27616394--27616942	105	5.2	104	81	4	487	30	15	24	28	1.96
27616401--27616942	210	2.6	210	78	3	554	30	15	24	28	1.96
27618441--27618517	28	2.6	28	79	10	73	48	14	10	27	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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