genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  66  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19470931--19471069	75	1.9	75	85	0	197	35	12	20	30	1.90
19470924--19471098	50	3.5	50	81	4	194	36	14	20	29	1.92
19471089--19471138	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
19471132--19471177	24	1.9	24	90	0	74	34	8	23	32	1.86
19471440--19471470	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
19475533--19475563	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
19478582--19478712	43	3.0	43	88	2	174	29	27	17	25	1.98
19478851--19478888	20	1.9	19	85	15	51	68	2	0	28	1.03
19480489--19480695	92	2.2	92	97	0	387	33	19	16	29	1.94
19481055--19481085	2	15.5	2	93	0	53	3	0	51	45	1.17
19482652--19482913	41	6.4	41	83	2	278	23	24	17	33	1.96
19482685--19482913	123	1.9	123	89	0	359	23	24	17	34	1.96
19483352--19483378	14	1.9	14	100	0	54	29	11	22	37	1.89
19483437--19483474	18	2.1	18	85	9	51	52	15	7	23	1.69
19491973--19492098	61	2.0	62	89	1	191	53	2	1	42	1.23
19508838--19509221	191	2.0	191	99	0	759	37	13	29	19	1.90
19512753--19512788	19	1.9	18	88	5	54	41	2	0	55	1.14
19512770--19512834	19	3.3	20	77	16	55	46	1	1	50	1.20
19513078--19513153	38	2.0	38	97	0	143	43	2	5	48	1.39
19513077--19513135	21	3.0	20	66	16	52	44	3	6	45	1.47
19513087--19513159	17	4.0	18	71	15	60	46	1	4	47	1.30
19513651--19513694	19	2.2	20	88	4	63	72	2	0	25	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19520902--19520927	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
19521270--19521308	20	2.0	20	90	10	62	38	0	5	56	1.22
19521270--19521316	19	2.4	20	86	10	62	44	0	4	51	1.21
19521275--19521316	20	2.2	20	87	8	61	42	0	2	54	1.13
19523701--19523776	29	2.6	29	85	10	111	36	18	6	38	1.77
19524793--19524844	25	2.1	25	89	3	79	40	1	11	46	1.51
19526764--19526845	40	2.0	40	95	0	146	42	14	8	34	1.76
19526920--19526978	29	2.0	30	90	9	95	32	23	6	37	1.81
19527559--19527625	30	2.2	29	82	12	73	38	5	10	44	1.63
19527569--19527625	30	1.9	30	85	7	80	40	7	10	42	1.66
19530164--19530193	15	2.0	15	100	0	60	33	13	20	33	1.91
19533464--19533507	23	2.0	23	82	8	56	47	6	0	45	1.29
19543622--19543648	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
19546939--19547019	29	2.8	29	90	0	135	23	9	17	49	1.76
19547599--19547640	14	2.8	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
19550618--19550654	5	7.6	5	82	17	51	62	0	0	37	0.96
19550613--19550654	15	2.9	15	86	13	54	61	0	0	38	0.96
19553605--19553758	41	3.8	41	82	5	204	25	22	11	40	1.87
19553586--19553804	41	5.3	42	73	8	135	25	22	10	41	1.86
19559355--19559416	28	2.1	28	79	5	70	66	3	3	27	1.23
19559697--19559761	28	2.3	28	79	10	71	36	1	3	58	1.23
19559734--19559781	20	2.5	19	86	3	60	35	2	0	62	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19559809--19560074	89	3.0	88	84	7	319	32	7	21	37	1.83
19559814--19560105	87	3.4	86	81	9	328	31	8	20	39	1.82
19561678--19561718	21	1.9	22	85	5	57	31	2	0	65	1.05
19565739--19565799	18	3.1	19	82	15	70	70	13	0	16	1.17
19574985--19575018	9	3.7	9	88	4	50	41	2	0	55	1.15
19594475--19594507	16	2.0	17	88	5	50	36	0	0	63	0.95
19598374--19598403	13	2.3	13	100	0	60	46	23	6	23	1.75
19607164--19607215	25	2.1	24	82	10	61	55	3	3	36	1.36
19608345--19608438	47	2.0	46	95	2	170	44	15	3	36	1.63
19608722--19608762	3	14.0	3	94	5	75	68	0	0	31	0.90
19609900--19609932	11	3.0	11	90	0	57	33	0	3	63	1.10
19610978--19611030	21	2.5	21	73	11	54	20	20	11	47	1.81
19619526--19619559	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19620059--19620084	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
19621897--19621964	20	3.4	20	82	8	75	33	4	25	36	1.76
19628866--19628924	24	2.5	24	97	0	109	30	25	22	22	1.99
19628943--19629160	82	2.7	82	90	2	354	31	27	18	22	1.97
19634593--19634782	42	4.5	42	87	3	240	38	11	25	25	1.88
19658201--19658429	50	4.6	50	85	2	307	20	27	16	36	1.93
19658202--19658345	26	5.7	25	66	6	76	19	27	16	36	1.93
19658278--19658415	24	5.6	24	67	6	96	20	28	16	34	1.94
19662616--19662640	10	2.5	10	100	0	50	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19662646--19662689	21	2.2	20	83	4	52	50	2	0	47	1.13
19669711--19669735	10	2.5	10	100	0	50	40	0	0	60	0.97
19669745--19669779	18	1.9	18	88	0	52	45	0	0	54	0.99
19669741--19669784	21	2.2	20	87	4	61	50	0	0	50	1.00
19671270--19671321	20	2.6	20	79	14	54	50	0	0	50	1.00
19678995--19679028	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
19679243--19679291	21	2.4	21	96	3	91	22	0	30	46	1.52
19680731--19680755	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
19682323--19682721	60	6.6	60	87	0	510	30	13	21	34	1.92
19683303--19683341	16	2.4	16	87	12	62	46	5	20	28	1.72
19683513--19683662	57	2.6	58	77	10	164	51	2	2	44	1.27
19683499--19683639	57	2.5	58	77	13	166	50	1	2	46	1.22
19698409--19698458	16	3.1	16	74	5	55	30	2	34	34	1.69
19704618--19704648	15	2.1	15	94	5	55	19	9	6	64	1.45
19713659--19713862	41	5.0	41	82	2	232	36	14	29	19	1.92
19713659--19713893	82	2.9	80	78	5	222	36	15	28	19	1.92
19715410--19715551	42	3.4	43	76	7	141	40	16	24	17	1.90
19715410--19715524	43	2.7	42	82	5	124	42	16	24	16	1.88
19723618--19723723	42	2.6	42	81	3	135	48	5	1	44	1.37
19723705--19723743	18	2.2	18	86	9	53	41	2	0	56	1.13
19723750--19723906	48	3.1	48	68	16	129	48	7	1	42	1.39
19723685--19723845	70	2.3	70	91	2	254	49	6	1	42	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19723750--19723958	102	2.0	104	89	1	323	49	8	0	41	1.39
19724026--19724094	26	2.7	26	90	0	111	49	11	1	37	1.48
19729746--19729870	66	1.9	66	88	0	187	40	19	25	14	1.89
19730178--19730383	43	4.8	43	85	0	259	27	18	25	28	1.98
19730868--19731025	61	2.6	59	81	9	169	41	0	3	54	1.23
19731215--19731262	16	3.0	16	87	0	78	29	29	0	41	1.56
19737954--19738145	86	2.2	86	80	5	210	36	17	17	29	1.92
19737917--19738143	43	5.3	43	76	3	170	34	18	18	28	1.94
19741882--19742008	20	7.1	19	68	22	62	39	18	4	37	1.72
19741882--19742005	10	11.8	10	69	16	56	38	19	4	37	1.73
19741895--19742008	9	12.9	9	67	18	53	40	19	4	35	1.71
19741828--19742018	78	2.5	76	80	8	215	39	18	6	35	1.76
19741959--19742006	18	2.5	19	86	6	62	39	18	6	35	1.76
19741997--19742285	23	11.6	23	73	14	159	45	15	3	35	1.64
19742084--19742185	10	10.2	10	80	3	98	42	20	2	34	1.67
19742087--19742172	30	2.9	30	82	0	109	43	19	3	33	1.68
19742715--19742789	36	2.1	36	85	5	98	40	20	9	30	1.84
19743678--19743708	9	3.4	9	95	0	53	41	0	38	19	1.51
19749311--19749338	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
19755018--19755249	29	7.9	29	78	10	159	36	2	25	36	1.70
19755146--19755259	59	1.9	59	85	7	160	38	0	20	41	1.52
19755159--19755287	59	2.2	58	78	12	131	40	0	19	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19757430--19757924	39	12.7	40	71	9	283	23	19	31	24	1.98
19757440--19757924	78	6.2	78	81	3	503	24	19	31	24	1.98
19757441--19757924	156	3.1	155	85	4	632	23	19	32	24	1.98
19769467--19769655	29	6.4	29	80	6	193	38	1	22	37	1.64
19769463--19769655	58	3.3	57	84	2	224	37	2	22	37	1.66
19769407--19769655	87	2.8	88	79	7	279	38	2	23	34	1.70
19771420--19771543	29	4.3	28	68	16	74	37	1	29	31	1.67
19771391--19771521	58	2.2	58	90	1	199	36	1	30	31	1.67
19771391--19771486	30	3.2	31	69	15	85	38	2	30	29	1.69
19771422--19771514	29	3.2	28	69	11	80	37	1	32	29	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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