genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  96  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27621072--27621100	15	2.0	15	93	6	51	48	44	0	6	1.29
27623138--27623167	15	2.0	15	93	0	51	56	0	40	3	1.16
27629697--27629737	16	2.6	17	81	14	52	36	0	2	60	1.10
27632882--27632914	16	2.2	15	89	10	50	36	0	0	63	0.95
27634002--27634066	28	2.3	28	97	0	121	26	12	20	41	1.87
27638510--27638541	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
27641257--27641374	60	2.0	60	85	6	159	48	3	10	38	1.54
27644862--27644906	18	2.6	18	82	6	58	60	2	4	33	1.29
27645011--27645051	22	1.9	22	85	5	57	53	0	0	46	1.00
27645020--27645072	23	2.3	24	80	9	65	52	1	0	45	1.11
27645226--27645259	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
27645544--27645605	31	2.0	31	81	6	72	58	3	3	35	1.31
27645610--27645660	22	2.4	21	75	15	50	52	5	0	41	1.25
27652506--27652649	23	6.3	23	88	5	105	10	25	22	41	1.85
27652518--27652654	46	3.0	46	90	1	204	8	24	24	43	1.82
27655097--27655251	58	2.6	59	84	10	203	46	1	0	51	1.12
27655115--27655254	26	4.9	26	71	19	93	47	0	0	52	1.05
27655116--27655242	32	4.3	31	72	17	99	48	0	0	51	1.00
27655327--27655431	46	2.4	45	82	13	116	37	25	4	32	1.77
27655338--27655431	44	2.1	46	86	7	131	37	26	4	31	1.76
27655413--27655484	16	4.5	16	92	0	126	26	30	5	37	1.79
27656730--27656977	76	3.3	76	79	2	239	26	26	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27656711--27656998	152	1.9	152	81	2	346	26	25	20	27	1.99
27658480--27658509	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
27661902--27661950	20	2.5	20	77	12	55	30	6	4	59	1.41
27664557--27664606	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
27665170--27665204	17	2.1	17	88	0	52	57	0	2	40	1.14
27665564--27665602	17	2.2	18	86	13	55	20	0	2	76	0.90
27667373--27667416	17	2.6	18	85	10	65	36	0	4	59	1.18
27667379--27667464	11	7.7	11	69	18	54	43	2	2	52	1.26
27667409--27667445	17	2.2	17	95	0	65	37	2	5	54	1.38
27667382--27667447	6	11.7	6	76	12	50	39	1	3	56	1.24
27668159--27668225	32	2.1	31	83	13	82	52	2	5	38	1.41
27668200--27668237	16	2.5	15	83	8	51	55	0	0	44	0.99
27669392--27669458	29	2.3	29	86	0	89	43	25	2	28	1.69
27669391--27669793	59	6.9	56	81	7	305	33	29	3	33	1.76
27669451--27669789	59	5.8	59	84	3	402	32	29	3	34	1.76
27669588--27669674	30	3.0	29	71	24	83	32	31	1	35	1.65
27669489--27669748	29	8.9	29	66	26	106	31	28	3	35	1.75
27669391--27669793	117	3.4	118	85	5	448	33	29	3	33	1.76
27675215--27675240	6	4.3	6	100	0	52	53	0	46	0	1.00
27675687--27675714	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
27685552--27685724	81	2.1	81	97	0	328	51	4	3	41	1.38
27687242--27687279	17	2.2	18	85	4	51	10	34	2	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27687741--27687773	14	2.3	15	89	5	50	45	33	6	15	1.70
27687850--27687940	14	6.6	14	75	7	87	21	25	19	32	1.97
27687827--27687940	7	16.6	7	75	3	70	21	23	19	35	1.96
27687861--27687940	28	2.9	27	85	5	106	21	23	21	33	1.97
27689007--27689039	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
27701263--27701299	14	2.4	16	86	8	51	56	0	2	40	1.13
27701273--27701320	18	2.7	18	87	9	64	60	4	0	35	1.16
27704698--27704744	23	2.0	23	84	8	60	46	2	2	48	1.25
27705403--27705446	21	2.0	21	86	8	61	79	2	18	0	0.83
27705508--27705558	20	2.5	21	77	3	59	58	9	7	23	1.56
27705576--27705614	18	2.2	18	100	0	78	35	5	0	58	1.20
27718393--27718435	14	3.1	13	83	10	50	72	9	11	6	1.29
27719334--27719368	15	2.2	16	90	5	54	51	2	0	45	1.16
27721035--27721075	3	13.7	3	100	0	82	0	65	0	34	0.93
27725045--27725192	59	2.5	59	83	6	176	50	10	14	25	1.74
27727165--27727193	1	29.0	1	100	0	58	0	100	0	0	0.00
27727929--27727993	29	2.2	28	82	15	71	44	0	4	50	1.22
27728104--27728182	36	2.1	36	83	9	95	35	1	2	60	1.18
27734413--27734548	52	2.6	52	98	1	263	36	30	10	23	1.88
27735209--27735253	23	2.0	23	90	0	72	33	2	2	62	1.20
27742912--27742947	15	2.3	16	90	4	56	61	0	0	38	0.96
27745298--27745374	31	2.5	30	83	10	86	45	5	6	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27745965--27746036	19	3.7	20	76	14	78	43	0	1	55	1.08
27746471--27746514	24	1.9	23	81	9	54	45	0	6	47	1.29
27750583--27750622	5	7.8	5	88	5	62	37	20	0	42	1.52
27750845--27750900	29	1.9	29	82	7	69	39	7	3	50	1.47
27752284--27752341	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
27758231--27758369	68	2.1	67	91	1	224	58	5	3	33	1.37
27767066--27767121	22	2.5	22	97	0	103	32	21	14	32	1.93
27775445--27775521	38	2.0	38	97	0	145	49	10	0	40	1.37
27779050--27779114	26	2.5	26	90	2	105	36	3	26	33	1.72
27782726--27782796	25	2.8	26	84	2	99	36	5	26	30	1.80
27786239--27786281	20	2.2	19	84	12	52	48	4	0	46	1.22
27787855--27787942	41	2.1	41	91	0	140	29	12	22	35	1.91
27792762--27792800	19	1.9	19	85	10	51	46	7	2	43	1.46
27795978--27796009	12	2.5	13	95	5	57	59	0	9	31	1.29
27796781--27796872	47	2.0	46	93	2	157	30	30	5	33	1.80
27797729--27797832	55	1.9	53	86	3	145	42	9	13	34	1.77
27801157--27801330	85	2.0	85	97	0	330	29	17	21	31	1.96
27801179--27801311	42	3.1	42	67	6	124	24	18	22	35	1.96
27804629--27804886	129	2.0	129	95	1	464	29	22	24	24	1.99
27805268--27805346	38	2.1	39	88	7	117	35	0	3	60	1.15
27805951--27805993	17	2.6	16	85	10	59	18	4	13	62	1.48
27810434--27810476	17	2.6	16	85	10	59	18	4	13	62	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27815765--27815798	16	2.1	16	88	0	50	55	0	2	41	1.15
27815755--27815803	19	2.6	19	80	0	62	51	0	2	46	1.12
27816889--27817168	30	9.6	29	71	11	171	36	25	0	38	1.61
27816890--27817112	29	7.6	29	73	9	166	36	23	0	39	1.61
27816850--27817202	59	6.0	59	79	11	345	35	24	1	38	1.66
27816860--27817199	29	11.6	29	72	15	150	35	24	1	39	1.64
27816850--27817199	116	3.0	116	80	10	374	35	24	1	38	1.66
27823064--27823129	21	3.1	21	84	8	80	75	3	21	0	0.93
27823082--27823118	13	2.7	14	87	8	58	81	2	16	0	0.81
27823072--27823129	15	4.1	15	82	8	68	77	1	20	0	0.86
27823066--27823124	27	2.1	29	84	12	79	79	3	16	0	0.86
27824494--27824917	92	4.5	92	86	6	607	33	15	19	31	1.93
27824674--27824869	102	1.9	102	96	0	365	34	16	18	30	1.93
27824689--27824861	52	3.4	53	67	10	160	35	17	17	29	1.93
27825020--27825133	39	2.9	39	72	5	113	23	32	20	23	1.98
27825157--27826012	206	4.2	206	90	0	1183	34	19	22	22	1.96
27825854--27826060	48	4.5	48	68	14	148	34	16	26	22	1.95
27825157--27826012	407	2.1	402	86	2	1174	34	19	22	22	1.96
27825856--27826146	134	2.2	134	90	1	449	35	18	24	21	1.96
27826821--27826877	25	2.3	25	84	0	69	21	45	8	24	1.80
27828210--27828415	30	6.9	30	79	8	208	36	23	1	37	1.64
27828372--27828590	58	3.7	61	75	12	156	32	25	5	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27828491--27828591	29	3.5	29	75	14	100	30	24	5	38	1.79
27835630--27835665	18	2.1	18	89	5	56	63	0	0	36	0.94
27836056--27836128	10	7.2	10	80	10	69	39	4	0	56	1.19
27836056--27836117	21	3.1	21	71	17	60	37	4	0	58	1.20
27842362--27842435	31	2.4	31	93	2	123	59	10	5	24	1.52
27843779--27843869	45	2.0	45	97	0	173	38	17	16	27	1.91
27849065--27849107	17	2.5	17	84	3	50	20	25	2	51	1.60
27849537--27849570	17	2.0	17	100	0	68	29	17	5	47	1.71
27850163--27850209	22	2.1	22	84	0	58	17	14	8	59	1.59
27855093--27855127	17	2.1	17	88	0	52	51	25	5	17	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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