genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  99  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28495450--28495684	85	2.8	85	84	4	303	28	25	17	28	1.98
28497450--28497653	41	5.0	41	84	9	179	21	28	21	28	1.98
28497512--28497699	41	4.6	41	86	2	245	19	30	18	31	1.96
28497812--28497862	23	2.3	23	83	12	63	47	1	7	43	1.43
28502322--28502352	10	3.1	10	100	0	62	67	0	0	32	0.91
28506562--28506713	74	2.1	74	97	0	286	40	10	7	42	1.67
28506739--28506794	25	2.1	27	84	12	73	51	5	5	37	1.47
28521633--28521685	22	2.3	23	83	3	63	45	0	1	52	1.11
28523981--28524037	24	2.3	25	75	6	62	36	3	14	45	1.61
28525318--28526910	81	19.7	81	92	0	2528	24	23	16	35	1.94
28531600--28531633	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
28533820--28533850	14	2.2	14	94	0	53	70	0	3	25	1.02
28541802--28541955	77	2.0	77	100	0	308	33	14	22	29	1.93
28543755--28543784	3	10.0	3	92	0	51	3	0	33	63	1.11
28547622--28547647	6	4.3	6	100	0	52	50	0	50	0	1.00
28555602--28555635	6	5.7	6	86	13	52	47	2	50	0	1.16
28556875--28557220	180	1.9	179	85	5	484	28	10	10	51	1.68
28557665--28557703	19	2.1	18	85	9	51	53	7	0	38	1.30
28561558--28561595	19	2.0	19	90	10	60	63	15	13	7	1.51
28562786--28562871	45	1.9	44	85	2	118	56	13	18	10	1.65
28563770--28563799	15	2.0	15	93	0	51	0	16	0	83	0.65
28571655--28571696	17	2.5	17	84	7	50	54	9	4	30	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28571739--28571775	15	2.4	16	86	13	51	32	0	10	56	1.34
28573040--28573064	7	3.6	7	100	0	50	44	44	0	12	1.41
28576954--28576996	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
28587578--28587642	33	2.0	33	96	0	121	38	15	7	38	1.76
28589529--28589576	21	2.6	17	77	22	53	72	2	25	0	0.95
28589533--28589572	21	2.0	19	90	9	62	70	2	27	0	1.01
28592678--28593000	30	10.8	29	82	3	277	37	1	21	39	1.64
28592673--28592990	60	5.3	60	82	4	363	38	2	21	38	1.66
28592708--28592990	119	2.4	119	84	3	361	39	2	19	38	1.64
28593673--28593713	21	1.9	22	85	5	57	36	4	0	58	1.20
28594294--28594328	18	1.9	18	88	0	52	28	0	34	37	1.58
28594464--28594542	17	4.7	16	81	9	86	56	1	0	41	1.07
28594479--28594533	6	9.7	6	78	11	62	58	0	0	41	0.98
28594479--28594536	11	5.2	11	79	10	64	55	0	0	44	0.99
28604994--28605036	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
28611131--28611187	24	2.4	24	85	2	80	56	1	0	42	1.10
28611193--28611256	33	1.9	33	90	0	101	35	4	1	57	1.29
28613566--28613676	54	2.1	54	100	0	222	58	1	5	34	1.31
28613595--28613677	15	5.9	15	71	13	52	59	1	6	33	1.30
28615401--28615425	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28616774--28617078	58	5.3	57	81	7	314	33	4	30	32	1.77
28616869--28617020	29	5.2	29	63	21	75	28	3	33	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28616774--28617024	117	2.2	117	93	0	423	31	4	31	33	1.77
28617064--28617247	60	3.1	59	85	3	226	40	2	20	36	1.67
28617042--28617247	90	2.3	89	88	3	290	40	2	20	35	1.68
28617035--28617247	30	7.2	29	78	8	198	40	2	21	35	1.68
28618781--28618856	18	4.6	16	78	15	66	50	3	0	46	1.20
28618811--28618909	6	17.3	6	72	16	77	51	4	0	44	1.20
28618816--28618902	11	7.8	11	70	12	70	52	3	0	43	1.18
28618780--28618911	17	7.8	17	78	9	126	50	3	0	46	1.19
28618781--28618908	67	1.9	67	84	6	170	50	3	0	46	1.20
28619172--28619929	92	8.2	92	96	0	1372	36	16	13	34	1.87
28619571--28619921	52	7.5	51	67	25	254	37	15	12	34	1.86
28627901--28628185	58	4.9	58	81	8	325	33	5	30	30	1.81
28627958--28628182	29	7.8	29	65	26	88	32	5	31	30	1.81
28627908--28628153	116	2.1	116	91	3	406	33	5	29	31	1.80
28627937--28628214	29	9.7	27	66	20	70	35	5	29	30	1.79
28628197--28628355	29	5.4	30	79	10	177	40	1	18	39	1.58
28628197--28628415	59	3.7	58	79	7	208	41	1	19	37	1.62
28628175--28628415	89	2.7	86	84	6	313	40	2	20	36	1.64
28628197--28628416	30	7.4	30	79	6	180	40	1	19	37	1.62
28629951--28630026	18	4.6	16	78	15	66	50	3	0	46	1.20
28629981--28630061	6	14.3	6	71	20	59	51	4	0	43	1.23
28629986--28630037	11	4.8	11	79	13	63	55	1	0	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28629950--28630069	17	7.1	17	76	9	111	49	4	0	45	1.27
28630053--28630077	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
28631878--28632090	23	9.5	23	71	15	133	41	21	24	12	1.87
28631932--28632006	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
28634650--28634695	22	2.1	22	100	0	92	47	21	13	17	1.81
28634872--28634915	17	2.6	17	92	0	79	40	2	0	56	1.11
28636590--28636801	30	7.1	30	76	6	162	39	19	1	39	1.63
28636598--28636803	60	3.5	59	82	5	227	38	19	1	39	1.63
28636604--28636803	59	3.4	58	81	6	204	39	20	1	39	1.62
28636710--28636929	29	7.5	29	70	18	125	36	25	0	37	1.63
28636710--28636963	59	4.3	59	78	10	220	35	26	1	36	1.68
28636710--28636919	30	7.1	30	70	15	127	37	25	0	36	1.63
28636769--28636958	29	6.5	30	70	13	119	34	27	2	36	1.69
28636769--28636964	59	3.3	58	81	4	232	33	29	2	35	1.71
28638980--28639025	17	2.7	17	79	0	56	34	2	2	60	1.21
28644306--28644376	24	3.0	24	87	0	79	53	7	9	29	1.60
28646305--28646361	24	2.4	24	90	0	87	49	8	14	28	1.72
28646317--28646367	24	2.1	24	92	0	84	54	9	11	23	1.66
28647931--28647963	4	8.2	4	93	0	57	30	0	45	24	1.53
28647933--28647964	16	2.0	16	100	0	64	31	0	43	25	1.55
28657620--28657681	31	2.1	30	87	6	90	50	6	3	40	1.44
28657618--28657686	31	2.4	28	80	15	86	49	5	4	40	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28662556--28662594	20	2.0	20	90	5	62	61	2	2	33	1.23
28665437--28665473	18	2.1	18	89	0	56	29	13	24	32	1.93
28666585--28666620	2	18.5	2	94	5	65	0	50	0	50	1.00
28670944--28670993	24	2.1	24	82	10	59	24	8	14	54	1.66
28679886--28679915	5	6.0	5	96	0	51	56	20	0	23	1.42
28696309--28696334	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28699283--28699317	16	2.2	16	90	10	54	40	17	22	20	1.92
28704754--28704895	59	2.4	57	80	11	153	42	19	18	19	1.90
28706405--28706567	30	5.5	28	70	22	102	36	3	26	33	1.74
28706405--28706596	59	3.3	58	85	2	251	36	3	27	32	1.73
28706352--28706641	117	2.5	117	79	6	286	36	3	26	33	1.73
28706432--28706835	30	13.6	29	71	18	230	37	2	23	35	1.70
28706431--28706835	60	6.8	59	79	10	280	37	2	23	35	1.71
28706549--28706836	90	3.2	89	82	6	332	38	2	21	36	1.68
28708166--28708228	28	2.3	26	77	15	65	23	12	19	44	1.85
28708685--28708737	20	2.8	20	88	8	76	58	1	3	35	1.27
28708707--28708749	14	3.1	14	79	0	50	65	0	2	32	1.06
28708706--28708752	20	2.3	20	85	0	58	59	0	2	38	1.09
28709025--28709058	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
28709482--28709515	17	1.9	18	94	5	61	44	2	0	52	1.16
28711436--28711462	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
28720900--28720960	26	2.3	26	86	5	79	26	16	3	54	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28722776--28723031	30	8.7	29	75	13	168	36	1	24	38	1.63
28722753--28723001	59	4.2	59	78	7	222	36	2	22	38	1.66
28722802--28723046	59	4.1	59	77	9	223	35	1	24	39	1.63
28722802--28723041	30	8.1	29	78	9	200	35	1	23	40	1.63
28724961--28725098	59	2.4	58	80	6	154	31	5	30	32	1.79
28725008--28725253	30	8.3	30	71	11	84	36	2	24	36	1.71
28725052--28725268	30	7.3	29	76	13	185	37	2	23	36	1.68
28725970--28726000	14	2.2	14	94	0	53	0	12	9	77	0.99
28727018--28727074	6	9.8	6	77	7	55	50	5	0	43	1.24
28727018--28727073	17	3.2	17	82	9	69	50	5	0	44	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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