genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  86  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24878995--24879062	16	4.2	16	74	10	59	41	4	25	29	1.75
24879222--24879356	57	2.3	58	82	6	168	50	2	1	45	1.26
24879448--24879526	24	3.4	24	71	7	90	41	7	0	50	1.31
24879471--24879540	22	3.1	22	68	8	68	41	8	0	50	1.33
24879448--24879540	46	2.0	46	100	0	186	40	8	0	50	1.33
24882421--24882465	22	2.0	22	100	0	90	22	17	17	42	1.89
24884202--24884255	23	2.3	23	83	0	63	20	25	24	29	1.99
24884214--24884259	23	2.0	23	91	0	74	19	23	28	28	1.98
24890779--24890838	21	2.9	21	82	5	68	78	1	16	3	0.97
24890824--24890872	14	3.8	13	82	15	57	73	0	26	0	0.83
24890844--24890910	7	9.3	7	78	16	50	74	0	22	2	0.95
24890844--24890910	13	4.6	14	72	22	50	74	0	22	2	0.95
24890793--24890894	13	7.4	13	74	20	59	74	0	22	1	0.98
24891835--24891960	49	2.6	49	82	3	128	35	17	32	14	1.90
24892192--24892570	39	9.7	39	73	6	311	24	32	19	24	1.98
24892190--24892577	78	5.0	77	86	2	508	23	32	19	23	1.98
24892190--24892650	78	5.9	77	84	3	507	24	31	19	24	1.98
24892662--24894372	209	8.2	209	82	2	1941	35	18	22	22	1.96
24892662--24894382	627	2.7	625	86	2	2367	35	18	22	22	1.96
24894219--24894481	123	2.1	124	88	2	395	36	20	20	22	1.95
24894864--24894973	17	6.4	16	78	10	103	41	1	2	53	1.25
24894863--24894973	34	3.2	34	80	3	134	41	1	2	54	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24894863--24894973	52	2.2	51	90	1	168	41	1	2	54	1.25
24896733--24896817	30	2.8	31	80	8	95	36	25	3	34	1.73
24896825--24896957	58	2.3	58	83	5	144	28	27	9	34	1.87
24896858--24896964	29	3.7	29	68	14	76	28	26	9	36	1.87
24901335--24901368	6	5.7	6	96	0	50	0	23	0	76	0.79
24905566--24905611	21	2.1	21	84	11	58	21	10	10	56	1.64
24906435--24906477	19	2.3	19	79	0	50	34	2	0	62	1.08
24907366--24907721	30	12.1	29	76	10	210	34	3	27	34	1.75
24907374--24907583	88	2.4	89	77	8	214	37	5	25	32	1.78
24907374--24907720	60	5.9	60	75	10	270	34	4	27	34	1.76
24907446--24907696	90	2.8	90	81	8	248	34	3	27	34	1.73
24907944--24908034	36	2.6	36	92	3	159	21	20	29	27	1.98
24908261--24908311	21	2.4	21	93	0	84	31	25	23	19	1.98
24908453--24908570	54	2.2	52	87	3	164	55	5	4	33	1.43
24912843--24912878	19	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
24912829--24912890	25	2.4	27	81	10	76	46	0	0	53	1.00
24934767--24934801	18	2.0	17	88	5	52	51	0	0	48	1.00
24936263--24936297	18	2.0	18	88	5	54	48	5	0	45	1.26
24940256--24940291	19	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
24947234--24947294	2	31.0	2	96	3	115	49	0	0	50	1.00
24947436--24947474	19	2.1	19	80	4	53	35	0	2	61	1.10
24953495--24953540	22	2.1	21	84	11	58	23	10	8	56	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24966703--24966732	13	2.3	13	94	0	51	20	13	20	46	1.83
24966756--24966820	11	6.0	11	75	8	53	55	1	0	43	1.09
24966743--24966811	17	4.1	17	75	11	70	52	1	0	46	1.09
24967156--24967895	205	3.6	205	90	0	1138	22	22	19	35	1.96
24968199--24968256	31	1.9	30	82	10	73	46	8	18	25	1.78
24972842--24972880	15	2.6	15	95	0	69	53	10	23	12	1.69
24988499--24988579	24	3.4	24	94	0	135	25	14	7	51	1.68
24991496--24991541	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
24992585--24992632	20	2.3	20	85	3	69	10	14	4	70	1.29
24992586--24992643	21	2.8	20	87	10	73	8	13	3	74	1.19
24995509--24995603	25	3.9	23	70	10	73	52	8	7	31	1.59
24995519--24995615	49	2.0	49	95	0	176	49	10	9	30	1.68
24996616--24996693	9	8.3	9	76	18	70	7	10	1	80	0.95
24996623--24996693	10	7.4	10	75	13	51	8	9	0	81	0.87
24996624--24996693	28	2.4	29	85	4	106	8	10	0	81	0.88
24997618--24997658	11	3.6	11	83	6	55	75	0	2	21	0.92
24997621--24997658	17	2.2	17	90	9	60	76	0	2	21	0.91
25000587--25000752	81	2.0	81	96	0	305	39	20	14	25	1.91
25002451--25002496	25	1.9	24	83	16	60	32	6	6	54	1.52
25003559--25003624	6	10.8	6	78	12	64	21	1	0	77	0.85
25003559--25003625	33	2.0	34	88	2	100	22	1	0	76	0.87
25005658--25005693	16	2.2	16	90	5	54	16	5	0	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25010820--25010849	16	1.9	15	93	6	51	73	0	6	20	1.05
25012582--25012654	25	3.0	25	87	4	112	21	9	9	58	1.58
25012586--25012654	24	2.8	25	86	4	95	23	10	8	57	1.59
25018028--25018197	87	2.0	86	98	1	331	35	5	8	50	1.56
25023163--25023206	12	3.7	12	87	9	63	0	20	0	79	0.73
25030467--25030491	2	12.5	2	100	0	50	48	52	0	0	1.00
25036244--25036287	19	2.2	20	84	4	54	40	4	2	52	1.34
25036467--25036505	17	2.3	17	86	8	53	58	0	2	38	1.12
25046135--25046180	24	1.9	24	86	8	67	26	8	0	65	1.21
25052723--25052765	17	2.4	18	78	17	54	34	0	6	58	1.25
25064265--25064291	3	9.0	3	100	0	54	33	66	0	0	0.92
25065945--25065983	5	8.0	5	94	5	71	0	61	0	38	0.96
25066053--25066098	2	23.5	2	95	4	85	0	47	0	52	1.00
25070763--25070809	23	2.1	23	92	7	80	74	12	0	12	1.07
25070763--25070809	11	4.3	11	89	8	69	74	12	0	12	1.07
25070774--25070809	12	3.1	12	84	8	56	75	11	0	13	1.06
25074346--25074396	23	2.2	23	96	0	93	33	19	7	39	1.81
25074907--25074962	28	2.0	28	86	6	78	55	7	0	37	1.27
25077430--25077460	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
25079051--25079088	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
25080526--25080620	38	2.5	38	85	0	127	32	29	22	15	1.95
25081775--25081813	21	1.9	21	89	5	62	46	23	0	30	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25086284--25086370	31	3.0	28	70	14	77	48	4	3	43	1.40
25092485--25092510	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25092820--25092868	19	2.5	19	84	15	57	63	2	0	34	1.06
25097597--25097628	16	2.0	16	100	0	64	37	6	12	43	1.68
25102171--25102224	16	3.4	16	78	0	63	48	1	18	31	1.59
25102203--25102301	44	2.2	44	81	13	121	37	5	21	36	1.75
25102890--25102919	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
25105696--25105743	21	2.3	21	78	7	53	47	2	14	35	1.56
25107060--25107114	23	2.6	21	75	18	60	10	10	1	76	1.10
25108045--25108082	17	2.2	17	86	9	51	73	0	5	21	1.02
25108104--25108136	10	3.4	10	83	8	50	15	6	0	78	0.93
25112156--25112189	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
25116655--25116684	3	10.3	3	92	7	53	70	0	30	0	0.88
25118151--25118184	18	1.9	17	88	5	50	32	8	8	50	1.64
25121112--25121170	21	2.8	21	78	0	73	28	15	23	32	1.95
25122534--25122564	3	10.3	3	92	0	53	0	35	0	64	0.94
25122534--25122600	18	3.9	16	76	16	64	2	34	2	59	1.28
25123371--25123421	26	2.0	26	88	0	75	33	9	7	49	1.65
25123504--25123537	18	1.9	18	88	5	52	32	0	5	61	1.20
25125044--25125432	216	1.8	216	87	2	586	41	8	11	38	1.73
25136828--25137024	62	3.2	61	64	21	140	51	3	5	39	1.41
25136927--25136966	15	2.6	16	88	7	57	65	2	0	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25136816--25137054	124	2.0	123	88	4	360	53	2	5	38	1.36
25138877--25138927	26	2.0	26	96	0	93	23	33	15	27	1.95
25145266--25145309	15	2.8	15	86	6	52	56	0	0	43	0.99
25151470--25151508	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
25157548--25157597	25	2.0	25	84	7	66	16	4	12	68	1.35
25157585--25157653	21	3.2	21	78	15	79	2	7	18	71	1.23
25157585--25157652	22	3.1	22	87	6	86	2	7	17	72	1.21
25157612--25157664	21	2.6	19	77	13	61	5	5	18	69	1.28
25157596--25157664	22	3.2	21	78	15	70	4	5	17	72	1.21
25159722--25159766	10	4.4	10	83	10	56	20	0	4	75	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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