genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  3  of  120  ( 14335 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
542027--542122	37	2.6	37	91	0	147	29	19	12	38	1.89
566496--566520	13	1.9	13	100	0	50	0	36	0	64	0.94
570702--570749	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
575109--575224	51	2.3	51	98	0	223	34	18	12	34	1.89
575432--575498	31	2.2	31	84	12	86	23	14	16	44	1.85
579682--579769	27	3.3	26	72	15	74	59	2	2	36	1.23
579727--579773	17	2.7	18	83	6	60	57	2	2	38	1.23
593774--593847	21	3.5	19	74	18	58	45	1	2	50	1.24
594130--594213	31	2.8	30	81	10	84	51	4	4	39	1.44
594142--594213	31	2.4	31	85	2	101	48	4	5	41	1.45
596183--596220	20	1.9	20	88	0	58	36	5	2	55	1.37
596500--596556	29	1.9	30	82	3	71	33	14	15	36	1.88
596731--596788	29	2.0	30	89	3	91	51	13	3	31	1.58
601774--601876	22	4.8	22	80	12	124	10	4	15	68	1.34
601770--601876	43	2.5	42	90	3	169	11	4	14	69	1.34
601774--601877	20	4.9	20	79	13	111	11	4	15	68	1.36
601906--601966	21	2.7	22	80	10	70	8	6	16	68	1.35
602136--602168	16	1.9	18	88	11	52	24	0	0	75	0.80
603465--603779	120	2.6	117	78	8	330	33	21	25	20	1.97
608794--608835	21	2.0	21	85	0	57	40	0	4	54	1.21
620376--620413	20	2.0	20	85	15	53	10	18	0	71	1.14
622228--622261	6	5.5	6	96	3	59	32	67	0	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
631564--631634	30	2.4	28	82	13	81	52	1	9	36	1.44
631564--631643	29	2.7	29	75	14	74	52	1	8	37	1.41
635141--635199	16	3.7	16	75	18	52	71	0	1	27	0.96
641363--641446	43	2.0	43	87	0	123	27	35	19	17	1.94
644441--644557	62	1.9	59	86	5	162	49	4	4	41	1.42
644533--644584	20	2.8	18	73	21	54	50	3	3	42	1.39
644634--644664	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
646699--646737	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
651820--651857	19	2.0	19	94	0	67	34	0	5	60	1.19
651867--651896	15	2.0	15	93	0	51	43	6	0	50	1.28
659866--660020	74	2.1	74	92	0	256	38	19	16	25	1.92
666334--666411	35	2.2	35	90	4	122	44	2	8	43	1.49
667523--667592	36	1.9	37	82	8	90	41	2	4	51	1.36
671266--671304	16	2.4	16	87	8	53	48	0	10	41	1.37
671548--671577	6	5.0	6	95	0	51	16	13	20	50	1.78
671892--671919	13	2.2	13	100	0	56	35	7	21	35	1.81
679812--679893	30	2.7	30	82	0	101	26	9	23	40	1.85
683610--683668	28	2.1	28	93	0	100	44	20	10	25	1.83
684887--684965	31	2.6	30	80	6	79	35	7	12	44	1.71
685138--685197	29	2.0	29	87	3	84	50	11	6	31	1.65
685138--685218	31	2.7	29	84	5	90	46	11	7	34	1.67
691134--691177	18	2.5	19	82	14	58	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697065--697130	29	2.2	30	78	2	71	34	6	15	43	1.71
698390--698433	21	2.1	21	95	0	79	20	25	29	25	1.99
700180--700231	22	2.3	23	93	6	90	40	3	7	48	1.50
701348--701389	11	3.6	11	80	20	50	59	0	0	40	0.97
705078--705124	6	7.8	6	95	0	85	19	17	46	17	1.84
705078--705130	18	2.9	18	84	15	74	18	16	47	16	1.83
710916--711023	40	2.7	39	75	14	96	34	22	24	19	1.97
710962--711043	20	4.1	20	81	10	96	32	23	26	17	1.96
710961--711117	60	2.6	60	77	8	167	34	21	24	19	1.97
715837--716019	41	4.4	41	86	2	249	28	21	26	22	1.99
717125--717157	16	2.1	16	88	11	50	63	0	6	30	1.18
717297--717322	13	2.0	13	100	0	52	53	23	7	15	1.67
719540--719587	10	4.8	10	76	19	55	39	0	2	58	1.10
719540--719574	18	1.9	18	94	0	61	37	0	2	60	1.12
719611--719668	8	7.2	8	74	14	57	39	0	1	58	1.08
719618--719669	10	5.2	10	78	17	63	40	0	1	57	1.10
719611--719655	18	2.5	18	96	0	81	37	0	2	60	1.09
719540--719728	82	2.4	78	87	5	256	41	1	5	51	1.34
719622--720145	134	3.8	135	88	5	676	44	1	4	49	1.33
719763--720145	76	5.3	74	79	12	384	43	1	4	49	1.33
719973--720178	8	26.2	8	64	18	60	43	0	4	51	1.25
719898--720142	76	3.2	76	95	0	438	42	1	4	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720129--720178	18	2.8	18	81	0	73	48	0	2	50	1.12
720519--720547	15	1.9	15	100	0	58	13	3	34	48	1.60
720616--720711	41	2.3	43	92	3	160	21	23	31	22	1.99
722591--722645	27	2.0	27	89	0	83	40	0	5	54	1.23
722609--722702	6	15.8	6	77	14	79	48	0	1	50	1.07
722609--722679	17	4.4	16	86	13	94	42	0	1	56	1.08
722616--722677	31	2.0	31	90	6	99	41	0	1	56	1.09
723438--723469	13	2.5	13	95	5	57	46	0	9	43	1.35
723752--723793	19	2.3	19	87	4	59	78	2	16	2	0.96
723812--723841	11	2.7	11	94	0	51	10	20	56	13	1.65
724229--724541	162	1.9	162	96	0	581	25	16	14	43	1.86
734720--734764	15	3.0	15	84	12	65	33	26	24	15	1.95
734706--734763	7	8.0	8	80	14	56	37	25	20	15	1.92
734707--734777	7	10.4	7	74	17	51	33	25	23	16	1.96
744086--744145	21	2.8	22	82	7	70	33	20	8	38	1.82
744877--745167	51	5.6	51	87	2	368	28	22	15	32	1.95
748723--748802	17	4.6	16	80	11	61	40	3	7	48	1.49
748754--748812	6	10.3	6	83	12	72	49	0	3	47	1.18
748755--748815	11	5.5	11	83	13	72	52	0	3	44	1.17
748762--748815	5	10.0	5	82	13	63	53	0	1	44	1.11
749528--749599	24	3.1	24	73	15	71	52	0	1	45	1.09
750566--750865	59	5.1	61	86	7	365	36	25	3	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750578--750863	30	9.8	29	77	10	251	37	25	2	35	1.68
750566--750863	117	2.5	117	87	4	404	36	25	2	35	1.70
756510--756594	5	16.8	5	75	22	72	81	2	16	0	0.80
756510--756597	6	14.0	6	73	20	65	80	2	17	0	0.81
756510--756597	25	3.5	25	80	16	110	80	2	17	0	0.81
756946--757069	49	2.5	50	85	1	160	36	21	28	13	1.92
757371--757577	39	5.3	39	71	6	150	23	30	18	27	1.98
757332--757577	78	3.2	77	80	3	278	23	30	19	27	1.98
757913--758257	171	2.0	171	94	0	600	36	18	22	22	1.95
758084--758785	206	3.4	206	84	1	869	36	18	22	23	1.95
759136--759189	17	2.9	18	81	13	65	31	7	9	51	1.61
759800--759859	12	4.8	12	74	13	59	55	1	0	43	1.10
760874--761176	60	5.1	60	85	5	370	36	23	3	35	1.74
760886--761174	30	9.8	29	77	10	257	37	23	3	35	1.71
760886--761174	29	9.7	31	75	15	215	37	23	3	35	1.71
766010--766103	29	3.2	29	71	16	77	34	4	28	32	1.77
765874--766133	59	4.4	59	78	5	251	35	5	28	31	1.80
765893--766107	117	1.8	117	81	4	263	35	5	27	30	1.80
766028--766120	29	3.2	28	69	24	75	37	3	29	30	1.73
767234--767288	19	2.6	22	75	16	71	43	5	1	49	1.36
768255--769472	200	6.2	200	86	3	1694	20	22	20	36	1.95
781512--781874	59	6.3	57	81	7	371	36	3	27	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781512--781874	116	3.1	115	85	7	443	36	3	27	32	1.72
781535--781872	174	1.9	174	87	1	498	36	3	28	32	1.73
782974--783021	19	2.6	17	90	6	60	41	6	2	50	1.39
782974--783031	22	2.7	21	75	17	64	43	5	1	50	1.35
783289--783347	24	2.3	26	77	5	68	27	8	20	44	1.80
783747--783809	16	3.8	17	70	6	58	53	4	1	39	1.31
786592--786895	51	5.9	51	89	1	423	29	22	15	33	1.94
786554--786895	102	3.3	102	86	3	454	29	22	14	33	1.94
791479--791531	25	2.1	26	82	10	65	3	16	3	75	1.10
793012--793045	12	3.0	11	87	8	50	38	11	32	17	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120