genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24119911--24119977	30	2.2	31	86	2	91	47	1	1	49	1.19
24119969--24120029	22	2.9	22	72	15	58	52	3	1	42	1.27
24122581--24122677	43	2.3	43	89	3	142	27	23	6	42	1.78
24125513--24125670	31	5.2	29	70	17	108	46	12	18	21	1.82
24125534--24125643	29	3.8	28	73	17	98	44	10	21	22	1.83
24125506--24125670	60	2.8	60	88	0	231	45	12	19	22	1.84
24126606--24126952	178	2.0	177	86	5	495	43	20	12	23	1.86
24129456--24129506	2	25.5	2	100	0	102	49	0	50	0	1.00
24129588--24129637	25	2.0	25	88	0	73	40	2	2	56	1.22
24129603--24129660	24	2.3	24	85	5	71	46	0	0	53	1.00
24132323--24132357	12	2.8	12	91	4	52	68	0	0	31	0.90
24144485--24144518	18	1.9	17	88	5	50	55	5	0	38	1.24
24147327--24147399	37	2.0	37	94	0	128	24	10	19	45	1.82
24147918--24147963	21	2.2	21	84	7	58	26	23	34	15	1.94
24150552--24150582	16	1.9	16	93	0	53	77	3	0	19	0.90
24156797--24156834	15	2.5	16	91	8	62	76	5	0	18	0.97
24157560--24157755	45	4.3	45	84	3	223	25	14	28	31	1.95
24157809--24157973	49	3.4	48	78	6	172	18	23	15	43	1.88
24157809--24157923	48	2.4	48	85	1	149	17	24	14	43	1.87
24159021--24159076	18	3.1	18	81	2	58	0	23	0	76	0.78
24159024--24159076	27	2.0	27	84	0	70	0	20	0	79	0.74
24160132--24160264	70	1.9	67	87	4	194	32	12	12	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24163604--24163649	3	16.0	3	81	4	51	28	2	2	67	1.14
24166318--24166368	26	2.0	26	96	0	93	62	13	5	17	1.50
24167365--24167405	16	2.5	16	84	4	55	65	2	2	29	1.18
24167579--24167628	14	3.6	13	82	17	57	76	4	2	18	1.04
24167580--24167661	33	2.5	33	82	5	87	71	6	2	19	1.18
24167690--24167728	15	2.5	16	87	4	53	71	2	5	20	1.17
24171510--24171570	29	2.1	29	96	3	115	31	11	21	36	1.89
24171862--24171901	16	2.4	18	76	23	52	50	15	0	35	1.44
24175541--24175581	18	2.2	20	86	8	59	36	2	2	58	1.24
24176033--24176069	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
24183113--24183174	24	2.5	24	92	2	97	51	6	11	30	1.63
24189359--24189383	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24192414--24192466	24	2.2	24	89	0	79	56	5	11	26	1.56
24194209--24194281	24	3.0	24	89	0	110	53	6	13	26	1.65
24198165--24198194	15	2.0	15	93	0	51	30	13	20	36	1.90
24201330--24201367	18	2.1	18	100	0	76	15	31	7	44	1.75
24201334--24201380	18	2.6	18	89	0	67	19	34	4	42	1.70
24212423--24212507	44	1.9	44	95	0	152	25	20	25	28	1.99
24215464--24215517	28	1.9	28	96	0	99	25	29	7	37	1.83
24217758--24217877	39	3.1	39	86	2	152	25	19	17	38	1.93
24220137--24220178	17	2.4	18	84	11	61	40	9	0	50	1.35
24221267--24221323	26	2.2	26	90	3	98	29	10	10	49	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24221279--24221338	26	2.3	25	83	11	68	30	15	10	45	1.78
24224647--24224973	158	2.1	158	89	0	501	31	23	23	21	1.98
24228331--24228396	35	1.9	35	93	3	116	33	27	1	37	1.66
24233976--24234338	29	12.6	27	70	11	120	28	16	23	31	1.97
24233953--24234138	58	3.2	58	73	8	164	30	16	22	31	1.95
24233946--24234164	115	1.9	116	84	2	298	31	15	21	31	1.95
24234145--24234216	28	2.6	28	80	6	83	27	19	22	30	1.98
24234028--24234340	142	2.2	144	79	5	328	27	17	23	31	1.97
24244868--24244919	20	2.6	20	84	0	68	30	9	30	28	1.89
24247028--24247052	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
24255158--24255297	29	4.8	29	72	11	99	33	5	30	31	1.79
24255158--24255297	59	2.4	59	91	1	219	33	5	30	31	1.79
24255186--24255324	30	4.8	28	75	15	104	33	4	27	34	1.77
24255299--24255700	30	13.4	30	87	0	572	36	3	23	36	1.72
24256924--24256972	16	3.1	16	74	11	55	32	0	4	63	1.13
24257470--24257500	15	2.1	15	100	0	62	12	12	54	19	1.70
24260844--24260963	23	5.2	23	84	9	163	11	25	23	40	1.88
24260844--24260963	48	2.6	45	87	6	168	11	25	23	40	1.88
24260962--24261055	23	4.0	23	73	16	77	12	25	18	43	1.85
24263051--24263215	30	5.6	31	75	18	165	33	3	30	32	1.73
24263051--24263233	58	3.1	58	95	1	330	33	3	32	31	1.74
24263079--24263238	28	5.6	28	73	18	150	33	3	33	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24263295--24263464	28	5.9	28	72	14	107	34	0	27	37	1.62
24263295--24263468	30	6.0	29	69	16	103	33	0	28	36	1.62
24263323--24263464	59	2.5	56	85	8	196	35	0	26	37	1.62
24263525--24263866	161	2.1	161	86	3	483	42	11	17	28	1.84
24264374--24264407	16	2.1	16	94	0	59	47	20	17	14	1.83
24264620--24264689	16	4.6	16	71	13	58	41	2	2	52	1.31
24264682--24264711	15	2.0	15	93	0	51	36	0	3	60	1.14
24265431--24265490	5	11.0	5	78	16	57	56	3	0	40	1.16
24265431--24265488	11	5.2	11	82	12	73	58	3	0	37	1.15
24265431--24265502	17	4.3	16	84	5	81	55	4	1	38	1.28
24265713--24265782	18	3.9	18	76	14	74	34	1	7	57	1.35
24272109--24272144	9	4.0	9	96	0	63	36	0	11	52	1.37
24273474--24273538	31	2.1	31	97	0	121	21	40	15	23	1.91
24274119--24274180	30	2.1	29	82	8	72	29	12	4	53	1.59
24274414--24274657	30	8.1	30	83	5	253	38	22	2	36	1.67
24274415--24274651	60	4.0	60	83	4	291	38	21	2	37	1.68
24274413--24274651	90	2.6	90	85	5	295	38	22	2	36	1.68
24286689--24287114	76	5.6	76	90	1	631	32	15	19	33	1.93
24286544--24287114	152	3.8	151	88	3	780	33	15	19	31	1.93
24286544--24287114	228	2.5	219	86	3	741	33	15	19	31	1.93
24287415--24287463	11	4.2	12	77	15	50	38	6	0	55	1.25
24287412--24287466	28	2.0	27	82	3	65	40	5	0	54	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24288305--24288369	31	2.1	31	97	0	121	21	40	15	23	1.91
24289247--24289405	30	5.4	29	82	5	194	37	23	5	33	1.79
24289247--24289424	59	3.0	58	86	8	234	36	24	5	33	1.78
24289397--24289592	59	3.3	58	72	11	168	29	29	4	36	1.76
24291318--24291353	6	5.8	6	96	3	63	80	0	2	16	0.83
24291962--24291998	17	2.2	17	90	0	56	43	0	0	56	0.99
24298018--24298074	24	2.4	24	81	0	69	31	7	3	57	1.42
24298841--24298988	75	2.0	75	97	0	278	32	10	17	39	1.83
24300089--24300163	24	3.1	24	94	0	123	25	10	9	54	1.64
24303837--24303891	27	2.0	27	96	0	101	34	12	18	34	1.89
24319039--24319097	25	2.6	22	73	17	57	49	1	0	49	1.11
24319118--24319158	14	2.8	15	88	3	66	56	0	0	43	0.99
24319191--24319248	15	3.6	15	70	17	53	50	3	0	46	1.18
24320000--24320128	7	18.4	7	81	0	141	27	3	10	57	1.50
24320018--24320128	35	3.2	35	90	0	177	28	3	9	57	1.48
24320082--24320147	28	2.3	28	84	7	80	28	1	9	60	1.36
24323157--24323217	18	3.6	18	68	20	58	42	0	4	52	1.23
24323152--24323219	33	2.1	33	100	0	136	44	0	5	50	1.26
24329154--24329267	41	3.2	33	80	18	140	35	8	23	32	1.86
24329174--24329255	41	2.0	41	100	0	164	36	9	26	26	1.88
24329938--24330003	6	11.5	6	74	18	52	63	15	0	21	1.30
24330368--24330421	25	2.1	27	86	13	78	37	5	11	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24332103--24332141	19	2.1	19	100	0	78	30	25	5	38	1.78
24337970--24338145	88	2.0	88	95	0	316	37	18	12	31	1.88
24339485--24339518	15	2.3	15	89	0	50	44	2	2	50	1.32
24340131--24340172	16	2.7	15	85	10	57	40	14	19	26	1.89
24340301--24340360	23	2.5	25	81	8	70	41	11	16	30	1.84
24340321--24340360	12	3.2	12	85	3	53	42	10	17	30	1.82
24340309--24340360	25	2.2	23	86	6	68	44	11	15	28	1.81
24341098--24341161	4	15.2	4	84	9	83	23	3	3	70	1.16
24341971--24342016	2	22.5	2	91	4	65	43	0	6	50	1.28
24342172--24342211	2	19.5	2	89	5	62	45	0	5	50	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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