genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21711216--21711291	36	2.2	35	84	11	95	44	6	2	46	1.43
21711256--21711347	26	3.4	25	74	21	87	46	5	1	46	1.32
21711288--21711430	42	3.2	45	84	9	195	46	6	0	46	1.30
21711243--21711361	56	2.2	54	88	7	179	45	4	0	49	1.27
21711336--21711407	8	8.5	8	73	11	63	40	4	0	55	1.19
21711241--21711394	34	4.6	34	72	15	124	46	5	0	48	1.29
21711600--21711626	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
21716464--21716501	15	2.5	15	84	12	51	57	0	10	31	1.32
21717759--21717888	43	3.0	43	90	1	199	30	18	26	23	1.98
21717869--21717919	26	2.0	26	92	0	84	31	21	19	27	1.97
21717824--21717957	69	2.0	68	91	4	216	30	19	23	26	1.98
21720283--21720392	54	2.0	54	96	0	202	37	11	20	30	1.89
21720624--21720650	12	2.2	12	100	0	54	7	14	25	51	1.68
21722605--21722818	43	5.0	43	81	3	225	30	15	25	28	1.96
21722605--21722818	85	2.5	86	80	5	263	30	15	25	28	1.96
21723157--21723329	69	2.5	68	86	7	233	33	16	6	43	1.74
21724558--21725002	194	2.3	194	81	6	501	26	25	19	29	1.98
21728576--21728618	21	2.0	22	86	4	61	27	23	18	30	1.98
21729238--21729675	194	2.3	193	82	7	514	27	26	18	27	1.98
21732031--21732056	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21733979--21734416	194	2.3	195	82	5	514	26	27	18	27	1.98
21736779--21736812	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21738817--21739172	194	1.8	195	86	4	513	27	27	17	28	1.98
21741149--21741321	72	2.5	71	82	6	192	34	17	4	43	1.70
21741303--21741343	22	1.9	22	95	5	75	48	9	2	39	1.49
21741303--21741348	22	2.2	20	88	11	67	50	8	2	39	1.46
21747352--21747403	21	2.5	21	81	6	61	32	28	13	25	1.93
21752598--21752649	21	2.5	21	84	6	70	30	28	13	26	1.94
21753391--21753843	201	2.3	194	79	6	475	25	27	19	27	1.99
21758115--21758375	30	8.7	30	80	5	228	37	3	17	40	1.67
21758115--21758375	89	2.9	89	81	5	274	37	3	17	40	1.67
21761010--21761110	26	4.0	25	70	14	73	47	1	3	46	1.32
21763136--21763186	19	2.7	18	81	6	57	27	1	0	70	0.98
21763094--21763185	28	3.1	28	77	13	87	28	3	2	66	1.19
21764984--21765176	80	2.6	74	80	8	203	31	10	10	46	1.73
21765025--21765176	80	1.9	79	87	4	225	32	10	11	44	1.75
21773999--21774047	12	4.3	11	80	14	55	2	18	0	79	0.83
21773998--21774048	17	2.9	17	78	16	59	3	19	0	76	0.94
21777551--21777613	27	2.3	27	86	0	90	23	22	28	25	1.99
21778732--21778756	8	3.1	8	100	0	50	12	36	12	40	1.79
21783778--21783814	19	1.9	19	100	0	74	29	10	37	21	1.88
21784329--21784372	18	2.5	18	92	3	72	61	13	9	15	1.56
21784772--21784821	24	2.1	24	85	7	66	2	36	0	62	1.07
21786433--21786475	21	2.0	22	81	4	52	69	4	11	13	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21791275--21791304	15	2.1	14	93	6	51	20	26	6	46	1.75
21796892--21796943	23	2.3	23	83	6	70	36	25	17	21	1.94
21806752--21806776	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
21806996--21807024	6	4.8	6	100	0	58	17	0	65	17	1.27
21807501--21807556	25	2.2	26	84	9	71	42	3	3	50	1.37
21808821--21808865	21	2.1	21	88	8	65	55	0	0	44	0.99
21808821--21808875	21	2.6	22	80	11	62	58	1	0	40	1.09
21815509--21815581	30	2.4	29	84	8	85	53	1	5	39	1.33
21815528--21815567	20	2.0	20	85	9	55	50	2	7	40	1.44
21819493--21819569	36	2.1	37	80	7	86	57	5	1	36	1.30
21820295--21820333	19	2.1	19	95	0	69	38	25	5	30	1.78
21820955--21820989	18	1.9	18	88	0	52	28	11	11	48	1.74
21823068--21823101	16	2.1	16	94	0	59	41	8	5	44	1.60
21823074--21823118	16	2.8	16	86	3	54	48	11	2	37	1.51
21831549--21831601	15	3.2	16	73	21	56	49	0	0	50	1.00
21831565--21831603	19	2.1	19	90	0	60	53	0	0	46	1.00
21832659--21832686	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
21834678--21834703	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
21838316--21838341	5	5.2	5	100	0	52	42	0	38	19	1.51
21840996--21841058	24	2.6	24	82	0	81	26	12	11	49	1.74
21842969--21843019	24	2.1	24	92	0	84	23	7	9	58	1.56
21842977--21843029	24	2.2	24	86	0	70	28	9	11	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21843117--21843186	35	2.0	35	94	5	124	37	20	14	28	1.91
21847219--21847254	18	2.0	18	100	0	72	55	5	16	22	1.62
21848224--21848349	66	1.9	67	96	1	236	16	15	26	42	1.87
21849520--21849565	20	2.3	20	85	10	60	43	17	8	30	1.79
21857844--21857905	26	2.4	27	78	8	74	54	4	14	25	1.60
21873596--21873648	6	8.8	6	97	0	88	20	0	79	0	0.74
21877849--21877878	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21879068--21879108	21	2.0	20	85	4	55	29	0	2	68	1.03
21882698--21882741	16	2.5	18	82	14	56	36	0	4	59	1.18
21884633--21884765	30	4.5	29	77	9	117	34	24	4	36	1.76
21884633--21884761	59	2.2	60	84	4	163	33	24	4	37	1.76
21891639--21891695	21	2.7	21	86	10	80	75	1	8	14	1.11
21891639--21891699	22	2.8	22	90	7	90	73	1	9	14	1.16
21891665--21891694	15	1.9	16	93	6	53	73	0	10	16	1.09
21895074--21895144	37	1.9	37	94	0	124	38	15	19	26	1.92
21895026--21895182	85	1.8	85	84	2	217	36	15	22	25	1.93
21895233--21895397	84	2.0	84	87	0	240	38	14	21	25	1.92
21894938--21896344	208	6.8	208	85	1	1758	38	16	20	23	1.92
21895856--21896022	85	2.0	85	87	0	244	37	16	22	23	1.94
21896063--21896229	84	2.0	84	85	2	228	40	15	20	23	1.91
21898276--21898430	59	2.6	61	78	6	156	37	23	3	35	1.71
21898278--21898447	30	5.8	29	76	8	146	37	24	3	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21899475--21899515	10	3.9	11	75	12	50	39	0	2	58	1.11
21899476--21899518	20	2.1	20	91	4	68	34	0	2	62	1.08
21899477--21899532	20	2.9	18	81	7	58	42	0	1	55	1.10
21902499--21902535	13	2.8	13	91	4	56	13	0	43	43	1.44
21906469--21906534	31	2.1	31	88	0	96	48	9	12	30	1.71
21907333--21907362	15	2.0	15	100	0	60	20	13	0	66	1.24
21908017--21908058	21	1.9	22	85	9	59	61	0	9	28	1.27
21908887--21908949	30	2.4	26	76	23	69	58	0	0	41	0.98
21909113--21909150	14	2.6	15	83	8	51	55	0	0	44	0.99
21918813--21918990	9	19.3	9	74	13	89	33	2	1	61	1.20
21918830--21918863	17	1.9	18	88	5	52	23	2	0	73	0.97
21920042--21920102	22	2.9	21	76	7	61	62	3	0	34	1.12
21923789--21924359	39	14.7	39	72	10	219	25	19	30	25	1.98
21923990--21924083	37	2.5	37	86	5	127	22	23	32	21	1.98
21923906--21924320	154	2.7	156	79	6	466	25	19	29	25	1.99
21923828--21924361	78	6.9	78	73	8	354	25	19	30	25	1.98
21923956--21924361	117	3.5	117	73	9	294	25	19	29	24	1.98
21929134--21929326	52	3.7	52	89	0	287	36	23	13	26	1.92
21940030--21940138	30	3.7	30	80	8	134	35	1	25	36	1.67
21940024--21940138	58	2.0	60	93	6	200	33	1	28	35	1.68
21940025--21940169	58	2.5	58	85	6	177	33	3	26	36	1.73
21941973--21942007	14	2.6	14	86	4	54	25	8	20	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21942014--21942103	17	5.3	17	86	0	126	54	2	0	43	1.12
21942032--21942105	11	7.1	11	72	20	61	56	2	0	40	1.13
21946895--21946953	27	2.1	28	81	12	77	25	10	28	35	1.89
21946980--21947311	28	11.5	28	73	15	198	35	3	22	38	1.70
21946935--21947071	58	2.3	60	82	8	158	40	4	21	33	1.73
21946980--21947302	59	5.6	58	76	12	249	35	3	22	38	1.70
21947051--21947314	28	9.1	29	77	7	243	34	2	24	38	1.68
21947653--21947693	14	2.9	15	86	13	61	24	7	19	48	1.74
21947700--21947755	17	3.3	17	87	0	76	57	1	0	41	1.09
21948329--21948521	29	6.7	28	69	14	90	37	1	23	36	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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