genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  51  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14803280--14803322	17	2.5	16	82	14	50	20	25	2	51	1.60
14803874--14803963	19	4.8	19	71	8	67	66	1	6	25	1.23
14803871--14803961	45	2.0	45	85	10	123	63	1	6	28	1.26
14803912--14803955	20	2.3	19	84	4	52	68	2	2	27	1.14
14803947--14803997	19	2.8	18	82	5	59	64	1	3	29	1.22
14803943--14804002	9	6.7	9	73	19	54	63	1	3	31	1.20
14806398--14806449	26	2.0	26	96	0	95	26	13	3	55	1.55
14822229--14822284	21	2.7	21	76	15	62	37	23	7	32	1.82
14827496--14827574	15	5.3	15	65	6	52	21	17	26	34	1.96
14827496--14827574	30	2.6	31	84	9	101	21	17	26	34	1.96
14828258--14828334	21	3.5	22	73	16	61	42	31	5	20	1.74
14830494--14830577	44	1.9	44	97	0	159	30	16	27	25	1.97
14832412--14832465	18	3.3	16	85	12	74	9	22	1	66	1.30
14832446--14832491	21	2.2	20	85	14	67	6	19	0	73	1.04
14833352--14833403	3	17.3	3	95	0	95	0	30	0	69	0.89
14834960--14834998	15	2.6	15	79	0	51	12	30	20	35	1.90
14835796--14835877	41	2.0	41	100	0	164	34	21	7	36	1.82
14840165--14840196	14	2.1	16	88	11	50	31	0	12	56	1.37
14840320--14840398	16	4.6	16	80	14	95	8	21	30	39	1.84
14840240--14840376	73	1.9	74	92	1	231	9	19	29	41	1.83
14840240--14840382	37	3.9	37	88	5	209	9	20	29	41	1.83
14850061--14850111	24	2.1	24	88	0	75	25	7	5	60	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14850077--14850123	24	2.0	24	86	0	67	27	8	10	53	1.64
14852016--14852078	24	2.6	24	84	0	81	23	14	7	53	1.66
14852247--14852282	17	2.2	17	90	9	58	11	19	0	69	1.18
14854849--14854889	14	2.9	14	81	0	55	56	0	2	41	1.13
14855697--14855731	11	3.1	12	88	12	56	34	0	0	65	0.93
14855848--14855941	30	3.2	30	95	1	172	62	14	0	22	1.31
14856028--14856052	13	1.9	13	100	0	50	64	8	8	20	1.46
14862282--14862337	24	2.3	24	81	9	60	35	5	0	58	1.21
14862329--14862400	38	1.9	37	91	2	117	50	0	2	47	1.15
14862606--14862642	16	2.3	16	90	9	58	27	29	5	37	1.79
14864008--14864066	17	3.5	17	82	11	77	38	3	1	55	1.26
14863996--14864077	11	7.4	11	76	14	62	39	2	1	57	1.20
14864001--14864079	6	14.0	6	68	17	53	41	2	1	54	1.22
14865866--14866150	60	4.7	60	85	3	358	40	20	2	36	1.66
14865866--14866142	90	3.1	90	86	2	378	40	20	2	36	1.66
14865866--14866142	30	9.2	30	87	3	317	40	20	2	36	1.66
14865875--14866184	60	5.2	57	77	12	221	37	23	2	36	1.68
14866140--14866448	59	5.3	58	72	8	248	27	30	3	37	1.75
14866140--14866443	118	2.6	118	91	1	486	27	29	3	38	1.75
14878205--14878748	69	7.9	68	94	1	883	34	16	20	27	1.94
14878205--14878748	137	4.0	136	94	1	908	34	16	20	27	1.94
14878212--14878741	37	15.4	37	67	18	242	34	16	20	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14879112--14879176	27	2.4	27	92	0	103	41	1	1	55	1.18
14879091--14879178	17	5.7	16	75	16	87	42	2	1	54	1.20
14879079--14879178	11	9.0	11	71	18	73	42	2	1	55	1.18
14879084--14879178	6	17.0	6	70	18	71	43	2	1	53	1.19
14880978--14881275	30	9.9	30	89	1	393	39	23	2	34	1.68
14881248--14881556	59	5.3	59	72	3	194	28	28	4	37	1.78
14881248--14881546	117	2.5	118	91	2	467	28	29	5	37	1.78
14883749--14883785	16	2.3	16	90	9	58	48	2	24	24	1.64
14884118--14884159	20	2.1	20	95	0	75	40	9	9	40	1.70
14893074--14893489	59	7.1	59	85	4	529	36	19	21	22	1.95
14893082--14893486	175	2.3	176	87	5	579	36	19	21	22	1.95
14894160--14894193	17	1.9	18	88	5	52	38	5	2	52	1.41
14896950--14897018	34	2.0	33	81	10	77	62	7	0	30	1.22
14908134--14908278	50	2.9	49	79	3	146	34	17	28	19	1.94
14908479--14908577	41	2.4	41	91	1	153	29	21	16	33	1.95
14908564--14909101	39	13.8	38	69	5	272	24	30	18	25	1.98
14908565--14909333	78	9.7	77	77	5	694	24	29	18	26	1.98
14909281--14909369	40	2.3	39	90	2	142	28	30	16	24	1.97
14909057--14909369	167	1.9	167	80	1	376	25	27	18	28	1.98
14911499--14911939	221	2.0	220	84	4	575	30	16	16	36	1.92
14914336--14914671	178	1.9	178	89	2	521	35	16	12	35	1.87
14915563--14915874	158	2.0	158	87	1	446	42	11	10	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14916077--14916116	20	2.0	20	100	0	80	45	10	15	30	1.78
14916742--14916811	23	3.0	22	77	6	68	45	17	10	27	1.80
14919585--14919641	16	3.6	16	74	11	64	45	0	0	54	0.99
14919591--14919649	30	1.9	31	93	3	102	45	1	0	52	1.10
14919967--14920009	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
14920319--14920377	30	1.9	31	82	3	75	54	5	1	38	1.33
14921934--14921975	12	3.4	13	77	9	52	78	4	0	16	0.91
14923005--14923130	12	11.3	12	70	15	74	66	17	7	8	1.41
14922994--14923066	24	3.2	22	84	7	92	68	12	6	12	1.38
14923063--14923143	22	3.8	21	79	8	92	65	22	7	4	1.38
14934211--14934240	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
14947960--14947998	16	2.5	16	83	4	53	71	5	2	20	1.17
14947972--14948032	25	2.4	26	81	10	65	72	3	3	21	1.14
14949884--14949944	25	2.5	24	83	5	68	29	1	9	59	1.39
14950042--14950187	25	5.9	25	68	27	73	28	0	10	61	1.28
14949983--14950242	97	2.6	98	93	3	441	25	0	11	62	1.31
14951051--14951406	183	2.0	180	89	1	550	27	5	19	46	1.73
14952324--14952783	158	2.9	158	89	2	681	33	13	16	36	1.88
14954673--14954747	36	2.1	36	100	0	150	28	28	5	38	1.78
14955010--14955157	57	2.6	57	75	5	147	29	43	2	24	1.68
14955084--14955311	81	2.8	78	84	5	278	28	49	1	20	1.59
14956085--14956143	15	3.9	15	74	14	59	64	25	0	10	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14958862--14959023	66	2.5	66	87	2	227	25	38	7	27	1.83
14958828--14959051	33	6.7	34	71	7	127	25	38	8	27	1.84
14958846--14959051	66	3.1	65	81	4	209	25	38	7	27	1.83
14959460--14959500	3	13.7	3	94	0	73	0	29	0	70	0.87
14960363--14960415	3	17.3	3	90	3	79	69	0	28	1	0.99
14962001--14962031	15	2.1	15	93	0	53	19	6	3	70	1.22
14968122--14968180	7	8.4	7	84	0	64	45	0	23	30	1.53
14970539--14970577	20	1.9	21	89	5	62	41	0	0	58	0.98
14975209--14975273	24	2.5	26	75	14	71	24	4	4	66	1.30
14978162--14978204	15	2.9	15	76	13	52	60	0	11	27	1.31
14979920--14979954	17	2.0	18	88	5	54	57	0	8	34	1.29
14980256--14980314	22	2.7	21	70	14	57	44	0	8	47	1.33
14980253--14980318	22	3.0	22	68	12	55	45	0	7	46	1.31
14983504--14983543	20	2.0	20	85	0	53	32	27	5	35	1.79
14985017--14985110	29	3.3	28	77	7	100	42	4	20	32	1.71
14984995--14985110	29	4.1	28	73	14	96	43	4	19	31	1.71
14990160--14990216	17	3.2	17	74	16	53	24	3	14	57	1.52
14991199--14991431	59	4.0	59	93	0	387	51	9	4	33	1.56
14991506--14991568	33	1.9	33	90	0	99	6	12	39	41	1.69
14993490--14993539	25	2.0	25	100	0	100	24	8	24	44	1.80
14994202--14994289	26	3.4	26	85	3	115	27	15	28	28	1.96
14996169--14996206	20	1.9	20	89	10	60	76	2	5	15	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14999278--14999442	84	2.0	84	82	7	201	40	25	4	29	1.74
15004886--15004948	24	2.6	24	82	0	81	47	7	15	28	1.74
15006881--15006949	24	2.9	24	86	0	102	57	10	7	24	1.56
15010377--15010489	38	3.0	38	80	0	136	17	22	26	33	1.96
15025138--15025488	23	15.3	23	86	0	468	34	4	13	47	1.65
15027869--15027987	28	4.2	28	84	6	116	23	15	25	36	1.94
15034448--15034486	12	3.2	12	81	0	51	33	5	20	41	1.74
15035110--15035141	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
15037555--15037632	37	2.1	37	90	0	120	46	19	11	23	1.82
15043432--15043470	18	2.1	19	86	13	55	56	2	2	38	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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