genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21255851--21255906	26	2.2	26	90	0	85	0	17	1	80	0.80
21255850--21255909	14	4.4	14	77	10	70	0	16	1	81	0.77
21255856--21255927	8	8.6	8	71	19	58	4	13	1	80	0.92
21255851--21255926	26	3.0	25	83	9	73	3	14	1	80	0.92
21255856--21255927	33	2.2	33	82	12	85	4	13	1	80	0.92
21260912--21261077	67	2.4	70	87	5	225	57	2	1	38	1.23
21261038--21261078	17	2.4	16	84	11	55	75	0	2	21	0.92
21263629--21263671	20	2.1	20	86	4	59	72	11	6	9	1.29
21272062--21272125	13	4.9	13	74	11	51	35	4	21	37	1.75
21272063--21272126	26	2.5	25	75	7	74	35	3	21	39	1.70
21272397--21272438	14	3.1	14	77	16	52	50	2	0	47	1.14
21274137--21274536	72	5.6	72	94	0	676	55	16	6	22	1.63
21291138--21291171	13	2.6	13	95	0	59	32	5	26	35	1.81
21293995--21294068	33	2.2	33	87	0	112	37	31	5	25	1.79
21298105--21298144	20	2.0	20	95	0	71	27	10	27	35	1.89
21301889--21301941	19	2.8	19	91	2	81	13	13	7	66	1.45
21309469--21309520	26	2.0	25	92	3	86	26	3	5	63	1.34
21309476--21309638	60	2.7	59	85	5	213	29	11	7	50	1.67
21309502--21309602	31	3.3	31	73	20	104	29	14	7	47	1.73
21310934--21310967	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
21311033--21311096	26	2.5	26	89	0	92	31	9	6	53	1.58
21320822--21320863	16	2.5	17	85	14	61	30	2	2	64	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21320822--21320863	17	2.6	16	84	3	57	30	2	2	64	1.19
21331304--21332090	49	16.0	49	76	4	561	17	22	19	39	1.92
21345392--21345757	201	1.9	191	82	6	464	26	26	18	28	1.98
21345847--21345875	14	2.1	14	100	0	58	34	13	6	44	1.71
21351629--21351660	16	2.0	16	93	0	55	25	21	0	53	1.46
21358024--21358098	21	3.6	19	75	10	60	36	16	22	25	1.94
21368897--21368966	12	5.5	12	71	17	52	74	5	1	18	1.09
21368877--21368915	16	2.5	15	83	4	51	76	7	0	15	0.99
21368877--21369060	100	1.8	100	82	8	235	67	5	4	22	1.31
21368981--21369023	15	2.9	15	83	10	52	74	4	2	18	1.10
21371329--21371354	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
21371615--21371685	3	23.7	3	85	0	97	61	30	5	1	1.27
21372637--21372679	20	2.2	20	100	0	86	39	16	9	34	1.80
21378834--21378873	11	3.7	11	93	6	73	52	7	0	40	1.30
21378880--21378992	57	2.0	57	91	1	181	32	22	7	38	1.81
21383195--21383228	9	3.7	9	96	4	59	20	8	0	70	1.13
21383404--21383441	19	2.1	19	95	5	69	21	5	0	73	1.02
21383415--21383481	27	2.4	30	85	11	90	28	5	0	65	1.16
21385187--21385225	20	2.0	19	90	5	60	58	0	2	38	1.12
21399636--21399660	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21400008--21400165	9	16.6	9	69	16	70	60	3	1	34	1.26
21400302--21400336	12	3.0	12	87	8	54	28	0	8	62	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21400305--21400346	11	3.7	12	84	9	52	23	0	7	69	1.13
21401416--21401447	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
21403041--21403102	13	4.8	13	77	0	61	37	0	20	41	1.53
21403042--21403106	26	2.6	25	76	9	69	35	0	20	44	1.51
21405120--21405310	72	2.6	72	86	0	265	56	13	6	24	1.59
21405815--21405866	18	2.9	18	88	0	77	40	11	7	40	1.70
21411301--21411350	25	2.0	25	85	11	68	26	2	36	36	1.68
21411453--21411529	30	2.6	30	87	0	109	24	9	32	33	1.87
21412394--21412446	22	2.4	21	78	9	52	47	5	3	43	1.45
21413716--21413767	27	1.9	27	84	7	70	61	1	0	36	1.07
21420657--21420724	33	2.1	32	81	8	75	38	1	0	60	1.06
21422819--21422849	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
21425438--21425471	6	5.5	6	89	6	50	55	0	41	2	1.15
21425981--21426020	21	1.9	21	84	0	53	32	17	17	32	1.93
21426432--21426494	12	5.4	12	84	1	76	25	17	12	44	1.84
21426403--21426497	23	4.1	24	77	6	97	26	16	12	44	1.84
21427314--21427356	23	1.9	22	90	4	68	41	0	6	51	1.29
21427274--21427356	40	2.1	39	84	6	105	40	1	6	51	1.34
21427261--21427340	17	4.7	17	85	0	106	40	2	5	52	1.37
21429116--21429441	30	11.1	29	78	7	223	35	26	3	34	1.75
21429141--21429365	89	2.6	88	77	7	215	36	26	1	35	1.67
21429143--21429441	59	5.1	57	77	7	197	35	26	3	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21441067--21441198	39	3.4	39	70	14	101	25	25	19	30	1.98
21440843--21441271	156	2.8	155	82	3	504	25	27	19	28	1.98
21441235--21441310	39	1.9	39	89	5	118	26	25	18	30	1.98
21440832--21441288	78	5.9	78	77	4	368	24	26	19	29	1.98
21441755--21441817	17	3.7	17	89	0	90	41	1	4	52	1.32
21441773--21441833	10	6.1	10	71	21	56	42	0	4	52	1.23
21441755--21441833	6	14.0	6	68	21	55	43	1	3	51	1.27
21441791--21441833	23	1.9	22	90	4	68	41	0	4	53	1.21
21442112--21442172	31	2.0	31	96	0	113	55	9	11	22	1.64
21446730--21446792	24	2.6	25	82	9	78	38	17	17	26	1.92
21446755--21446814	23	2.5	24	83	5	86	43	16	13	26	1.85
21446796--21446848	12	4.5	12	73	4	54	50	18	9	20	1.74
21446773--21446903	35	3.7	35	74	8	122	43	18	13	24	1.86
21446810--21446898	23	3.8	23	82	8	117	42	20	11	25	1.85
21446796--21446894	47	2.1	46	83	1	117	46	19	11	23	1.81
21448348--21448385	20	1.9	20	84	10	51	36	13	0	50	1.42
21448676--21448811	69	2.0	69	98	0	263	36	17	18	27	1.94
21449706--21449762	28	2.1	28	90	3	89	29	50	5	14	1.64
21450000--21450054	27	2.0	27	89	6	85	18	32	5	43	1.73
21452286--21452314	5	5.8	5	100	0	58	0	0	17	82	0.66
21460271--21460384	58	1.9	58	85	5	158	34	8	25	31	1.86
21460297--21460601	58	5.2	58	80	8	255	34	5	24	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21460304--21460395	29	3.2	29	73	14	91	32	9	26	31	1.89
21460341--21460620	29	9.6	29	73	13	191	33	4	23	38	1.75
21461648--21461691	3	14.3	3	80	4	52	38	2	2	56	1.24
21461639--21461699	12	5.2	12	78	7	63	40	3	1	54	1.27
21461642--21461692	25	2.0	25	88	0	75	41	3	1	52	1.31
21461639--21461699	22	2.7	22	80	14	70	40	3	1	54	1.27
21462372--21462481	17	6.4	16	79	16	96	51	3	1	42	1.29
21462372--21462449	6	13.5	6	72	12	65	50	1	2	46	1.23
21462403--21462446	11	3.8	12	85	8	56	56	2	0	40	1.11
21462372--21462481	52	2.1	52	84	3	141	51	3	1	42	1.29
21462372--21462481	35	3.2	35	78	12	111	51	3	1	42	1.29
21462827--21463567	207	3.6	202	90	2	1083	24	23	19	33	1.97
21470245--21470284	21	1.9	21	85	10	55	25	17	2	55	1.55
21471171--21471491	59	5.4	60	79	8	295	35	4	23	36	1.74
21471173--21471484	30	10.6	29	73	14	194	35	3	24	36	1.74
21472550--21472601	3	16.7	3	80	7	59	38	1	1	57	1.21
21472530--21472600	34	2.2	32	87	10	99	40	4	1	53	1.29
21472550--21472601	22	2.4	22	83	9	70	38	1	1	57	1.21
21472550--21472597	25	1.9	25	91	0	78	39	2	2	56	1.23
21475188--21475251	28	2.3	28	81	5	76	25	3	3	68	1.18
21475435--21475474	14	2.9	14	80	0	53	62	5	0	32	1.17
21478821--21478880	31	1.9	32	89	3	95	6	28	3	61	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21488089--21488122	16	2.1	17	88	5	52	35	0	14	50	1.44
21494167--21494203	15	2.5	15	87	12	58	67	5	0	27	1.12
21494170--21494209	15	2.6	16	80	8	55	67	5	0	27	1.11
21501943--21501993	11	4.3	12	81	13	54	76	0	1	21	0.88
21504650--21504734	32	2.8	31	82	7	95	74	0	11	14	1.08
21505684--21505744	32	2.0	30	83	6	77	60	24	6	8	1.49
21505725--21505799	24	3.2	24	76	1	80	66	21	6	5	1.35
21505737--21505799	12	5.2	12	76	0	54	68	20	6	4	1.31
21505815--21505931	23	5.4	21	74	15	89	67	16	5	11	1.38
21505867--21505937	23	3.2	22	86	9	90	66	18	5	9	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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