genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  34  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8764241--8764516	123	2.2	123	84	6	371	35	18	22	23	1.96
8764082--8764682	332	1.8	324	85	3	835	35	19	22	23	1.96
8764364--8765030	209	3.2	209	85	2	914	36	19	22	22	1.95
8765542--8765615	23	3.3	23	81	12	73	45	1	1	51	1.18
8765542--8765638	6	17.2	6	76	16	84	44	2	1	52	1.19
8765536--8765638	11	9.1	11	72	19	79	44	1	0	52	1.18
8765572--8765634	16	3.8	17	83	6	85	44	3	0	52	1.17
8765565--8765638	33	2.2	35	88	9	118	44	2	0	52	1.15
8766960--8767273	29	10.8	29	75	13	238	33	28	4	32	1.78
8767040--8767268	59	3.9	58	79	7	223	33	28	5	32	1.80
8766973--8767268	88	3.4	86	80	11	259	33	28	5	33	1.79
8770427--8770535	52	2.1	53	98	1	211	46	9	16	27	1.77
8770667--8770695	13	2.1	14	93	6	51	24	0	6	68	1.13
8780288--8780337	21	2.4	21	79	0	55	26	12	28	34	1.92
8786666--8786739	24	3.1	24	82	1	96	27	21	24	27	1.99
8808529--8808558	16	1.9	16	93	6	53	20	16	3	60	1.50
8808949--8808978	12	2.6	11	90	10	51	53	30	0	16	1.44
8816817--8817128	69	4.5	69	76	1	257	32	22	16	28	1.96
8820384--8820419	14	2.6	14	90	0	54	38	8	25	27	1.84
8822364--8822416	17	3.2	17	71	15	56	60	15	18	5	1.54
8823845--8823881	6	6.2	6	93	0	65	35	0	64	0	0.94
8824050--8824076	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8825550--8825591	22	1.9	22	90	9	68	35	19	4	40	1.72
8826485--8826523	19	2.1	19	90	0	60	41	15	7	35	1.76
8828319--8828403	37	2.3	37	95	0	152	29	14	11	44	1.80
8828808--8828848	18	2.3	18	95	0	73	34	17	12	36	1.87
8830412--8830544	20	6.7	20	88	0	158	11	31	20	36	1.88
8830412--8830587	40	4.4	40	82	4	205	11	31	20	36	1.89
8830412--8830599	60	3.1	60	80	3	200	11	32	20	35	1.89
8830561--8830599	20	2.0	20	85	10	53	15	41	20	23	1.90
8832171--8833066	447	2.0	447	96	0	1641	25	16	13	44	1.84
8840171--8840210	17	2.3	18	87	8	57	25	7	10	57	1.57
8842892--8842936	22	2.0	24	86	8	67	17	8	6	66	1.40
8850739--8850789	21	2.4	21	72	18	52	49	1	3	45	1.32
8850830--8850939	10	11.8	10	72	18	60	37	0	0	60	1.09
8850831--8850927	46	2.1	47	84	9	128	35	1	1	62	1.09
8850832--8850940	36	3.0	35	81	9	128	37	0	0	60	1.09
8850886--8850942	28	2.0	28	86	10	80	38	0	0	61	0.96
8850830--8850938	18	5.9	18	69	14	71	36	0	0	61	1.09
8850931--8850986	26	2.1	27	87	6	80	41	3	0	55	1.17
8855240--8855283	21	2.1	21	83	8	54	27	2	20	50	1.60
8861320--8861393	10	8.1	9	80	14	62	71	0	27	1	0.94
8861347--8861386	5	8.2	5	84	15	57	80	0	20	0	0.72
8862535--8862789	46	5.6	46	81	5	295	33	23	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8862554--8862797	88	2.7	90	81	5	298	35	22	17	24	1.95
8862490--8862778	134	2.2	132	85	6	395	32	24	15	27	1.95
8864536--8864592	26	2.2	26	81	9	64	29	12	3	54	1.54
8864748--8864946	110	1.8	109	83	3	265	31	13	16	39	1.87
8875062--8875100	21	1.9	19	85	10	51	33	2	5	58	1.33
8877448--8877494	20	2.3	21	81	7	60	27	4	4	63	1.31
8882316--8882766	28	15.9	28	71	8	182	24	23	17	34	1.96
8882419--8882711	29	10.2	29	72	5	175	24	25	16	34	1.95
8882521--8882685	87	1.9	86	82	1	204	22	25	18	33	1.96
8882608--8882766	55	2.8	56	82	3	178	26	23	16	33	1.96
8882847--8882913	28	2.4	28	85	5	91	28	20	14	35	1.93
8882706--8882969	142	1.9	142	93	0	456	23	18	18	38	1.93
8883261--8883310	20	2.5	20	80	3	55	48	0	16	36	1.46
8884113--8884310	42	4.7	42	80	6	206	37	11	26	24	1.89
8884113--8884302	84	2.2	86	85	6	246	37	11	26	24	1.89
8893641--8893869	42	5.4	42	85	1	280	38	10	24	26	1.87
8907949--8907986	16	2.5	15	84	16	51	65	2	0	31	1.06
8909494--8909527	5	6.8	5	100	0	68	61	0	0	38	0.96
8912084--8912282	101	2.0	101	91	0	326	53	16	9	20	1.70
8912986--8913011	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
8914869--8914909	21	2.0	21	85	4	57	24	17	31	26	1.97
8914934--8914964	15	2.1	14	94	5	53	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8915042--8915071	11	2.7	11	89	0	51	80	6	0	13	0.91
8918861--8918885	11	2.3	11	100	0	50	28	16	24	32	1.96
8919892--8919969	28	2.8	28	80	1	86	21	15	25	37	1.93
8919952--8920037	24	3.5	24	88	1	118	19	22	25	32	1.97
8923225--8923572	116	3.0	116	89	1	529	38	15	16	29	1.89
8923823--8923913	29	3.2	28	81	7	103	40	1	25	32	1.63
8923823--8923979	29	5.5	28	77	9	102	38	3	24	33	1.71
8925665--8925866	86	2.3	86	93	0	332	25	24	16	33	1.96
8925496--8926041	295	1.9	295	89	1	862	22	21	18	37	1.94
8925496--8926116	295	2.1	294	86	3	858	22	21	17	38	1.94
8928229--8928255	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
8937471--8937811	108	3.0	116	83	9	486	38	16	16	29	1.90
8937933--8937984	14	3.6	14	82	12	61	63	5	9	21	1.45
8938072--8938235	29	5.6	28	72	7	107	39	4	24	31	1.76
8951247--8951302	24	2.3	24	96	0	103	17	26	23	32	1.97
8957061--8957349	27	10.5	27	77	4	247	34	20	15	29	1.94
8957061--8957349	55	5.2	55	79	6	280	34	20	15	29	1.94
8957140--8957349	82	2.5	84	82	6	275	34	20	15	29	1.94
8961718--8961866	27	5.5	27	72	7	106	28	16	25	29	1.97
8964488--8964546	28	2.1	28	81	6	66	35	20	15	28	1.93
8964513--8964730	28	7.8	28	79	7	156	36	24	11	26	1.90
8964513--8964723	56	3.8	53	78	6	172	36	24	12	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8964788--8964862	28	2.6	29	77	6	73	20	21	21	37	1.95
8964778--8964906	57	2.3	55	78	11	136	21	17	20	39	1.92
8973291--8973323	15	2.2	15	94	0	57	24	24	12	39	1.89
8983356--8983563	26	8.2	25	67	7	98	38	17	25	18	1.93
8983376--8983566	50	3.8	50	90	0	283	36	17	27	18	1.94
8983445--8983537	24	3.8	24	74	5	96	33	17	31	18	1.94
8984642--8984774	43	3.1	43	84	0	167	32	24	15	27	1.96
8988525--8989015	41	11.8	41	82	5	565	15	31	21	31	1.94
8988792--8988892	49	2.0	50	92	1	168	15	33	20	29	1.94
8988712--8988974	131	2.0	132	84	3	343	14	32	22	30	1.94
8988605--8989040	172	2.6	172	93	3	719	15	32	22	30	1.94
8989134--8989190	28	2.0	28	96	0	105	49	3	22	24	1.66
8993091--8993186	45	2.1	47	94	3	169	45	13	8	32	1.73
8994553--8994671	51	2.3	51	83	0	157	31	15	9	43	1.78
8994992--8995024	16	2.1	16	88	11	50	51	3	0	45	1.16
9008197--9008846	161	4.1	163	81	10	759	35	10	14	39	1.80
9008556--9008843	141	2.0	145	86	7	401	35	10	16	37	1.83
9014212--9014282	2	36.0	2	75	8	65	53	1	4	40	1.29
9015207--9016389	39	30.3	39	71	9	519	26	19	29	24	1.98
9015177--9016272	78	14.0	78	83	1	1028	26	19	29	24	1.99
9016085--9016228	40	3.6	40	75	9	132	28	19	27	24	1.98
9016715--9017297	49	11.8	49	74	8	360	14	31	18	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9016715--9017314	99	6.1	98	78	9	499	15	30	18	35	1.92
9016728--9017311	198	3.0	196	80	6	583	15	30	17	35	1.92
9017738--9017935	105	1.9	107	79	3	231	37	11	22	29	1.88
9030612--9030645	14	2.4	14	85	14	52	47	0	5	47	1.26
9034380--9034432	26	2.0	26	92	0	88	37	1	22	37	1.65
9036576--9036623	25	1.9	25	83	8	62	62	2	0	35	1.07
9042799--9042840	20	2.0	20	82	13	50	61	0	14	23	1.32
9043002--9043401	135	3.0	135	84	1	491	36	9	22	31	1.86
9049294--9049383	41	2.2	41	80	7	103	37	23	14	24	1.92
9068684--9068713	10	2.8	11	90	10	53	26	0	0	73	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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